GgaINT1031132 @ galGal4
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr3:95457541-95462232:-
Coord C1 exon
chr3:95462006-95462232
Coord A exon
chr3:95457649-95462005
Coord C2 exon
chr3:95457541-95457648
Length
4357 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAAT
5' ss Score
6.15
3' ss Seq
TTTATTTTTTTTTTCCATAGCCA
3' ss Score
9.61
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTTCGTGCTGCAAGAGATCAAATGAACATAGGAGGACTTCCTTATCCCACATTGCCTTTACATGAGGCACCTGCCAGAGCAGCGTCTCTTTTCAGTCAGCCTTCATCAGCCTGCTCTTCTACAACCTCTTTCAATGGACCTTTCAACAGTGGAGTTCTATCACCCCAACCTCACAGCAGTTACTATAGTGGTATGACAGGACCTCAGCATCCGTTCTACAATCGG
Seq A exon
GTAAATAATCAAGAACCAATTCACATTCTTCTCATTTGACCTGGTAGTATTGCATGTGAAGTCTGTGAAATGTTTAAAAGACCCATGTAAATTATATTTAGAAATGGAGCCTTGTCCAAAAATCAGTACGTTTCACAGTAATGTTTGCTCTTGTAGTCTCTTAGGGAAATGTGGTAAATTGCTTTAGAATATTACCCAAAGGGGGAAAAATGGTCAAACACATTGAGATATGCTGCTTAGTTGTAGGGTATTGCAGGTACTCTTTACATGTATGTACACATACTGCTTTTTAAATGGTAAATTCTGCACACTTCTTCACATACTCACAGTCATTAGAGAGGATCCTGTATTTTTCCTTGATAAATTAGGTAAACTACAGAGACTTAAAAAAAATAAATAATAAAAATGCAGAAACTTTGTAGGAACTGCTCAACAAGAACGTTTCAAGACATGTCTTCCCTTTTATCTCTTTTTAAAGTTATTCTGGGATCTTTGTCCTTATCCAGTTCTGCACTAGTTTAAAGAATTAACATAAATTGCATAAACCATATAATTTTGAGTTATTTGTGGGCATCAGAAAACATAGTCCTAGACGTGGCTCACTTGTAATTTGCAGTGCTTTACTATATAATGGGATTGTATCTAAACAGTGTAAGATAAACTGTTCTTTTTAACACTGTTCCAAGTTATTAAGGTATAAATCAGCTTATTAGGTGGGACAGCCATTTATGAGAATGCCTTTTTAGATGCATTTTACAACGATATTCGTAGTACTGATCTACTTAAACTGATTTAGTGTGTAGTTATTTAAAATTTGAGCGTGCTCCACAAGTAAATTGTAACTTTGTATTTTTGTGAGATAGATTCAGTATTTTTAAACCTTATTTTTTCCTTTTTTTTTTCCTGCAATATTATCAGGGAGAAAAAGATATTCAGGAAGCGGATGCAAGTCATAGATTGTTTCTGTATGCAGTTTTAAGTAGTGAGGTATGATAGTAGGCTAACTAAGGTAGATAGTAAGGTTAGTCTAATAAGCTGGGAAAAAAAAATTGAGTTATTCATTAATGTTCATTAACCAAGACAGAAGAGAGTATATTTAGCACAGAGCCTTTTATCTGTTCTAACATTATTCTTATATTGACAGTATATTGAGCATATATACTGTTTTGTTTAAAATAACTTAAAATGATGTGTTCTTTGCCCAGTAGTGACGAATGCGTGTCTTAATAATCTTCCTGCTGATACTGACTCACTTAATTCAAGTGAGTGTTTAATTGGTAGCCCTGTTTTTTGTCTGTTCCTGTACATGACAAGGTTTTAAGTATGTGGTAACTTACAATTGAAACTTAGATGTTTTTTATGGCTCTAATGGTCAATAAAGAAGCTATTATTGGTGAGTCATTAGCTGTTTTTACAAGTATTCCATGTGTTCATTTTTATCAAGTGAATACATGGACTTCCAGGCATGATTATTTTTTCCTTTTTAAGACTCGAGTGTTTTTATTTTGGCCTTTCTCTAAGAAATTTTATACTGCTTTTCTAAGGTATAAAACACTGCATACTGTGATAAATAGTGAGAACCTTGTAACAGTAGAAAGGTTTTCTGAGAGCATTTTCAATCACATTTTACTTCTGGAAGAATGGTGTTTAATAAATGACCACTGACAGATGAATAGCCTCTCCTCAGCAGTACAGTATCTGAGGACGGTCTTTGGATACCAAAGCGGGGTCAAATGCTGCTCTGGAGATGGCTGAATTTTATGGCAAAGTGTTCTTAAGTTCTTCGGATGGGTACATTGCCTTTTTCTGACCAGATAATGGTTCCTGTCCTGTTGTTTATCAGTGGTCATTTGTTCTTAAGGAAAAAACAAAACAAACCTTTGAGCTCTTATGTAAAGCTCATGTTGCTTGTCTTCAGAAAATACTACTCCTATGTTCTGTATGTTTCTGCTTTGTTCTTCAGATGTTCCTGTGTTATGCTCTTGAACTTCCAGTCACATAATCTCTTCTTTTTTTTTTTTTAAGGCCCCATTCTCCCTGTGCATTGCTGTGTTACGGTTCCAGTTCAGCAGCTTTTCAACTTGGTACTTTTGCTCTCAGTTTTGGATAGTGATAGAGGGCTAACAGTTTACCCGTCTAGTTCCCTCGTGACAAGTTGGTGTCAAGTTCAGCTTCCCTAAATCTCTGCTGTCACAGAGCTCATGTTTCTAACAGAGAAGATCAGAGCAGTAGGCATGTCTAAGTTAACTGAGTGGGAACTAGAAATTATGGCATGTAAGGATTTTATTTGATTTATTTACATTGGTATAGCAGCACGTTCTTTGATAACGGGGCTGTGCTTATGATTTAAGGGCTGTCTGCAAACTTGGAGAACAGCTCTGCACTGGTTTATGCCCAGTGTGTATTTATACTGATGTCATGTTTTCACAATATCTGTGTTATCGTACCTTGAGAGTTGAGACTGCAGAGTTTAAATTTGATATTGGAGAATTAATTCCACAGGTGGGAAGCAGTGGAGTAGCTGAAGCAGGCACGAGGCATAATTAGACATTGTGAAAAAAACTGTGGTATAATTACCTTATTGGACAAATTTTTTCATTGCTTCCTAGTTTGATGACTCGCAACCAAAAAACAGGTGCTCACTTTGTTTCAGAGGGTAGTCTGCAGCGAGAGCTAGGCGTGTGAATGTGGTATCATAATTAAGCATCTCATGCTTGTGGGTTTTCCACGTGGTTTAAGCTGTTAGTGGAAAATGGAAGCATTTAATTATTTGAGAAATAGCAAACCTTTTTTGAGAAGAGTTTTATTTCCACGACATACCACAGAGCGTGTGCCTCTTGGCAGTGGATTTTCTGAATCGTCCTGTGCTAACCAATAAGTATGAGACAAAGCCTAGGCTTTGGTCCTCCTGCCTATTCAGCCAACTCAAGTTGAAAACCACAGAATAAACAACTCCCACGTTCTGAGTAATGATAACAGTGCATACCATGCATCTTCATATGTTGGAAGAGCATGTGAACTTTTTGTGGCAATAGCCTGAAAGTGTGTGCAAAGACTCCCTGTTGCAGCTAAGAATAGAGAATCGGATGTATTTCTTCGTAATTACTCGGAGTTGGTGCTTAGGCCATCTTAGTTGATGCACACACGAATTGAGTTTTCATCTCTCCATTCATTTACTGCTGCTTCTGAATGCAGAATACTTTTTTGTTTTGATTTGTTATTGTCCTTGCTGATCAATTCAAAGTGGAATGTTTCCACAGGTTTTATTCCTCTCTCCTAGACTGGCCATCGAGTTATAGCATGGTATAGTCTACACTAAATTTGGTGCAGTGGTCTACTTAAAGTCTTGTCATGTGCAGAAACAGAAACCAAGTAGTGTGTTTTGTTTGTTAAATGGTTAGTATAATTTTTAAATGTTACGTATAAAACGACCAGTATGTTTTTGAATTGTTTGTTTTTTGTTGGTTTTTTTTCTGTTTCATTGCTTTTGAAGATCCCAGTAAAGAATTGAATGTAAAGAGTTTTATAATCCTCCTTTTCATGAAGTCTGAAGACTGTTGGTTTTCCATTATATTGCCTTAAAAGGGAATTCATAACAAAACGAAGGCCTTTACTTCCAAACCTAATTCAAATTCATGGATAGGTCGAAACCAAAATTTAACAGTATTGGAAAGGCCTTTCTTAAATGTGTTACTGGTTGTAAGGTTTGTAATTCTCAAATGTACACACAAGCACGCATTGCAGTCGCATGGCAGTGGGTACCATGTGGATTTCAGGAAGTATGTTTGTGCAGCTGATTTTAGCACTTAAAGGACTGGAGCATATGGAGAACTTTGTTCAAAATGAAGTAATTTGTGATTTGGAGATCCCCGTATCTCTTAGAAGTGACTTCATCAACAATCACTTATTAATATCACTTATTTTTTGTACAACTGTTTCGGGTACTATGAAGCATTTTACTGAAAATCGGATCATGAGTTCAGCAGCTCTGAGATCAATGAAAAATATTAGAAGTGTGAAACCTTATCACGTTGTCAAAACAGCTGTTAGTGTGTAACTGCTACGAGCACCCTAACTCTGTTCCTCCTGCAAGCCACGTTGAGGCACCTGCTGGCTTTGGGGGGAGGGAGGGTCAGTTGCTGAGGGGTTTGAGTGAAGAACTCACTCCAGAGCTTTTGACTGAATTCTGCTAAGTGCAAAAAGTAAAGAACGCTGTTAATAATTGCTCTTTTCACTTTGTTAAACCCAAGTAGGGAATATGTTTTGTTGAAATAAGTTTTATTTTGTTATTACATTTTGATTTGTGTAATTGTTTGTCCCTTTTTTTTTTTGTTACATTTATTTTTTTTTTCCATAG
Seq C2 exon
CCATTCTTTGCCCCATGTCTTTACATGCCAAGGTATTACCCTGGCAGTTCTCATCTCATCTCACGTCCACTAAAAACGAGTTTGTCCAGAGATCAGAGCAATGGCCTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016409:ENSGALT00000026464:23
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]