MmuINT0075980 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027018 | Hat1
Description
histone aminotransferase 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:96013]
Coordinates
chr2:71421633-71434206:+
Coord C1 exon
chr2:71421633-71421739
Coord A exon
chr2:71421740-71434033
Coord C2 exon
chr2:71434034-71434206
Length
12294 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
ATTGTGTTGGGTAAAGACAGTAC
3' ss Score
-5.89
Exon sequences
Seq C1 exon
TCAGATGCTGATACTGACTCCATTTCAAGGTCAGGGCCACGGTGCTCAACTTCTTGAAACAGTTCATAGATACTACATTTCATTTCCTACAGTTCTTGATATTACAG
Seq A exon
GTATGTAAAATTTTATGTTACTAGAAGAGCCTTTCTCAAATATCTTAGTTTTATTTCTGTCTTAAGTGTCAGTATTCATCTGGGGACTTTAGAGGACTGTTTGAAGATTTCTTTTAGGGTACATTTTAGATCTAAGCTTTTATGGAGATCGGGCTGCATCCCTAACTAAAGTGGACAACTTAAAAATAATGAAGTAAATATATTTGGGGAAATTGTGATCAGATATAGATGCGTGCTAAGTATGCTGTAACTTATTTGTTTAACTTATTTGGCAAAGATTACATCACTTAGAAGATACCCATGTGTTAATTTTAAACCATAGTTGGGGGAGCGGAGTAGTTCCTTAATAGAAGATACTTTTTAAAAGATTTATTATTCTTTTAATTATGTAACAATGCTTGTGTCTCTGTGTGGGTGTGCATATGAGTTTAAGCACCCACAGAAAACAGAAGAGGGACTCTGGTTGCCTGAACTGGAGTTAGTGAGAGGTTGGAAGATGCCTGACTTGAACCCTGGGAGCTGAACTCAGATCCTCTCAAGAGCAATATGCATACTTGACTGCTGACTTGACCTCTAGCCCAGAAGACATAGTCTCTAAAGTGTGTTTTATATTTTGATAAACATGCCATCCCAGTAGTAGATAAGATGAAATGTCACATGTGGAAACATCCTCCCAGTATGAATTAGCTGTAGAAGTAGTAGTATGCTCAGAAGAAAGGAAACTAGTTTTTAGAAATAGAAGGATATGTGGAGTGTGGATTCATGCCTATAATCTCAGCACTGGGGTAGCTGAGGCAGGGGGATTTCTATGATTTTCAGGCCAGCATGGTATTACATGGTCAGCTCTGGAGAAGTCTGGACTATAGAGTGGATCTCTGAATTTTAGGCCAGCTTGGACTGCAGAGAGAGTTGCAAGACAGCCTGGGCTACACAGATGAAACCCTGTCTCGAAAAACTAAATAAACAACAAAAAGAAAGGAAAAAAAAAACCTTATTAGATGATATTCTAGTTTTCTTAGTATGTGACTAAACTGCCAAAACAAAAACAATGCTTGAAGAACATTAATGTCATTTTCTTACCCCGGGTAATGTCCACATTAATAAAGTTAATAAAGTTGCTAATTAAACTGAAAGTCACTACCAGGTGTAGTGGCATCTATACCTATAGTTATTCCCAGCACTCAAGAGGCTGAGGCAGGAGGATTGAGTTTCAGGTCAACCTGGACTACATAGGGAGACTGTCTCAAAACAAAACTTTAACAAAAAAAGAAATTGGGCTGGCGAGATGGCTCAGCAGGTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCGAAGGTCCTAAGTTCAAATCCCATCAACCACATGGAGGCTCACAACCATCTGTACTACAGAGTGCTCATATACATAAAATAAAATAAATAGATCTTAAAAAACATCCTTGAAAGCCACTTTTCCCTCACGATTAGTTATAGGGTAGAACATCTTCAATCTGAGAATCTCAGTGCAGAATTCAGGACTACTGGAGGGTGTGTTTTTGTTTGTGTCCCTTGAGCTGGAGTTAGAGGTAGTTATGAGCACTTTACATGAGTGTGGGGGCTGAACTCATTGTTTACAAGAGTGGCAGTTACTCTTAACCAACTAGCCATTTCTCCAGTGCCTTCCTCCCAAGATGTTTGTTTGGTTTTTAAATTCAAAATTCAAGATTTTTTGAGTGCCAACATGATACTAAAATTTCAGATTTCTTAAGCATTTTAGATTTAAATTAAGGATTCCAAGTGATAAGTATATAAAAATACTCCAAAACAACATTAATGAAATAAGCCTCGAAAATTTGAAACATTTTTGGTCCTACCCATTTCAGCTAAAGCTGCTCACTCTGTACAAGATACATCCAAGTTAGATATTAAGATTTATTTTACAAAGGCTTGACTGTGGAGCTGGGGTGCTGTAGAGTTCAACGGTATAATGCACTTGGCTAAGATGCATGCGGAGGCCTGGATGATCTGATCCCCGATGTCTCAAAATAAGTAAAGAAAAGAATTTGAATATCTATTTTGGATTATTTGAGCTGATTGCTTTATTACCCAGACTGTCCTGCAGCTTATCATGTAAGCTAGGTGGGCCTTGAATTTGAGAGCCTCCTACCTCAGCCTCAAGTGCTGAGATTCAAAACACTTGTACCATCACAGCTGGCTTAGATGTAGTTTGTTTCTAAAATTAATATTTAATATGTACTAAACTTGATTTGTTTTAAAAATGATCTTTTTTAGAATTTTATCAAATTATTTAAAGAAATGACCACAAAACGTTACTGACAATGGGATGACAAGCTTGTAAAATACACTGATGAGCAGATTTTCTTTTTCGTATAGTATGCTGATTTTATTTGCCCAAGAAGAAAAAAAAATAGAGCTTCCAGAATAGTGAATTGTCTTTTATTAAGAACTACTTACCAGCTGGGAGGTAGTGACATACACCTTTAATCCCAACACTCTGAAGTCAGAGCCAGGTGGATCTCTGTGTTTGAGGTCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAAGACAGCCAAGGCCACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAGCCAAAAAAAAAAAAAAGACATGTCTTTCCGCCACTATGGTGTAGAGAATTCTGCTTTGCATGAGAAGTAGTGCATGGGTGCCATTTAAATGCTTTAATACGCTAGAGGAAAAGCATGTTGGGGTTTTGGGTTTTGCTTGTGCTGTGCTGAGAATCATACCTGGGGCCTTGGGCATGCTAGGCAAACATTCTACCACTGAGCTGTTTTAGTAAGGAAAGGGAATCCCACTTTTATAGTGTTGAATTACCTTTCTCTCTGACTCACTGCTGTTAAAACGGGTTGAAACTTAAGAGATAAGGCGTTACTCACTTACTTTCTATCAGCAGTTGGTTGAAAATAGACAGACACTTTCACTACTTTTTGTGACCTGTATGCTTATCAAGACAACACAGTCAGCTACATCACTGCTTTGAGCTGAGCCAAAGTTGCCAGCCTCTGTTCACTGACGGCTTGGGCTTGGTGCTATGTGAGGGGACATTTTTGGTGGTTTTAATCTGGAGTTCACGTAAGTAGTCTTTGTCTGCTGTAGTGGGTAATGTGCCAGCAGGGTTGTTTCTCTGAAGCCTCTTAACTACTTCTTTCTGTCTATTCTAGCCAATAAAGTCCTTGATACTTAGCACCAATTAGCAGATAAAGAATTTTCTTTCTTAAATCTCAGTGAAGAGTCATTAATAATAGTACCCTTTATTCATTGCTATGATTCATTAGAAACTGAAGTCTTGAAAGAGAAAAGGCTAAACATGCTAAAAGGACGTCTGAATTTGACAACTGAGGATCGACCTTTATTTTCAGCATTCACGTTTCTTGGCATAGCAAAATGCTAAAAATGCTTCATTAGCTGCTCTCATTAATATATTTCTCTTAGCTTTCATACCCAGTCTTTAAAAGCATTTAAAAAAAGAAAAATCTTACTGGATTTTGTACTTTTAGTTTTTTGGTTGTCTATTTCTCCATTATTTTATATGTATCAACCTAATGGCTCTTCTGCAAGCTTTGGGTCTCCTTTTGAAATCATGGCTGTTAAAATTGAGGTGGCCTTTGCTTCCTTACATACAGGCAGAAATAATTATAGTTAATACTTCATCGGTAGCTTAGGTTCTAATCTCAGTGGGTACATGTTTGGTATTAAACTTCAATCCATTTCCTTTTTTTTTTTTTAAGCTTAAGATTTATTGACAGACAGTGCCTTATTATATGTACTTTTCTTCTTGAGCCTGTCAGATTCTAGACATATAACATTTGAATACTTCTCAGAACATAGAGTCAACAATTTTGTTTCATTGTACAGTAGAAATTGATTCTGGCTAGAATATACATATATATATCAGCATTATTAATTAATCTACCAATAGTATATTAACAACTAATATATTTGTCCTTTAAAGCCCCTTGTTCTGAAATCATGTTATATAGATTTTTAAAAATATTGTTAATTTTTATATACTTAGTTGGTTTGAATTATCTCATCTTTTTCTTTAAAATATTTTTAATAATGTATCTAATTATACAGAGACTTTTAAATAAACATGATAGAATACTTAATGCTATAAGCTGACCTTACATATATCTATAGATTTATATACAAGCAATTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGTCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGGGTGCGCCACCACCGCCCGGCTTATATTCAAGCAAATTTTATCTTCAAATATGTTGTGTGTGTATCTGTTCTGCGTATGTATGCTATATATACATGTATGTACAGAGGGTACATGTCTTTTTGCATATGCATTCAGAAGACAGAGGAAGATGTTGAATGTCGTGTTTTCATCATTGCTTATCTTATTCTCTTGAGACAATCTCTTACCAAACCTCTGAAGCAAAACTGACAGTTAGCAAGCCCCACTGATCATTTTGCCTTTGCCTTCCAAAGCATTGGAGTTCTAGGAGCCATGTGGCCATCACCCAGGATGTGATCTGAACTCAGATTTTTATTTAGCAAGTTCTTTCCCACCAAGACACTCCTCCAAGGGCTGGCAAGATGGCTCAGCGGGTAAGAGCACTGACTGCTCTTTCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCACCCATAATGAGATCTGACACTCTCTTCTGGTGCATCTCAAGTCAGCTACAGTGTACTTATATATAATAATAATAATTAAAAAGAAAAAAAAAAAAAGAAACCCCTCCAGTCCCCAAACCCCTGTTTTTGAGATAAGACTTCAAACTTGTAGCCCAGGATAGCCTTAGATTCCTGATGCCCTGGCCTCTTCCTCACACATGGTGAGAAGCATGTGCTACC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GTCCTAGCTGGCCTGGAATTCACTGTGTTGTAAACAAGGCTAGTCTCATGCATAGAGACCTACCTCTACTCGCCCCACAGTGCTGGGATTAGAGGTGTGTGCTACCATGCCTGGCAAGTGTACGTGCATTTATATGGACTTCTGTTTTACATCTCTAAGGATGGAAACATTGAAAAAATTTGTGTCAAACCTTTAAAAAAAAAAATCACTGGATTGTGTTCCAAAGCGACTGCAGTATTTTACAATACTGTCAGTCGTGCGCCAGAGTCTCAGTCTCTGCATTTTACCAGATTTGTTACTGACTTTTTAGTTCTCTTCATCCTGGTCGATAGGAAATGGTAGCTCATTGTTTTGACTGGCATTCCTCTGTGGCTAATGGTGTGTGTCTTTCCATTCTGTTTACAGGTATTCTTGAAAAATAACTATTTTGGTTCTATGCCCATTTTTATAGAAGGGTTATCTTTTTACCTGATAATAAAAAGCTTTAATGGTCTGAACACATGGTCCCTATCCCATGTGTTTTAAAGATCTCGTTTCCTAATGGTATTGTTTGCAATACAGTTACCTTTCACTAAGATGCAGCTTCCCTATTTTCACTTGTGCTTTTGTTCCTGTATCTAAGAGATCATTGCCTAAGCAAAAATCATGACGCTTTATGCACACCTTTCTTCTAAGAGGTTTTATTGGCTTCAGGAATGAGATCCAGCTTTACTTTCCTTGCTTGTAGAGATTCCATTTTACAACTCCTATTTGATGTAGAATTCCTGTATTTAATTGTCTTGACGGATTTGTCAGAAAATGACCATCATATATAGGTTTAGTTTGGATTCTCCACTTCATCGGGCTGTCCTTATTTTGGTGTTATACTGTTGAATTGTAGGTTTGAGGTAATATTGACATCAGAAAGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGGGTGCACCACCACTGCCCAGTGACATCAGAAAGTCTTTTGAGGGGCTAGAGAGATGTCTCGGCAGTGAAGAACATTGAGATTGTCTGTTCTTCCAGAGGACCTAGGATTGATTCCCATCACCCACAAGGTGGCTCACAACTCTGGGTCCAGTGGGTCTAATGCCCTCTTCTGGCCTCTTTGGGCACTGATGCACGTGGTACACAGACATGCATGGAAGCAAACACACACACCCCACATTTTTTTAATCATTTGTGAATGTATGCATGGACATGTGTGTTGGTCACAGGATAACTGTGACCACCTTTAAATGGAATCTAGGAACTGAGCCCAGGTTGCCAGGCTTGTGTAACAAGTGCCTGTACCTGAAGCCCCACTTCTTCAGCCTGGCATTGATCATTTTAACTTTTCAACTCATCAGGAAGTGGAGACACAGAAAGAAGTGGGATAACTTCTCCATGATCCTACGTCTATGAATGAAACAACTCTGTTCAGTGTTATTTTTACTCATCTTGCTCCAATATTAACTTGGCTGCTACTTAGCCTAGTGTAGTTATAGGAAACATAAAAGATCTGTGATATTCAGAAATGATTAAGGAAAGATCAAAATTATGTCCTTATCATATTCCCCAGGAGGTGTTATAAAGGACCATAAAAGTTGTTGGATTAAAGAAGTTATTACATTTGGGGAATATGGGATGAATTGGAGGGGAGAACAAAGAGGGAGGGGGTTGATTAAAACACATGTGCATGTATGAAGTTATCAAGCAATAAATTAAAAAGTCTCTGAAAAAATTACAATTAACCTTGGAGTTCTTAGCTACCAAAAAGTGAATGCATTGGAAATTGTTGTCCGAATCTAAACATTTCATTTATATGGCCACATTGACTGCAGCTAAAATGAAGATGCATGTGGTAACATTCCAGTAAAAAAGTTGATATACTGCTGGGTGGTCGTGGCACATGACTTTAACCCCAGCATTCAGGAGGCAGAGACAGGCGCATGGATCTGAGACCTGCCTGGTCTTCCTTATAAGGAGGTTCCAGGATAGCCAGGACTGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAATAAACAAAACAAAAGATGATATGCAAAATGAGCAGCTCTCATTTCATCAATAGTGTGAGTGTGAATTTTAGTTGGTATAATAGTTATTAGGAATGTTATTTTTTAAGCATGTCACTGGGATCACAAATGATAGAGAAATTGTGTTGGGTAAAGACAG
Seq C2 exon
TACTGTTTTTTCATTTTTTAGCGGAAGATCCGTCCAGAAGCTATTTGAAACTAAGAGACTTTGTGCTTGTGAAGTTTTGTCAATTTTTGCCCAGTTTCTCCCGGGAAAGATTACTGCAAGGATTCAGTGAAGATATGGCAATACAGGCACAGCAAATGTTCAAAATAAATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000027018:ENSMUST00000112122:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF135081=Acetyltransf_7=FE(36.7=100)
A:
NA
C2:
PF135081=Acetyltransf_7=PD(25.0=44.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types