RnoINT0042842 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005359 | Csrnp3
Description
cysteine and serine rich nuclear protein 3 [Source:RGD Symbol;Acc:1306214]
Coordinates
chr3:52103039-52116526:+
Coord C1 exon
chr3:52103039-52103128
Coord A exon
chr3:52103129-52116229
Coord C2 exon
chr3:52116230-52116526
Length
13101 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAAA
5' ss Score
4.51
3' ss Seq
TTGCTTCCTTGTATTCGTAGATG
3' ss Score
8.6
Exon sequences
Seq C1 exon
NGAGAGTTCGCAAGAGAGCAGGAGCGGCTGCACCGGGAGATGCTGAGAGAACACCTCAGGGAGGAGAAGCTCAACTCTCTAAAACTAAAG
Seq A exon
GTGAAACGTTTGTTTGCTTTTCGCAAAAATCTCCTATTCTTAGAGCGTCTGAGCCAACCACATTTCTCCATGGGTCTGACTCTATTTTCCATGACAGACAAGCTGCCCATGGATTACTTTTCTTGTCTTTCTGTTCCTTTCTTCTTTTTACAAAGCTGTACTCTTTCCATGAGACTCTTACCTGACATTATTTATTCATCCATTCTAAAAATGCTTACTTTTGGAGATTGCTACATCGTGCACCACCTGTATGAGTGTGCGTGAACCGGAGCTAGCAGGAAGCTAGAAATAAATGTGCTTCCCTGTCTGTGAGAGGCCACATGTTAGTAGGAGCGGAGGATATCAATCAAGCAGTCAAAGGAAATTGAAGCAGAATTTCATTTGGGGCTATGAAGGAAAGTTGTAAGGTGTTATAAAAGTCTTTGATGGGAAACAGATGTGGTCAGGAAGTCTAGAAATACTCCTGGAAGGAGGGAGAGGAAGATCTGAACTAGGGACTAGGCACAGAGGGTGTCCAGGGATGTTTGCTGGGCCTGAGGTAGGTGAGTTACATAGACTATGGAACCACAGCAAAGTGTTCCCTCTTTGTCCTCAGGAAGTTACCAGAAGTCTTAAGCACAGGTTGGAGTTGCAGTGCCTTATGACAGTCATGTAATCATGTGAGAATAGTATGAGGGTGAAGAAGGCTACGTTAAAAGAGCAGAGGTGTACAGTCAGACCTGTCGGTGAAGCAGCTGTTAGAGCTAGCCAGGAGAGAGGTGAGGGAAGGGGAGATTGGACTGAACAGAACAGAGAGAAAGAGACATTTGAGACAGGGACTTAGGAGCTCAGATAGGCAGGCCTGAGGGATGAGCTGGATTTACAGAGACAGAGGGACAGTTGGAAACAGGAAGCTGGCTTGCGGATGAATGGCTGTAGGTGACATACCATTGAGTGCTCTCTATGATGTGGAATGACACAAAAGTATAGAAAAAGGCTGTAGATAGATGGTGAGGTCTTCTCCGATGTGAGTTGGAATACCTTTGTGTTGTCAAGAAGTGTGGGGACAGTATCTAAGTTGGAGAAAACAAAATTGAGAAAATGCCTTTGGCTGAGTAGAAGCATGGATTTGTCGCTTATTAATGTGTAAGAACACCCTCCCATTGATACCTAATGACCAAGAGAACATTTTGGGAATAGTCTCGACAAACCCAATCATTGTGGTCTAGAAAAACCATAAGAATCTGTCACCCACCCTTACCATCAATTAATGAAAGCAGAGGTGTGGCGTATGCTTCTGTTTTTTTATATTTTACTGTTTGTATATATGCCTGTCCTCCATTGTGTGAAAAGACAGTGAGTGAAATTGAGCTACACACACCCCAGTTTGAGGAGGTCGCATTTCCTTTCCCAGTATGTTTGTCAGGTTTCATTTTAAGTTCCTTACCATGGCTGTTTTTGTTTTTCTGATTTCCGAGTGCTTATTTTAGCAATGACTCTTAAGTTTGCTTTTCAACTCCACCTTTCCCTGCAAACTCACTCCACTGCCCCCGCCAAAAATGACATCGTTCTCCAAGTTCAAATAATCCTGAATCAATGGTAGTGGCTGCCAATCAGATTTCTTATTTGCTAAGCCTTTTGTACATGCAATTGAATTTAATCCTCACAAAGAGCCAATGGAATAAAATCACAGGAACATAGCTGAGATCAAAGGATCACATAGGCAGAAAAGAACTACCTTACCGCCTAGGAAACTGGTTGTCATGATTTTGGTCCTTCTTATTAAATTAATTGATTACCCCATATAGGAACTAGGAAGCACACTCTATCCTCTTCCAGGGTCTGGTGGTGTGTACAGTGGATTCTAACAACAGAGACTGTAAAGGCATCTGAGAAGTAAAGCTTCCAATGGTGACTGTATGTGTGACTCTTTGAAGGAATTGCAGCCGCCCTGGCACATGAGGAAGTAAGCCATTTCTGCTGCAGTCCTTCCTCCTCTTTTCAGGCTCTTTTCTAACAAGCAGAACAGGAGAGGAAAAAATAGTGGGAGCGCTGGAGACTTATTAGTAAAATTCTGCTTAGGGATAAGTAAGGACAAGAAGTCATCTCAGCAGGGGACACCCAGGCAGGTGCCATTCCTACGGTTTCTTTTTTATGTGGAAGCACCCAGTTCTGATTTGAAAGCATGCAACGTTCCCTTTGGTGAGGTCCTAAACAGATAGCATTTGGTTACCATCCCTTCTTCCAAATGGCCAGGAAGCTAACAGCAAGGGACACTGCAGTGATCTGCACTTACCCTCTCCTGACTCCGTACACATGTACTCAGAAACACATGGTCCCTGAAGCTAACACCTCACAGCCGTGAAGACAGGCGTTCTGAAATATGAGGAAGAGAGCCTGTATGTTTTCACGGCAGTTACTCTAGCATTGATTTTCATGATTTACAGGAAAACTATCATGAATTATACTTGTCTAAGGTTTAAATGATCCCAAATTTACTAGCACAAAATGATAGCTGTGCCCCAAATTTCACCAATACTAGGAATTTCTCTTGTAGCACATTTGTTTCCACGTGTGACTTGCTCTGTGAAGGGGATGTCACAAAGTTGATTCCCTGGTTTTGGATGGGAGCAACAGAAAACCCTTGGTACAGAGGGGGCATCCAAAGAGGGAATGGGTTGAGGAGGATAAGGTTGGTGAGACGCCCAGTGCTGTATTCTTAGCACTCAAGCAGAAGCAGAAAGTTACCTCAAAATGGGGTAGGGCTGTTAATAAAACCTTGTTGAGACACAGGTGGGAAAGGGAGAGGAAGAGAGAGAGAAATGGGTTTTTCCTGAGACGGTTTTCTGGGAGTGTCAGTAAACTCCTTGTGAAGTAATACAGAGCAGCCTGTGTGACACATTGGCTGTTCCCCAAGCCCTCATCGTGAAGGCCCAGTAACTCACTGGACTTTCACTTTACCTATTTGAAAAGACAATGGCTTTGTACAGCAACTATAAAGTCTTCACACACAATGCCTCTGAATTTCCTGGAGAATCTGCTGGGTTCCAAACAGAGGAGCTCTTTATACACGCTTCTAGAAGTTTCCTTGTAATAAACATTTTGGAACTAAATCAAGAATCAAAGTATGTTTTTTTGACCATAAAGTGCTTCTAATTTGCTAGTTCAATTCCTGAGGTGTGTGTTATACAGATATTAAGGAATTGTATAGATTCAGACACTTAGATGTCTAGAACAAATCCAATTTTATTGGAGGGTTTCAAGTGTATCGTGTTTGTTGGCACCATGGTTGTTTCACACATTGACTATAAATAAGTAATGGAGAAAAACTAATTGAATAAAATGCATGTTCCTAGAAGAAATAAGTAGCTTTAGGCTTCTAAATTACAGAGTGCAGTTCCGTTTTTCCTGTCAAGCCCATTCAGATGTCACACACTTCATGGTAATCAATGTAGTCATCGTAATACTATCCTCCTTTGCAAATTAAATGCCCAGATTTAATAATCTGCACCACACTCTTGAACAATTACATTGCACATGATTCCATCTCTCCTGTCTCTGGGGAATGCATCCAGCAGCTGTTTGCAGGTTCCATAGAGGGTTGGTGTCCTAGTCCCCTCCAGTTTCACCCTAGAGGACTCTACTGCACTGCTCAGAGAAATTCAATGTGGCCTCTGCAGATGTGATTTGCTTCTCCTTGCCAGTGCATCCACAATCCAAATCACCCTTTGCTTCCTGGGGTTGAGGCTCGGTTCTTCACTTCTGGCTACCCTCTCTAGCTGCTCTGTGGGATTATAGTCTCGTCTGGGTTTCTCCATTGGGTGTTCATGCGTGGTACTTGGTTATTGACTCTTCTGTGCAAAGTTAAAGCACAGAATGGCCAGCTTCTAATAGTGGGCCCTCTAAAAATAATGTATCTAGATCATTTTCACTCAAAATCTCAGACTGATGAGGACTGTAGTTATGTAATGATTACCCATGCCTTATTCCAGTTCTCCACCCCACCTCCAGCCCAGCTCGCCGCATCTCTTCAAAAGTCTTGGGTTGATTGTCCAGATAAAGAAAAAACTCAGATGTCCCTGGGAAGGCATGGGATTAGGCACTTGAGAGAGAAGGATGAATTATCTCCGAAACCCACAGTTTCAGCATTTTTAGATGTGGTTTTAATTTAATTCCTTATGTTGCAATTCGTTTTTAGATCTGTCTTATCTTGTTTGTCATGGCATTGCTTAGAGCTAATTACTGTTCAGAACTTCTGTGGTAGACTCTTAGAGAAGGCTCAAGAACATACTAAGTAGCAAAGCTTCTAAAAATGCCTTGAAAACTCCGCTATGCCAAGTACCTGCCTGGTCTTATTCAGATATATACAGCCAACTTTGACAAGTACAGAGAAAATATACCTAACCAAAATAATGGAGGCTGAATGGTGGGTCTCTACTCTATGTCTATGTAATGTACTTAAGAATGTGTTCTTTCATAATATTGCAATATTTTAGTTATTAGGGAGCAATTAAGGATATATAATCAAACATTTATGTTCTTCCTGTACAAGAAATATTACCTTTTTTAATTCAGGAAAAATTATGCATAAATTTTCCTAATTTAACGTGGGGTGCTGTTTAACTGGAATGAATTGTGTTTTCATTCTTCCCCATGGCCTCTTGAAATTAGCTAGCAAGGGAATATGTAAGGCGCAGACCTTGTCAAACATGATCATGACTGTTTTCATTGTGTCGGTGGCTTAAGTAGCTCTTGGAATGCTATTGGCTGCATCCTGCTTACTTTTTGCCATTGAAGAGGCGATTATTGCTCTAAGCCACAAGAAGGATGAATTTCTAGAAAAGATAAAGTTTATAGGTGGATATTATGATTTTCTGTAACTTTTGTGGTGCTGAAGACTTCTTAATGATTCCAGATGCCTTACTCATTGAGCTAGAAGGCCACATTATGCTGGGTAAGTTCTGGCTGAAGTGACTAAAATGTTTTAATTTGCCATGTGGCAGTCATAGCTAGTAAACTGA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Seq C2 exon
ATGACCAAGAATGGCACTGTAGAATCGGAGGAAGCGAGCACACTGACCGTGGATGACATTTCCGATGACGATATCGATTTAGACAACACGGAAGTCGACGAATACTTCTTCCTGCAACCCCTGCCCACAAAAAAACGGAGAGCTCTGTTGCGAGCCTCTGGGGTGAAGAAGATCGACGTGGAAGAAAAACACGAGCTGCGGGCCATCCGCCTGTCTCGGGAGGACTGCGGCTGTGACTGCAGAGTGTTCTGTGATCCAGAAACGTGTACCTGCAGCCTGGCAGGCATTAAATGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005359:ENSRNOT00000007197:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.300 A=NA C2=0.111
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]