BtaINT0058303 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000011363 | EVI5
Description
ecotropic viral integration site 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3501]
Coordinates
chr3:51002997-51011458:+
Coord C1 exon
chr3:51002997-51003143
Coord A exon
chr3:51003144-51011362
Coord C2 exon
chr3:51011363-51011458
Length
8219 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAT
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TGTTTTGTTTACCACTCTAGAAC
3' ss Score
8.28
Exon sequences
Seq C1 exon
AACCAGATCAATAGTAATCATCTTCGAAGAGCAGAGCAAGAGGTGATCAATCTACAGGAGAAGGTGCAATATCTTTCTGCACAGAACAAAGGATTGCTTACCCAATTGAGTGAAGCAAAGCGCAAACAAGCAGAGATTGAATGCAAG
Seq A exon
GTAAATATATCAACTAGCAAGTTTATGTTTTAGTCAATATAATAATGTTTTTTTGTTTTTGTTTTTATCTCATCACTGAGTACATTATCATAAAACTAAAAGAAGCTAGTCTTATTTCCTACTTTTCCTGAACTTAGTTTGGCAGTTGCTTTTGGGCCAGGTTACCTCATCATGCTCTGGGTAAATTTCAGGCTGGAAACCTCATTTTCAACCACATGGTTAGGAAATTAAGTTAACCAAGTGATTGAAGGTTGGTATCTCTGTTGACCTGTAGCCCTTTAAAACTGAAACTTTTAATGTCTCAACCAGAAAGATAGGTAATTTAGAGAAGTTGGGTCTACTCTGCTTTGATTGGCACCTTATTAGTGAGCTGTCAATATTGATATATGTTTTCTGGATAGAGAATAAAAGAGCTGTGTGTGTACCCAAGGGTTGGCAAAATTGTACGCATTTCAAGTTATTATTTTAATCAATTAAATTTTTTATGGAGTGTTTGGATTCATAAAGCATGGAAAAGTTTTTGAATGCAAGTATTTTTTTTCCTTAAATAAATTTATAATACAGCAATGATTAGAGAGAAGGCGAAGTTGGGAAATGAGGTAGAAGGAGAGGGGTTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAAATAACTAAAGAGATGACTGTGGTGAACATTAGAATGAATTACGAGGGCAAGTTTGGTTTTGTTTATGAGATTTAAAAAAAAAAACTAGACATTCATCTTTCCATGGTGAGAGAGTAGGAATAATGCCCTTTAAAGATTCCAGCCTTACTATTCTATGATAAGAAATAAGACTTTCAATGGCAGATATAAAGCTGTAATTCCATCAACTTGTTCTAGTGTCATTAAAAACCAAAAGTGAAGCTTGAGTGGTTTATCAGTGTCACTGAAATCCAGAGATGAAATTACATCCTAATAAATATGCATGACTGTTACAGTTTACTCTGACAGAAATCTGTAGGCAGTACTGAAATTTGTACTAATGTAAGAGTAGTCCCTCCTGAAGTATGTAACTAAGTGTGCTTTTTTTCTCTGTCTTGTGGGATCTTAATTCTTGGACTTGGGATTGAACCTAAGCCATGGCAGAGAAAGCACCGAGTCCTAACCATTGGACTGCCAGGAAATTCCCTAGGCTAATTTAAAAATAAGGTGATGTAACATGAGATTACATCAATTTGATTTATTATACTAATATCTTTTTCAGTTTTTTATTTTGCAGTGTCTGTCCTGACTTATTTTTAATAAAGAACTAAATTTAGTATTTTATTATTGATATGTTTTCCTTTAAACACATTGATAACATTGTTGCTGGATTTGATATTGTACCCCAAATACCTTAGTACCTTTTAATCAAAGTAAAGTGTTATTTGGAAATAAATATTTGGGGAGTTTGCCGATGAAAATAATTGTTTGCTTTGAATTTGTGTAAGTAATGGGCCCACATTCAGAATTCTGAGAACTGATACGAGATCTTATTTAACTTTAACTTTTCATTAATACCTCTGTAAAGTATATACAGATGCTGATTCTGAGATCTCCCCTGTGTTTAAGGTGTATATTGGTTTGTTCAAATTTTTTAAATGCCTTTTGCAGATTTCCAGCATGACCAATGTTAATTGTCACCCTAGCATCTGGCACATTCTGATTAAGTGTTAAATATTTAATTTGTCATATTGAAACAATTCAGCAGTAAACTGAACTTTTTCAAGAGAGCTAGTCTTTCAGTTATATAAATCTGATAGTTTTCATTTCATTTTATGTGATTATAGCTTGTGGTTTGTTGATAAGTAATTATTAAAGCTCATGCTGTTTTTCATTGATGTAAAGCAGGATACTGTTTTCACTTGTTTTTAATTTTTTTTTTTTTGGCTGCGCTGGGTTTTTGTTGCTGCATGTGGACTTTGTCTAGTTGCAGCGAGTGGGGGCCACTCTTGGTTGCAGTGTGCGGGCTTCTCATTGTGGTGGCTCCTGTTGGTGGGGAGCACAGGCTCTTGGCACTCACGCTTCAGTAGGTGTGGTACACAGTCCTAGTTGCTATGGCGTGTGGAATCTTTCAGAACCAGGGACTGAACCCGTGTTCCCTGCATTGGCAGACAGATTCTCATCCACCATACCACTGGGGAAGTCCGGGATACTGTTTTTAATATTAGCATTATCATTGTTATTTATCCCACTTGGTTTGAGTACTTATACATCACTGCTTCATTTTTGTTGAGCATTGAGCATACTGTTTCATTTTGGACACTGCCTCAGAACCCATTGGATAGTATAGTGTTCCATTTATGCACCTTATTATTCTTCTAAAGTCTGAAAAATCTGAAATTCCATAACATACCCGGCCCCCAGAATTTCAGTGGTAAGATTGTTGGATTTCCTGTGTAAATCTAAATTTGAAAATTATACAAAGATTTTATACTCTAATAACAGATATATAATTTTCTATCTCCAGGAGAAAAGGTATTACATATTAATATACAAACTTATAAAATTGTGTAATAAATAATGTTAAGTGAGGAAAGCTGAACAAAGTATTTTATGATTATAATATTGTGCATGTATGGAATAATGATAGGAAGAAAACAAGAAATTAAACCTGTTGCTTATCATGTAATTTTTAGTAGCTTAATACTTGTGCATTTTTTCATAATGCTTTGATGTTTTTAAAGCTAAATATAAATGAAAACATTCAAATCCTTTTTATCTTACTCTCTTCCTGACACTACCACATATACCCCTTTATTTTTTCCCCAGATAATGGCTTTTATTATTTTCTGATAACTTCCTTTAGAGTTTCTTTTAGGCAGATACTAGTAATTAAAAGTATATACTTTTTCTTCTCACAGTCTTATGTGAAAGTTAGCAGACAATAATATATTCTGCTTTTTGCTTTTTATGTTAATATGTTTTGTCCAGCTTTCAGTTATCAGTGCTTGGAGTCTCCTCGTTAGTTTCCAAGATGCATTGTTTTCCATTGCATGTATATACCCCAGTATCCTTGACTAGGTCCCTATTGATGGGTTCATGGTTTGTTCCCAGTGTTTTACTACTACAAGCAGTGTATAGTGAATGACTTTGTACATACATATTTTCAGATGTATAGAGGTATATCTACACATTTCTATAGAATAAGTTACTATAAATTTGATTGCTTGGTCAGAGAGTAAATACCTTGGTACTTTTTTAGTTTTTGTCAAATTACTCTCCTTAGGTTTGTACCATTTTGTGCTTTGACCTGCAGGGCGTGATGGTACCTGTTTCTTTATCATGTTTCTTATAAATTGTATAATAAAGTCTTTTCATTTTAATTAGATGCAATTTATATGTTCTAGATCAGTGATTTTCAAATAAGGATTGGAGGAGGTGAGATTATGAGACTTCAAAGAATGATAACATCAGCATACATATTTGTCAAATATTTGGGTGTCTTCTTGTAGGTTATTCTTATAAGCATTGGGGATACAGTAATGGAGAAGGTAGACCTAATGTTTAGTGAAACAATAAATAAGAAATAGAAAAGATCATTAGTAATAATGTTCTATAGAGTGAGAAGTTAGAGGAAGTGGTAATTAAGATCAAATGCCAGGAGATGGTATCAGAGCTGAAGAATAAGAAAGAACCAGCCATATGAAGAGTAGGAGGGAGATCCTTAGATGAAAAAGGTCAGAGATCAAGACCCAAAAAGCAGGAAAGAACCTGGTTGCTGAGTCTCATATATAATGCAGAGCTGAATAAGATAAAGCCAGGGAGGTAAGCTAGGACTTAGCTTCTTACCATGTAGATATTTATAGGTCATGGTAACAAGTTTGAGTTTTACTGTTAAATGCTGTGGGAGGCCACTGAGAGGTAGGATAAAAAACATGATACATTTTTTTGATTTGCTATATTTGCTTCAGTTTTTTATTTAAATTTTATTCATTATTTTATTTTTGTTTGTGCTGGGTCTTTGCTTTACAAGAGCTTTTTCTCTAGTTGTGGTGAGTGGGGGCTTCTCTCTAGTTGTGGTGCGGGGGCTTCTCTTTGCAGTAGCTTCTCTTGTTGCGGAGCACGGGCTTTTGAGCTTGCAGGCTTCAGAAGCGCTTGGGCTCAGTAGTTGTGACACACAGCTTAGTTGCCCCACAGCATGTGGAATCTTCCTGGACTAGGGATTAAACCCCTGTCCCCTGCATTGGCAGGCAGATTCTTAACCATTGGACCACCAGGGAAGTCCTTTGCATCAGTTTTTTACTTTTACTTTTGAAATAATTTTATGTTTACAGTAAAGTGGCAAAGATGGTACAGAGAGTTCCCATATAACCTTTAATCAGCCCCTCCTAATTTTAACCTGTTACATAAACATGACACATTTATTAGTACTAAGAAATGAACATTAGTAATAATGTTATTACTGAATTACAGACTTCATTCAGATTTCCCCATCATGTCTCATTCTTCTTTGATCTGTGAGGTATGCTGTAGAAATCCCTCAGTTTAGGATTATCTGATGTTTTCTTATGCTTAGACCAAGGTTATGTGTCTTAGGCCCTTTCTCAGTATATTATATCAGGGGCATGTATATGTTCAGTTGCTAAGTCGTGTCCAGCTCTTTTGCAGCCCCATGGACTGTAGCCCCGCCAGGCTTCTCTGTCCATGGGATTTCCCAGGCAAGAATACTAGAGTGGGTGGCCACATCTTCCTCCAGGGGACCTTGACCCAGGGATCAAACCTGCATCTCTAGCACTGGCAGCATATTCTTTACCACTGAGCCATCTGGGAAGCCCATCAGGGGGCATTACCTCTGGTGCTATTAACTTTGGTCATTTGCTTAAGTTGGTATCTGCTAGCTTTCTCCACTTACAGAAGTCCCCCCACCCTCATACTCTGTTCCTTACAGGCAGGTTACTGAGCCTAGATGATGGTCCAAGTGGAGGAAAGGGCATTAAGTTACAACTCCTGAAGGAAAGAGTATCAAAGAATTTGTTACAACCACCAACAATAGGGCAATAATTAATGAGTATTTGGAGGAACTATTATGACCAACTTGGACTGCAAGGAGATCATTCCCTGGTGGCTTAGATGGTAGAGCATCTGCCTACAATGTGGGAGACCCGGGTTCAATCCCTGGGTCGGGAAGATCTCCTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTATTCTGCCTGGAAAATCCCATGGACAGAGGACCCTGGTAGGCTACAATCCATGCAAAGAGTCGGACACGACTGAGCGACTTCACTCATGACCAACCTAGACAGCATATTAAAAAGCAGAGACATTACTTTGCCAACAAAGGTCCGTCTAGTCAAGGCTATGGTTTTTCCAGTGGTCATGTATAGATGTGAGAGTTGGACTGTGAAGAAAGCTGAGCGCTGAAGAACTGATGCTTTTGAACTGTGGTGTTGGAGAAGACTCTTGAGAGTCCCTTGGACTGCAAGGAGATCCAACCAGTCCATTCTAAAGGAGATCAGTCCTGGGTGTTCATTGGAAGGACTGATGTTGAAGCTGAAACTCCAATACTTTGGCCACCTCATGCGAAGAGTTGACTCATTGGAAAAGACCCTGATGCTGGGAGGGATTGGGGGCAGGAGGAGAAGGGGACGACAGGAAGAGATGGCTGGATGGCATCACTGACTCAATGGACGTGAGTCTCAGTGAACTCCGGGAGTTGGTGATGGACAGGGAGGCCTGGCGTGCTGCAATTCATGGGGTCGCAAAGAGTTGGACACGACTGAGCGACTGATCTGATCTGATCTCATCTGAGGCTACTGTCATCTCAGGGTTAGCTAAAGCTAAAGGATGAGGCTTTTTAAGTGGCGCACTCAGTGGTTGCAAGGTGGTGCTGGCTGTTGGAAAGAGATCTTTGTCCTCAAGGGGCTCTGTCTTAGCAAAGGATACAGACAGACACACCATTACAATGCAGTATGAGTGGTGCTATGATTGAGGTGGTACATTGTATCCTGTAATGTGAGTTTAGTGTTAGATTTATGGTTCAAGCAAAGCTCACTAAGGAATGATTCAGCTGAGACCTTAAGGATGTGTAGGAGTCAGTTGACGAAAGGCAACAGAGAGTTCACTAGGCGAAGGGAACAGCACATGTGAAGAGCAAAACAGAGAAGGTTGTTTGCTTGAACTAAAAGTTCATTCAAGTTGGAGGAGAGTGTGTGATAAGGAATACTGGTAATATATGAAGCTAGAGCAGTAGATAGGGAAGCCAAATCATGGGGAATCCTGGACACCAGTAAAAGAACCTGTTATCTCAAGATCTGTGGAGTACTATTAAAGTGTTTAAAATAAGGGAGTGACAGAGATTTGAGTTTTATTAAACATAGACACAATGGTGTATTGGAACTAGCTGGTAAAGGCTTGCAAGAACCAATTGTTAAATTTTCAGGAATTTTGTGACATAATTGTTAAACAGCCATATTAAAAATTAAATTATTTAATGTAATTAACAAATTATGATAAAATAATGATAGTAAATACTCAAACTTCATGATTTCCTAATTTTTACATTTTACTATTATCTGTGCATTTCAGATTATTTATGCTTAACTATATCTGTATTGTAGACATACCATGGTGTGCCACTGATGTTATCTTCACTAATATTCACTAATGTTATATCAAGTTGAAAGGAGCCATGATGGGAGTAGTTATACCACATGAATTGGCAAACTACAAATCAAAGCTTGACTTACTGTTTTGTTAATTATCTAGACCAGAAGTTGGCAAACTATAGCCCATGTTCCAAATCTATCTGTTTGCCTGTTTCTGTAAATAAAGTTTTATTGGAATACATTCATTTGTATATTGAAATATATTCATTTATTTCCTATTCATTTGTATATCGTCTGTGACCACTTTCACACTCCAGGGGCCAACAGAGTAGTTGTGATAGCCTGTATGACCCATAGTCTGAAATTATTTACTATCTGGCCCTTTAAAGAAAATTTTTGTGTCCTTCTCTAGACTGTTAAAGCTTAAAAATGTGTTGTGTCTTTAGTCTTAACATTATGAATAACACAGTAATATTGAGGAAATTATCTTCCAGTATTTGATCACTGTTATCAGAGTGATAATAACTCTATTATCAGAATAAATAACATGAACAAAAATTAGCCAGAGTTCACATCAACACTTTACTTTTTCCTCATTTTCAGTGGTAGATGACTTATGGACACAAGATTTGGCAAAAATTAAGGAAAGCATTCTGTGAGAGTATATTGACTAAATAGAATTTATAATAATGAGTGTTACATGTCTTAACTGTTACATACTGTACATCTTCTATTTCAATCTAGATTTAAAATATATTGTAAATATACATACAAACACATTTGTACACGCACGCACACACTTGCTTGAGAGCTGGTCATTAACTGGGTGCAGAAACTATACTTAGTGGCCATGTACAACGTGGCAAAAATATTTAAAGCAATATTTGCTTGAAAGAAGTACCAGGATCATATCTAAAAAGATAAAAGAATGAATATATTTTTATTTAAAAGTTTAATTATATTTTTACTAGGTTTGAAATTTTAAAAAATTTTGATATTACTGTCAGGTGCTTAATTTCTCCTATGGTCACCATGCTGCACATTTTTGATACTGATTGCTAAATTTCAACTGAAGTTAATATTTCCTCAATATTATATATTTTTGTATATCCCATCTTTCTCTTCTATTATCTCCTTTTTAGTATAAAGTAAATATTCATTAACATTCATTGCCTCAAAATGTAATTTTAAAAATATTATCTAGCTAATATACAGTGTCTATATTCCCTATCAATCTATTGCCCTAGTTACATATTTGAAAGTTCTCAATAATTGTTCTTGGATAAAAAATTAATTTTTCACAGTCAACAGTAATTTTAATAGTTTTAATTGTTAACTTTTAATTTAAAAGTTTGAGCCATATTTATATACAAGTGCTCTTAAATATGGAATGCTGTTCTGTATATTTATTCTTCATTTTATACCAAGTTCAAGATATAATGGCATTTAAAAAGATTTTTTTATTGGAGTATAGTTGATTTACAATGTTGTGTTAGTTATAATGGCACTTTTTTCCCCTCTGATTTAATCAGGGGTCTATTTGTTACTTTCTAAATTTGAGGCAAGGTACAGTGTTTGTATTTTATTAATGGTTTGGTTTATTGTGTGGTTTATTTTTGATTTGTTTTGTTTACCACTCTAG
Seq C2 exon
AACAAGGAAGAAGTGATGGCTGTGAGACTCCGGGAAGCAGATAGCATAGCAGCTGTTGCTGAACTACAGCAGCACATTGCTGAGCTTGAAATCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000011363:ENSBTAT00000040289:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.354 A=NA C2=0.031
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]