DreINT0085774 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000031240 | kidins220a
Description
kinase D-interacting substrate 220a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041014-170]
Coordinates
chr17:34905226-34907683:-
Coord C1 exon
chr17:34907451-34907683
Coord A exon
chr17:34905337-34907450
Coord C2 exon
chr17:34905226-34905336
Length
2114 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTGAGA
5' ss Score
7.62
3' ss Seq
TGTTCTCTCCACCTCTATAGCCT
3' ss Score
7.93
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTACGAGACGCACGCGAGCAGATGCACCTTGGAGGAGTCAGTTTTCCCACACTGCCCTTGCAAGATGCTTCGGTGCGGCCACACTCTGGGTTCGGGCAGCAGTCTTTGGCTTGTTCTCCTACAGGCTCTTTTCCTGGGTCTTTCCCCAATGCTGGAGTGTTGCCCGCCACTCAGCCCCACAGCAGCTACTTCAGTGGGCTTACAGGGCCACAACATCCCTTCTACAACCGG
Seq A exon
GTGAGACAACAGTCACAAATACTGGCCATTGTGTTAAACAAAATAATGGGAATGAGTATAAAATAAAAGAAGTGGGAATAACGAGGAGTGAATTTGGCCTTCTGGCAAGGCTTTTAAAAAACTATTTTAAAAATGGTTAAAATCACAAAAAAGTTCATGTTAACTTTTACTACTTTTGCTAATACTAATGTTAGTGATAACAATTATTATTATTATTATTATATGTTTCAAAATATTAAATGTAATTATTACTGATTAGCAGTAGTATTCTCAGATTATTAATAATGACATCTACCGCTGACAATAATAGTGTAATATTCTATCAAATAACCTGTGTAATTAAAATGAATATGCCTTAAATGTATATATCTATTTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATCTGTTCTAAAATATTGAAATGTAGTTATTACTGATAAGCAATTTTCCAATACTTCTACTGCTGATAGTAGTACTGTAATATTCTTTCATTTAACCTGTGTAATTAATATGAGTACGCGTTATACATCAATCATTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATCTGATCTAAAACAATATATTGTAATTATTACTGATTACCAGTAGTATTAAGAATATCAGTAGTGACTGTCTTTTTCCAATACTTCTACTGCTGATTATAATACTGTAATATTCTATCAAATAACCTGTGTAATTACCATGAATATGCATTATAATAAATGTACATAGTTATTATGATGATGATGATGATGATCATGATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATCTGTTCTAAAATAAAAATATTTCTGATTTGCAGTAGTATAGAGATTATTAATAATAACTGTTTATTTTAATTCTTCTACCGCTGATAATAATACTGTAATATTCTATCAAATAACTTGTGGAATTAAAATGAACATGCGTCATAAATGTATTATTATTGTTATTATTATTATGATTATTATAAATAGTAGTAGTGTATCATTTGTAGTATTGTTATTATTTTTGATTATGAAAAATTAACAAATCTTTAAATCATAAGTATTTCAGTTTACAGTTATTTAGAATAACCTTAAATTATTAGAATAATCAGTCGTAGTCATCATCTATAATAGTTGTTATTCAACTTAAAATTCAACTTAAATATTACTGATGATCAGAAGTACTGATATTATTAATAATGACTAACCCTAACCCTCACCGCAATTCTTCTACTACTGATAATAATAGTGTAATAATCAATAAAATATGTCTAATTAACATAAATATGCTTAACATTAATACATTACTACTAATTACATTAGTATGAATAATAGTAATAATAATAAAAATAATAATAATAATAAAAATTATAATAGTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATGATAAAATTTGGGGTGTGTAATATATAGTATTGTTTATATTAGTTGTTTAATAATTAATAAATCTTTAAATTACAAGTACTGATTAAAGTTTAGAATAACCTTAAAATTAAATTGTATTAAAACAGTCAGTATTTGTCATAATTAATAATAATAATTTATTAATAATAATAATTTTCCCAGTGTTGTGTTGCTGCTGGAAAGGCGTCAGTTGCGTAACACACGTGCTGGATAAGTTGGTGGATCAGTTCGCTGTGGCCACCCCTGATTAATATAGGGACTAAGCCCAAAAGAATGAATAAATGAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATATCAATAATATTTATAATAATAACAAGTATAATTATATTAATGATGGTGATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATTTGTCAAATATTAATAAATACACCATCTCTAATAAATCTTCAGTCTTTTCATTGTATGTCACAAATGGTTATCCTTTCACTGAATACCTGATGTGTGGCTGACCCTCGCTGGACCCTCATTCATCAGATTCCTGAGCATTTGTCTGTTCTCTCCACCTCTATAG
Seq C2 exon
CCTTACTTCCCTCATCATGTTTATCACCTGCCCCGAAATTACCCCGGCCACCCCCATCACGCCCCCACCCGCCCTGCTTCTAAACTCCACAAGGACCCCGGTCTGGGACTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000031240:ENSDART00000145664:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.269 A=NA C2=0.691
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]