MmuINT0043189 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000044647 | Csrnp3
Description
cysteine-serine-rich nuclear protein 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1925021]
Coordinates
chr2:65840360-65857793:+
Coord C1 exon
chr2:65840360-65840619
Coord A exon
chr2:65840620-65857496
Coord C2 exon
chr2:65857497-65857793
Length
16877 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAAA
5' ss Score
4.51
3' ss Seq
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3' ss Score
10.11
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
ATGACTAAGAATGGCACTGTAGAGTCTGAGGAAGCTAGCACCCTGACCGTGGATGACATTTCCGATGACGATATTGATCTGGACAACACCGAAGTGGACGAATACTTCTTCCTACAACCCCTGCCCACAAAAAAGCGGAGAGCTCTGCTGCGCGCCTCGGGGGTGAAGAAGATCGACGTTGACGAGAAGCACGAACTGCGGGCCATCCGCCTTTCTCGGGAGGACTGTGGCTGTGACTGCAGAGTGTTCTGTGATCCAGAAACCTGTACCTGCAGCCTGGCAGGCATTAAGTGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000044647-Csrnp3:NM_153409:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.420 A=NA C2=0.111
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: