HsaINT0087117 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000144320 | LNPK
Description
lunapark, ER junction formation factor [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:21610]
Coordinates
chr2:175923892-175937514:-
Coord C1 exon
chr2:175937344-175937514
Coord A exon
chr2:175930200-175937343
Coord C2 exon
chr2:175923892-175930199
Length
7144 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGA
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
TTGAATCTTTATCTTTTCAGAAT
3' ss Score
9.44
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
AATCTTTAGAACACGATGTTCTTGATGATAATACAGAGCAGACAGATGACAAAATACCAGCTACAGAACAGACAAACCAAGTGATTGAAAAAGCATCTGACTCAGAGGAACCAGAGGAGAAACAAGAGACTGAGAATGAGGAAGCCTCAGTGATTGAAACCAACTCCACAGTTCCTGGAGCTGATTCTATTCCTGATCCTGAACTAAGTGGAGAATCTTTGACGGCAGAGTAGTAAATGCTTCCACGTGCCTTCAACTGGATATTTATAGTCTTACTGATGTCAGTTATTGCTTTTTCGGTGGCACTTACTTTTTTTGCCCCTCTAAGGGTATGCTTGTGTATCATTTGAATTCAGATTGCCTAGCTATTTGAACATCTCAAAGTTATATATACTGGGTATTAAAATTAAAAGCAAGTTATATCAGTGAAGTAAGATCCTTTTGAATGTACAAAGACCCACACTATTGAGACAGCTTTTAGATACTTTTTTGTCCATTCTAAAAGTAAGCAAACATGATTGCCTTCTTGTTTTCTGTATGTATAACCCGTAAATATCCATTTTGACATAGGAAGAACTTTGGTTAAGAGTAAGTTCTCTAATTGTGTTTGTTTTAAGGAATGAAACTTGGTTAAGATTTTGACTACTTCATTATTAAAAATTGATAGAATTTTAGCTCCTGAGATATTTACAACTGGGAGAAATGTCTATTTAGGTGTTTACATTAAGCGGTATGAAAGTTGTTACCACATAGGCACTGGTACGAATTCTCAATAAGAATGCAGTGGAACAGTTAAGTAGAACTGTAACTACGTTGGCACTGGTACGAATTCTCAGTGAGAATGCAATGAAACAGTCAACTGCAGTGTTTCTTTTTGATGTCTTTTATTTTACAACTGGGCCAAAGGCACATTATGTATATAATTAGTTTATATTTACACACTAGCATATAGGAAATATTTCTGCACTTGACCCTATTTGAATTCTGAGCATTATTTATAAGTATAAAATGATGATATATAAGTGAATTTTGTGCTCTTGTTTGTATTTTATTAAGGAAAATGAAAATAATCTGGCATCAGTTTCATTTTGCTAAATATCTAGTCTTCTTCAAACAGTATCTTGGTGGGTGACTTGGCTACCTGAAAAATCTTAGGAGGAATAGCTCACAATACAATAAATCTGTAGATTCTGCTTAGAGCAAATTATGGTACTTTTATTCAGACTTGTTTCCTTTCTAGTTAACAGAAATAGTGACATTTAGAGGTTTTAATCAGAAGTTAGGTTTTTCTGATTCAGGAACATCGTAGGCCAGCCATTTGTAATTTTTAACTTTGAGAAACAAATTTTGTGAGAATAGGTAGTGGGTTGCTGGTAGTTAATTGGATTTAATATTTGTATTAAGGATTAACTGGAAAAAATGTGTCTCAGTGCTAATTCTTGGACCTTTAATACAGTGTGCTTATCTGTTACGGCCTCCTTTTATCTCTCTTCTCCAATATTAAAAAAAATGGAAATCAAATTATTATGCTGAAGGGAAAAATATACCTGTATAAGAATGGTGTGTTTGGCTAATGTTTCTAAGTTGCACACAGTTTATTAACAACTGAACAAAACATTTTTATCATTTAAAAATCTATTTTTATGATTTAATATCTCATATGTGACAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAACTCAATCTGTTAACAGTCTGGGACATCCGGTATAGTAACCAGAGTTTTTGAGCCTGCCGTATTGGGCTTAAATTTCAGGTCTGTAGTCTTGGGCAAGTCACCTATAAACTCACTGAGATTATTTTTTCATCTGTAAAATGGGAAGAGTTATGTTTATTTTTGAAGGGTATTAGGATAATTAAAAATAATGTAATGTGCCTAGCACACTACCTGAAAACGATGGCATTTGTTCTTATTAATGTCTTTAAAATATGCAAGGACCATAAGTTTTTCCTCTTGCAGATGAGGAAAGTAAAAAATAATACGAACATGTAATTCAGCTTCTCAGATTCAAGCCAATGTTTTTTGCATCAACTTTTCTATATTGTATGTATGTATATAAATACATAGATTAAGGAAATAGGAAACTGAAACTCTGTGGAATATAAACTTTTTAAAAATAATTTCATCAGGTTTTTTGTATGTTACTGACCCATATGGATTTTAGTAACATCTTGCTTAGTCATGTTGTTATAAAACATTCAAATTCTGATATACATTGCTTGAAAATGAGTGAGTACCTCAGAGAAATTTGATAGACTCAAACAGATAGTATGAGAAATATCTTTGAAAGAAATATGGAGGAAGGTTAAAAGGGGATTAGTAAAATTAATGCGATAGGTAACATGTTTGTAACCATATAGTATCCTTTTAGATACAAAAGCTTATTTTCATTATTATTATAATAAACAGTTAATGGTTGAAACTTAGTAAAATGTCCTATTTCTGATTATTAAGACTAGTATAAATGAGAAAATCCAAGCTATTAAGTACCATTAGCTACAGTGATCTTAGCTTCCTTGCTTACAATTGTTCAGTGGGTCATCTAAATTCTTCTATGTCCTGAGCATGATCTACAAACATGGTCTAGCTTCTGTCTCTCCGTCTTCCCGCCATCATTGTGCTGTAGCCATATGGAACTCCTTTCAGTTCTCTGACCATGCCCTTTCCTGCCTCAGATTTCAGCTTAAATTTTGCCTCCTCAGAGAGATGCCTTCCCAAACTCCCCATCTGAAGCTGGCCTCTGCCTTTTACTCCCTATCATGTCACTCTCTGCTCACCATCCTTATCACAATGTGTATTTGATTTGTTTGCTAGTTTACTGTCTTCACAACATAATGTCCGTTTGTGCAAGGGTCTTATTTTTCTTATTCATGTCTGTATCTCAAGGGTCTAGCACAATGCTTGATGCATATTGTGTGAATAAATACTTTGTTGCCAAATCCAGTGAAAACTCTCAGTTCTTGTTTCACTGCTTGGCAGTATTGACATTGAATATTCTCTGAGATACTTTTTTTCTTTTGGCTTTTCATATATCACACTATTATTCTCTTATTTCTCTGGCCTCTTGCTCTCAACGTCCTGTAAGTGTTGGTGTTCCTTAAGTTCTACCTAGTGTCATCATTTCTTCATTCTGCATATTCTTTCCCTAGGGTTTCTTCCCAACACCAAAGGACTTACCATCTGTCTCTCTGAATCTCAGATCTCCAGCTTTGATCTGTTTCCTTTACTTTAGAGCTATATATTTGCCTGCCTACTGGCCTGTCTCTCACAATCCATATATTCAAGAATGAACACTATACTTTGCTTCAAACCTTCAGAACATTCAAACCGTTTATGTTTCTCATCTAATCAAATAGAGTTACTCTCTAAGCCAGAAGCTGTAAACTCATCTCTTTTCCCTTTATTCAAGCTGTCAATTTTTGTCTCCTAAACATCTTCTAGTTATATTCTCATTTCTCTGTTCACATTGCATTAATAATGATGATAAACATTTGCATTCTTATTCTGTGCCAGGCAACATGCTAACTGCTGTATATATATTATTATATTTGTACTTTGGCAAGAATCCTGTGAAGATTTTTATCTTTGGACTACTAGAAGAGAAAGCTGAGTTGTAGAGAGAGTATGTATTTAAGTCCGTTTGGGCTGCTATAACAGAATACCACAGACTGGGTAACGTGATGAACAAAAATTTATTTGGCTCACAGTTCTGGAACCTGGGAAATCCAAAGGCATGATGCTAGCATCTGGTGAGGGCCTTTGTGCTTTGTCATCCCATGCCAGAAGGCAGAAGGGTAAGAGAGGGCAAGAGTGAGCAAGAGATGGAAGTTGCAACCTCAAGCTCTTTTATAATGAGCATTAATCCATTCATGAGGGCTTCACCCTCATGACCTAAACATCTCCATTAGGCTCCACCTTCCAATGCAACAGTTAGCATAAGTTTTCAACACATGCTTTTTGTAGCATTCAAACCATAGCAGGAAGCAACTTTGCTTAAAATTGTATACCTGGTAAGTGGAAAAAGAGGGATTTGAATATAGGCAAATGACTTCAGAGGATTTACTCTTAATTTCTGTTGTACTGCCTTCTAATCTTGGCCTCCATCATTTCAGATTACCAAAGCTGTCTCTTAACTGGTTTCTTTGTCTCCAACCTTGTGCACTTGCTATCTATTCTGTGTGCTGCAGCCTGAGTTTTTAAAAAACAGAAAATGAGGGGCCAGGTGTGGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCAAGTTGGGAGGCTGAGGCGGGCAGATCATCTGGGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACGTGGAGAAACACTATCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGTGCATGCCTGTAATCCTAGCTACTCAGGAGCCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACACGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCAGAGATTGCGCCATTGTACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAATGAATCTGCCACGCCATTGCTTAGACCCTTTAATGACTCTTGAGTGTTCTTGGGATGAGGTCCAAATTTACTAATAAGGCCTGCAAAGCCCTGTGTAATTTTGCTCCTAGTTATGGCTGGCATCTGCACCACAACTACAGCCACTGCCACCTCCCCCTGCCACACACACATTTTAAAAGTAACAATAGTAGTGTTTTCTGTGTTTTGCATATGCAGTCTTTTCTCATCTCCCAGCCTTCTTGAGCTTTTCCTCTGCCTGAGATACGCTCCCACTCACATAGACATTGGGGGCACTAAATAAAAATAGCTGTTTAATTGAATTGGAATCGTTCCACTTGGAACCCAAGTTTGGAAATTTTGCTACTTCTTGTTAAGCTAGGCCTTTTATTCTTGAAGTTGCTATTTCTCATACAAACTCATTTTATGCATTAGACACACAGTCACTATTGTTATGGAG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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144320:ENST00000272748:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.519 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF100584=DUF2296=PD(19.6=17.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development