RnoINT0078768 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000023176 | Kidins220
Description
kinase D-interacting substrate 220 [Source:RGD Symbol;Acc:619949]
Coordinates
chr6:44302889-44314241:+
Coord C1 exon
chr6:44302889-44303112
Coord A exon
chr6:44303113-44314109
Coord C2 exon
chr6:44314110-44314241
Length
10997 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
ATTTCCCTTGACTTATCTAGGCA
3' ss Score
7.25
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTCCGAGCTGCAAGAGAGCAGATCAACATAGGAGGCCTGGCCTATCCCCCGCTCCCTCTGCACGAAGGCCCTCCTCGGCCACCTTCTGGGTACAGTCAGCCTGCATCTGTCTGCTCTTCAGCATCTTTCAACGGGCCGTTCCCAGGCGGGGTTGTGTCCCCACAGCCCCACAGCAGTTACTACAGCGGCTTGTCCGGACCCCAGCACCCCTTCTACAACAGG
Seq A exon
GTAAGTAGGAGCCAGCACCATGGCTTTACAGTGGTGCTTCCGAGAGCACCAGGATTCCTCTGTCTGTGGACTCTGGCACTGGTTTGGAACTATGATTTGGCTTAAATGTACAAGTGTATGATTTTTTTAAAATCCGAGTCTTGGATTTTAGCGTGTTCTGGAGTTCTAAAGAGTGTGAATATAAGAATATTGGCTTTCATTTTCTTGACAAAGGAAATACTATGACAACATGGTTCCTTTGGTATGTTTTGTTATAGCAATTTATATCTCATTTATAACAGTGATAAATTCCTAGAGTCATTCGTGGTTCTTAGACAAATGTGAAATAATAATGGGCCCTTACTACTTGAAGGATTAAAGGTTATTGCCAGTTAATTCCATGAAAAGCCATTTTAATTTCAAGTATCTTTAGTCATATGTAATTCTTTGCTTAATACACAGTTTCCTAACTAAAAAATAAAAGCACAGTTTCAGTGGTACCCAAACCATGCTGGATGTAGTTGTTTGAAGCGCCTGTTCTCACCTTAATGACCCTGGTCATGTAATGACCCTGATCATCTCCTGGTGGAAACAGATCATGACTGTAGTATGCCTTGTGGAATCATACTTGTAAAATCTACTGTAAGTTTTAATCCTTCTTTTCTCCTTGGTTAGTGTAACTTGAGGAAAACACAGGCTAATATTTGTAGAGGATGACTGACTGCAGGACTTTATCCAAATGATCTGACAACAAAGAGTTTTGTATAAATGTGGCAAAGAAGGAATTGGGAATTTAAATTAAATTTTTATTTTTTAAATATCTATAGTGATAATTAGTTTTGCTGTTTGTAGAGCCTTAAAAAATGTGATCCAGTTTTCTGTGTGGACAAGACAACACAAGAATAGCCAATAGCATTTATGAGAATGTTTGTTCTCTGTCAAAATTAACTATGTGGTAGGTAGGTGGTGCAGAATACAGATCTGCAGTCACTAGTCTTAAAATCTGCTGCAATTTTACATAAGGTGGCTCAATTAATACTAATTAAAGGTGTGAAAATGCATTGATTTGAAAAAAGGATGTGCAAAATCATCTCTGCTGGCATCTTACATGCATTTATTTTAAGAGCAATAATGTAATATACTTTTAAAGTAATTATTTTTAAGACATTAAAATTTCTCTTGTTTTTAGGTTTAGTGTTTCTGTTATTGTTTAATGGTATTAGTCATACTGTTAAAAGTCATAGTAATTCTATTCTCTTAAAGTGTCAAGAGCAAAGAAGAGAGACGCGGCCACCTCAGTGCAGTGAAGCCCTAATGACCATTATGTTCCCAGTCCATATAATCTGAACTGTGAATGTGGAAGTCCAGTCTTGCGTAGAGAGCAGGCTGTCTATCTTAGAGTGCAGAGCGCACTCCAGTGTGCTGGGACACAGCTGAGCTCCAGGGCCCCCAGCGAGGCTGTCCCTGGAAACACTGCTGGTTCTTCCCAAATGACCAGGGCAGTTTTGGGCCTTAATAACTTTTTTTTTGTAAGGCAGGGTATTCTAATAACATTCTAGTCTGCTTTAAAGAAGAATTTGTTAGTCAATACATACAAATCATGTACAGCAAACTTGTTAAGATGTTAAATATAAAACAAATGTTTGTGTTAAGTCACAAGGTACAAAACTCAAGCTGTGTTTTAAGCCTGTATCTGATGAAGGAGACAGTGTCATTGTCCTAACTCTGGTCTGGATCTCAAGGCCAGAGGGTGCACGAGCCTTATGTGTTGTCACTTGCTTTTGAACTTTGGAGTGTGTTGGTTAGTTTCACTTGATGAATCTCATTACACTTGGATTTCTGTAATTGTTCATGCCCTTTTTTTGTTACATGTTTCTCCATAGCCATTCTTTGCCCCATACCTTTACACGCCAAGGTATTACCCTGGCGGTTCCCAACATCTCATCTCACGTTCATCAGTAAAAACGAGTTTGCCCAGAGATCAGAACAATGGCCTAGTAAGTATATAAAGGGGGTAACTAAAATATTAATCTCATAAAAGAACATGGATACCATTAAAAGCTTTTTTAATTTTCCTTTCTGGAGTAAAAGAATACAACTTAACTTTATAATTTTGAAAAACAAGCTATTACAAATATAAAATGTATGTTTTCACTTCTGGTAAATATCTATGAAAGACTAGCCATCTAAATGTTGAGTTTTTACAACCAGAGATCTCTGGCTTGTAATGCAGTGTTTGCTACCAAAACTTTAAAAGCTAGATCTTTATAACTGCTAATTTCTAGTGTCTTTTTAAAGGTCTTCTATGTTATCTCTCTATGTGTTACATTAGCATTACAGCTTAGAGGATAGAGTGCAGTACAAGAAGAGCATTTCAGACTGCAGCAGGGAGTCCACAGAGTGAGACTGTTTAAGCATACCATTGAATAAAATAATCCAAAACAAAACACATCTGTGCAAAGTATATTAGGGGCTCCTTATGACAAACTTAAAGTAACTATAAAAAACAAGTTTCCTGTTAACGTAATTTAAACTATGTTTTAAAGTGGTGGAGGGGGATTTCAGTCCCCCTGGGATTCAGACTTACCTGTGTTACCTTAGCATTGTGCTCATTCATCGTCCATGTCGCTCATCCTGCCCTGTCGCCCACTCTCCTGTTTTATGTTGCTAGGAAGTAATCACGGAGGATGCCGCTGAGGGCCTTCCCTCACCCACAGACTCCTCGCGGGTAATGGAGTAGTCCTGTGGCGTGGAACACAGTGTCTGGTTGCTTCTGCAGCAGTAATGACGTCCTAACGCATTTGGCACTAACTCACTCATGGTGTGATGGACAGTATAGAGTAGCCAAGCACTAATAATTGCAGCTCATGAATCATTCCACAGCTAATGTTTCCTCCTGCATCTCCCCTTCTCAGGGGTGTGGGAGGGGCTTGCTTTCTTCGGTAAGGGAGAGCTGCTTCCAGGAGTCACACACGTATTCAGGCGGACTTTTCCTTAGTGTTTACCTTTCTAACTGGTTTTTACAGTCTGTACTTGGTATGATTCGTGTAGAATAGCTTTGAAAGAATCACACAGCACTGTTGACACTAGAGGACAGGAGAGCTGGGTGCTGCAAATCAGCACGTCCCTAGCCCTTCACCCTTGCTTCAGGTTTCTCCACCACAGCACTATTTACGTTACTGATGAGAATAACGTCTGGACAGACCTAGTGCGGGTTCAGCATCTAAAGGAAGCTGCGTTTAACTATATATAAACACACAACAGATTGTAGAGGAAGCCACTGAAGTAATAATCCTTCCACACCTTATATTTCACAGGAAATGCCTGTGGGGAGCAGCCATGATGTCTTACTTTAGTCAGTCAGTATACAGTTGAGGAGTCCAGCTTGTATGTTATGTTCAGAATATGTTATCACATGTAAACATGGCCTCTCTGATCTAATCCTAAAATGTTCTAAGCAGTGGAGAATTTCAGGCCGAGGTAATACATCTCTAGTTTATGAAGAACATTTAACTTAACACATACATTTAAATAGGTGGTATATTTTTAAACCTTAATTTCCTTTGAATTAATCTAGTTAAGAGACAAAAAAGAAACCATTTTGTTGTTTTCATTAAGGAGTTGATTCTTAAGTCATTAGCATTGTAGCTGAACTGCTGGGATAATTCAGTTATTTACAAATGACAGGCACACTGAATCACAGCGGTCCTGTTTGGATACTGAGGGACTCTGTGGCCCATGAAGCATCACCACTGTATGCAAAAGTGACTTTCAGTTTATTCAGAGAGCCTTTACTACAGGGTTATGTGTGCAATTCAGTTCTAGGGACTAAAAGTACTCAGTGAATTTCTGATGAAAATCAGATACTGTGCAAGATTTATGCCTCTGATGGTACAGAAATATGGAAATAGCAGCTCTTCCCATGTACACAGTATAGGCAAACACTGTAATTAAAACCTGTCAGTCTGTTGGTTTTTTGGGTCCATTAAGGAGAGCATTCTACAAGGTTTAAAATAAGTTTTTTTGAGCAAGGGGAATAATGCAGTTCCTGAGCCATGCTTAGAAGCTCAATAATAGGACATAAAGAAGCTCAACAAATAGGACTCACATGGAGCACTGTCTGTGTCATAAGATAACGCACCTCTTGTTCTTAGCACTAAAAAGTAGTTCGTAGTTGGTAGAGTGGATAACAAATGCTCACCATGCTGCCTGTGCTTCTAAGAAATTAACAGTGACAACAGTTTTTAACTTGTGTCCTGTAGAAGACTTAGGAAAAGCAAGCCGACATTTGTTTAAAGCCAATGAAAGCAGTGGTGGAAAATGAAGAACCTGCTTGATGTGCAGAGATACCATGACCACAACAATGCTTATAAAGGAAACATTTAATTGGGGCTGGCCTATAGGTTCAGAGGTTTAGTCCAGTGTCATCATGGTGGGAAGCACAGTGGTGTGCGGGTAATCATGGTGCTGGAGAAGGAGCTAAGAGTTGTATATCTAGATCGGCAGGCTGGGGGGCGCGGGGGGGGGGAGAGACAGAGACAGAGAGATAGAGAGACAGAGAGACAGAAGAGAGACAGACATTAGGCCTGGGTTGAGCATTTGAAATCTCAAAGTCTAGCTCCCTGTGACACACTTCTAATAAGGTCACACCTCCTACAAGGTGACACCTAATAGTGCTACTCCCTAGTGTCCAAGCATTCCAATATATGAGCCTATGGTGCCATTCTTATTCAAACCACCACACTACTAGTTGAACCAGCAGCCAATGGGAGAGTCGGTGGCCCTTTGTGCTGAAAACTGCTCAGCCCCAACTGGGAGAGCAGGGCTGGTTATTGGCCAGCATACCCTGCATAGCCTGATGAGAAGGGCCACTTACACGTAAGCCAGTAGCTAAATGAATGTTTCAGAACAAAATGTGGTATTACTACAGACCCATGATAACATAGAGGGGAAGTGAGGCCAAGTTAACCGACTGTGGTCTTTGCAAAATATAGATGAGCTTGTCTATTTTTACCACAAGA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TGCTTGATAAAGACTTACAAATAGGAGTCGGACGTGATCGTAACTCCCTGTTGAGGTGGCCTCTGCTAGGTGTCAATACTTTACAGCGTTCTTTCTTCCTTTTTAACTAATACATTCTTGCGGTAGATATCTGAAACTCTGCAATGTCCTGTTCGACTTGCTTGGCTTTTGCCCAGTAATTGTTGGCCACTGATGAAGTTTATAATACGACTGCTGTAGAGATGGTGTTTGCCTGGTGGGGAATTTCTCTTTCTCTCTGCCATGTGTATTAGTTGGAATTCTATAAGGAAAAGTGTCTTCTTCCTAATTCATTTACTTAAGTATTTAGTTTTAAGGCTGAGCATGGTGGTACATGCCTTTAGTCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGACCAGCCTATCTCTGTAAGTTCAAGGTTAGCCTAGTTTACATAGATGCATACACACTCACACACATGCATACACACATGTGCATGCAACATGTACATATATACACACATGCGTGTATGCACACAAACACAGACACATATGTATACACATAATGCATATGTATGTATTTCTGAGGTAGTACAATTAATATTTTTTCATATTACTTCTAAAAGACTACCAAGGTAGTGCATAGAATGTTTAAGATTGTTTGATATAGACACTTGGAAATTACTTTTAAACAGGTCTTTGTATTCTCTAAGTGTCTATAATTTTCTTCTTTTTTATCCCTTAAGTTCTCCACCTCTTATTAAGAGTAGTGCCCTTATTTCTTACAGTGTAATCATTTGAGGACTTGGCGTAGGTCTGGTCCACATTTGGGTCAGGCTGTCTCTACTGCAGTAAATGCTACTCCTTACATGTCAGATGGCTGAATCTACTTAAGAGAATTTTTCTTAAATTCTATATGCATTGGCTGTGTTTCCTTTATTTCAGCAGTATAATTTAATGAATTTTCCTGTCACATGACCTCAAACATTTCATATTAATGCTACTCATATTTCCCTTGACTTATCTAG
Seq C2 exon
GCAACCGTCCCTGCCACAGGCAGCTCACTGTTACTGAGTTCAATGACCGTGGATGTCGTATGTGAGAAACTGAGACAGATAGAAGGGCTGGACCAGAGCATGATGCCTCAGTACTGCACAACAATCAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000023176:ENSRNOT00000005858:23
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.320 A=NA C2=0.040
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]