HsaINT0046681 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000119522 | DENND1A
Description
DENN domain containing 1A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29324]
Coordinates
chr9:123440360-123450749:-
Coord C1 exon
chr9:123450693-123450749
Coord A exon
chr9:123440492-123450692
Coord C2 exon
chr9:123440360-123440491
Length
10201 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACTT
5' ss Score
8.4
3' ss Seq
GACTATCCTTCTCCCTACAGGAC
3' ss Score
12.46
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GACATTGCCGAGAATGGCTGCGCCCCCACCCCAGAAGAGCAGCTGCCAAAGACTGCACCGTCCCCACTGGTGGAGGCCAAGGACCCCAAGCTCCGAGAAGACCGGCGGCCAATCACAGTCCACTTTGGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000119522:ENST00000491650:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.363 A=NA C2=0.987
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development