BtaINT0070514 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000010118 | HAT1
Description
Bos taurus histone acetyltransferase 1 (HAT1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001034347]
Coordinates
chr2:24616974-24624041:-
Coord C1 exon
chr2:24623935-24624041
Coord A exon
chr2:24617126-24623934
Coord C2 exon
chr2:24616974-24617125
Length
6809 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
ATTCTGCTTTCTTTCTTTAGCGG
3' ss Score
9.26
Exon sequences
Seq C1 exon
TCAAATGCTGATATTGACTCCATTTCAAGGTCAAGGCCATGGTGCTCAACTTCTTGAAACAGTTCATAGATACTACATTGCATCTCCTTCTGTTCTTGATATTACAG
Seq A exon
GTATGTAAATTTTGTTACTGAAAGAGCTTTTCTAAATCTCTTCTTTACTAATTTTGGTTTTGTCAGAAATAACTTTTGTTTTAAATAGCAGTCTCCTGAGGTCTTTTTGGAACTGTTTAGAGATGACTTAAGTTTCATTTTAAATCATAAACCCTTTGTGAAATTGGATTGCATCTCTGAGTATGAAGTGCTTAATTAGTTGAACAAATTGAGGATAATGAACTGAATATAAAATGGGAAATCTTGGTCAGAAATATATATATATTGCAAGTATGGTATGACTATTTGTTCAGTCTATTTCTCAAGCATTTTATAAAGTTGATTTATCTTTTCATCTAACTTTATTGCTGCTGTTAAATGATTTGGAAACTTGGGAGATAAAGAAGTAATTACTAAAGTTACTTTATATCAAAAGTTATAAATTGACACTTTCACTAGCTTAGTGACTTGTAAAATTATGGAACCTTTACACAATCCATAACACTTCTTTTTAGCTAAGCTGAAAGTTGTTTAGCTTCTGTTTACTTATAGAGCTTGGACTTGGTACTACATGAAGAGACTTTTTGGTGATTTTAGTCTGGAGATTAGGGTTTCCATAAGTAGTCTTTGTCTTCTCTAGTGGGTAATGTGCCAGCAGGGGTTGTTTCTGTGAAGCCTCTTAACCACTTTCTTCTGTCTACTCCAGCCTATAAAGTCCTTGATACTTAGCGCCAATTAGCAGATAAAGAATTTTATTTCTTAAATCTCAGTGAAGAGTCATCAATAATGGTAGCCTTTATTCATTGCAAACTGAAGTCTCTAAAGAGAAAATGCTGAACATGTTAAAGGACTTCTGAATTAGAAAACTGGGTATTGGCCTTTATTTTCAGTGTTAACATTTCTTAGCAAATTACTAAAAATGACTGATACATTTCTTCTCATTAAGATATTTCTCCTAGATTTCCATTCTCAGTCTTTTAAAATAAAGGATAGTTTTCTCTCTTTGGTTGTTTTAGTTGTGTTTAGATCTATTATTTTGCATATTTTTAAAACTTTTGGATCTTTTGCAGGGTCTGGATTTCCCTTTGCAACCCAGAATATTCCTTATATTGAGATGGCCTTTTGCTTAATTGACATATAGCCAGATATAGTAAAAATTAAAACCTAACCATTGATGGCCTATGTTACAGGATAAGTTTTTGTGGTATAATTGCCACCCATTTTCTTTTTTTAGCACTTTTTTTTTAGCATATTATGCCTCGTGACTTGCAGGATCTTATTTCCCAGACTAGGTATCAAACTTTGGCCCTGGCAGTGAGAGTGTCGAGTCCTAACAATTGAACCTCCAGAGAATTCCCTATTTTTAGCATTTAAAAGTAAAATACTGGGAAACAGTTCTTTATATCATGTGCCATTTTCCTTTTGAGGATGTCAGTATCATAAGATATATAGCGTTTTAACACATCTTGGTTATATGACCTTACATATAGAATCAATGATTTATTTCTTCCAGAATTGCAGAGACAGTTGTGTTTGACAGTAAAAATTGATCCTGGGCTATATGTCAGTGTTATTAACCTATCAGTGTATATTAAGAGTTAATTAAATCTGTTCTTTAAATATTCCTTGTAGTACTGGAATATGTTACATGGCTTTTTAGAATTTTATCTGTAAATGTTTTGTAATATGAAGAGTTAAAAGAGTGTTTTTTTAAATGATAGCAGAGTATTAATGTTGGTAGATGATGTATTTAACTTGGGGAAAAAACTCAAACTTTGAGCCCATGTATAACTATAAATTTATATCCAAGCAAATTTCATCTTTTAAATGCATCACTTATGTAGCATAGAAACAAAGCAATTGAAGGATGTCACAAATTAATGGGTGTTATCATTTTAGGTTCATTTTCAGGCTGACACCTTTAGTTAAAGCACTTAAAGTTAAGAGTGGTGACTTGGCCACTTATATGAAGCTACAAACAAAATATTGTTAGTGTATAATGGATTATTTAAACCTGAGTGGAAATTTTTTTTACACAAATTTTTAATTTATGTGAAAATTACAGATAAGAATGTGGTGTGAGTTTTTTTAGATTTTTATCAACTGTAATTCTCTTACCTTTGATGTGTTTTCCCCTAAAATTCTGGGGGGTATTAGTTACTTAAGTTACTTAGGCTTTCTCCCATACTAAATTTTATTTTATACTGATATTAGCAACACAGTTCTTTCTTTCCAAACCAGAAAGAGGTAGACTGGATAAGCATGTGTGTCGCTGTTAGAACTTCAGAACATTTTTTCAAGAAATGCTTGCTTAAGAGTTTGTCACTTAGTAGAGATTTAATTAAAGCAGCTCTATTGAGGTCTGATTTCCATACCATTAAATTCATCCATTTTAAGTGTATATATAGTTCAGTATTTTTAGTATACTTGCCTAGTTTTGTGGCCTGTTTTAGAATATTTCTGTCACCATAAAAAGATTCCCTCGTTTCTATCCCCAGTCAGTCCCCATCCCCAGTCTCTTGTATTGAGATCTGTGATCCATTTTGAGGTAAAGTTTGTGCATTATGTGCGGAAAGTTTCTAAATTAATCTTCTTTACATGTGATCATAGTTTTTCCAGCAGTTTGCTAAAAAGACTATCCTTTCCTCTACTGAATTGCCTTGGTACCTTTGTTCAAAATAGGTTGACCATAAATGTAAAGATTTGTTTCTGGACTCTAATCATCTGTGTCTGTAGTGCTGCTGGAACCATACTGTCTTGATACATTTATTATAGTTTTCTTACTGAGCATTTTTTTGTGTGTGTGTGTTTTGCCTTAACAGTAATGTCAAGTTTAGCTCCACAGATTCAATGTAAGTTGAATTTGTGGAGCCTGTTTTGCCTGGAGGCTGTAAACTAAACAGACAGTTCTTCAAATGATTGATGAGTAGAGTTAGAAATGGGTACTGGCCTTGGCCAGGTGGGTGGGAATGGAGCAGAGAAGAGGGGCCTCAGGGACCCAGAGGCACACACTCCCAGAAGACAGTCCTGCTCTCAGTGAGCATCTAGACAACGCAGACTAGGGCTGGTCGCTGCAAACTCATCATCAGTGGACCGTGGCTTTGTTGATCTCCTTGGGACTCAAATACTGCCTCACCCAGCCTATGTGGCCTTGCTTTTGCTCTCTTTGGGTGTCATGGCTCCAGTGGTAGCAGAGCTTCGACCTTTATGTTGAGTTTTGGAATCAGGAAATGAAAGTCTGTTGTGTTCTTTTTCAGAATTGTTTTGGTGTGTTTTCATTACAATTGTTGTTTTATTTTCTACTTCATTGATTTCCAGTTTAACGTTTATTATTTTCTTCTTATTGCTTTGAGATTAATTTACTCTTTCTAGTTAAGATTGAAACTTAGGTTATTGATTTGATGTCCTTTTTTTCTAATAGTATAGCTATCTAAATAATACTTAAATATTATTATATAAATACAAGTACTGGTTTTACTGATCATATAAATTTTCATAAATTGTGCTTTCATTTCATTCAGTTCACGTTCAAGTTTGATTATGATGTATTTAGATATGTAACATTATGTTTTTCCTAGTTGAAGCTTGTTGAGCTTCCTGGATGTATGGATAAAATTTTTTTCATCAAATTTGGAAAGTTTTTGGCCAGTGTTTCCTTAGCTGTTCTCCCTCTTCCCTTTCTTTGAGACACACATTAGTTACACTGGTATACTTGAATGGTTTCAATCTAGGTTTGTGTCAGTCCATTTTACATTTTATAAAGCTGCAGAGTACAAGTGAGGAAAACCAGGTTATTGTAGTAGTTAAAAAAAAAAACACTGGTGGCAGCACATAGAGGAATCAGAATGTCCTTCATGTTTCTGGGTGACTTGTATAACTGCTATGTGACCAGATTAATAAGGAAAAGACTGAAGAATTAGACAAAGTAACTAATTACAGTGTTATGTTTATTTGGTGATTTTCTGTAGGTCTGCATTTGTTATTTGGTTTACTGTTGATTTCATTTTCTGTGTATTCCTAATCACAATTTCATACCAAACCGATGCCATGACAGAATTTCACTTTACTACCTTAAATCCATAGTCATATAATGTTACTTAATAATTACATGTATATGAAGTGCTGCATAGAAATATAAAGACAGTATTTAGTACATATAGATTGAATGAATGAATGACTCAATCATAAAACATTACCTTTAGCTCAGATTCTTTTTTTAATAAACATTTTATTGCGATATAGTTAACATGTCATACAGTCCTCTTATTTAAAGTGTTCAGTTTTTCAAAAACATGTTTACAGTGCAGCCATCACCTTAACCTAATTTTGGAGTATTTCATTCTCCCAAAAAGAAACCCAGTACTCATTAGCAGTCACTTCTTTCCTCTTATTCCCCTACCCTTTCAACCCCCCACCAGTGCTACACAGCCATTAATCTACTTTTTGTCTCTGTAGATTTGCCTCTTTTGGACATTGGAATCGTACAATAAAATGACTGACTTCTTTCACTTGGCATAATGTTTTCAAGGTTCTTCCTTGTAGTACTTTACTTTTTATTTAGTTTAGTACTTTATTTTTATTGACAAATACTATTCCATTGTATGGATATACTATATTTTATTTATCCATTCATCAGTTGATGGACATTTGGGTTGTTTCTACTTTTTGGCTCTTCTAAATAATGCTATTATAAATATTCGTGTACAATTTTTGTGTGGACTTGTGTTTTCATATCTTTTCGGTACATACCTAAGAGTGGAAATGGTGGAAAATCTGATAACTATGTTTCCCCTTTTAAAGAAACACCAGACTGTTTTCCACAGTGGCTGTGCCATTTTATATTTCCACCAGCAAGTACATGAGGATTTCGGTTTATCCACATCCTTGCTGATTCTTGTTGTCTTTTTTATTCTAGTCATCCTAGTGGATAAGAAATGGTATTTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCCCTTTGGCTAATAATGTTAAACATCCTTTCATGTGCTTATTGTGTGTATTTATA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Seq C2 exon
CGGAAGATCCATCCAAAAGCTATGTGAAATTGAGAGACTTTGTGCTTGTGAAGTTTTGTCAAGATTTGCCCTGTTTTTCCCGGGAAAAGTTAATGCAAGGATTCAGTGAAGATATGGCAATAGAGGCTCAACAGAAGTTCAAAATAAATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000010118:ENSBTAT00000013355:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF135081=Acetyltransf_7=FE(36.0=100)
A:
NA
C2:
PF135081=Acetyltransf_7=PD(21.0=41.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]