HsaINT0074239 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000128708 | HAT1
Description
histone acetyltransferase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:4821]
Coordinates
chr2:171966843-171976308:+
Coord C1 exon
chr2:171966843-171966949
Coord A exon
chr2:171966950-171976156
Coord C2 exon
chr2:171976157-171976308
Length
9207 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
ATTCTGCTTTATTTATTTAGCGG
3' ss Score
6.07
Exon sequences
Seq C1 exon
TCAGATGCTGATTTTGACTCCATTTCAAGGTCAAGGCCATGGTGCTCAACTTCTTGAAACAGTTCATAGATACTACACTGAATTTCCTACAGTTCTTGATATTACAG
Seq A exon
GTATGTAAAATTTGATTTGTTACTGAAAGAGCCTTTCTAAAAATGTCTTCTTACTGATTGATTTTATTTTTGTCAGAAATAACTATTTTAAACAGCAACATTTTCCTAGGGTGTTTAAGCCATCTAAAGATGGCTTAAGTTTATGTTTTAGAGCATAAGCCTTTGTGGGGATTGGATTACATCCCTAACTGTGAAGTGCATAATGGAACAAATTGAAGATAATGAGCTGAATATATATGGGGAAGTCTTGGTCAGGCGTAAATACGTTGAAAGTATGGTATAACTTATTTGTTCACTTTATTTGGCAAACAGTTGCATTATTTAGAGGCAGCCTGCACTTTAATTTACATGTAGGGGCAGAATATTATAAACTTTACTGAGAAAAAAAGTCAAGGTAAATACTTCTTGAATAGAATACACATTTCCTAAAGTGTGTGTTTTGTATTCCTAAAATGCATGCCTTCACAACAGTAGTAGATAAGGTGAAATGTAGGCCTATTTGTTTTGGAAATGTCTTTCAGTATGGATTAGCCATAGAAGTAGTAGTATGAATAGAATGCTTAGGAGAAGGAAAGACGACTTACTCGACTTACTCGACTTGACTCTTCAAAAGGAGAAGGCATTATTAGATGGAGTTTCAGATAATATGTTAAAGTGTGATCCACCAAAAAACAAAGTGGCCCAAGGAATATTTATGTTATTTTCTAACTTTCAAATTTGTTGTTCATAAAATTGCTGATGAAACTGAAAGTTACCTTTTTCTTTTATTGAAAAATACTTTACCAGATAGTTACATGCAAATTGGTATTAAAATTTATTAATCTTACAAGTTTGAATTTGGATACATCTTTGTTACAAACTATACTATTTAACATGCACTAAAACATTAACATGTTAAAAAATGCTATTTGGGAATTTTGTTTAAAGACACCACCTCCCACCCACCCACCCCCACCAAAAAAAAAATGGTTGTAAGACTGGCAACCACATAAATAGGCTAGTAAGCAGATTGTTTCATCCTTCTTTATATAGACTAGTAATCCAAGGTAAATAAAATTGAAGTTGCTTCAGAACAGTGAATTGATCTGTAGAATAATAAACTGGAGGGAAAGCACGTTGTCTTTAAAAGGGAGTTTCACATTTATAGAGGTGAATTATCTTTTCATCTGACTTTCCTGCTACTGTTAAATGGGTTGGAAACTCAGGAGATAAAGTAGTAGTTACTAAACTTCGTTTATAACAAAAGTTATAAATTGTTTAAGCGACAACTTCACTAGCTTAGTGACTTATAAAATTGTAGAAACATAATACAGACTATGTCACTTCTTTTAGTTGAGCAGAAAATTGTTTAGCTTCTATTAACTTATAGAGCTTAGACTTGCTGCTACATGAAGGGACATTTTTGGTGATTTTAATGTGGAGTTCACATAAGTAGTCTTTGTCTACTCTAGTGGGTAATGTGCCAGCAGGGGTTGTTTCTCTGAAGCCTCTTAACCACTTTCTTCTGTCTACTCCAACCAATAAAGTCCTTGATACTTAGCACCAATTAGCAGATAAAGAATTTTATTTCTTAAATCTCAGTGAAGAGTCATCAATAATGGTAGCCTTTATTCATTGGTGTTATTCATTAGAAACTGAAGTCTCTAAAAAGAAAAGACTAAACATGCTAAAGGACTTCTGAATTTGACAACTGGGTATTGGCCTTTATTTTCAGCATTAACATTTCTCAGCATTTAAAAATACTAAAAATGCCTTATCAGCTGTTCTCATTAAGATATTTATTTCTCCTAGATTTCCATACCCAGTCCTTAAAAAACAAAACTGCAGATTTTTCTACTCTTCTGTCATTTAGTTGCCTGTTTCTCCATTATTGTGTGTGCTTTTTTAGCTTTGTGGTTCTTTTGCAGGCTCTGGATCTCCATTTGCAATCCAGAATATTCTTTATATTGAGATGGCCTTTTGCTTACTTGACAGATAGCCAGATCTAATAATAATTGAAACTTCCTGTAGATGGCCTAAGTTATATCTTACTTCCAATGGATGGGTGTTTGTGGTATAATTGCCACCCATTTTCATTTTTTTGCACTCAATTTTAAGGTAAAATACTGGCAGACAATTCCTTGTATACCATCTGCCTTTTGAAGATACTATTCTCTTAAGATGTACAGCATTTGAATACATCTCAGTTGTATAACTTTATAAATAGAATCAATGATCTTGTTTCCTCTGGACTTCTGAAAGGAGTTGCATTTGGCAATAGAAATCGATTCTGGGCTGGAATACATATCAGTATTATTATCTATCAGTAGTACATTAAGAGCTAATTATATTTGTCCTTTAAATGTACTTTATTGTTCTGGGATGTGCCATATAGCTTTTTAGAATATTATGTGAATTGTTTATAACTTAGGTGATTGTGCTGTTATCTCATTTCCCTTCTTTAGAATATGATTTTTTATCACTAATATGTATGTTAATATGAGAAGCTTTAAAAAAACGATTGCTAGATGATGTATTACATTTAGAAAAAACTCAGTTTTTGATCCTGCATATCATTGTAGATTTAAATTCAAGAAAATTTTATCTTTAAATATGTTGCTTATCTTTGTAGCATAGAAACAAAGGAATTGAAGGATGTCATACATTATTGGGTGTCGTTTTAAGTTCATTTCAGACTGACACTTTCAAAGGGCTTAAAGATTGAGTGGTGACTTGGTTCCTTATATTAAGCTGCAAACAAAGTATTATCAGTCATAATGGCTTATTTAAAACTGGAAATTTTTTTGCATGTTTTTTGACTTATGTGAAAATTTCAGGTAAAAATGTGGCCTGAGTAGTTTTTCTCAACTGTAACTCATTTTCCTATGATACCTATTTCCTAAACTTTTCTGAGGGTATAGAAGTTACTTAAAATTTCACTCAGCTGGTTACAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGAAGTTTGGGAGGCTGAGCTGGAGGGTTGCTTGAGCTCAGGGGTTCAAGACCAGCCTGGGCAACATAGGGAGATTCCCGTCTCTATAAAAAAATTTTTTTTAATTAGCTGGATATGGTGTCACACACCTATGGTCCCAGCCAGCTACTTGGGGGACTGAGATGAGAGGATCGTTAGAGCCCAGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAGCTGTGATTGCGCTATTGCACTCCAGCTAGGGGGACAGAGCGAGACCCTGTCTTAAAAAATACACACACACTTTGGGAGGTCGAGGCAGGTGGATCACGAGGTCAAGAGATCGAGACCATCCTGGCTAGCATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCATGCACTTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGTGAGCCGAGATCCTGCCACTGCACCCCACCCTGGTGACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAAAAACACACAGATTCACACACACATACACACACACAGCCATACACACATACACTAAATGTTAGTTTAAATCAGTATTAGCAATGCAGTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCCCTCTGTCCCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTTGGTTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCGTGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTATTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTAACCTTGTGACCCTCCGGCCTCGGCCTCCCCAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACCCCTGGCTGCAATGCAGTTGTTTTTCTCAACCAATTTAGAAAGAAATAGACTTGGAAAAACTGACATTGGATAAGCTTGTACCTCATCTATTAGTACTTGAAAAAATGTGGCCGGGTGCCATGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATCACAAGGTCAGAAGATCGAGACCGTCTTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATAAAAAAATTAGCCAGGCGTGATGGTGGGCGCCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGACGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTAAACCCAGAGGTGGAGCTTGAGTGAGCCAAGATCGCGCCACTGTACTCCAGCCCGGGTGACAGAGCGAGACTCCGTCTCACAAACAAACAAACAAAAAAATGTTTTACAAGAGATACTTGCTTAAGCGTTTGTCTCTAGTAGAGTTTTTAATTAAAACAACTTTATTGAGGTATAATTTCCAGACCATAAAATTCACCCATTTTAAGTGGACAGTTCAGTGGTTTTTAGTAAACCTGCCTGTTTTAGAACATTTCCATCACTGAAAAGATCCTTCGTGTCCATTTGTAGTCAGTTTCCTTCCCTACACCCGACGTCCATTGAGGTCCTTGGTCCATTTTGAATAAATTGTTGTGTATGATGTGAGGTAAGTATCTCGTTCATCTTCTTAGATGTGGATATCCAGCTGTCCTGGCACCATTTGTTGAACGGAGTGTCTTTCCTCATTGAATTGCCTTGGTACTTTTCTTGAAAATCAGTTGACCATAAATGTGAAGGTTTATTACCGGGCTCTCTAATGATCTATACTTCTACCCTTATGCCACTACCAAGCCGTCATGATTAGGTTGATATAGCTTTATATTTTTTATTTATTTATTTATTTTTAAAACGATAATGTCAAGTTTAGCCTGTCAAATATACGAGTTGAATTTGTGGAACATATTTTGCCTGTGTGCTGCAAGGTAAACAGAAGTTTCTTGAAATGCTCGATGGTGTAGGGTTAAAAATGGGTCCTAGCCCTGGCCAGGCAGGTGGGAATGGGACAAAGAAGGGTAGAGATGGAGGCTTCAGAGTGGACTGGCTGGGCTTGGGCCATGACCCTCAAGGACACA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Seq C2 exon
CGGAAGATCCATCCAAAAGCTATGTGAAATTACGAGACTTTGTGCTTGTGAAGCTTTGTCAAGATTTGCCCTGTTTTTCCCGGGAAAAATTAATGCAAGGATTCAATGAAGATATGGTGATAGAGGCACAACAGAAGTTCAAAATAAATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000128708:ENST00000264108:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF135081=Acetyltransf_7=FE(39.6=100)
A:
NA
C2:
PF135081=Acetyltransf_7=PD(14.3=25.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development