BtaINT0081320 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000018061 | KIAA1715
Description
Bos taurus KIAA1715 (KIAA1715), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001075989]
Coordinates
chr2:21003252-21011178:+
Coord C1 exon
chr2:21003252-21003422
Coord A exon
chr2:21003423-21010942
Coord C2 exon
chr2:21010943-21011178
Length
7520 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGA
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
TTTACTCTTTATCTTTTCAGAAT
3' ss Score
10.57
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTTTCGTTGTGCCTACTGTTTTTTCTTGAATCCTGCTAGAAAAACCAGACCCCAGGCTCCAAGACTTCCAGAATTTAGTTTTGAAAAGAGGCAGGCATTGGAAGTCTCAAATACAGTTGGTTCCTTGCCCTCAGAAAGTGTAATTTCATCAGAGAACCAGATCAATGAAG
Seq A exon
GTATGAATATGTTAATTTAGAAGTTTTGTCTCTTGATAATGTTTGCTTTCAACAATAAAAGCATAATTGTTTTAGACAAGAATGGATCAGATTTTTCAGCATGCATATTATCAGGTATTGCTCTGATATTATGGCCTCCTATGCAGTTGGTTTGATGTGTTTGAGTTTTAAAATATATATTGTGTTAAGCAGGATCTAGAAATAGCTTGGTAAATATTATTTATGGAGTTATCTTTTTAATTAACTGTTGGGAGATTTAACTAGTAATACATGGAATTGCTTTTCAATTTATGTAAATGAAGCAGATTTAAGACAACTATGAAGCCACTACTCATAAGGGTCAGTTTCTTATAATAATTGTAGTTAACACTGATAAATATAGGTTTGTGCCTTAGCATTTCTATGACTACAAGTTACTCGAAAACAGGAAACTCTGAAGTTGAAAAGTCAGCCTTACATTCTTTGGATGACTATATTGACAGGACTGGTGTTCCTTTGAAACAGACAATTTATCAAGGTCCATAGGATTTAATATTGCTGATTAATGCCTTTGTTGTAAAACAAACTTATTTTAAAGAAATGGAAGTTATCAGGATTCATTGAGTTTTAGAACTTATCTTTCAGTTCTGTTTTAGGAATTCCTGAGGAAGTTTCATGGAAAGATGAGATGGAAGATCTGACTATTAATTGCCAACTATTTCTTGTTATTAATGTTGGGTGAGGAACTATTTGTTAAGCAGCTCTGAATTATGAAGATTGCTAAAGTTATGACACAGTCCCTGATATTTTGGTGCTTCACCTCGTACAGAAAAAAAAAATCCACATGGGAAGTTTCGTTCACATAGTTTAAGGTAGCAGTCAGTATTCATTCTTTTAACTTCTAGAAGTTATCATTTACATATATTTGATTTCTTTATAAAATCACTGAGTAGTGGAAAAAGTGCTTTAACTGAGAATAATATACAAGGCAGTGAATTTTCACGTATCTGAAGTTTGGTATGAGAATTTGACTATGTTTGTTTGTTTTTTTAACTTTGAAGAATGAACCTAAAATATGTGTGTTGACTTGGGCTTGGCTTTTGTCTTACTAACAAATATCAAAATGAATTTGAATACAGATAGCCATGACAAAGAGGTCTGTGTACTTGAACGCTGAATCTTTGTATTTGTCTTCTCCATGTCTGCAACGTCAACTCCAAACACAATGTCAGACTTTTATCTTTTGCTTAAGTCATGCTCTGAGCTGCATGCTGTCACAGGCAAATCATCTGCCTTGCCATTGCCGCCTCTTGGAACTGAAAATTAAAGAATTCCAACCTGAAGATGCCTAGAGGAAAAATTGGAGTCCCTGCCATGAGTAACTTTGCTTATGAAAGCTAAAGTGAATATTTGAAAGCCAATAGTTGGGACAAAAAAAGAAAAAACAGCCAACAAAATAGATATCTTGATAATGAGTCCCATGCTTTTATCTTCTACTAAGGTCAAGATGCAAAGTTAGCAAACCACACCCAGCTATACCTTTCCTTCTCATCTAATCTAGGAGGAGCAATACCCCAGATGTCTCATTTTCTGTCAGAAACCTCCGGAATGAAGTCTAACTGGCTCAAACTCAACCCTAATAAGGTAACGTTAATAGGTGAAGACATTGAGGCAGGGTATGATAGCTCCACAATGCTAGAAACTGAAGCAACAATTCCATTTGGTTAAGATAGTCACTATAGTAGTAACTTCTTCATTCTTCTTTTTGGATTCATCAAAATGGCTAGTATGAGCATCGTTTTACTTCTTTGGTTTGTCAGAAGACAAAATTTTTTCCAAGACTCCTGTCTCTCAACACTGTGATATACGGTTATCAATTTCAAGCTGGATTCCATTAGTAAATGGCGGAAAGTATTTCTGATGAAGAGATAAAGCTGCATTTATTTAAACACTGGTGGCGTACCTTTATGATTAAATTGAACTGTGAAGTAAGGAGCATATCATCTCAATCAGCTACTCCCTCTGTTGACAGCCAGAGTGATGAAGGGCTTAGATTGCTGATTTCTACACTTCTGTGTAGAAAAATTACACAAAACTTAGGGTCTGAAAGAAAAACTTTCCTGTTTCAATTTTTATATATTTTTAAAAGTATTGAACCAGCTTCTTGAGATTGTGTTACTGAATTTACAGATGGAACCAAAAGGTAACTTTCTTTTGTCTTAATGTTTTTTCAAAGAATAGTTCATAACCATTTATGTGAATCTAGAATTAATACAAGAAATCCTTTTTTCAATTTATGATGCAAGACTTTAAATTTTATCTTCATTCTACTGGAATATTTTGCATTTAGGGTGAGGCATAAGGCTTTTGAAATTTTTGGACCACTCTTGGAACAACACATGAAACCTTGGAAAGTTTTCATCAAAGAAGGAGTGCTAGAAGAAAGAAATTCTTCCTGTTAACTGCTCATTTGAATTCCTAAAATTTTTTCTAAAACTGTGTACACGGATGTTTTGGTAATAAAACATTAGAGAAAACAAAAAAATTAAGATTGTCACTTTATTCTAAGAGCATGCTAGATATGGTATGTCAAAGTAATGAGCTGGTTTTTAGTTTCTTTGGTTTCTTTTATTGTGAAATGAATAGTACAGTAATATTTGAGTGTCTGCTAAGCCATGTTAAAGTCAGTTTATCAGTTTTTCTTCTTTTTAAAATGTGTTTTTCAAAATAATTGATTCATAGTATTCTTTTTGTTAGATGTGATAATAATTAGAGTACAAGGTTACTACACTATTAATATTCCAGTATAGTGATTTGGAGTTAGCATGTTTAAAAAATGTTAATATTGTTTTTGTTGTTCAGTTATATTTAGTTAGATCTTATGTAATTCTTTTAGTAGAATATAGCTTTATTCACTGGAAATAACTTGCTAGTAATAAAACTCATGGCATCTACTTAGTACTATCAAAAATAGCAAGTACAATTTATATAAGGTGAAATTTATCTTGATAATCCGATTTTTGCTCTTCCCTTTCTTTTGTTTCAACAATAATACTGTTACCATTAGGTTATGTTGAACTAAGGAAAGTTCTGTTTTTAGTTTTGCTTATTAGGTGCTTTAGGAAATTGTACTATTTGATAATGTAGATTTTATTGAATTCTATGTATCAGATCAGAAAAACTTATGTCTTTATTTTTAGCTATGTATAGCTTACTCAAGATGTAAACTTGCCTATATTATGTTTTTTTCATGCTTGTTTTAGACATAGAGATCTTTTAGCCTGTTGGTTTCCTTTTCTGAAACACCTTCATCTAATAGTTTTACATTATTGCTTAATAATGACATTCTAATGACTCTTCTAATGGATTTGTTAACAAATGGTAAATAATTACACAACATCTTTATGTTTAAAATGAGCTATTTTCTCATAGGTGGTTATCATTTATTTGAATTTTATTCATTGAGCCAGTAAGTTGCATTTTGGGATGAAATTTGTGTCTTTGGTCCTTGAATATAAGTTGGCTGTTTTTCTTAAGGCAGAAAAATCTTTAAAAAACTTGAAAATCTGTGAGTTAAAGACAAATTGTCCATTTTAATTTAACAAATTTCCTTTGGGTGAGTTTTATAGTCTGTACATATAGTAGGTACTGATATGTTAGCAAGGCAAAATTTTTTTTAAGTTATTGTAAAAAGGGGTAAGAAGTAAGAATCTAAATCACCAAAATATTAGGAGTTTTGGAATACATAATATAAATAGACTCATGTATTTTGCTGCAGAAATTATGTGTTTCTTTTGGAGATGTATGAAATTGTTTTGTTAACTATTCTTTAATTTTTTTAGAGAATTATCCTTTCAAGAGCTAGAATAAAAACCTAAATGGACGGTGGTCTTCTTAAATGTTTTTGCATGTTTGTGGTTTATAGGTGAGGCAGTGGCAGTGTTCATTATACAGTTACATTCAGTTTTATGAGGTTGAGCTATCTAGCTGAATTGAAGCTTTACCCAAACAACCAGAAGCCAATTGTTACAGTTTGGTGGGAAAAGCTTTTTTCTCAAGAATATTGGGGTAGGAGAATAGAAGGGGAAGGAGTCAGGTAAGGAACAAATCCCATGGATCATTTTTGTTTTATCACATTGTGATAGATTGTTTTCTTGGCATTACAGATGTCAAAGGTGATTTAAAAAATTTTCCTACAGATGGAATTAGGTCATTCGAGTAACCTTGTATTAATTTTAGTCTTAAACTGGTGCTGCACAGGGAAGAGTAGACCTGTTTAATTAGTGTGAACATGAAATATGGTTTCTCTTTTGGTATTTTATGCCCAAATATTGACATCTACTGTAATGAATTTTATACCACCAACTATTATATATAAACTACAGCTTCACAGAAGAAATTTACTGTTTTCTTCTGTGGCAAATGATACTCTCCCGCAGAAATAAAGTAAGTACTTTTGGAATATATTTAATTATCTTTTTATAAAGTTCTGTGGTTTAGTTATTAAACTGGTATGTAATTAAATTTCTGTTAATCTTGTGCATCTAGTTCACTTGAAGCTTGTAGTGATGACCTCTCACAAAAAGACACTGACATACATAACACTGAATATCTATGTTGTTTAGACTAGCTGATATCTGCATTATAGGTATCATGACACGTACCAAATTTTTGTAACATTAACTGCTATTAATATTACTTTTCTACAGATTAACCTGGGGGAAGAAAAGTAGTCATTTAATACGCTTTTTGTTCTCAAACCCTTTTCATCATTTCACCATTTTTTAGTCTTCTGTATATTTTCTGAAATACAGTATAGTATTGATGAGCAGGTTTTGTGTATAATGCTATTTTCTAGTTATGAAAATAATTGACTTTTGTAGAATTCACGTGTATATCTTAGAATTCACCTCTATATACGTTAACAAAATTAAGTATTATAATTTTTCTCTTTGTATTAATGCTTCTTTAAGATTCCAGAATTTTAAAATTTGTATTGTATTTGACTGGCGATGTGTCTATTTCTGAAAATAATTACATCACAAAGCTTTAATATGATAAATCATAAACTTTGATACTTCTGTTTAATACTGAGTTAATCTATCAAAACAGATAACAAACTATGTGGGCCCATGTTCACTGAAGCATGCTTATTGATGAGTTGAGTCCTGAGTTCTGAGCTTTTTGTTTTTTCATTTCGTGTAACTTTATTGGAGGTTTTACTAAATCATAACCACTTGTAAAATTCTTGGCAAGTAAGTATTGCTCTATGGCCAGAGAGTTGTAGAAAACAGTGACTCTTAAAATTCTACCCTGGATAAATTCTGTGAAGGTAGAATTACAGATGGTTATTGACTTCCCTTGTGGCTCAGCTGGTAAAGAATCCACCTGCTATGTGGGAGACCTGGGTTCAATCCCTGGGTTGGGAAGATCCCCTGGAGAAGGGAAGGGTTATCCACTCCAGTATTCTGGCCTGGAAAATTCCATGGACTGTATAGTCCACGGGGTCGCAAAGAGTTGGACATGACTGAGTGACTTTCACTTATTGACTCCTGAAGTGTTCCACTGAACAGTTTGCTTGCCCTTGTAGCAGAAATGGTCTGTACATGTCCATAGAGTTTCATTTCACTTTCTGCTTTTCCTTTGACCACTGGATATAACACAACTTTGTATAACATGACTCGACCTCCTGCTTTTCAACTTTGGATTTTTGTAAGATTCCAAGTGGTGACAGTGCCATTTTATGTTCCTTTTACAATAAAAATAGCATTTTTGTGACATGTGAACATTCCTCATCTTTTTGTGAGCATATGAAGTTTCCATACAGTAAACCTCGTTAACTTAGATGTCCCTAGCTATGCAATTTTGGCTTTTTGTTCTATATATAAAAAGAGAGAAAGAGATTGTGATTAATTCCATAAACTAGAGTCGAAAATATCTTTAAAAATAAGTTAAAAAATTATTTTCAAATCCACCTAGAGTATGTGATATAATTTATATTTATTAAAACTGATATGATAAAACCATGAATTTATAAAACCTCCATGTAAGCATATTTTCTTTAAAAAGTATTAATTTTGTTATCAAAATACTGGCATTTATTATATGCTAAGTTGCTTTGGTTGTATCCGACTCTTTGCAGCTCTATGGACTATAGCCCGCCTGACTCCTCTGTCCATGGGATTCTCCAGCAAGAATACTGGAGTGGGTTACTATTCTACAAGGAACAAAACTAGAACTTTTTACTAGTGTAAACTGGCCTGTCCTCCAGATTTTTGAATCAGTAGCATTTGTAATATATTATAAGGGATCATCTGTGAGGGTATGAAAATCTCCTTATTTGCTTTGCTGATGTAGTTTAACCATATTTCTCCTAGCAGTAATATTAGTTGCTATTTATTATTACAGAAACAAAACACAGAAACACCTCAAAGTTAGGTGTTTATCTTTGATTTGGAAATTGAGTGGCCCAAATCTCTGCTCCTGTCATTTCCTTCCCTTTCCTATTCTTTAAACTTTGAAGAATTAAAGTTATTATTATTAAATTATTATTAAGAGATATGAGTTCAATGACACTCAAAAGAGAGTTTGAAGGGAGTAAACTTTCAGATTAGGAACCAATGCCTTTACTTGGCCTCTGCTAATGGAGACAGAGGCAAAAGACTCTTCCCTTTCGCTCCCTAGCATTCAAGGTATGTAGCATATTCTGACCCAGAGGTTTAAATCCCAAGGACTTGTCTTGCACAGGGATGAAGGAAGACTTGTCTTGTCTTTGGAAAAGGTGGATCCAGACCCCCACAGTCATGGATAATAGAGATGTAAATCAGTGTGGGAAATCACACCACCTAAACACACATATGCACCCTACAAAGGTACACATTTACTCATTGGTCACAGTGTTGCCTGGAAGCAAGAGACACTAGTTCCTTCAGGACACATAATGTGGGAGTTAGTGCATTTGCTGTTTTTCCTGGGCTGTTGTCTTATAATACATAGTTCTATTTTAATTTTGATATATTCAGACATTCAGCTTTCAAATCCATCTTTAGGAAAGTTCTTAAGTATTATGATAGTTCATTTATTTTGTGAACGATGGGGCTTTAGGTAAAATTATGTTTATGGGTATGTTTCCCCCAAATTGTTTTTTCCTTCATTCATACCATTTCATATATGGTATGCTCTAGGGATAGGCTTCCAAAGTGGCTCAGTGGTAAAGAATCTGCCTGCCAATGCAGGAGACATGGGTTTGATCCCTGGGTTGGGAATATCCCCTGGAGAAGGGCATGGCAACCCACTCCAGTATTCTTGCTTGGAAGATCCTGTGAACAGAAGAGCCTGGTGAGATCCAGGGATTGCAAAAGAGTCAACGTGACTTAGCAACTGATTATGCATGCATGATGTACTTAAGTACATTAAAAAGATATATTTTAAGGATAATGTTAGACTATTCTTCTGTTTCTTAGTTTCTTTGCACATGCTTATCTTATTTAGTAGTTATTAACATTGACTATTCCTGAAGTTTTTACTCTTTATCTTTTCAG
Seq C2 exon
AATCTTTAGAAGAACAAGATGTTCTAGATAATAGTACAGAACAGACAGATGACAAAATACCAGATACAGAGCAGACAAACCCAGTGATTGAACAAGCATCTGGCATAGAGGAACCAGAGGAGAAACAAGAAGAGACCGAGAATGAAGAAACCTCAATGAATGAAGACAAGTCAGCAGTTCCCAGAGCTAGTGCTGTTCCTAATCCTGAACTAAGTGGAGAATCTTTGACAATGTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000018061:ENSBTAT00000024045:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.454 A=NA C2=0.987
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF100584=DUF2296=PD(19.6=17.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]