BtaINT0081471 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000007963 | KIDINS220
Description
kinase D-interacting substrate, 220kDa [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29508]
Coordinates
chr11:88537496-88549492:+
Coord C1 exon
chr11:88537496-88537552
Coord A exon
chr11:88537553-88549363
Coord C2 exon
chr11:88549364-88549492
Length
11811 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAATG
5' ss Score
5.98
3' ss Seq
TTTTCCCACGACTTACCTAGGGA
3' ss Score
5.44
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGTTATCAAGGAGGATGCTGCTGAGGGCCTTTCTTCACCCACAGACTCCTCGAGG
Seq A exon
GTAATGGAGTAGTCTTGTGGTGTGGACCGCGAGCCTCTCCCGCTTTTGCAGCAGTAACGACTCTTAATCGTGATGACAGCAGTTCACTAACTCTGCATTTCTGGTGTGATGGGCTGCTAGTGTAGAGTAGCTGAGTACTAATAATTATAGCTCACGGATTAATTAAAAAGCTAATGTTTAACTTTACCCTTCATTTCCTCCTGCTTTTCCCCTTTTTCAATGACGTGGGGTAGGTTTTGTATTTTTTCTTTTTTGGTCGTCCAGTAAGGAAGGGGTTCTTCCAGCAACCATCAGGAGCATTCACTTGGTGGTATTTGTTCCTTAATGTTGGGCCTTATTTTCACATTTGCCTGTTTTTTTTCCTGAAGTTGGTACTGCACATGTAGAATATTTTTGAAAATATTCATAATTGACCTTGAGACTACAAAAAAGACATTGTGAACTAGTTTGATGTAGACCAGGAATGGATCCTCAGTGACTCATGCTTAATCTCAGTGCCCACACTTAGTGTAAATTCAGTGCTGCTACAGTGCTACTTTTATTTATCTATATACAGTTGATCCTTAAACAGTGCAGGAATTGGGGCACTGACCCTCCTACCAGCCTAAAATCCTAGGAGTCTAAATTAGAAACTAGAACTTATAGTCAGCCCTCCAGTGTAAATCTTTCGTCCTGATCTGTGGTTCTGTGTCTCTGGATTCAGACAACCTCAGATTGTGTGTGTTTGGGTGTCAGTCGCTCAGTCATGTCTGACTCTTTGCAACCCCATGGACTGTAGCCCACCAGGCTCTTCTGTCCATGGAATTCTCCAGGTGAGAATACTGGAGTGGTTTGCCATGCCCTTCTTCAGGGGATCTTCCCAACCCAGGAATCGATAGAACCTAGGTCTGCTGCATTGCAGGCAGATTCTTTGCTGTTAGTACTGTTATATTTACCACTGAAAAAAATCGGCATGTAAGTGGACCTGCACAGTTCAAACCTGTGTTGTTCAAGGGTCAACTGTATTTATTAAAATAAAATTTCCAGATAAACAAAGCTAGTCCAGCATGTAAAGGGGATTATTTAAAACTTTCCCCCAACACTTTAGGATGGGTTTCTTTAAAAAAAATAACTTTTGTAGGAAGTCACTTTGTATATTTATTATTTAAGTCTTTGTACTTAATAAGTACATTTAATATGATGCGACTTAGAATCTTCATTCAGTCAATGAGGAATTTTAAGAACCCAGTTTGTATTTTTCAGTTCTGTTGATTTATTTGCAGAATGTTATGCCCATGTGAACATCAATTTAATATAAAGAAACGTGGCATAGCAGTTGGAATTAATTTAGTGAAATAGTGCATCCTGAATTTATGCATAATTTTTAACTTAAAACATGCACTTGAATAGGCAGTGGTTTTGTAACTTTAATTTTCTTTGAGTTAATATTAGTGAAATAGAAAGAGAACCATTTTGGTGTTTTCATTGAGGGGCTGATTATTCTTTTTTAAGTCATTAACATTTTAGCTGAAGTGTTTGAGAGACTTCATTATCCACGAATGATAGACACAATAAACCATAGTAATTTCATTTGGGTGTTAGAGGAATCTTTAGTCCATGGATCATTGCCACCATATGCAAGAATGAGTTTTAGTTTAGTCAGTGAGTCTTTAATACATAGATTCATGCATGCAATGCAATTGTCTGAGCTGAAATTCCTCAGCAAACTTTTGATGAAAGTTAGGTCCTGTGAAGAATTTGATGGTCTTAATGACAGAGACATGCTGAAATAGCTATTCCCATCCTTAAGGACAACACTTGTAAGTAAAAGGTGTCTGTAATTTCAGGGACCAGTGAAGGAGCATTAGGCAAGTTTTAAAATGAGTTTTTGGGGAAGGGGAAATAATGCAATTCTTAAGTTGTGTGTATAAGCCCAATAACAAAGAGTAAACATGCTCTGAATATATTAGTGCCTTTGTTTAGTAAAATAACTGTAGGATTTGCTGTTCTTTTAATATTAAGTGATAGTTTTGTAATCTGCTTAGTGAATAATAGTTGCTTCCCAAGCCTTCTTTGCCTATAAGAAATTAACGACAGTAGCATGTAGCATTTATTTTGCAGTAGACTAGTCCAAGTAGAGACTTAGTTCAAAGCCATGTTAAAAAAACAGTGGTGGAAATGTGGAGAAGTATCTATCCAGGGGAACATTTTATGGGATCTTTATAACTGAACCAGCACAGAAGTAGTTAATGTAAACTTTTTTAGCCCTTCATGGCTCCTATGACTTGCCAGGCCTGTAGTAAAAGACTGTAATTCCTGAGATAAGACTGCAGACTGAGTTCACGTCTGTTCACTCAACTGTCCCCCTATGGGCAGCACTTGATGACCAGAGCTGCTTATGGATAAGCAGGAGCTACATAAACATTTTTGGACAAATTGTCAATGAGGACACAGAATAATGAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAACACCTGATCACAGAGAGTTAACCAGCTCTCTGTGATCTTTTCAATATAGATGGTCTCATCTTTTTTTTTTAACCTCAAGAAATTTCTCATCAACCTTTATAAAGTGGATCCTTATGAAAACAACTGGGTTTTCTCACATTCAGGAACACTGTAATGACTGTGACTTGTGAAGGCCAGCCAAGACTTACCAGATAAATTACAGATATGTCCAGGTGTTTCATGAAGGTGAAGATGCAAAATGTAAGCCTCTGTGCTGGCTTTCTTCCTCTGTGATTGTATAGTAGAGAAAATAAGTGCCAAATCTTAGAAAACTGACAAAGAATACATTAACATTGGGCCCGAGATAGGATCCCCAGGATATTAGAGCTAGAAAGGACTCGTGTTTTTCAGACTTTCAAAGCAGAAAAGACTTTTTAAGAAATGAAATCTCAATCAGAATTTAAGTTTATGAAACCAGTAAAAACAAGAACTCTGGCCTCCACCTTGGCGGATTTGCGTTGCCTCTGGGGGAGCCTCATGCTCTGTGCTCAGCCGTGTCTGACTCTGTGCGACCCCACTGACCGTAGCCCAGCAGGCTCCTCTGTCCATAGGAGCCTCCAGGGAAGAATACTGGAGTGGGTTGCCACGCTGTCCTCCAGGGGATCTTCCCCTCCCCAGGAATCGAACCCACGTCTCCTTTACCATTCTTTACCATTGAGCCACTGGGAAGCCCAGAGAACACCAGTACCCATGGTCTAGTCCAGCACCATGCTGTAGGTGTACCTGACCTGAGGCTCACAGGAGGGAGCCCTCGGTGCAGAACTGGAATCTGCATGGCCAGTACCTGGAAGCGTTCCTCACCACTGTGCTGCCCCCTTTGCCTCCATTAATACTAAGCCTGACTTGGTCAGGAGCTTGGTGTTCAAGGTGAATAGGCCCTGGTGATTAGCTCTCCACCTTGGAGAAATTACTTAAGCTCTCTGATACTCCCTCATCTGGAAAAAGCAGGCCTTACCTCATAGGTCTGATTTAAGGATTACTCAGCCTTTGCATACTTGAATTACTTAATAATTATTACTATTACTACCATCCAAATTCCATGAAACTTTAAAGACTCAGAAACTAAAACTGTGTTAAATAACCTCTCCTCAGTGGTGGGAGTGGTGCACCCACACGCCAGTCATTTTAGATTAACTTGGCCCTTTATCTGTTGATGCTTTTCTGGCCCCCAAAGGTGGTTTGATTTCCTAGAATCAGTTTGTTTTCCTAGAATTGAGAAGGATTTCCAGGTTGTCTGAATGCTCCAAATACTTTACACTTTTGAAAGCTTTCCGGGAGAATTTTACTTGCTGCCTTTACCTTCTTTCAGTCTAGGCCCCTCTAGGAAGTAGCAGCATTCACATCACCCAGTCACCATGAAGGGATGAACCCAGCAAGGAGGGCCATTCATGAGCCCCTCAGTGGCATTTTGTTGTGGTCTTTCAGAGAGTTGCCCTTTGAAAGAGTCACATTCGGTCTATTTTTATTTACGGTGTGACTACTCATTTTTCAAAGCAGGGAATGTTTCCTTGAAGAGGATGTTTTCAAAGGAAAGAGTAATGGAGGATTTCTTTATCCTTGTATCCTTCCTTGTATTACTTACCATCAAGTCCTTCACGTGCCTGTGTGATCATCCACTGTTTGACTACTGCAGTGGGATGGGTAGTGAACAAAACTGATGAAAACTCTGGCTTCCTGGAGCTGATGAGTTGGAGGGCTGCCAAGGAGGGGAATGATCAGTGCTACCAAGTCACTCTTTCTCGACCTTCTCTGCTGCAGGGTTTGCTTGGTAGCTTTAGATCAGCTGCTTCACTGAAAAGGCATAAAACTGATTAGCACAACGTTGGATGGTAAAGAACTTCAGAGGCATTATTAAGAGCAGTAGTATCCTGCCTTCTGATGTGCCATTACTTTTAGAGATGGATGAAAATTACTGAATTAATAAAGTCCTAGAAATGAAGGCTTGGTTTTCATTAAACTGAATCCAGTTGGTAGAATAACCAAGTGAAAAAAAGATGGGACTCCACTGTAGATCATTTTATTTCCACCACTGGTTTAGAACTAGTAACCTGTTTTGAAACAAATGGATGTCCAAATCATGCCTGTCTGTCATGGATGCCTGTCATTGTTCAGGAGCAAACTTGGACGAGAAAGCTAAAGATGCCATGGGTAAGGCAAGGCATGTTTCAGGTTTCCCTGTAGTCTTAGGTTGGGTGCTCTCTGCCAGCCCCCAGGACCTTATCTCTGGAGATTCACTCACACTGTCTAAAGCAATTTAGTAGTGCATTTTTATTAACTGCTTTAGTTTGGAAAATTATTAACATTTTTTTCTTTTCATAAATAGTGAAAAACTGTATTCACTTCCAGCTTCAAAGTCTGTGTGCCAGACTTCAGCTCAAGAAAACATTTTTCCTAAACACTAAACTACAACTAAATTGGTTGAGACACTGTTGAAGAAATAGGATATTGTAATATTGATACCATTGAAATCCTAGAGTACAGTTAAAAGTTAAAAAAAAA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Seq C2 exon
GGATCAGGCCCAGCCTCAGGCACAATACCACTGAATTCGATGAACGTGGATGCAGTTTGTGAGAAACTGAAACAAATTGAAGGGCTGGACCAGAGCATGCTGCCTCAGTACTGTGCAACCATCAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000007963:ENSBTAT00000061437:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.209
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0053625=SAM_1=PU(49.2=69.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development