RnoINT0085900 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000001593 | Lnpk
Description
lunapark, ER junction formation factor [Source:RGD Symbol;Acc:1312042]
Coordinates
chr3:61433863-61440243:-
Coord C1 exon
chr3:61440161-61440243
Coord A exon
chr3:61434068-61440160
Coord C2 exon
chr3:61433863-61434067
Length
6093 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATG
5' ss Score
8.99
3' ss Seq
ATGTCTTTCTCTCTTTTCAGACT
3' ss Score
12.42
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGAACAATACCTCAGATGTCTCATTTTCTATCTGAAATCTCCGGAATGAAGTCTAACTGGCTCAAAGTGAACCCCAGTAAG
Seq A exon
GTAATGTTAATAGGTGAAGACCAAACTTGAAGCAGGGTCTGATGACTCCGTAATACTAAAAGCCGAAGCAGAAATTCTGTTTCATTAAGGATGTTTTTAAAGTAGTAATTTTTTCACACTTCTTTTGGATTCATCAGAGTGGCTAGCCATCTTTTTTCTGTTTGGTTCTTCAGAAGACAGAAACTTTCTTCCAAGACTCCTATTGTTACACTACGACACAATATCAGTCTAAAGCTGGATCCTATTGTAAACAACGCCAAGTATTTCTGGTGGACAAAGGAAGCTGCATTTATTTTAAACACTGGTGGTGCACCATGTAGTTAGTTAAATTGAGCTATTAAGACTGTGTTTTCAGTCATTATTTTGTGCGAATAGCCAATGTAGCTGGGAGATTAAAATTCTGATTTCTAAATTCATCAGCATTGTAGAAAATTGAGAACTGGTCAGAAAATTTTGTTTTCGTTTTGTATCTTTAAACATATTGAAATAGCTTCTTAATAGCAGAAACTGTACAGATGATGTCATTGGATTTACAGGCACTCTGCAAAGGTAGCTTCCTTCTGAAGTTTTTATTTCAACAGATGTCAGCAAGCATTTATAGGTGAGCTAGTGCTGAGGCTTCCTCCTCCCACTCTGTCCTACATGTTTGTGCACTGAAGTTTGGTCTGGATTCTGATAGTAGAAGAATTTGCATATAGGATAAGGTTTTTAAAATTTCGGAATCACGTTTTAGAAAAGCATACGGAATCTTGACAAGTTTTCATCAGCGACTTAGAAGAAATTACTGTTAATCCTTGAATTTTTTTTTTATTCTAGAATTGTACATACAGATACTTTGATAATGTAACAAAAACACAAGAAACGAGGGGCATTAATTGCTTTATTTCTAAATCTGTACTAGGTATGGCATGCCAAAAGGACCTGCTTTTAAAATCTTTATTTCCTTTTATGATTGAGTGATAGTGAATAATACATAATATATAAATGCGTAAAAATTAACCCTGTTAACTGATATTAAAGTGGTTGATTGGTTTTTTCCCCACTCAAAACTGGGCTTAGCAAGATGACTCCGTGACTCAGTAACAGGACTTGCCACGGAAGTTTGATGACCTGAGTTTGAATCCCTTGAGTCCACAGAAAGGCGGGAAGGAGGAACTTGCTCCCCAGTGTTGGCCTCTGGCTTTTACAGGCACGCATCACCCCAGCACTGTTAATAATGATGATAAATAAAATGCTTTCCAAAGTACTGTGCTATTCAAACGAATAGCATTCTATTCATAGAGGTAATCAGAGCGATGAGGTCTGCATTCTTAAGTCATAAGTTTAGTGATTTGTCATTTGCTACCATGTTTGAAAATTGTTTCCATTTCTCAGTTAATTGTGTTTGTTTAGAGCTCATGTAATTGCTTTAGTTAAAAATAGCTTGCATTCACAGGATAATATGAAAATTCATGGCTTCTATTCAATACTGGCAAAAATTGTTAAATAAACTTTATATAATATAAAATTTTTCTGGAAATCTGATATCTACTTTTTCTTATATGCAGAGTACTGTTACTATTAGGTTATTTTGGATGAATAAGAATTCTGTTTTCATTATTTCTCTTATGCTCTAGGAAACTATACTATTTGATAATGAAAATGTCATTGGCTCCTGTGTATGTATCAGGCTTCTCATCAAAGCTTCAATCTTTATTTATGTTGAATTCTCTGAATAGTATATTGTTGTAGTTTGTTTTAGATAGATATAATTTTATCTTTTGACTCATTTTTTAAACATTTTCGAATAATGGTTTAGTTTTAGGTCATTTATTGCTTTGCAATGAAACTTTTTAAAATTTATTCTTCTCTCATATAATACATCACGATCACAGCCTCCCAGTCTCTCAGCACCTCCCTTTTCCCCAGACCCACTGCTCCTCCTCTGATTCCCTTTAGAAAATAGCAGACCTTCCAGTGATATTGATTGAACACAGCATAGCAAGTTGTAGTAAGACTAGGCATATACCCTCATATCAAGGCTGGCTGAGGGAACTCAGCAGGAAGAGAAAGGTCTCATGAACAGGGAAAAAAGTCAGAGACACCCTCACTCTCACTGTTAGGAGTCCCACAAGACCCTCGAGCTAAACAACTGCATCGTGTGGGCAGAGGGCCTTGCACAGAGACTCGTGAACGCTTCGGTCTGCGCGAGCTCTGTGAGCCCCACTGAGTTGATTCGTGGGCCACGTTCTCCTCGAATCCTTGACCCCTCTGGCTCTTACAATCCTTCCTCACCATTTTCTGTAGAGTTCCCCCAAGCCCTGCCTAATGTCTGGCTGTGGTCTCTGTATCTGTTCCCATCAGATACTGGACGAAGCTTCTCTGATGACGACTGGGCTAGACACTGATTCTATAATATAACAGAATATCACTGGGAATCATTTCATTGACATGTAATAAAGCTATATGTTTAATTGAATTGTTAACCAATGATAAATAGCTAAATAGTACTCTGTGTTTTGAATTTTAGTATACACACACACACACATGCACACACACACACACACGCAGATTTAAAAACTGGTTATCATTTAGCGGAATTATTAACTGAGTCATTGTTATGAATTGAGGTGGAATTTATGCCTTTGTTCCTTAAAAATATTGACAAATCTTGTGAAAAATGCCATCTTTGCTACCTGTGAACTTAAAGACTAAAATTGTAATTCTCTTAAGAGCGAGGAGAAAAATCTAGAGCTAAGATAAGGATCTTATATGTTTTTGCATGTGTATGTTTAGAGATGAAACAAGTTTTGAGTTAAATTGTCTAAGGCTTAGCCTGAACAGTTAATTACCAATTGTTCTTATTAGGTGGAAAAATGCTGCTCTCAGTAATACTGGAGTGGAGGGTAGTGGATAGGAGTGGGGAATGAAACAGAGCGATGTATTGTTTTTGTTTTATTACGTTATGGTATGCTGTTGTTTGTTTGTTTTGAAGCTAAACCTGATTTGAATTATTTTTTCTTGCATATATAATTAGGTCATTCAGGTTACTATTTTGAGTCTTAGTCTTTTGGTATCTTATGGTCAAATACTAACATCTTTTAAACTTTTTTTTTATATTTCTAAACTATTTTAAATTGTAGTGATATTTAAAACAAACAAACAACAACAAATTCCCCCAATTTTTTTTTTGTTAGACTAATCAAACTAGTCCCATAGAAATAAATATTTTGAGATAGTAGATGGTTAACACATGGTCTTATTATAATGCTCTAATGTTTAGATGTGAAATTGTTTTAGATCTGTTAATACTATGCACCTGATCGGTTATCACGTGTCAGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTATGTATGTGTTGTTCTTATCAAGATTATTTTCCTACAGATGAACCCAAGGGAAGAAAGTCCTTATAAATAGATAGACATATCAGTTATTTTCAAGCCCTAGTCATCATTTCACCACGTTTTACTTTTTTATATATTTTCTAAAATATAATTTTGACTGGAAACTCATATTTTCTAATAATTGATATACACATTATTTCTTTGTTCATGTATTACAGATGTTTGAAATTTCTAGTAGTATGGTTCCATTTTTTTGTATTAGCTTTTTTATACAAATAGGATTTTTAAATTGTCTTTTACTTGGAAAAGTTTTGAAGTTAATAAAGTTTAATATAATAAACTTTGAACCTTGACCCCTTTGCTGTTGTGTCAATCTCTTACAGTTTAGCTAGTGGTTGTTTGTGAGTTGTGTCCTGTTATTAGGATTTTTTTTTCCATTTTATATGACTTAATAGGTTGGTTTCAGAAGGCTTACTAAGCAAATTGCAAAGTTCTTGCCAAGTAAGTATTGCTTCATGGCCAGAAAACCATGACTCTTAAAATTCTGTGACTGAGTTCTGTGAGGCTTGTATTACGAATGTTTGGCAGTTTGTAAATTTCCTGCAGAAGAACTTGTTGGCTTTTATAGCAGAAATGGTTTGTCTATATTCAGTTTTATTTGCCCCTTCTCTTTTCCTCTCTGTCCTGCCTATTTAACTAAACCTGAGCAGCTTACTACTTTTCATCCTTTCTGTGATGATTTCAAGTAGTACAGCAGTGCCATTTAAGTTCCGTATGATAACAAGGCAGGGCTCCCATACTCTGTGTCACAGGATGATTTATGAGCGCTCCACACTGCTTTTTGTGATCAGCTATTTGGATTGTCATACAGTAAGACATCATTATGTGCTGCCCCTAACTGTGGAGTCTCAGGCTTTTATTCTGTAAAAGAAGAAAGTAGTCGTAACTGCTCCTGTAGGTGGGGAGACTAGGATAGCTGTTTAAGGAGATAATACTTACAAAATATTTTACAAGTTCTGTCAAAAACAAGATTTGTGTTTATTAAAGTATTGTGCTAAAACCATGGATTTCTAATACTTCTATACAGTATTGCATAACATGCATAATTTCTTTGCAAAACTGTTTACTTTGTGAGATTTTGACTATATTACAAGGCATTTAACTAGAATCTTTTCTTAAGCAGGCTGGCCTTCCCCAGGGTTTGTTTTGTTTTGTTTGTATCAGTAACACACAGTTAATCCATAAAGAACATTATGAGGAAAATTTGCCCTTCCTGAGCTCATGTGCTTTAATTGTTTTTTTTGCTCACAAGAATATTAGATTTACTATGAAAAAATACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGTAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAGCCCCGAAAAAATACTTTAAAGCTAAGTTTTATCTTTGACTTGAAAATGGGAGACTCAAAGTAGCTGCTTTTATCACTCACTTCTTCTGTCTCATTTTTTAAAATTTAAAGAATTAAAGAAAGTTTAATTAGTAAATTTATTATTAAATTATTAAGTGATTTAAGTTAAAATTCAAAAATAGAATTTAAAGGGAGTAGATTTTCAGGTAAGGACTTTCTGTTTATAGAGAAACCCTTTTCTTTGTCTTAGCACACAAAGTATGCAGCATATTCTGATCTCTAAGTTTAAATGGTGAGCACTTAGGGATAAAGGGAGAAAATCATACAGATAGCAAATGTGGATCTTGATTTCCTTCATCTTGAGTAATAGAGATGCATGTAGAATTGGGAGAGTGCTACCTACATATACATACATACTACATACATGCATAGATATAGGTATTAGTGCATATATGCATACACACAAAAGTATACATTTATACATTGCTTACAGTTTTGCTTAGGTGTAAGAAAAGTGATTTTCTGTTCAGTAACCTGGGTGATTGTATGTTCATTTTTTTCTCAACTCTTGTTCTTGTTAGGTTTTTCTCTTGCTGTGACAAAACACCCAAACCATAGAGGAAAGGGTTTATTTCTTCTTACAACTCTGACTCCCTGGTCACAGTCCATCGTTGACGGAAGTTGGGTCAGGAACTCAAGGCAAGAGGTCAGAGGCAGGAACTGAAGTAGAGGCCACAAAGGAGTGCTGCTCACTGGCTCCCCATTACTTCCTCAACTTGCTTTTTTTTATACAACCCAAGTTCACTTGCCCAAGGGCGGTACTGTCCACAGTGAGCTGGGACCTCACACATCAACCATTAATCAAGAAATGCCCTAGGCACGCAGGCCAGTCTCAGGGAGCTAGTTGGGTTCTCTCTTCCCAGGTGGCTCAAGTTTGTGTCAAGTTCTCACAAATCAGTACACTAAGAGCATCTCACCCTGTCGAAGCCTTGGGTTTTGGACATTGTGCTTGTAGATGTATCCTTAGAGCCTTATCGTGTATGAAAGTATTAAAGCATGGGTTTATTCCCTCAGTTATTCAGTTCACATTCATTCCTGAGTGGTACGCTGCCGTTACAGAGTGAGTATAAGTAAGTACTTATCATAGAAAATTTAAAAGGTACGTTAGACCACTCTAAGGTTTTTAGTATGTTTGCATGTTTATCTTTGACTTATCTCATTTAGCAGTTTCAACATTTGAATATCCCTGCAGTCTTATGTCTTTCTCTCTTTTCAG
Seq C2 exon
ACTCTTTAGAAGAACAAGATGATCTTGATAATAGTACTGAGCAGAAAGATGACAAAATACCAGTTACAGAGCAGACAAACCAAGTGATTGAAGAAACATCTGGTCCAGAGGGGTCAGAAGAGAACCAAGAAGAGACTGAGAACGAGGAAACATCGACAAATGAAGCCAAGTCACCTGTTCTCAGATCTGATTCTGTTTCTAATCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000001593:ENSRNOT00000068018:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.071 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]