GgaINT0049406 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009283 | KIAA1715
Description
NA
Coordinates
chr7:17512398-17518452:+
Coord C1 exon
chr7:17512398-17512568
Coord A exon
chr7:17512569-17517955
Coord C2 exon
chr7:17517956-17518452
Length
5387 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACGT
5' ss Score
10.75
3' ss Seq
GATTTCTTTTCTGTCTGCAGAAT
3' ss Score
10.54
Exon sequences
Seq C1 exon
CATTTAGGTGTGCCTACTGCTTTTTCCTGAATCCTGCAAGAAAAACGAGACCTCGGGCTCCACGGCTACCAGATTTCAATTTTGAAAAGAAGCAACTTCCAGAATTGCAATCGGAAGCAGAGCGTCCAGAATCAAGAGAGAGAGAACCGCAGGGGAATCAGCAGACAGAAG
Seq A exon
GTACGTGCTAATCTCGTCAAGTCTGCTCTTATTTAATGCCCAATGAAATGGCTATTTCCCCATGCGTGCTGGTATTGAATGTGCCAACTTTTATTGATATGTAATGTCTATGTTTGTCTTTACTGTACATTGGGATTTCTCTGCCTGGCTGATTTTTTTCTATAGAAATAGCTTCATAGTAGGTACAGTCTATAATTTTTCCAATCTTTTTGTCCCTGCTTTTAGCCTAACTTGTTGATGCTGTTGTTTTTGGTCCCTAACTCCAAAGTTTCTTGATATCATGATGTATGTCCAGCGCAAATGATGTCACAGCAAAATTATTTATACCGCCGTTACTGATAAACGCATGAAAAAAAACAGTGTAAATAAGTTAAGGAGGGAATACATCTCAAAGTGGTTAACTTCAACTCTGTTCGGCAGGTCATTTGATTAAGTTGCGTTGGAATTTCTGCCTTTGTTCCTTTTGCTGTTTTCCTCAGGGCAGGAAAATCTAGTAAAAACTGCCTCGTTTAAAATCAGGGAGTTCAAAGACAAATTGTCAATTTTAATTTAACATAGTTCCTTTTGAGACGTTTTATAGTCTGCAGATACAGTAGGCATCTGGTGTACAGCCAACAGGAAGATGCAATGTTTTAAAAGACTTTGGAAATTATGATTTTCGAACCAAAGAATCTCCAGTTGGCTACATACTTGAATACGTACTGGCGTTTTGCATTAGTTCCAATCAGGGAGTATGTTGGAAAAAGTTACCTAAGATGGTGCAGACCTGATATTCAGTCTGGAAGCTCATCATCTGTAGTAGACTGTCAAATCGTAACAGAACACTTGTTTACTCTTTAACACTAAGTACAAAATGACATCAGCCTTACCTTCTGGCATGGGAATGCTGATTAAGATTGGTAGGGAAGACTTACCTAGCTGTAGCCATCTCTGTGGGTGTGGTCTGATGAAAGGTGCATTGCAGGGAAAACTTGCTTGGCTTCTCTTCCTGTCAAAGCAATGCTTTTAACAGGGCAGCTTGCCTCAGCTAGTTTCAGTGTAGTTCCCCAACCAGTCGTCGGCTCACCTGAAAGGATAATGCCTGGTTTGTATGTATCGTGGAGCAACATAGAGGAGGGAAGAAGTTCCTTCTGATGTAAATTGAGAAGCTCCACATTCAGGTATTTGTTGATTAAGATAGTATATTTTATTTCTCTACCCTTTTGTTTGTCCCTATGCCACAGGTTACAATCTGCCTTAAGTATGTAAATGTAGCTATCTCTAACAGTTTTATTCACACAACTGAGGACACAGAGAACTATGGTAGAACAGCAATGGAGCTAAGTGTACTAAACTACTTAGATGTACTTTTATGATAATACTATTGAAACAAGAACTAGATCAGATCTGTGAAGCCAGACCATGCAAATTTCACCTTTGCCCTCTAATTATCTGATCTTTTCAGCGAATAGTGGATGGACTGATAATGATAAATTCATGGCTACTTTTAAAGGCAGAAAAAGACATTTTTTGTTAATGGGATCTTCGAAACCCAGGTTTTCTTCTTCTGTATGAATCAAATGGAGAAGCTGCTGCAGACTGATATTTAACTCTTGGAGATGTGTGCCTTGAGGGCATCTGAGTAATGTTCAGCTGCAGCCTTTTAGAGGTTTTGAGTGAAGGCGTGCTAATTAAGCTAGTATTATCTTTGAAGTAATGTTTATCAAACTATACTTTTAATGGGTCTGAGCTACTGAGTCAGTTTATAGATGTTGTAAAAAAAAACCACAACAAAAAAGCTTTAAGAATTAGTGTGAGGTTTTGATTAGGCAGTTGAAATGTGGGAGTGAAAATTCTGTGAAATGCTGCTTTTTTCCAAAGTAAAATTTTCAGGAAAAAACAGCTTTTTTTTGTGTAAGTGATATTTTTGATTTACCTTTAACACTGAAAATTACTTTTTTTCTGGTTGTGGTCTTTGCATTTTGGTGTGCTTCTTTAAGTTAGAACAACAGCAACAAAAAAAAACCAACAGAAATTAAACTGCTGTGGAGGGTCATTCCTTAGTTATCTTTTCCTGCTAAGAAGTATATGCTGAAAATTTTTGGAGGAGAAATTAGAAGTAAGAACTTGGTCTGCTGACTTTTGTTTCTGTGTGGTTTAAATACCTGATCTTTTCTGAATATTTCATCTACAAAGTATGAACTGCTCTGTTTTGATAATTAGGAAGCAGCCAGGAATAGAGTGTGCGTTAATATTTAACGTAACTAATATCTGAGGAATGTCCTGCTGATGTAATATATGCTACCCTGTCTGTTTGTCACTGTACATTAACTGCCTGTGTCCTGCCTCAAAGTAATCTCCTACGAATGAGAAAATACCATTTTCAGTAAATCACTTTTTCCATCAGAACCCTAATTTGAAGCATAACTCTGCTTACTGACAGTTGGGCTTTATTAATAAATGAGCATCTTCCTTGATTGTAATTTTAAGTTGTGAAGGTATAGCTCTGGGGAAGGCTTTTGTTCACTGTGGTAATATAAATGCTGTCATAGCAAGAATAGAATATCTTCACTTCGATGTAAACAAGCATTAACATCAAGAAACCAAACTCACCACAGTATTGACAACGCAGGGATATCCAACTCTTATGTGTAATTTGTTTAAACCATAGCTATACAGCTTGAAGAAATTGCAAGCTAATGAGATGCGGAAGTGCTATAAATATTTTTTACCAGTCAGCTACTTTACTAATGAATAGAGCATGAAGCTCAATCTTTTTTCTGCTGTGTGCTCTCACAGTGACAAGCATGCTACATGCTGCTACTCCAATGGATAAGAGAACTGAAGAATGGTTGTGTGGACTGCTATTGGCACTGAACCTTGGATTTTGTAATCCTCTGGAAGTATGAAGTCATCAGCTGTCAATCCGATGCAGATTACTGGCACAAACATTATACTTGGCTATTCAGCACTGTAACTTGGGAGATTTTAGTACCTGAATGAAACAAAATACTTCAGTTCTTAAGAAAATAATTGATCTAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTGTCAAAGACAGGTCTCTTCTGAACTCAGAAATATTCATGTTTGGATCTTATATGGGGGGAGGCTTCCCCAAATTACACACACCATGTATTACTTTCAGCTTTGTGGTGCATTCTGTCTTCCCTGTGTTAGGCACTTCTGCTCTGTTCTGGTTGAAAGTTTATTGTTTAGCAACAGTTTGAATGTTGAAATTACAGTTTGACAGCATGAGTATTTTGTGGTGAATATCTGATGCTGATGTTCGTTAGATGTCTTTGAACTTTGGATCTCAGGTTTGCATGGAGTTCCCTGGATGTCTGAATATTCTACAGTTACTTAATGCTTTTGGCATATAAGCAACTGTTAGTACGTATGAAAGGATTTCTAAATAGAAGGCAGATGCAGAAACTTGGCTTGCTCTTCAACAGAAGTGTTCACAGTGATACTGTTCTCAAAAAATAATTGTATTCTGAGCTTATGGTTATTTGAGTTCTACCAGAAGTAGAGCTTGGCTTTGGGCAAGTGTTTCAGACGGAGCAGAAACGTTAGGAATAGAACTGGTAGAGAACAAAACTAAGGATTAAGTTGGTCAGAATGGTTTGTTTACTGTGTTTTTTTTAATAATGGAGTGGACAAATTCAGTTTGAGATTAGGCTTGCTTCTTTATTGAGTGTGCTCTGCTTTCACAGGACAGTGTGAATACGGTGTATCTTTGTAAGCTGATTTGTCACTTAAAATATGCCAATTTCTGCCTGCTGTGTTTTTTCTGCAATCCAGTTAACGTGGCTACAGAGTTCTGTAATTTCTAAGCAGACCTGAGTCAGCTTACCTGGAATTCAATGACTTGTTCACTATTCCTTTAGTTTAAAAATGGCATTGTTTTTGTCTGTAACATGAGTATTCAGATCTTCTAGTAGTGATGCAGTCTTGTGATTATCACTGGTTGTACAATGAAATAACCTCTAAAAAGAGGGTTAGATGAACTCATTCAGTGTGAAGTACACATGCTTCGTAAGCATTAAGCAGAAATGTTAGGAAAAAGGGAACTACTGTAGCCAAAACCAGGACTTTTACAGTTGCAACCATACAGTTATTAAACTTGGCTTAAACCATTGTGGAGCAGTTTGCTGTTGATCGTGTGTAGCTGCATTCTTCAACTAAATCTGGGATTCATGATTAATCATCAAGAATGCTACCTTTCTTTTGTCATCTTTAAGTTTACTTAGGGAGCATTCTGTTAGCTACTGTTCCTACAGTAATTTAAGCCACTCGGTATTAAGTTGAAATTCCACTAATCAGTGCATTTAAAATGGAATAATTGTGTATATTTAATAAAGATTTATAATGTTTATAAGTGGAGTTAGCAGTACCATTTACTGTGACTACCATGGCTTCCTGATTAAAGAACCTACTGTTTAGTCCCTTAACTATGTCAGACCTTAAGTTATTGAGCTAACTTTCTAGGTAAGGTTTTCTTTTTTAAACTTCAGAGTTTCAGCAGCTTCACAAAGTTTCTTTAAAATGAAGTAATGGGAAAAGTAAAGTAAAATAACTGACTGGTTTTTTTAGGAAAAGTGCCTCTGTTTTTTGGTAGGTTAAAAATAAGGCAGTTCTGCAGAATGCTGAGTGTTGCTCTGTTAAGGGCTACAAGAATGGGCAGACAAGTAATGGTTGGGCTACACTACAGAAGAATTGAGGGCATGGAGTTCTTTTCCTCCCGTCCTCTACTTTCTTTGTCACTCAAGCTTCAACAGCTGCAGTACAGATCTAATGTAACTTAAGCGTGGAGGGGCTGGAGCAAGAAAAGGCATAAACTCATTTGTAGTATCAGAGACTGAAGAAAAAAAGCAGAGGCGAGACAAGTAGCAAGGTCAAGAATATTCAGTTTTTTATTGGCAGTTTTCAGATATTGAACTAGATTGTTCTATTTTTTTTTCTCATTTTCTAATTATCTGGCTCCTTATGTTTAAAGTAGTTTTTG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Seq C2 exon
AATCTGAAGGAGTGGCTCAGCAAATTGAGACAAATGAGACAGATGAGAAAGCACCAAGTGCTGAGCAGTTGAATGATAGTCTTGTTGAAGAAGTTGAAAAAGAAGCAGCAGAAAATGTTTCAACAACCGAAGACTCTATTTCAGATTCTGCTATTTCAACTGAACAAAGTGAAGAATCTTTAGTGAAAGCAGAATAAAGTACTTCAAGTGCCTTCTGTAGCTAGTTTTTAGCTTTGTTCATGCCTGTTGTTACTATTCAGGTGAGCTTTTTTAAATGGTACAACTTAAAAATCTCGCTTGAGCTTAAACTGCCTCAACTGTCACAGTATGTCAAAGCTTTGTGTAAAAGTGGATATTGTAAATTAAGCATGTCTTTAAGTTAACTCACAGAATGTATAGTTGGTTGAAGTCTAACAGTCATAGACATTGTTCACTTTGCATATTTGAAAAATCAAACTTTTAAGTTTTATTAAAGGTGACCTACAACTTGGCATCTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009283:ENSGALT00000015103:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.257 A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF100584=DUF2296=PD(19.6=28.6)
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]