HsaINT0087368 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000134313 | KIDINS220
Description
kinase D-interacting substrate, 220kDa [Source:HGNC Symbol;Acc:29508]
Coordinates
chr2:8876998-8887331:-
Coord C1 exon
chr2:8887275-8887331
Coord A exon
chr2:8877130-8887274
Coord C2 exon
chr2:8876998-8877129
Length
10145 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAATG
5' ss Score
5.98
3' ss Seq
TTTTTCCTTGACTTCTCTAGGGG
3' ss Score
9.77
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGTTATCAAGGAGGATGCTGCTGAGGGGCTTTCTTCACCCACAGACTCCTCGAGG
Seq A exon
GTAATGGAGTAGTCCTGTGGTGTGGATCGCTGGCATCTCATTGCTTCTGCCTCAGTAATGACTGTCTTAATTGTGATGATAGCAGCTCACTAACTCTGCGTTTGTGGTGTGATGAGCAGCTAGTGTAGAGTAGCTGAATGCTAATAATTATGGTTCCTGAATTAATTAAAAAGCGGATGTTTAACTTCACCCATTATTTCCTCCTGCTTTTCCCCTTTTTCAATACATGGGATGGGGTTTTTTTTTATTCTTCAATAAGGAAGGGCTTTTTCTATCAGCTGTCAGGGGTGTTCCGTTGGTAGTATTTGCTCCTCAGTGTGAGCTCTAGCTTTGCCTTTGACTGTTTTTGTTAAGCCTGTGGTTGCTATTACACATGTGGAATATTTTAGAAAAGTATCCAGTATCACCCTTGAGACTACAAAAAGACACATAAGCTAGATGGTGTAGACTAAAAATGCATCTTTAATAACTCAATCTAGGTGTCTACATTTAGTTAAGTCTTAGTCTGAGTTTTAGTGCAGTGTTATAATACTTTTCTTTGTCTATATATTTGTTAAAATAAATTTTCCAGATAAACAGAAGATCGTTCAGCATGTAAAAGAAATTATTTATTTATTTATTTATTTTTTGCCAACACCTTAAGGTAGGTTTCTTTAAAAAAAAAAAACAAAAAGAAAAAAACAAAAAATAAACAGAAAAACCTTGTAGAGGGAATCACCTCATAAATTACTATGTAAGTGGCCAGGCGCGGTGGTTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACTTGAAGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTATCTCTACTAAAGAAAATACGAGAATTAGCCAGGCATGGTGGTAGGCACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCCGAGGCAGGAGAATCGCTTGAGCCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCACCGCTGCACTCCAGCCTCGGCAACAAGAGCGAGACTCGGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAATTACTGTATAAGACTTCGTACTTAATAAGAAATAAGTTTGTGAGGAGCTTTAAAATCTTCATTTAGAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAGAACCCAGTTTGTATTTTAACTTTGGTTGTTTTATTTACAGACTATGTTACACCCATGTAATATGGTCAGTTTAGCCTATAGCTGTGTTGAAATGTGGCATAGCAGTTAGAATTAACATGGTGAAATATTACTAAGTTTATCTGTAATTTTTAACTTAAAACTTGCATTTTAGCAGGCAATAGGTTGTTTTTCTTTTGACGGAGTTTCGCTCTTTTGCTCAGGCTGGAGTGCAGTGATGCCATCTCAGCTCACTGCAACCTCAGCCTTCTGGTTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCTCCCACCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTGTAGTAGCGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTTGTGATCTGCCCGTCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGTGCCTGGCCAGCAGTAGCTTTTTAACTTTAATTTCCTTTGAGTTAATGTTAATAGGAGAGAAAAAGAGAACCGTTGTGGTGCTTTCGTTGAGAGGTTGATGATTATTTTAAAGTCATTTTAACATTTCAGCTGAAGTGTTTCAGTGACTTCAGTTATCCACAGTAAACCACAATAATTCTCTTCAGTGCTTACAGGATCTTTAATCCATGGGTCATCATCACTATATGCAAGAATGACCTTTAGTTTAGTCAGAGAGCCTTTAACATACACATTATTGCATGCAATTCAATTCTCTGAGCTAAAATTCCTGAGCAAAGTTTTGAAGAAAATCAGATACTGTGAAGAAGTTAATGGCCTTAATGACACAGACATGCTGACATAGTAGCTATTCCCATGCTCAAGAATGTAGACAAATACATGTCATTAAAAGGTGTCTGTAGTTTCTTTTAGGGACCAGTAAAGGAGCATTAGGCAAATTTTGAAATGAGTTTTTGGAGAAGGGGAAATCGTGTGATTCTTGAGATGTGTTTAGAAGCTCAACAAAGGTGCTCTGCATATATTAGTGACTTTGTCTAGTAGAATAACCATATCATTTGCTTTTATTTTACTATGAAAAGATCATTTTATGATTAGCATAACAAATAATAGATGCTTACTAAGCTTCCTTTGCTTTTAAGAAATTAACAACGACAATAGAATGTAAAATTTGTTTTGTCGAAGCCTAGAAAAACTAAGTAGTCACTTAGTTCAATGCCAAATTGAAAGCTGTGGTGGAAGGTAAAGAATCAGAACATGGGAACATTGCCAGAACTTTGTAGCTGGACCAACAGAGAGTACCTAGCAGAAAAGTATGTGTAGCCCATCGAGCTCTGTAGCAGAAAACTCTGTGTTTCTGGACAACGGGATTTCCCATTGGTCCCATCTCTGCTCAGTCAGCCGTCTCTATACAAAGCCTGCAGAAGAGTCAAGAACTACACAAACGTTTTTGGACAAATTGTCATGTCACAAGGTAATGTGTTAAAAAAGCCAGGCCATAAGGGGTTAACCAGCTATGGTCTTTTCAAAATAGAGATGATCCCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCATGAGGAACATCTGAATCACCTTTATAAATTAGATCCTTATAAAAATCATTGAGTTTTCTCACATTAAGGAACACTGTAGTGCTTATAGCTTGTGATGTCCAGGGAGGGACTTGTCAGATAAATTATAGATATATCCAAGTGTTTCACAGAAGTGAGGTTTTATATAAATTAATAATATATAATATAAATAATATATATTATAAAATAATTATATTAATATATAACATATTTATATTATAAAATATATAATATATTAATGATATAGTAATATAAAAGATGTTAATATAAAATATATTAATATATTAATAAAACAAATCCTCACTTCTGTGAAACAGTTGGATATATCTATAAGCCTCCATGCTAGCTTTTTAAAAATAATTGTATAATAGAGAAAAAATATATGCCAAATCTTGTGAAACCAGGTTAAAAAATTAGTACTATATGCAAGACATGCTTCCCAGAATATTAGGGCTAGAAAGGAACAGTGTTTTTCAAAGTTCCAAAGCATAGAAGCTTTTAGAAATGAACTCTTAATCAAAACTCCAGTTTGTAAAACCAATAAAAGCAGAATCCTGGAACCCACATTACACATGCCTTTCCTCTTGAGGGTCCCCCAGGAGTGCTAGTCTCCACATGGCACAGATAGAATGTGTGAGACTTACCTGAGGGACACAGGAAAGGGGTGCCAGATTTGGAACTAGAATGCAGGAGACCATGGCGCTCACCACCATGCTGGTGGCTCTGCCCCGTTCGTCCTGAACACGACTTAGTCAGGTATTTGGTCTTTTGAGTTAAACAGACCCTGGTGATGAGCTCTTTGCCTTGGACAGATTACTTTACCCCTCTGATTCTCAGCTTTCTCACTGGGAAAAGCAGACCTGCCTCAGGTCTGATTCAAGGATTAGTCAGCCTTAGCATACTTTAAGTACTTCATTATTATTATTACTACTGCTACTACTGCCCAAAGGCCAGAATCCGTGGAGCCTTAAAGACGCAGAACTCAAACTGTTTTTGGTTAAATCATCTTTGTCTCAGTCATGGGAGTGGTGTACAAATACTCCAATCAGTTTAGATTCATGCAGCCTTTTTATCTGTTGATGCTTCTTAGCCCTAAAGTTGTTAATCGGTTTGTTTTCTTAGAATTTAGAGGAATTTCTAGGTTATTTGAATACTTTAGATACTTTAAAATTTTGAAAGCTTTCCAGGGATGTTTTCACTGGTGCCTTTACCTTCTTTGAGTCCAGTTCCCACTAGGAAATGGCAGCATTCACATGATTCTGTGACCCCAGTGAAGCAAAGGACCTAGTATTGAGGCCCTGTGTCTGGCCAGGTCTCCTCAGTGGCATGTTGTTCTGTCATCTCAAAGAGTTGCTCTCGAAGCTCTGTAGTTTGGCTTAATTTAAGGTATGCTGCTCCTGGTGGTAACTGTGTTTCATTGAAAAGCACATTTTCAAAGGAGCAATAAAGCATTTCTTCATCCTTTCATTTTTCCCTGAATTATTTTACATTGAGTACCACCGATGCTTGTGTGATCAGCGATTAGTTCAACGAATATTTATTGAGTGTAAGAGGCGCTATTCTAGTGGGACACAGCAGTGAAGAAAACTGATGAAAATCTTGCTTCACAGAGTGTGGACCTGAAGGCCACCGAGGGAATTATCGGTTTTATGAAGTCATTCTTTCTTGACCTCCTCAGCTACAGGGTTTACTCGTTACCTTTGGACAGCTTTATTTAGATCACTTTTATAACTTGTTGAAAAAGCATGACAATAATTAGCACAAAGTTTAATCATAAAGAATTTCAGAACTGCAAAGGCAGTGTTAACACAGCTCCAGTGTGCTGTTACCTTTACCTTTAGATGTTGATGAAAACTATTGAATGAAGATATTAAAACTGAAAGTCTTGGTTTTCATTAAACAGGGTCCAGTCAGTGGAGTGACCAAGTAAAAAGTGAAAACAAGTCCCCATGGGATGGCCCATGCAGTAAGCCTGCACTTAGGAAGGCTGAGGCAGGAGGATGACTTGAGCCCACAAGTTCAAGACCAGCCTAGGCAACATAGCAAGACCATTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAATTAGCCAGGCAGGGCATGGTAGCGCACACCTGAAGTCCCCCTACTTGAGAGGCTGAGGTGAGAGGATCAGTTGAGTGCCAAGATCACAGCACTGCACCCCAGCGTGGTGACAGAGCAGACCT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Seq C2 exon
GGGTCAGGCCCAGCCCCAGGCCCAGTGGTATTACTGAATTCACTGAATGTGGATGCAGTATGTGAGAAGCTGAAACAAATAGAAGGGCTGGACCAGAGTATGCTGCCTCAGTATTGTACCACGATCAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000134313-KIDINS220:NM_020738:26
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.921 A=NA C2=0.105
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0053625=SAM_1=PU(52.6=68.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)