RnoINT0069168 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000001524 | Hat1
Description
histone acetyltransferase 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1305716]
Coordinates
chr3:58052362-58062480:+
Coord C1 exon
chr3:58052362-58052468
Coord A exon
chr3:58052469-58062328
Coord C2 exon
chr3:58062329-58062480
Length
9860 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
ACTGTCTTTTCATTTTTTAGCGG
3' ss Score
10.5
Exon sequences
Seq C1 exon
TCAGATGCTGATACTGACTCCATTTCAAGGTCAGGGCCATGGTGCTCAACTTCTTGAAACAGTTCATAGATACTACATTGCATCTTCTTCAGTTCTTGATATTACAG
Seq A exon
GTAAGTAAAATTTTATGTTACTAGAAGAGCCTTTCTCAAATATCTTAGTTTTATTTCTGTCTTGAGTGTCAGCATTCTTCTGGGGGGCTTTAGAGGTCTGTTTAGATTACATTTTAGATCTGAGCTTTTATGGAGATCAAGCTGCATCCCTAACTAGTGTGAGCAACTTAAAAATAATGAACTAAATATATTTGGGATATCCTGATCAGTTATAGATGCATTTGCAGGTGTACTACAACTTACTAGTTTAGCTTCTTTGTCAGACATCTGCATAATTTAGAAGATACCTGTGACATTAATTTTAAACCATAGTTGGAGGGGAATAATTCCTTAATAGAAGATACTTTTCAAAGATTTATTATTGTTCTAATTACATGATAATACTTACGTCTCTATATGGGTATACATATGAGTTTAGTCACCCACAGAAGCCAGAAGAAGGACTCTGGTTGCCTGAGTTGGAGTCAGTGGGATGCCTGACTTGGGTCCTGGGAACTGAACTCAGACCCTCTGCAAGAACAGTGTGCATACTTAACCTGCTGACTCATCTCTCCAGCCCAGAAGACGTATTCTCTAAAGTATGTTTTATATTTTTATAGGCAGGCCATCTCAGTAGTAGATGAGATGAAATGTAGTCTGTGGAACCATCCTCCCAGTATGAATTAGCTGTAGAAGTAGTAGTATGCTTAAAAGAAGGAAAATTAATCTAGAAGTAGAGGATATTGGAGTGTGGTCATTCATGCCTAGCTGAGGCAGGAGGATTTCTGTGATTTTTTTTTTTTTCAGGCCAGTATGGTATTACATGGTCAATTCTGGAGAAGCCTGGGCTGTAGAGTGAGACTATCTTTAAAACCAAAATAAGTATCCTGCAGAGAGGTGTTGGTGAATACCCTTAATCCTAGTACTCAGGAGGTAGAAGCAAGTGAGTCTCTGAATTTCAGGCAAGCCTGTACTACAGAGTGAGTTCAAGGACAGCCAGGGCTACATAGAGAAACCCTGTCTGGAAAAACTAAATAAATAACAAAAAGGGGGGGAAAACCTCATTAGATGATATTGTAGGTGTTTTCTTAGTATGTGACTAAACTGCCATAAATAAATAAATAAAATAAATAACAGTACCTGAAGGACATTAATATCATTTTCTTACCCCAAGTAACGTTAAATTTGTGGTTAATAAAGTTGCTAAACCTGAAAGTCACTGCCAGGTGTATTGGCACACATCCTCCAGAGCCCGAGGCAGGAGAATTGAGAGTTTCAGGTCAACCTGGACTGCATAGAGAGACTGTCTCAAGACAAAAACAAAGGGAACAAAACCTGAAAGTCACGTTTTCTTCATGATTACTGTATAGGGTAGAACATCCTCAATCTGAAAATCTAAATCTAAAATTCAGGACTGTTTTTGTTTGTGACCAGAAAGGCTAGAATAGAAAAGGGCATTGGATTGCCTGAGCTGGAGTTAGAGGTAGTTGTAAGCACTTGATGTGAGTGCTGGGACTGAACTCCTTGTTTAGAAGAGTAGCAAGCTCCCTTAACCAATTAGCCATTTCTCAGTGCCCTCCTCCCCCAAGCTTTTTATTTGGTTTTTAATTTCAAAATTCAGGATTTTTCGAGTGCCAACATGATACTCAAAATTTCAGATTTCTCAAGCATTTTAGATTTAAATTAAGGATTCCAAGTGATAAGTATATAAAAATACTCCAAAACAACATTAATGAAATAAGCCTTGGAACTTTGAAACACTGTTGGTCCTATCCATTTCAGCTACAGCTGCTCACCCTGTCCAAGATATTCACATCTAAGTTAGAAATTAACATTTATTTTACAAAGGCTTGAATGTGGAGCTGGGGATGTGTAGAGCTCAGTGGTATAATACACTTGCCTAGGATGCATGAGGCCTGGGTGATTTGGTCCCTGATGCCTCAAAATAAGTAAATAAGTAAAAGATTTTGAATATATATTAGGATTATTTGAGCTGATTGGTATGCTACCCTGATTGGCCTCCAGCTTATCATGTAAATATGTGAGCCTTGAGCTTGAGAACCTCCTACGTCAGCCTCAAGTGCTGAAATTAAAAACACCTGTACCGTCACAACTGGTTTAGACATAGTTTTCTTTCTAAAATTAATATTTAACATGCACTAAAATGTTAACCTGTTTTAAAAAATGATTTTTCAGAATTTTATCAAAATTGTTTAAAGAATCGACCACAAAACATTACTGACAATGGGACCGACAAACATAAAATACACTGAGCAGATTTTCTTTTTCATATAGTATGTTGATTTTGCTTGCTCAAGAAGAAAAAAAAGCTGTCAGAATAGTGTGAATGGTCTTCTGTAGCGGGGAGGTAGCAGCACACACCTTTAATCCCAACACTCTGGAGTCAGAGCCAGGGGGATCTCTGTGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTATAGAGTGAGCTCCAGGACAGCCAGGCCACACAGAGAAATCCTGTCTTGAAAAGGACCCCCGTTCTCACCCCCGCCCAAAAAAGGGAAGGAATGCATTTTCCCCCACTGTGGTCTAGAGATTTTTGCTTTACATGAAAAATAAATGCTTTAATAAACTAGGGGGAAAGCATGTTGGGGGTTTGGGCTTTGTGTTGGGCTGAGAATGAAACCCAGGGCCTTGGGCATGCTAGGCAAACATTCTACCACTGAGCTGTTTTAGAGAGGGGAATTCTACATTTATAGTATTGAATTATCTTTTTCTTTGACTCACTGATGTAAAAAGAGGTTGAAACGTCAGAGGTGAGGAGTTGCTCACTCATGTTCTATTAGCAGTTATGAGTAGACAGAAGCTTTCACTACTTTCTGTGACCTGTCCTCTTACCAAGACAGCACAGTAAGCTGTATCACTGCTTTGAGCTGAGCCAAAGTTGCCAGCCTCTGTTCACTGACGGCTTGGGCTTGGTGCTACACGAGGGGACACGTAAGTAGTCTTTGTCTGCTCTAGTGGGTAATGTGCCAGCAGGGTTGTTTCTCTGAAGGCTCTTAACTACTTCTTTCTGTCTATTCTAGCCAATAAAGTCCTTGATACTTAGCACCAATTAGCAGATAAAGAATTTTCTTTCTTAAATCTCAGTGAAGAGTCATTAATAATAGTACCCTTTATTCATTGCTATGATTCATTAGAAACTGAAGTCTTGAAAGAGAAAAGCTAAACATGCTAAAAGGACGTCTGAATTTGACAACTGAGGATCGACTTTTATTTTCAGCATTTACGTTTCTTGGCATTGCAAAATGCTAAAAATGCTTCGTTAGCTGCTCTCATTAATATATTTCTCTTAGCTTTCATACCCAGTCTTTAAAAGCATTTTAAAAAAGAAAAATCTTACTGAATTTTGTACTCTAGTCATTTGGTTGTCTGTTTCTCTATTATTTTATATGTATTAACCTAATGGCTTTTCTGCAGGCTTTGGGTCTTCCTTTGAAATCCTGGCTGTTAAAATTGAGGTGGCCTGTGCTTCCTTGACATACAGGCAGAAATAATTATAATTAATACTTAATCATTGGTAGCTTAGGCTCTGTCTTCAGTGGGTGCGTGTTTGGTATTAAACTTCCATCCACTTTTTTTTTTTTTTAGCTTAAGATCCATTGGCAGACAGTGCCTTATTATATGTACTTTTCCTTTTGAGCCTGTCAGATTCTAGACATATAATATTTGGATACGTCTCAGAACATAGGTAGAATCAAAAATTTATTTTATTGAACAATAGAAATTGATTCTGGCTAGAGTATATGTATCAGCACTACTAATTAATCTACCAATAGTATATTAACAGCTAATATGTTTGTTTTGAGATATGTTATATAAATTTTTTAAGTGTTAACGTGGATTTTTATATACTTAGGTGGTTTAAATTGTCTCATTTTCTTTCTTAAAATATTTTTAGTAAGGTATCTCATTATACAGAGACTTTTAAACGTTATAGAACACTTAGTGCTATAAACTGATCCTACATATATCTATAGATTTATATTCAAGCAAATTTTATCTTCAAATATGTTTTGTGTGACTGTGGTCTGTGTATGTATGGTGTATGCACATGTATGTACAGAGGCATGTGCTTTCAGAGGCCAGAGGAGGGTGCTGAATGTCCTGTTTTCATCATTCCCCATCTCATTCTTTTGAGACAATCTCTTACCAAACCTCAGAAGCTAAACTGACCGTTAGCAAGCCCCACTGATCATTTTGCCTTTGCCTTCCAAAGCACTGGAGTTATAGGATCATGTGGCCATCACCCAGGATTTTATGTGAACAATATGACCTGAGCTCAGATTTTCATTCAGCAAGTTCTTTCCCTCCAATCCCCAAACCCCTGTTTTCAAGACAAGGCTTCAAACTTGTAGCCCAGGATAACCTTAGATTCCTGATGCCCTTGCTTCTTCCTCACAAATGGTATGATCGTGGGCATGTACTACCAACTGAGCTACAACCCCAGCCTATTGTATTGCTTTTTTGTATAATTAATAACAAATTATTGGATATCATCATTTTAGGAACATTTTCAAGTTGATATTTGTAGCTATAGAGCTTAAAGGTTGTGACCCCTATTATTAAGCTGCAAACAAATCATCAATTTGTACTCATTTATTTGAAACTAATTGGAAAAATTTTGGCATTTTAATTGATTTTTGCCCTGATATTTTTCCTAAACTTTCCTGAATAATATACATAATTTAAATTTTTATTCACACTAAATATATTTTAGACTGAATAGTTGGAATGCACAGTTTTAGGATTTTTTTTTTTTAAACCAGTTTAGGATTGACTTGGAAAGCTGACATTGGCTAAACTTGTTTAATAGGGTGTCTTTTAATTTTTTGGAATCAGGATCTACCTCTGCCGTAGATGGCCTGGAACTTACTATATAGCCCAGGTAGGATTTAAACTTATGATCTTCCCAACTCTGCCTTTTCCGCTCAGATTATGGGCTTTTATTACCATACCCAGTTTTGCTTTAGTTTTTTGTTTGTTTGTTTCTACTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCAAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGCAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCTGTTTGTTTGTTTCTAAAGTGTTTTAGAAGAGCTAGAGAGATCACTTGGTGGTTAAGAGCAATGGGTGCTTTTTCAGAGGATCCAGGTTCAATTTTTAGCACTCATGTGGCAGCTCACAACTGTAACTCCAGTTTCAGCAGATCCTGAATGTCCTGTTCTGGCCTCTGAGGGCACCAGGCATGAACATGGTACACAGGCATGTGTCCAGGCTAAAAAGTACCCATACACATAAATTAAAGACAATTTTTTAAAGAACTGGGACAGCCAGCATGGTGGTGTATACCTTTAATTCTAACATTCAGGAAGCAGAGGCAGGCTGATCTCTGAGTTTGAGGCCTGCCTGGTTTAGAAAGTGAATTTCAGGACAGTCAGGACTACACAGAGACACTCTCTTGAAAACCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAGAAATCTTGGGCTATAGCCCAATAATGGATCTCTTGCCTTGGATGCTTGAGTTTCTCAACACTCTGTATGTATAGTAATATACTTGAGATGCTTGCTATTTAGTTTATAATTAAAACAACTTTATTGAGATATAATTTCCCTAAGTCCACTAGCATAAGTATACATTTCAAAGATGTCTAGTAAGTCTGAAGCCATTGTCATAGTCTTGTGTTAAAATATTGCCAGCATTTCTAGACTGCATGTTTCTTGTGGTCAGTCTCTATACTCAGTCTCCATTGAAGTCTTAGATATGTTTATGATTTTATTGTTTTGCTTTTTTGTTTGAATAGTTTAAAAATACTCTCTCAGCTGAAGGCAAAGGCTAGTTTTGTTTTCTTATTTTGGTCTGTTTTCCTTTTCTTTTTGAGATAGACTCTCATTGAAGAAGCCCTAGCTGACCTAGAAATTATGTAGAGCAAGATTGCCTCAACTTTGAGGTGATCCTCTGCCTCTGCTTCCTGAAAGCTGGTGTATGCTGCACACTCTGGTTAAGTTCATCTTTTTACATTTGATACACAGTTGTTACTTACTGTTTGGTGACAAGTGTCTTCCCTGTTGAGTTGCTGTGGTTTCTTTGTTGTTATCTGGTTGATCATAAATATGATAGCTTATTAAATACTGTGTAGATCTCTGTGTCTGTCCTTAATGGTAGTACCATATCATCTTGGTTGTTATATCTGAGTGAGTTGTCGACACGGACAGGAGCTTATCCCAGCACAGTCACACTCTTACATGGAGCATACTGTCAAACTCTGCTATGTGCTCACCTAGACATGCGTTATATACCAAAGGTCCATAATTCTACCACAAAAATTGAAACTTAAATATTTCTATCTCTACCTCCTCTTCCTAGCTTCTTCTATCCCCCTAAATGATTTTCCTGCCAGCAAGAAGTGCAGCAGTGGTACCCACTTCAGAGTTGTTCTGTCCTGGCTGAGCCAGATGTGTACCTTTCCTGTTGTACCAAGTAGTTCCCATTGCTGATGAACCTTTCACACCTTTACAGTTTTGCTTGCAGTTGTCCATATTCTTACTCTTGTCTGAAGCTAGAATTCTTCAGGAGAAGGCAAGGTCTCCTGCAGCCCAATTCAACCATCTTTATTCCTCCCCTTAGCCTGTTTATCAAACTGGATCTGTACATTGCTTTCCTTGGAGCTTGTGTACCACCTGACATTGTGGTCTCTTTCTTTTCTCATTTTTCTTCTTTTTCTTTATTTAGGTGTAGAGTTCTAGTGACATTGGCACCTTGATCTTTATATTGAGTTTAGAAATAAGAAGTAAAAGTCCTCCAACTTTGTTGTTTCTCAAAATTGTTTGCTTTACATAATGAACACCACAGTTTCTTCATTCTTATCATCAGACTAATACATGGATGGGATTTCAGTTATTGCTTTTTAAAGCCAGAGTCAAATAATATTTACCTATTACCTACATGAGTGTGATGTTAATAACTAAGAGGCACAGGCATGAGTAGGGTGTTCTGTACCTGTGGATGAATGAATGTATATTTCATTTACCCCACCTTAGACTTTTATAAACTACTGGCCTAAGTGCTGTTAATTTCCTGAGATGTTTTGACAGCATGACTATCAGTACTTAATTTCTTTTTATTGCCAAGTAATAGTCTGTTATTCAAATATATTTTATCAGTTGGGGAAGGGATGTTGGGTTGTTTCCAATTTTTGTCTCTTAGGAATGATAGGAGTATTTGTGTCTTTTTTATTGCCATTTGTAGACAGTGTCACTATGTAATCCTAGCTGACTTGGAACATATTGTGTGAACAAGGCTGGTCTCACTTAAAAAGACCCACCTGCCTCTCACCCCATAGTACTGGGATTAAAGGTGTGCCACCATGCCTGGCACATGTACATGCCTTTATATGGACTTCTGTTTTACATCTCTAAGGATGGAAGATTTGAAAAACATTATATCTTCGTCAAACCTTTTAAAAAAATCACTGACTTGTGTTCCAAAGTGACTGCAGTGTTTTACAGTACCATCAATAGTGTACCAGAGTCTGTTTCTGTATTTTATCAGATTTGGTATTATCCTTAATTCCGTTCATCCTGGTAGATTTGAAATGGTAGCTCATTGTTGTGATTTGCATTCCTTTGGCTAATGATGTGTGTCTTTCATGTGTTTATTGCCTGTTTATGGATCTTCTTGAAAAGTAACTAGTTTGGTCCTGTGCCCATTTTTATAGAAGAGTTGTGTCGCTGTTATGTTTCACTAAAACGCAGCTTACCTATTTTCACCTGCGCTTTTGTTCCTGTGTCTGAGAAATCATTACCTAAGCAAAAGTCATGAAAGTTTATGCACATCTTGCTTCTAAGCAGTTTTATTGGTCTGAGGGAATGAGATCCAGTTTTACTTTTCTTGCTTATAGAGATCCCATTTTCCAGCTCTTATTTGATGAAGACTTCCTTCCTGTATTGAATTGTCTTGACAGATATGTCAGAAAATGACCATAATATATAGGTTTATTTTGGATTCTCCATTTTGTCAAGCTGTTTATCTGCCCTTATGCTAGTGCTATACTGTTGAATTGTTGTAGCTTTGAGGTAATGACATCAGAAAGTCTAAGGAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTAGAGAGCATTGAGATTGTCTCTTCTTTCAGAGGACCCAGGTTCGATTCCCATCACCCACGAGGTGGCTCACAATTGTCTGTAACTCTGGTTCCAGGGCGCCTAATGCCCTCTTCTGGCCTATTTGGGCACAGGTGCACATGGTACATAGACATGCATGGAGGCAAATACACAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATCATTTGTGAGTGTATACATGGACATGTGCTGAGGTCACAGGATAACTGTGGGGCTGGTTGTCACCACCTTTAAGAGGAATCTGGGAATTGAACTCAGGTTGCCAGGCTTGTGTAATAAGTGACATTATCTGCAGTCCCACCTCTTCAGCTGGAATTGATTATCTTACCTTTTCAACTCATTAGGAAGTGGGGACACAGAAGAGGGAGGATAACTTCTCCATGATCATAGATCTATGAGTGACACAACTCTGTTCAGTATTATTTTTGACCCATCTTGCTCCAATGTTAACTGGATTGCTACTTAGCCTAATGTAGTTATATCATAGGGAAACACAAAAGAAGATCTGTGGTATTCAGAAATGATCAAGGAAGGATCCACATTATGTCCTTACCATATTCCCCAAGAGGTGTTTAAAGGACCATAAGTTGTTAGATTAAAATTGTTACTACATCACTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTTTCTTTTCTTATCAGTTTAATATCTGATAACATCCTCTATCTGAGGACAATATATTAAATGGATTTTTGGAGTAGGAGTTGGATTAGGAGCTTGCTCTGTCTACTCCATGCATCGACCTGGTATTGCACCTCCAGGAATTGTGCACCCCCTCAGGGGAATAAAAATGATCTGAAAATCAGAAAAAAATAAAAGTTGTTACTATATTTGGAGAATATGGGATGAATTAGAGGGGAGAATAAAGAGGGAGAGGTTGATTGAAACATATTATGTGCATGTATGAAATTATCAAGCAATAAATTTAAAAGTCTCTTTTAAAAAATTACAATTGGCCTTGGAATTCTTAGCTACCAAAAAGTGAATGCATTGGAAATTGTTGTCCAAACATGAATATTTCATTTATATGGCCAATTTGACTGCAGTTAAAATGAAGATGCTTGGGCTGGAGAGATGGTTCAGTGGTTAAGAGCACCGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTTCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTATCTGAAAACAGCTACAGTGTACTTGTATATGATAAATAAATAAATAAATCTTTAAAAAAAAAATGAAGATGCTTGTGGTTAACATTTCAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTTAATACAGTTGGGTTGTAATGGCACATGACTTTAATCCTAGCACTCAGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGTGAGACCAGCCTGGTCTATAACGAGAGTTCCAGGAAAGCCATGACTGTTGCACAGAGAAACCCAAACAAATAAAAGATGATAAGCAAAATGAACAGCTTTCATGTCATCAATAGTGTGAATGTGAGTTTTATTTGGTATAATAGTTATCAGGAATGTTACTTTTTACCATGTTACTGGGACTACAAGTGATAGAGAAATTGTGTTGGGTAAGACAATACTGTCTTTTCATTTTTTAG
Seq C2 exon
CGGAAGATCCATCCAAAAGCTATGTGAAACTAAGAGACTTTGTACTTGTGAAACTTTGTCAAGATTTGCCCTGTTTCTCCCGGGAAAGATTACTGCAAGGATTCAATGAAGATATGGCGATACAGGCACAGCAGAAGTTCAAAATAAATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000001524:ENSRNOT00000002085:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF135081=Acetyltransf_7=FE(39.6=100)
A:
NA
C2:
PF135081=Acetyltransf_7=PD(14.3=25.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]