MmuINT0075980 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027018 | Hat1
Description
histone aminotransferase 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:96013]
Coordinates
chr2:71259690-71272263:+
Coord C1 exon
chr2:71259690-71259796
Coord A exon
chr2:71259797-71272111
Coord C2 exon
chr2:71272112-71272263
Length
12315 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
ACTGTTTTTTCATTTTTTAGCGG
3' ss Score
9.91
Exon sequences
Seq C1 exon
TCAGATGCTGATACTGACTCCATTTCAAGGTCAGGGCCACGGTGCTCAACTTCTTGAAACAGTTCATAGATACTACATTTCATTTCCTACAGTTCTTGATATTACAG
Seq A exon
GTATGTAAAATTTTATGTTACTAGAAGAGCCTTTCTCAAATATCTTAGTTTTATTTCTGTCTTAAGTGTCAGTATTCATCTGGGGACTTTAGAGGACTGTTTGAAGATTTCTTTTAGGGTACATTTTAGATCTAAGCTTTTATGGAGATCGGGCTGCATCCCTAACTAAAGTGGACAACTTAAAAATAATGAAGTAAATATATTTGGGGAAATTGTGATCAGATATAGATGCGTGCTAAGTATGCTGTAACTTATTTGTTTAACTTATTTGGCAAAGATTACATCACTTAGAAGATACCCATGTGTTAATTTTAAACCATAGTTGGGGGAGCGGAGTAGTTCCTTAATAGAAGATACTTTTTAAAAGATTTATTATTCTTTTAATTATGTAACAATGCTTGTGTCTCTGTGTGGGTGTGCATATGAGTTTAAGCACCCACAGAAAACAGAAGAGGGACTCTGGTTGCCTGAACTGGAGTTAGTGAGAGGTTGGAAGATGCCTGACTTGAACCCTGGGAGCTGAACTCAGATCCTCTCAAGAGCAATATGCATACTTGACTGCTGACTTGACCTCTAGCCCAGAAGACATAGTCTCTAAAGTGTGTTTTATATTTTGATAAACATGCCATCCCAGTAGTAGATAAGATGAAATGTCACATGTGGAAACATCCTCCCAGTATGAATTAGCTGTAGAAGTAGTAGTATGCTCAGAAGAAAGGAAACTAGTTTTTAGAAATAGAAGGATATGTGGAGTGTGGATTCATGCCTATAATCTCAGCACTGGGGTAGCTGAGGCAGGGGGATTTCTATGATTTTCAGGCCAGCATGGTATTACATGGTCAGCTCTGGAGAAGTCTGGACTATAGAGTGGATCTCTGAATTTTAGGCCAGCTTGGACTGCAGAGAGAGTTGCAAGACAGCCTGGGCTACACAGATGAAACCCTGTCTCGAAAAACTAAATAAACAACAAAAAGAAAGGAAAAAAAAAACCTTATTAGATGATATTCTAGTTTTCTTAGTATGTGACTAAACTGCCAAAACAAAAACAATGCTTGAAGAACATTAATGTCATTTTCTTACCCCGGGTAATGTCCACATTAATAAAGTTAATAAAGTTGCTAATTAAACTGAAAGTCACTACCAGGTGTAGTGGCATCTATACCTATAGTTATTCCCAGCACTCAAGAGGCTGAGGCAGGAGGATTGAGTTTCAGGTCAACCTGGACTACATAGGGAGACTGTCTCAAAACAAAACTTTAACAAAAAAAGAAATTGGGCTGGCGAGATGGCTCAGCAGGTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCGAAGGTCCTAAGTTCAAATCCCATCAACCACATGGAGGCTCACAACCATCTGTACTACAGAGTGCTCATATACATAAAATAAAATAAATAGATCTTAAAAAACATCCTTGAAAGCCACTTTTCCCTCACGATTAGTTATAGGGTAGAACATCTTCAATCTGAGAATCTCAGTGCAGAATTCAGGACTACTGGAGGGTGTGTTTTTGTTTGTGTCCCTTGAGCTGGAGTTAGAGGTAGTTATGAGCACTTTACATGAGTGTGGGGGCTGAACTCATTGTTTACAAGAGTGGCAGTTACTCTTAACCAACTAGCCATTTCTCCAGTGCCTTCCTCCCAAGATGTTTGTTTGGTTTTTAAATTCAAAATTCAAGATTTTTTGAGTGCCAACATGATACTAAAATTTCAGATTTCTTAAGCATTTTAGATTTAAATTAAGGATTCCAAGTGATAAGTATATAAAAATACTCCAAAACAACATTAATGAAATAAGCCTCGAAAATTTGAAACATTTTTGGTCCTACCCATTTCAGCTAAAGCTGCTCACTCTGTACAAGATACATCCAAGTTAGATATTAAGATTTATTTTACAAAGGCTTGACTGTGGAGCTGGGGTGCTGTAGAGTTCAACGGTATAATGCACTTGGCTAAGATGCATGCGGAGGCCTGGATGATCTGATCCCCGATGTCTCAAAATAAGTAAAGAAAAGAATTTGAATATCTATTTTGGATTATTTGAGCTGATTGCTTTATTACCCAGACTGTCCTGCAGCTTATCATGTAAGCTAGGTGGGCCTTGAATTTGAGAGCCTCCTACCTCAGCCTCAAGTGCTGAGATTCAAAACACTTGTACCATCACAGCTGGCTTAGATGTAGTTTGTTTCTAAAATTAATATTTAATATGTACTAAACTTGATTTGTTTTAAAAATGATCTTTTTTAGAATTTTATCAAATTATTTAAAGAAATGACCACAAAACGTTACTGACAATGGGATGACAAGCTTGTAAAATACACTGATGAGCAGATTTTCTTTTTCGTATAGTATGCTGATTTTATTTGCCCAAGAAGAAAAAAAAATAGAGCTTCCAGAATAGTGAATTGTCTTTTATTAAGAACTACTTACCAGCTGGGAGGTAGTGACATACACCTTTAATCCCAACACTCTGAAGTCAGAGCCAGGTGGATCTCTGTGTTTGAGGTCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAAGACAGCCAAGGCCACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAGCCAAAAAAAAAAAAAAGACATGTCTTTCCGCCACTATGGTGTAGAGAATTCTGCTTTGCATGAGAAGTAGTGCATGGGTGCCATTTAAATGCTTTAATACGCTAGAGGAAAAGCATGTTGGGGTTTTGGGTTTTGCTTGTGCTGTGCTGAGAATCATACCTGGGGCCTTGGGCATGCTAGGCAAACATTCTACCACTGAGCTGTTTTAGTAAGGAAAGGGAATCCCACTTTTATAGTGTTGAATTACCTTTCTCTCTGACTCACTGCTGTTAAAACGGGTTGAAACTTAAGAGATAAGGCGTTACTCACTTACTTTCTATCAGCAGTTGGTTGAAAATAGACAGACACTTTCACTACTTTTTGTGACCTGTATGCTTATCAAGACAACACAGTCAGCTACATCACTGCTTTGAGCTGAGCCAAAGTTGCCAGCCTCTGTTCACTGACGGCTTGGGCTTGGTGCTATGTGAGGGGACATTTTTGGTGGTTTTAATCTGGAGTTCACGTAAGTAGTCTTTGTCTGCTGTAGTGGGTAATGTGCCAGCAGGGTTGTTTCTCTGAAGCCTCTTAACTACTTCTTTCTGTCTATTCTAGCCAATAAAGTCCTTGATACTTAGCACCAATTAGCAGATAAAGAATTTTCTTTCTTAAATCTCAGTGAAGAGTCATTAATAATAGTACCCTTTATTCATTGCTATGATTCATTAGAAACTGAAGTCTTGAAAGAGAAAAGGCTAAACATGCTAAAAGGACGTCTGAATTTGACAACTGAGGATCGACCTTTATTTTCAGCATTCACGTTTCTTGGCATAGCAAAATGCTAAAAATGCTTCATTAGCTGCTCTCATTAATATATTTCTCTTAGCTTTCATACCCAGTCTTTAAAAGCATTTAAAAAAAGAAAAATCTTACTGGATTTTGTACTTTTAGTTTTTTGGTTGTCTATTTCTCCATTATTTTATATGTATCAACCTAATGGCTCTTCTGCAAGCTTTGGGTCTCCTTTTGAAATCATGGCTGTTAAAATTGAGGTGGCCTTTGCTTCCTTACATACAGGCAGAAATAATTATAGTTAATACTTCATCGGTAGCTTAGGTTCTAATCTCAGTGGGTACATGTTTGGTATTAAACTTCAATCCATTTCCTTTTTTTTTTTTTAAGCTTAAGATTTATTGACAGACAGTGCCTTATTATATGTACTTTTCTTCTTGAGCCTGTCAGATTCTAGACATATAACATTTGAATACTTCTCAGAACATAGAGTCAACAATTTTGTTTCATTGTACAGTAGAAATTGATTCTGGCTAGAATATACATATATATATCAGCATTATTAATTAATCTACCAATAGTATATTAACAACTAATATATTTGTCCTTTAAAGCCCCTTGTTCTGAAATCATGTTATATAGATTTTTAAAAATATTGTTAATTTTTATATACTTAGTTGGTTTGAATTATCTCATCTTTTTCTTTAAAATATTTTTAATAATGTATCTAATTATACAGAGACTTTTAAATAAACATGATAGAATACTTAATGCTATAAGCTGACCTTACATATATCTATAGATTTATATACAAGCAATTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGTCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGGGTGCGCCACCACCGCCCGGCTTATATTCAAGCAAATTTTATCTTCAAATATGTTGTGTGTGTATCTGTTCTGCGTATGTATGCTATATATACATGTATGTACAGAGGGTACATGTCTTTTTGCATATGCATTCAGAAGACAGAGGAAGATGTTGAATGTCGTGTTTTCATCATTGCTTATCTTATTCTCTTGAGACAATCTCTTACCAAACCTCTGAAGCAAAACTGACAGTTAGCAAGCCCCACTGATCATTTTGCCTTTGCCTTCCAAAGCATTGGAGTTCTAGGAGCCATGTGGCCATCACCCAGGATGTGATCTGAACTCAGATTTTTATTTAGCAAGTTCTTTCCCACCAAGACACTCCTCCAAGGGCTGGCAAGATGGCTCAGCGGGTAAGAGCACTGACTGCTCTTTCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCACCCATAATGAGATCTGACACTCTCTTCTGGTGCATCTCAAGTCAGCTACAGTGTACTTATATATAATAATAATAATTAAAAAGAAAAAAAAAAAAAGAAACCCCTCCAGTCCCCAAACCCCTGTTTTTGAGATAAGACTTCAAACTTGTAGCCCAGGATAGCCTTAGATTCCTGATGCCCTGGCCTCTTCCTCACACATGGTGAGAAGCATGTGCTACC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GTCCTAGCTGGCCTGGAATTCACTGTGTTGTAAACAAGGCTAGTCTCATGCATAGAGACCTACCTCTACTCGCCCCACAGTGCTGGGATTAGAGGTGTGTGCTACCATGCCTGGCAAGTGTACGTGCATTTATATGGACTTCTGTTTTACATCTCTAAGGATGGAAACATTGAAAAAATTTGTGTCAAACCTTTAAAAAAAAAAATCACTGGATTGTGTTCCAAAGCGACTGCAGTATTTTACAATACTGTCAGTCGTGCGCCAGAGTCTCAGTCTCTGCATTTTACCAGATTTGTTACTGACTTTTTAGTTCTCTTCATCCTGGTCGATAGGAAATGGTAGCTCATTGTTTTGACTGGCATTCCTCTGTGGCTAATGGTGTGTGTCTTTCCATTCTGTTTACAGGTATTCTTGAAAAATAACTATTTTGGTTCTATGCCCATTTTTATAGAAGGGTTATCTTTTTACCTGATAATAAAAAGCTTTAATGGTCTGAACACATGGTCCCTATCCCATGTGTTTTAAAGATCTCGTTTCCTAATGGTATTGTTTGCAATACAGTTACCTTTCACTAAGATGCAGCTTCCCTATTTTCACTTGTGCTTTTGTTCCTGTATCTAAGAGATCATTGCCTAAGCAAAAATCATGACGCTTTATGCACACCTTTCTTCTAAGAGGTTTTATTGGCTTCAGGAATGAGATCCAGCTTTACTTTCCTTGCTTGTAGAGATTCCATTTTACAACTCCTATTTGATGTAGAATTCCTGTATTTAATTGTCTTGACGGATTTGTCAGAAAATGACCATCATATATAGGTTTAGTTTGGATTCTCCACTTCATCGGGCTGTCCTTATTTTGGTGTTATACTGTTGAATTGTAGGTTTGAGGTAATATTGACATCAGAAAGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGGGTGCACCACCACTGCCCAGTGACATCAGAAAGTCTTTTGAGGGGCTAGAGAGATGTCTCGGCAGTGAAGAACATTGAGATTGTCTGTTCTTCCAGAGGACCTAGGATTGATTCCCATCACCCACAAGGTGGCTCACAACTCTGGGTCCAGTGGGTCTAATGCCCTCTTCTGGCCTCTTTGGGCACTGATGCACGTGGTACACAGACATGCATGGAAGCAAACACACACACCCCACATTTTTTTAATCATTTGTGAATGTATGCATGGACATGTGTGTTGGTCACAGGATAACTGTGACCACCTTTAAATGGAATCTAGGAACTGAGCCCAGGTTGCCAGGCTTGTGTAACAAGTGCCTGTACCTGAAGCCCCACTTCTTCAGCCTGGCATTGATCATTTTAACTTTTCAACTCATCAGGAAGTGGAGACACAGAAAGAAGTGGGATAACTTCTCCATGATCCTACGTCTATGAATGAAACAACTCTGTTCAGTGTTATTTTTACTCATCTTGCTCCAATATTAACTTGGCTGCTACTTAGCCTAGTGTAGTTATAGGAAACATAAAAGATCTGTGATATTCAGAAATGATTAAGGAAAGATCAAAATTATGTCCTTATCATATTCCCCAGGAGGTGTTATAAAGGACCATAAAAGTTGTTGGATTAAAGAAGTTATTACATTTGGGGAATATGGGATGAATTGGAGGGGAGAACAAAGAGGGAGGGGGTTGATTAAAACACATGTGCATGTATGAAGTTATCAAGCAATAAATTAAAAAGTCTCTGAAAAAATTACAATTAACCTTGGAGTTCTTAGCTACCAAAAAGTGAATGCATTGGAAATTGTTGTCCGAATCTAAACATTTCATTTATATGGCCACATTGACTGCAGCTAAAATGAAGATGCATGTGGTAACATTCCAGTAAAAAAGTTGATATACTGCTGGGTGGTCGTGGCACATGACTTTAACCCCAGCATTCAGGAGGCAGAGACAGGCGCATGGATCTGAGACCTGCCTGGTCTTCCTTATAAGGAGGTTCCAGGATAGCCAGGACTGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAATAAACAAAACAAAAGATGATATGCAAAATGAGCAGCTCTCATTTCATCAATAGTGTGAGTGTGAATTTTAGTTGGTATAATAGTTATTAGGAATGTTATTTTTTAAGCATGTCACTGGGATCACAAATGATAGAGAAATTGTGTTGGGTAAAGACAGTACTGTTTTTTCATTTTTTAG
Seq C2 exon
CGGAAGATCCGTCCAGAAGCTATTTGAAACTAAGAGACTTTGTGCTTGTGAAGTTTTGTCAATTTTTGCCCAGTTTCTCCCGGGAAAGATTACTGCAAGGATTCAGTGAAGATATGGCAATACAGGCACAGCAAATGTTCAAAATAAATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000027018-Hat1:NM_026115:8
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF135081=Acetyltransf_7=FE(36.7=100)
A:
NA
C2:
PF135081=Acetyltransf_7=PD(20.4=39.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: