BtaINT0048012 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000003610 | DENND1A
Description
DENN/MADD domain containing 1A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29324]
Coordinates
chr11:94578830-94587326:-
Coord C1 exon
chr11:94587270-94587326
Coord A exon
chr11:94578962-94587269
Coord C2 exon
chr11:94578830-94578961
Length
8308 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACTT
5' ss Score
8.4
3' ss Seq
CATGGGACTTCTCCTTGCAGGAC
3' ss Score
10.45
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAAAAGATCATGCAAAAATGGGAATAAAAGAGGTGAAAAACCGCTTGAAGCAAAAG
Seq A exon
GTACTTGAAGTTCTTATTCAAAATGTATAAGCACCGTGTATGAAATGCATGGCCACAAAAAAGTACGATGTGATCAATAGAGGCTGTTTGATACAGTGTTGTTAGCACACTTCAAAATGCATTACCAGCTGTCCGGGAGTTTTCACACTGTTATAAATATTCACAGACAAAAAACTGTCTTCAAATAACATTAAGACTGGCTTAAACCCACAAAGGCAAGCAAGTTCAGAGTTACTACTGTTAGTCTGTCCCCTGCTCACCCCCCTGGGCCCGCACTTCACTAGGGTCCATACAGATTGGCTCGGCCTCCCCACCCCAGCACTACCAGCTCCTACAGCTGACCTCTGCCCTGGGGCTGGTTGTAACCAAAATCCAGAAGCACCTCCAGGGAAATGACTGCCGTGGTTCCAGCCTGCACGTGGGTTTGAGGAGGATACTGCAGGCTCTGCTCGCAGTTCATATGTGAGACCCAAGGGGCAGGGAAAGACTCTGATTGTCTTCATGGACCATCAGTAAAGTCATATAAAATCATACAGACTGCATCCTGACTAAGACTGCCCCTACCTGATTCTCTAGATTTGTGCAGGGAAGTTGCTATAACAGAGAGGGCATCTTTATATCATTATGAATATCAGCATCAGTATTAGCATTGCTACCCTTCATTAAGCACTTTCTAAGGATGGTCCAGCCCAGGAGCTTTCTCATTTAATCCATAGAGCCACTCTGGGGGGTATTATTCTCATATCCTGTGTAAGGAGACCCCCAGTTAAAAGGTGAAATAATTTGTTCAAGGTCACACTGGTGGAGCCTGGCAGAGCCAGGATTCAATTCCAGATTCATCTGCTTCAGTGTCTGTGCTCTTATCACTGTAGTATTTCATACTGCCTTCTTGAAACAAGTGTTTTGTTTTCCAAAAGATGTTTGGGATCACTTACTTCATTATCTCCACACCCCCAAAATGTGCCAGGTAATAAGGATCTTTGTCTATCTCGGCAGTTTTTTTAAAAATTGAAAGCAGTTTTAATTTTAGAAGTCAGAAAGGACCTCTCATTAATTTGAAATGGCCAATGGAATTGATCCTCTAATTGCAAAATAATTTGCTCTGACTAAGCATTCACATTCTTAGTTTCAGCTGGGAGTGAATTTTTAGCAGCTGATATTCAAGTCCTGGAAATAAAAATCCTGCTAATGTAAATTCAGATAGACCTTAACTGTGGTCTGTTGCACTCTGCCAGAGACTGGCAGGTGGAATCCTTTACTTGGATGTTATTTAAGTCCCTAAATACACCTTTTTATCTCCTATCCCAGTCATGCGTAACTGAATTGGATTGCAGATGTAAAATGGAGGGGCAGGGAGGGTGGAGCTGTCACCAGGCTCTCCTTCCTTGATAACCGCATCAGGCTGGTATTAGAAGGTTACTTGGAGTAAGCAGAGAAAGGTTGCCTCCTCAGGCAGAGGACACATGTTGCCTCCTTGGTCAGATCTGTTCTCTGCAGGCCATCGCCTCCTTCCTCGTACACATAAGCATCAGGCCTTAAGAAAATCCCCTTTTTATGATGGGTAAAATTTGTGCAAATAACCAGTTAAACTGAGGGCTTTTGATGTTGTTCAAAGGTTCACTTAGACAATCTAGATCACTCTCCTCCCTACCATCTCCCTTTCCTCTCCTTGATGGCATTTGAGGCAGAGTCTTCCCTCCCCTGTTCCTCTTCCCCCTGCCAGTCTTTTCAAGAATAGCTTCAGGAGATAATGTTCTATAGAGAGTGTCAGTACATTTCAGGTGACACAAACGGTGAAGGCATTTCATAGAAATGTGGCTTGTCACCACCGGACTGTTGACAGATCTATTAGTGCACCCTTTTCAATTTTCACTTTTCCCCCTTCGGTCTTACAGATTTCTGCAGACTTGATATTTTGCAGTTGTTCTTGGAAGAGCCATTTTGTAATTGAGACTCTAGCATTGTTCGGGACAGACAGGACCAGGTCTTCCACAGGGCTCCAGCTCCCTTTCCTGAGCTAATTTAGGATCTGGCTTTGTCTGACCTCTCTCACCGCAGTAGAAAATATTTCCTTGGCTTTTTTACCCCTCCACCTTCCCTTTACATGGCAACATATATGTGTGGCTCCCCAGATGCATCCCATGTAGACATCTCAAGTTTGGTTTCTGCTACAAAATCGAGGCTGTTCCCAACAAAGACCTAATTTTCAAATGTACTGGGTTGCCACCTGGCCTCCTCTAACTCTGCATAGCAATGGTGACCCCACAGATATAATCAAGAACCCAACCTTGCCCTCTTTGCTCTTGCCTTGGGTTTGAATTGCAAATAGAAAATGTGGGGCCGACCTGTGGAGAGGTCAACATGGTGTGTGGAGGTCCATCTCTAATATGACTGAGCAGGGCCCTTCTCCATCCCTCATTCATTTGTGCTGCAGACTTTCAAAGCCTCTGAAAGAAGAGCTTTCAAAGTATCCCTGTGACCACTGGCAAATAATTGTTAATAGAGACTGTAGTGTAGCTTCTATTCCATACCTGCTCTGCTTTAGCCCAACAACAAAAAAGGATGGATAACACATTTCTCTGGATAAATGGAGCAAGGTGGTCAAATTCTTCTATAGCTTAGCCTTCTTTGAAGTTTAACTTGCTCAAAATTAGGAAGAAGAAATGGCAAGGAATGCTACCCAGCCATCACTTTCTAAAGGGAAAATCAGTTCTTTCATCCAGAGCCCCTCCCCACCAGACCTGGCCTGTTGGGAGGATGCTGCATGGCTGGGCTGTGGCTCTCAACAAACCTCCTTCTATTGCAGTGTTGTACACCGCTGCACCAAATGCCCTCTTTTAAAAACAGTAGCTATTCCCACACTCCTTCTTTCCTATGAGGAACATTAAAATATTTATGTAAGGATGTCCCTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTGCCTATTGGAGAACCCCTGAAAAATAATAATATTTTCTTCAGTATAAAATTAAAATGACTGAGTCAAATGGGCCCGTTTCACAGCCTTTTTTTGGGTTTTTTTGGCCATACCATACAGCTTGAGGGATCTTAGTTCCCTGACCAGGGATTGAACCCAGCCCAGGCTGCAGCTGTGAAAGGGCCAAGTCCAAACCAGTGGACTTCCAGGGAATTCCCTCACAGCCCTTTTTAAATATTTGATCTTTTAAAGATACCTTGAGCTTGTCGATTCAGAGTCTGTGTGACTGAAAGGAGCAGGTTCACAGTTGAGTCAGTGAAGACTTGAGTTTCTGGCAAAGCATTTCCTAGTGTATCGAAGGGAGTGAGGCAGCACCTTTGGGGCTGGGAGACCCAGGTAGACTCTTGTGGGACAGACATTTTCACACTGTATCACACAACTGTCAGCTCCCTGTCTCCACTGCAGCCTCAAATCACAGAAATTCCAACTCTGGATACTATTTTGCTATCAATATTCATCCCGTAGTTTGCATTTGCTGTAGCGTGAAGTAGACTGGAAAAGGACACTGCACAAATCCGAACATGGAGACCAGGAAGCTAAGTCAGAGATGGGAGGCCCCAGCCTCACACCCACGAGAGCCTTCAAACCCCTCACTCTGCGGTGTGGAATTGGGGCCTCTGAAGCAGACAGATAAGCCGGATTCAGTCCTGCCAGTTTTTCTCATTTATAAAGTATGGGAAATAGAGATTTTTACTGGACTGTTGTAAGGACTAGAAGAAATAATGGGTTTAAACAGCAACACATAGTAGCCGTTTGGCAAATGGGAGATTCCAACCTGTCTGTCTTCTTCTATCCCGCATCTGGAGCGGCTGGTCTGCCCACGCACCCGTGTGCGTGTACCCGGAGAGCATGGCCGGGCTGGGAGCCTCTCCCTTTTGGTCCTCCACACTGCCACCAGAGTAGTCTTCCAGGCACCCTGCTCCCTGCCTCCCATGGGCCAGGAATGTTCTGGAATCTCTGCCTCATGAAGTCATATAGCCTCAGCTCCCTCACCCCAGTTCCCACCCAAGGCCACGCCAAGCTCCCTTCTTCCTCTGGGTTCCCATCTCCGGACTCCTCCTAGGGACTCAGTCCCTGCCTTCTCCAGAGGCAAATGGAGATTAGATCCCAGGCATGATCTCTGATTCCAGCCTGGGGAAGGTGATAGAAATTGTATTCTTTTCTGACTCCTTTGTTGACCAAGGGATGGGAACTAACAATCTCCCAGCTCTGAACAGAGCCATGGGAGAAATCTACCAACCTTCAGCGGCCTCTTACCCGCAGCTCCATCTAGTGTCTTCCTCCTGTGTGACTCTTCAGGAAGGAACAGATTTACCCTGCCTGTTACCTTCTTGATTTTTTTTTTTTTTAAGGACATTTTGAGCATTTACCAAAAAAAAAAAAAAAATTGTGGAGAAAATTCAACAAATCAACAAGGAAAAAAGGGAATTTTATAACCTGTATTTTCACTCACTGTATCCTGACCGTTTCTCAAAACACTAAATATTTCCTGCACATGTTGTTTTAAATGGCCACATACAGTTTTATCTGATAGATGTACATACATTCATTAATCCCATTGCTAGACGCTTTAGTTAGTTCCAGTATTTCTTAGGCAAACATCCTCATAGGTAAACCTTGTAGGAATTCTTAATTATTCCATCTGGATAAATTTCTGAAAGTAGACTTAGTGGGCCAGAGGCTCTTTCCTCTTTTAGGGTTTTGATAGGAATTGCAGTTTGTGTTCCCACCAGAAGAGTATGAGAGTTTTACCATTCTCTTTGCTGATGGCATCTCAGTTAATTCTTAAAGGACAATTTCTTTAATCACAGGTACCAAGTATTGTGTTTTTGGATCCATGGAGTATGTAAGATCTCTGCTGGTACCTGCAGGAGAGGGTGTGAGTCCCTGTTTCTTTCCTGACGGACTTCTCCCTCTCTGTTCTCTAGGATCCTGGGAGGAAGCAGTTTTCCTACCCCAGGTGAAAGAAATAGTGAAGAAGTTAACAGATTAGTGGGGCGAGCCCCAGGACT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Seq C2 exon
GACATCACTGAGAATGGCTGTGCCCCCACCACAGAAGAGCAGCTGCCAAAGACTGTGCCGTCCCCACTGGTAGAGGCCAAGGACCCCAAGTTCCGAGAGGACCGGCGGCCAATCACAGTCCACTTTGGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000003610:ENSBTAT00000061512:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.474 A=NA C2=0.985
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development