MmuINT0091667 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000009207 | Lnp
Description
limb and neural patterns [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1918115]
Coordinates
chr2:74352894-74367858:-
Coord C1 exon
chr2:74367688-74367858
Coord A exon
chr2:74360355-74367687
Coord C2 exon
chr2:74352894-74360354
Length
7333 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATAA
5' ss Score
7.08
3' ss Seq
ATGTCTTTTTCTCTTTTCAGACT
3' ss Score
11.61
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
ACTCTTTAGAAGAACAAGATGTTCTTGATAATAGTACTGAGCAGAGAGATGACAAAATACCAGTTACAGAGCAGACAAGCCAAGTGATTGAAAAAACATCTGGTCCAGAGGAGCCAGCAGAGAACCAAGAAGAGACTGAGAACGAGGAAACCTCAACAAACGAAGCCAAGTCACCTGTTCTCAGAGCTGATTCTGTTCCTAATCTTGAACCAAGTGAAGAATCTTTGGTGACAAAGTAGTAAATACTTCCATGTGCCTTCAACTGGATATTTGTAGTCTTGTTGATGTTAGTTACTGCTTTTTTTTTTTTTTTTGTGGTACTCAAGAAAAATTTGCCTTCTAGATATACGCTTAATATTATTCATATTCAGATTGCCCAGCAAGTTCAGTGTATCCAAGTACTACCACTAGGTATTGACAGTAAAAGCACGTGGTATCAGTTAATATGCAGAGGCATAGCTGTGCATTCTAAAGTTAAAAAAATGTTTTTTACATGTATAACTTGTAAATAATACCCACTTTGACATAGGAACAAATTTGGCTAGGAATAATTTCTTCCATAGTATTTAAGGGTTGAAACATAATTAAGATTTTGAATACTTCATCATTAAATTTTAACTTTGGAGATATTTGCCAGTGGGAAGGAAATATCTGTTTAGGTGTTTACACCAAGTAATGCTGAAAGCTGTAACCTTAATTACATACGCATTGGTACGAATTCTCAGTAAGAATGCAACTAAACAGTCAAGTGCAGTATTTCTCTTGATGTCTTTTATTTTACAACTGGGCCAAAGGCACATAATGTATATAGTTAATGTTTACATAGTAATAGGAAATACATCTGCACTTGACTGTACTTGAATTCTTGGTATTATTTATATTTGTAATATAATGATGATATATAAATGGTTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTGTTAAGGAAAATAAAGATGACCTGGCAGCGTTTTTCTTTGTTAAATATCTAGACTTCCTCACATAGTATGTTGATGGATGACTTGGCTATCTGAAAAATACCTTGGTAGGGAAAACTCACTGTATGAAAACTATATAGCAAATTATGATGTTTTTCTTTTCATTTAGACTTTCAAAATCAGTGACATAAGAGGTTTAGTGTTTCTAATCAGAAGTTAAATTTTTTCTGATTTTGAAACATATTATGGCATAGGTAGTTTTTAACTTTGAGAGACAAATAAATGCATTTTTAAAGATAAGACAGTTAAATTTAATGAAACTCACTAGACTGAGTATGTATACCAAGTATCAGGTGGGAAGATTTTTGATGTAGACTAGTTATTCTTAAACACAATATGATTATTTGTTCTAGTTTCCTTTTATGTGTCTTATGTTGAAACAACTGAAGTGAATTTACATCATAGGGGAGACATGTTACGATAGTGTTTCTGGCTAATCCTTTAGCTATCAAATGTTTAAATATACTTATTATCATTTAAAAGTTTATATTTATGAGTAATACCTCATCTGACATATATAAAAGAACCCAGTTTGTTAATATTCTGAGGCATTTTAGTGTAGTGCCTGTAATTGAAGCATGTGGAACTGGACTTGAATGTCAGCTTTGCAATCGTGGGCATTTCACCTAACCTCTCTGCATTTATTTAAGCTGTAAAATGAAAAGAATAATATGTTTTCCATAGGTACTGGGAAGTTAAAAATAAGTTATATGATGTGCCTAGCTTTCTTGCTAGATAATTAATTAATAGGTATTAGGTTACATGGTAGAATTTATTGGTATTATTGAAACCCTTGTGAAATATGGAAGGACCGTAGATCCTTTCTTTGGTAGATAATGAAATTAAAGAAAACTATGAGCATTCAATTTATTTGTTCTGAACAGAAATTTTCTGCATTAATGTCATATGCACGTGTCAATGATAGATTAAAGAAATGGAGAACTGAAACTAGAATATAATCTTTTTATAAAAAGATGTGTTTATTTTTATTTTATGAGTATAAATGTTTGACTTGCATAAATGTCTGTGTCCAACATGTCTTGACAGGTATCTGTAGAGGTCAGATACCTGGGTCATTTGAAATGATAGTTACAGATGGCTGTGAGCTGCCACGTGGGTGCTAGGGATCAAACTTGGCTTAGTCACTACGCCATTTTTCCAGCTTCATATAACCTTTTTTTGTTTGTAAATTTTACAAGGGGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTTAGTAGCACCATATTAAGTCTTGTTAAAACATCTGATATGCACTGCTCAAAAATGAGTACCTCAGAGAAATGGGATTTAATGAAGAAACCAAGAAGATATTATAAAAACATCCCCCAAAAGGAATATAAAGGGGGAGCTAGAGAGGTGTCTCAGTGTTAAGAATGGGAACTGCTCTTACAGAATGCCAGAGTGTGCTTTTCAGCTCCCAGCTTGGGTGGCTTGCTCCCTCCTGTAGCTCTAGATCCAGCAGAATTGATGGCTTCTCCCTGGCCTCCTAGGACACTAGCCTAATGTGTACTCTCTTCCCCACAGATACACATAGTTAAAAATAAAAATCCAAATCTTAAAAGGAGCTTAGTAAAATTAACACAACAGGTGGGTAATTGTTGGTGTATTTTAAAACAAAATATTATTCTGATATAGTAGACAATGTCTGAAGTGAATGAGACTCCACATTTCTGATTATTAAGATTAGTGTAAATGAGGGAGAACTTCCCTGTTCACAAATGCTCAGCATGTCATTGTTTAATGTCCCTCTCACTGTGTCCTCAGTGTGGCCTGAAGACAGGGCTTAGCTTCTCTCTCTGTCTTTCCTACCCACACCTTTCTACTGTAGCTATAGGACTCTCGCTCAGTTCTGTGGCTATGCTTTGCCTTTTCTGCCTCAATGTCAGCTTCATTTTTCTCTGACAGAGAGAGCCTCCTCTTCTCTCTGTCTGAAGCTAACCCTTTTAGTCCTGTATCAGGTCACTTTGTCTTTGCTCTGAATTCTTACTGCAGGGTATCTTGTTTTCCCTCAACTGTCTTCACAATTTGCTTTTCTTCTGTCTGTATGTGGAGTGCCTGCTCATTTTTCATGTGGATAACGTACCAGATCCAGGGACTGCTCAGTGCTTAACTCATGCGCTTGCTTGGCAGATTGACTTGGCTGAGTGTTCTTTTTCTGAGACACCTTTATCCTTTAGGTTCTGCATGTGCACTGCTGTTACCTTCCCTGGCTTCTTGTTTTCAGCATCCTTTGAAGACTTCCTCTGCCATCTTTAAATGTTGATGCTCTCTGGCTTCCAGCTATTGTCAGTTCTTATTCTGTGCATTCATTCTCAAGCCCAGGGACTTAATAGTTACTGTCTGTCTATGAATGTCAGAGCTTAGTGTGGTCTGTTTCTTTGCCTTCGTAGCTATGTATTTACGCACCTACTGCCATGGCATAGTGAAGTCAGTATTTCTTTAAAAAACAAAACAAAACAAAAAACAAAAACCCCTACTTATTCAAACTTGTGTGTCATTTCACCAAATACCATCAGTATTAAAACCAGAATTTAAAATATATTCCCTCTTTCCCTCTGACTTTAAAGTATTCATTCCCAGTTTCTTCCCCCACATCCCCAGTAGAATATTGCAATATAGCCCAGCCTGGCTTGGCTTTGTGACTTGAGGCCTCAGATTCCTAGGTGCTGGAATCATTCTATGAGTTGCTGTGCCTTGCTCTCCTCTAAACATTTTACACTTATATTATTTTTCTATTTCTTTTGAATTATATTAATGATAAATCTGCATTGTTCCACCAAACAAATGCTACCTGCTGTATGTATGTGTGCTTACACACAATTTTGTTTTTGGGGGGAACAGTCCTGTGGAGATTTTGTATCTTGAGTATGGGAAAGAAACAGGATGTAGAAAGACTAAGCAGCCTTCCTAGAGGTCTCTATTGGTGTGTGGAAACGTCTGAGATCTGACTGTAAGCAGATCACTTGTGATGCCGTTGGCATTGAAGCCACAGCCTCATACATGCTAAGCCCTGCTCTGAGCTGAACTGTTTCTTCCACTCCCAAGGCCTTACTGTTAATCATCATTGTATTACCTTCTAATTCCTGCCTCTGTCACCTCACGGGATGAAAGCTACCTTTTAAACTCTGTCTGCGATCATGCTGCTTTCCTATCCATTCTGTGCAGTGGGTCCTCAGACCTTTGTGGCTGTCTTCAGTCTTTCTGTGTTTGAGAGAGGACATCTGAATTACTGTATTGACTGATAAAGTCCGGAGCAGTTGTCTTTCCAGTTGGCTCTCACAGCAACTTTTTTGCATTACAACTACTGTCGCTGCTCCCTCCCCTCCACTGCTTACGTCCTTTCAGTATACATAGGTTATTGTTTTCAGTGCTGCATATATGCAAAGTTTCTCCTAGTTGCCTACATTTCTCAAGCTCTTCCTCCTGAAATACCTCGTTTATGTAATAAATAGCTTATGTAATCAATAAATATATAGCTGCTGAATTGGAGTAGCACCGCTTGGAACCCAAGGTTGGAAATGTTATTATTTATTATAAACTATGAGTTTTTCACCATGTACTCATTGTACATATACATCTTCACAGTAGAATCAAGTCTGTAACTGAATGTGTTACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGGGAGAGAGAGGTAGATGGGTGGGGGGAGGAGAGATTGCTTTTAATTATGTAATGATTGTCATTAAGATAATATATGCTGAGTTCCAGAATGTTAAATGATTGTCAGTTTTAGGTCAGGGATACTTGGCATCTGAGCCAAGTCAGATTTAATGAAGGACTATTTATATTGTACCATGAATTTTCACTGTTTCAATATTAATACGTTCATGATTTCGTTAACAGGTTAATTTCTAACTGACAGTACCTACCTTAATTACCTACCATATACCATGTTAGCTTTTTGTATGTGTCACTTAAGGGTAGACTGAGGAGAACAGCTGTTTTGAGTGGTTGTGGGC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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000009207-Lnp:NM_027133:12
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.483 A=NA C2=0.952
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF100584=DUF2296=PD(19.6=17.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: