GgaINT0049406 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009283 | KIAA1715
Description
KIAA1715 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:21610]
Coordinates
chr7:15900095-15908061:+
Coord C1 exon
chr7:15900095-15900265
Coord A exon
chr7:15900266-15905652
Coord C2 exon
chr7:15905653-15908061
Length
5387 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACGT
5' ss Score
10.75
3' ss Seq
GATTTCTTTTCTGTCTGCAGAAT
3' ss Score
10.54
Exon sequences
Seq C1 exon
CATTTAGGTGTGCCTACTGCTTTTTCCTGAATCCTGCAAGAAAAACGAGACCTCGGGCTCCACGGCTACCAGATTTCAATTTTGAAAAGAAGCAACTTCCAGAATTGCAATCGGAAGCAGAGCGTCCAGAATCAAGAGAGAGAGAACCGCAGGGGAATCAGCAGACAGAAG
Seq A exon
GTACGTGCTAATCTCGTCAAGTCTGCTCTTATTTAATGCCCAATGAAATGGCTATTTCCCCATGCGTGCTGGTATTGAATGTGCCAACTTTTATTGATATGTAATGTCTATGTTTGTCTTTACTGTACATTGGGATTTCTCTGCCTGGCTGATTTTTTTCTATAGAAATAGCTTCATAGTAGGTACAGTCTATAATTTTTCCAATCTTTTTGTCCCTGCTTTTAGCCTAACTTGTTGATGCTGTTGTTTTTGGTCCCTAACTCCAAAGTTTCTTGATATCATGATGTATGTCCAGCGCAAATGATGTCACAGCAAAATTATTTATACCGCCGTTACTGATAAACGCATGAAAAAAAACAGTGTAAATAAGTTAAGGAGGGAATACATCTCAAAGTGGTTAACTTCAACTCTGTTCGGCAGGTCATTTGATTAAGTTGCGTTGGAATTTCTGCCTTTGTTCCTTTTGCTGTTTTCCTCAGGGCAGGAAAATCTAGTAAAAACTGCCTCGTTTAAAATCAGGGAGTTCAAAGACAAATTGTCAATTTTAATTTAACATAGTTCCTTTTGAGACGTTTTATAGTCTGCAGATACAGTAGGCATCTGGTGTACAGCCAACAGGAAGATGCAATGTTTTAAAAGACTTTGGAAATTATGATTTTCGAACCAAAGAATCTCCAGTTGGCTACATACTTGAATACGTACTGGCGTTTTGCATTAGTTCCAATCAGGGAGTATGTTGGAAAAAGTTACCTAAGATGGTGCAGACCTGATATTCAGTCTGGAAGCTCATCATCTGTAGTAGACTGTCAAATCGTAACAGAACACTTGTTTACTCTTTAACACTAAGTACAAAATGACATCAGCCTTACCTTCTGGCATGGGAATGCTGATTAAGATTGGTAGGGAAGACTTACCTAGCTGTAGCCATCTCTGTGGGTGTGGTCTGATGAAAGGTGCATTGCAGGGAAAACTTGCTTGGCTTCTCTTCCTGTCAAAGCAATGCTTTTAACAGGGCAGCTTGCCTCAGCTAGTTTCAGTGTAGTTCCCCAACCAGTCGTCGGCTCACCTGAAAGGATAATGCCTGGTTTGTATGTATCGTGGAGCAACATAGAGGAGGGAAGAAGTTCCTTCTGATGTAAATTGAGAAGCTCCACATTCAGGTATTTGTTGATTAAGATAGTATATTTTATTTCTCTACCCTTTTGTTTGTCCCTATGCCACAGGTTACAATCTGCCTTAAGTATGTAAATGTAGCTATCTCTAACAGTTTTATTCACACAACTGAGGACACAGAGAACTATGGTAGAACAGCAATGGAGCTAAGTGTACTAAACTACTTAGATGTACTTTTATGATAATACTATTGAAACAAGAACTAGATCAGATCTGTGAAGCCAGACCATGCAAATTTCACCTTTGCCCTCTAATTATCTGATCTTTTCAGCGAATAGTGGATGGACTGATAATGATAAATTCATGGCTACTTTTAAAGGCAGAAAAAGACATTTTTTGTTAATGGGATCTTCGAAACCCAGGTTTTCTTCTTCTGTATGAATCAAATGGAGAAGCTGCTGCAGACTGATATTTAACTCTTGGAGATGTGTGCCTTGAGGGCATCTGAGTAATGTTCAGCTGCAGCCTTTTAGAGGTTTTGAGTGAAGGCGTGCTAATTAAGCTAGTATTATCTTTGAAGTAATGTTTATCAAACTATACTTTTAATGGGTCTGAGCTACTGAGTCAGTTTATAGATGTTGTAAAAAAAAACCACAACAAAAAAGCTTTAAGAATTAGTGTGAGGTTTTGATTAGGCAGTTGAAATGTGGGAGTGAAAATTCTGTGAAATGCTGCTTTTTTCCAAAGTAAAATTTTCAGGAAAAAACAGCTTTTTTTTGTGTAAGTGATATTTTTGATTTACCTTTAACACTGAAAATTACTTTTTTTCTGGTTGTGGTCTTTGCATTTTGGTGTGCTTCTTTAAGTTAGAACAACAGCAACAAAAAAAAACCAACAGAAATTAAACTGCTGTGGAGGGTCATTCCTTAGTTATCTTTTCCTGCTAAGAAGTATATGCTGAAAATTTTTGGAGGAGAAATTAGAAGTAAGAACTTGGTCTGCTGACTTTTGTTTCTGTGTGGTTTAAATACCTGATCTTTTCTGAATATTTCATCTACAAAGTATGAACTGCTCTGTTTTGATAATTAGGAAGCAGCCAGGAATAGAGTGTGCGTTAATATTTAACGTAACTAATATCTGAGGAATGTCCTGCTGATGTAATATATGCTACCCTGTCTGTTTGTCACTGTACATTAACTGCCTGTGTCCTGCCTCAAAGTAATCTCCTACGAATGAGAAAATACCATTTTCAGTAAATCACTTTTTCCATCAGAACCCTAATTTGAAGCATAACTCTGCTTACTGACAGTTGGGCTTTATTAATAAATGAGCATCTTCCTTGATTGTAATTTTAAGTTGTGAAGGTATAGCTCTGGGGAAGGCTTTTGTTCACTGTGGTAATATAAATGCTGTCATAGCAAGAATAGAATATCTTCACTTCGATGTAAACAAGCATTAACATCAAGAAACCAAACTCACCACAGTATTGACAACGCAGGGATATCCAACTCTTATGTGTAATTTGTTTAAACCATAGCTATACAGCTTGAAGAAATTGCAAGCTAATGAGATGCGGAAGTGCTATAAATATTTTTTACCAGTCAGCTACTTTACTAATGAATAGAGCATGAAGCTCAATCTTTTTTCTGCTGTGTGCTCTCACAGTGACAAGCATGCTACATGCTGCTACTCCAATGGATAAGAGAACTGAAGAATGGTTGTGTGGACTGCTATTGGCACTGAACCTTGGATTTTGTAATCCTCTGGAAGTATGAAGTCATCAGCTGTCAATCCGATGCAGATTACTGGCACAAACATTATACTTGGCTATTCAGCACTGTAACTTGGGAGATTTTAGTACCTGAATGAAACAAAATACTTCAGTTCTTAAGAAAATAATTGATCTAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTGTCAAAGACAGGTCTCTTCTGAACTCAGAAATATTCATGTTTGGATCTTATATGGGGGGAGGCTTCCCCAAATTACACACACCATGTATTACTTTCAGCTTTGTGGTGCATTCTGTCTTCCCTGTGTTAGGCACTTCTGCTCTGTTCTGGTTGAAAGTTTATTGTTTAGCAACAGTTTGAATGTTGAAATTACAGTTTGACAGCATGAGTATTTTGTGGTGAATATCTGATGCTGATGTTCGTTAGATGTCTTTGAACTTTGGATCTCAGGTTTGCATGGAGTTCCCTGGATGTCTGAATATTCTACAGTTACTTAATGCTTTTGGCATATAAGCAACTGTTAGTACGTATGAAAGGATTTCTAAATAGAAGGCAGATGCAGAAACTTGGCTTGCTCTTCAACAGAAGTGTTCACAGTGATACTGTTCTCAAAAAATAATTGTATTCTGAGCTTATGGTTATTTGAGTTCTACCAGAAGTAGAGCTTGGCTTTGGGCAAGTGTTTCAGACGGAGCAGAAACGTTAGGAATAGAACTGGTAGAGAACAAAACTAAGGATTAAGTTGGTCAGAATGGTTTGTTTACTGTGTTTTTTTTAATAATGGAGTGGACAAATTCAGTTTGAGATTAGGCTTGCTTCTTTATTGAGTGTGCTCTGCTTTCACAGGACAGTGTGAATACGGTGTATCTTTGTAAGCTGATTTGTCACTTAAAATATGCCAATTTCTGCCTGCTGTGTTTTTTCTGCAATCCAGTTAACGTGGCTACAGAGTTCTGTAATTTCTAAGCAGACCTGAGTCAGCTTACCTGGAATTCAATGACTTGTTCACTATTCCTTTAGTTTAAAAATGGCATTGTTTTTGTCTGTAACATGAGTATTCAGATCTTCTAGTAGTGATGCAGTCTTGTGATTATCACTGGTTGTACAATGAAATAACCTCTAAAAAGAGGGTTAGATGAACTCATTCAGTGTGAAGTACACATGCTTCGTAAGCATTAAGCAGAAATGTTAGGAAAAAGGGAACTACTGTAGCCAAAACCAGGACTTTTACAGTTGCAACCATACAGTTATTAAACTTGGCTTAAACCATTGTGGAGCAGTTTGCTGTTGATCGTGTGTAGCTGCATTCTTCAACTAAATCTGGGATTCATGATTAATCATCAAGAATGCTACCTTTCTTTTGTCATCTTTAAGTTTACTTAGGGAGCATTCTGTTAGCTACTGTTCCTACAGTAATTTAAGCCACTCGGTATTAAGTTGAAATTCCACTAATCAGTGCATTTAAAATGGAATAATTGTGTATATTTAATAAAGATTTATAATGTTTATAAGTGGAGTTAGCAGTACCATTTACTGTGACTACCATGGCTTCCTGATTAAAGAACCTACTGTTTAGTCCCTTAACTATGTCAGACCTTAAGTTATTGAGCTAACTTTCTAGGTAAGGTTTTCTTTTTTAAACTTCAGAGTTTCAGCAGCTTCACAAAGTTTCTTTAAAATGAAGTAATGGGAAAAGTAAAGTAAAATAACTGACTGGTTTTTTTAGGAAAAGTGCCTCTGTTTTTTGGTAGGTTAAAAATAAGGCAGTTCTGCAGAATGCTGAGTGTTGCTCTGTTAAGGGCTACAAGAATGGGCAGACAAGTAATGGTTGGGCTACACTACAGAAGAATTGAGGGCATGGAGTTCTTTTCCTCCCGTCCTCTACTTTCTTTGTCACTCAAGCTTCAACAGCTGCAGTACAGATCTAATGTAACTTAAGCGTGGAGGGGCTGGAGCAAGAAAAGGCATAAACTCATTTGTAGTATCAGAGACTGAAGAAAAAAAGCAGAGGCGAGACAAGTAGCAAGGTCAAGAATATTCAGTTTTTTATTGGCAGTTTTCAGATATTGAACTAGATTGTTCTATTTTTTTTTCTCATTTTCTAATTATCTGGCTCCTTATGTTTAAAGTAGTTTTTGCCAAGTAGAATATTTTAGAATGTATTTGTATGGAGGTTCAACTTGAAAAAGCTATACAGTTTGTACTGCTTCCATTACCAAGAATAAAGAAACTGGATTACCACCATGTCTACTTCTAACAATGTCTCACATTAAATGAACAAGCCTAGAAAGGTTCTGTTGAGTATGAATGTATACAAATAATATGTAGTATTTTCAGTGAGGTCTGAACTCTTTTCCATAGCAGTTCCTTTTTTCTTTATAGGTTTTACCTTTGGCAGTTGAGAACTTTATGTAATGACTAGTTGAGACCTGTGTATGATTGCAAAATATTTTCATATGCACTTTAGAAATATTAGCTGTATGCTCTTTGTGAAAATAGTTATTAGATTTCTTTTCTGTCTGCAG
Seq C2 exon
AATCTGAAGGAGTGGCTCAGCAAATTGAGACAAATGAGACAGATGAGAAAGCACCAAGTGCTGAGCAGTTGAATGATAGTCTTGTTGAAGAAGTTGAAAAAGAAGCAGCAGAAAATGTTTCAACAACCGAAGACTCTATTTCAGATTCTGCTATTTCAACTGAACAAAGTGAAGAATCTTTAGTGAAAGCAGAATAAAGTACTTCAAGTGCCTTCTGTAGCTAGTTTTTAGCTTTGTTCATGCCTGTTGTTACTATTCAGGTGAGCTTTTTTAAATGGTACAACTTAAAAATCTCGCTTGAGCTTAAACTGCCTCAACTGTCACAGTATGTCAAAGCTTTGTGTAAAAGTGGATATTGTAAATTAAGCATGTCTTTAAGTTAACTCACAGAATGTATAGTTGGTTGAAGTCTAACAGTCATAGACATTGTTCACTTTGCATATTTGAAAAATCAAACTTTTAAGTTTTATTAAAGGTGACCTACAACTTGGCATCTCTTTAGCTGTCAACGAACAACTACTGGCCCAGCTGATCTAGTAAGTTTGGTCTAGTGAACTTAGATACCTTTTAATGTTTCCCTACCGAAGTAAATTGAGTACATCTTAAATACAGATGTTTACAAACTCAAGTGTCATTGGACATTGGGCTTAAGCATATGGAAAGTGTCATTACAGTAGTGTTGGTGTTATTCATAGCTTAACTTTTGACAGAATTCAGTTAAATGACACTCAAAAATGGCATCTCCTTGGTATTTGCATTGCAGATGAGCCAGAGGCACTTACATACAGATCTGTTTTGTGTTACATAAAATATAGAAAGTCTCTGCACTTGATTGTACTTGAATATGAAGCACTATTTATACCTGTATAATAATGACAAGATAAGTGAATCTTGTGCCTTTGTGTATTTTGTTAAAGGAAAATAAAGATATCTAGCAGCAAACTTGCTTTGTGGTTCCTAGAACACTGCATCCATGCAATTGTTCCCATTAACTGCTTCAGGGGGTTTAGAAAAGCTGTTAAAAATGACAGAATAAGAGTGGCTTGTGTTGGAAGGGCCTTAAAGATCTAGTTTCAACCCATATTTTTGTAGAGAAAGATCTGTTTTTAACTTCATAATTTTTCAAGGGTTTAAAGTTATGGTACATGAGATTAATTTGCAAGTCAATTCAGGCTCAGGGATATATATGTATATGATACTAATATGACTCCAGGCTTTCCTCAATTTACAGTAAGCGTTTACACATTATTCATGCCAAGTATGTGTGCTCCAGTCCTGACACACTTGAGAGGAGAGGATTTTGTTTCTGCAGCAGGTGCTTCTTGACTTCCATTTACTGCAGTAGAGGCAATAGTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCTGTTCAAGAAGAATTGGATCAAAATGCATGTCAAGGAAACAAAGTTTATATTTTAAGTCATGTCTCTTTGACCCCCAAAAACTTGAAGTAGGATTATATAAAGCAAAATTTGGAATTTTGCAAATTGCTAGTGATATTTAATCCAGTTGCAGACTGACTCTCAGAAGATGAGAGGAGATAGAAGAAAGCAAGGGAAAACAAATACTACAATTTCAGGTTTAGTTGTATTCTGACTCCTGTAGGTACTTGAATCTCATTTTATTTCAGAAGTACTTGAAAGCCTGGTCTGTGAATGTCTCACTGAATTGTGAGAGATGTTACACAATTCCCCTTTCTTCCTGTGGCTAGATGGAGAGCAAAACCTTGAAGTGGTATATTAAACAATTGGGAAGCTTACTGATGTTCGGCTTTCATTGCTTCTGAAATTTTGTGAGTAATTTCTGGGATTTCCTTTTATTGAAATATTGTGTATGTATATATAATAGAAAGGAATTATCTAGGCTACCTAAAACTGCTGTGAAAGCCAAATAAGTGTAGTTCAAAACAAAGTGAGTCAGCTGGTTGATTTTAAAAACATTTCAGAACAGAGAAGTGAGGAAATGCTACTTTATATTGTAGTGCTTACTCTAAAGAAGAATATGATTGGTTGCCCTTAGGTATTTTGACAGAAGTAGATGATTTAGTGGAATGAATCCTCGTATGAAGGTGGTTTGTCTTAAGAAAGCAGTTCAGTTTACAAGCAAGAAAAGCAGAAGCTGACAAGGAAAAACAAAGTGAGATGATATGGAAGCTGTCTCCATTTACGGGCTGGTTTAGATATTATCAAAAGCATTACACTAGGAGTGCATATGCTTGCCTTGAAGTCAAGATCAAGAAAGTTGTACTGCTTGTGGTACTGGAGCAAATCCAATGAAAAGTCTTAAAGAACAGAACCACGAGGTGACACCAGTTGATGCAGCATGGAAGGGGGAAGTGTTTTTGTCTGATGGGACAAGGCCTTGAGACAGAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009283:ENSGALT00000015103:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.690 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF100584=DUF2296=PD(19.6=17.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]