MmuINT0091667 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000009207 | Lnpk
Description
lunapark, ER junction formation factor [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1918115]
Coordinates
chr2:74520334-74529801:-
Coord C1 exon
chr2:74529631-74529801
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr2:74520334-74522297
Length
7333 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATAA
5' ss Score
7.08
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3' ss Score
11.61
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000009207:ENSMUST00000064503:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.448 A=NA C2=0.975
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF100584=DUF2296=PD(19.6=17.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types