DreINT0085776 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000031240 | kidins220a
Description
kinase D-interacting substrate 220a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041014-170]
Coordinates
chr17:34883598-34891139:-
Coord C1 exon
chr17:34891110-34891139
Coord A exon
chr17:34883730-34891109
Coord C2 exon
chr17:34883598-34883729
Length
7380 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAA
5' ss Score
7.09
3' ss Seq
ATGTTATTGTATGTGTGTAGGGC
3' ss Score
7.35
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTAAATCTCAGCCCTTCAGAATGAAGCAG
Seq A exon
GTACAAATGTTTAAACCCTTCTGTTTTGTCATGTTTTACTGTGTCGTTTTCAGATCTCCTGCTCATTTTGGCTTGCTTCATTTAAAACCAGAACAAAATGAACAGCCAGTTCTGTCATTCTGAAATTTCTGTGGCCAAAAGTATGTGAACAATCGAAAATCACATGCTGTCCTGCTCCAGAATGGACTAAAAAGCACAATTACAACTTCTTGAATGTGTGCTATGTTTGAAATGCTTTTAAATTTATTTATTTATTTTTAGTTTTCAATTCATTGCAATTTCATTGAAATGTGAAAGATATCCTTCTCTATACCTTTTTCAGCCTATATAGACACATGCAGATGGTCTTTGTAGAGTGGAACACAGGCCCGTAGCCAGCCTGAAAAAGGGGTGGTTCTTTTTTCTCAAAAAGTGGATCTTTTTTAGTTTTAAGCCTCAATTTTTATTTAATTTTAAAATGTAAGTACTGCATTTGAGTGACATTTTAGGCTGTATTCTGTACTGGTCAGCATAACCACATTTTTTGATGTACCAAATATATTTCCTAAAGATTTATAATAAAGAAATATGAATATAATGCTTATTTTTAAAAAGTACAAATTTCAGACATCATATATAATTAGAAAAAAAACAAAAGAATCACTTAAAATCTGTAGTTTTCTGTCCTTTATTAGGCAAATAACAGAACTGGCCAGCATATTCAACTTTCCTCAGTCAGAACTTGTCTATTTAAAAAAATATAAATAAATATATAAAAATAAAAATAATAAAAATAATAATAATAAATAAAAAAAAATAATAATAATAATAATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATAACAATATAATAATGTAGAGCTTCACAATTTTTATTGCCTCTCTTGTAAAGTAAACTTGAAAGGTCATAGATAACAACAATAGCCAAAATAGTATTTAAATTAATTTTAATATGGGTCACTTTTGGTGCTTCACACCTTTTTATTGGTCATTTTTTGTTTCAAGAATAAGATCCAAAATTTAGAATAAAAATTACTTGTAAAAAGTTTTCTCTATTCAAAAACACTACGGTAGCAAAAGAGGACTTCACTTACATCAGATTGTATGTTTTCTTGCACAGCTAGATGTTGGAAACATGAAATATATTTGTTTGCATTGACCAAAACTGATTAGCTGAAGTCACACTGAAGTGACCGCCAACAGAGGATTCTGCTTGGTCTAAAAGCCTTTTTTGATGGGTTATTTTCACCTTTTATCATTTGGACCTTTGTCAGTGAGGGTTAATTTTTTTTGAATCAACCAAATCCACCCTGGCTATGGGCCTGGAACACAATATATAAATGATCTTAAAATCCTTAACTCACAACTTTCAAAAACGTAGTTTGTCAACTCAAAAATGTCAAATGAAATGTTTTTTTTGTTTTTTTGTTTGTTTTGAAAGAACATTTTATCAGCATGTTATTAAATAGTAGGAAAATACATTGAACACACTGTACTTCAGTCCCTTACAGCTTCATTTTCGTCTCTGTCAGATCTCTGTCAGAAATAGAATACAACTTAAGGTTTATTATACAATTTTAATCGAAGTCAAGTTAAACTTTAACATCAGCTTGTTTGAATTTGAATGCAAATCAGTGTAACCCACCGGTCCTACTGCATCCAACCTGGTCTGAGCTGGGATCGAACTGGCGATTCTTTGCATGGGAGTCGGTTGCTCTAACAAGTAGGCTAAAGACCATGGCCTCTAGCATCTGTCGCTAGAGTACCTTTAGAGGTCAGAGGAGTGAGGTTTACCTACATAGCAATTTACTAGCTGCTCTCCATTACACTCACCCCTCTAAACCTCACTCCTTTCCCAAATGAGCCCCCATGTGTTAACTACCGATCCTACTGCACCCAACTCGCTCTGAGCTGGGATAGAAAACTGGCAATTCTTTGTATGGGAGTCGGTTGCGCTAACAAGGAGGTTAAAGACCATGACCTCTAGCATATGTCGCTAAAGCACCTTTAGAGATCAGCAAAGCGAGGGTTACTTGCATAGCACTTTGCTAGCTGGCCTCCATTACATCAGTGTTTAGTGAAAAATACTCGAATAAAAGTAACATTACTTGCCAAAAAATGTGTTCCATTTAAATAAACATATCTGTTTTAAATACTACTCAAAGTATGAGTAAAAAGTAGCCCTTCTAAAAGTACTCAAGAGTATGTTATCCTTAACAAAATGTTTATGCTTAGGTTTTACACTTTGAACCCTGACTAACAAGCTATGAGTTTCCAGCAAACCAAGCTCACACAGAGCACGTTCAATTTGTGCATGTGTTTGAAAATTTAAAATTATGTAGTGCATTTAGTTATTATTAAAGGTCAATTTCTGGGCAATTTCAATTATTAAGGGCAATTTCAGTCATCTTTCAGTAGGCATCTTCATCTTCTTATCAGTGACATGCAGTTTATACAGTCTTGATCATTGTGTGTAACCATTTTCGTCTTTTAATTTGAATGATTCCACACTGTATGTTTGCTGCAGTTGTAAAGCGTCTGTGTCTTGAGGTTGTTCTTTCTGATGTGATTTTTCTGTGTTGTTTGATTGTATGGGAATCACTGAAATAATTAGTCTGCTTGACCAATCGCTTTAGACAAGAAAAAAAATATACTGCAGTCAAAATACTGATACAAAAATAAAAATACACTCAAGGGCTGGGCGATACAGCTAAAAATGATCATGATATGTTTTATATCATTCGATATTAATAATTATTGAAATTTTTTTAATAATGCATTCTGGAAAATATATTTTTATTTAGCCATTTTATTTTAATTTACCAACATTTCTAAGGCAGATGCTTTTAATAGTCAAAAATATTTAAACAAACTATCTCTTTATCATAAAATAAACAAATGTTAATGAGACTCTTAAACTTATGAATAAGTTTATAATAAATACAAATTTTATTAATAAAATGTTACAAAGTGTGTGCAATGGTAAAGTGTAAATGCTGAACAATCAAAGCAAACTATCAAGTGTGAATAATAATGATACAGTAAACCTCAAACTCTGTAAACAACACAAATTATGATAATCTAATCTGAGCTTTCAAGTAAAGGAACTAACCATCATTATTCAAATACATGTTGCAACATTATAAATTACCCCGTGCTAAAAACTCTTTCAGATGGGAGCTAGTGGCTGGGATGCACAAAAAAAGTACCCAAAAAAGCCATTCTGGCGACATCCTTACATTCTTTCTTTTTCAATCTGCTCACTGCTGCTATACGGCACACATTTTGGTGCATGTTATTCTGACCTAAGGTGGCGATGACCCAACTCAAAGATCGCAGATAAGTCAGTGGATACGTTCATAATTTTCAATGAGCTTTGAGCTCTGCGCTCCACAGTCGTCTTTTTTAGTAAATAGACATCATCAACCATTTTCTCAGAGGATGACAAACGGACAAATCATTGCTGCAGCTCTAATACTGCTGAAGTTTATGAAGAAAATAAAAAAAGCACTACAGTGGATGAGTGCTCTGTGTTTGTCTGAGGTAGTTAGTCTACGTTACTAAAATGTGTATATAACATACAATGTGTGAAGCAGATTGGTTAGTTCTACTTACATGATTCGCAGTGCACTCGTGGCATTCTGGAAAATTTAGATGTTTTTTAACTAGGTGTGCCTGGAAAATGTGCGTGCATGCCGCTTGCACACCATGTGCGTGTCGCTCCCTAGTCTTGTGCCTCCGTTGGAATTGACAAACTTGCACCCTAAGCTTATTGACACTTCTTTCAAGGTGCGTGCTCAACAGCCACATTTTCATAAAACTATAGCACTTTATACCAAAACTTCATACTAAACTTTTTTTTTTATCGTTATTGACAATGGTGTTCAGTCGATAAATACCAATACTGATTTTGTCGCCCAGCCCTATACACAAGTAAAAGTAAAGTACAATTCCTGAGAAAAACTACTCAGTAATTTGAGTATCTGTAACTGGTTACTTCACTGTGGTCAGATGCATATTAATTGTGAATATAGTGAAAATGTCTTTAAAGGCTCTTTCTGATTGGCTGCTGCTTTTCTAGAATTCTGGACTTTCACCCAATCAGCTCTCAAGGCACTAATTTTTTTTCCTATTTCTTATATTTTCTGTTCATTGTAAACATGCCTTCTAATGATGAATAGGACTTGAGACAAATATTTTAGGTGAAAACAGTTGGTGTTGAGAATCAATAGCACACATTTGCAATGAAAAAAAATCATGATTTATGGACATTGTTTTATTTCTTTGGCTGCTCATGATAGTCATTGCTTCCCATGCAGGCTGTCTCAGATATAGATACAATGCTCAGTCATATTCATATGAAGAACCCTCTTGTATAATGCAAATACTGTGTGATTTATGGACATAACTTTACAAATTGAGCAAGTCCATGTGGATTAAATTAACATAATATACTCACTTTATTAGGTACAGCCCTATGCATCCAGCCAATCACATGGCAACAACTCAAGGCATTTAGGCATGTGGACTTGGTCTAGATGATCTGCCGAAACCAAGAATCAGAATGGGGTAGAAAGGCGATTTAAGTGACTTTGAACATGTCATGGTTGTTGGTGCCAGATGGGTTTGGTCTGAGTATTTCAGAAGCTGATCTACACAAAACAATCTCTAGAGTTAACATAGAATGATCTGAAAAAGAGGAAGTAACCAGTGAGCATTAGTTAAAGGTTATACACAAATAACTACTTGTTAAAACGAGGTCTGAAGAAGATCATCTCTGAACACAACACGTTAAAGCTTGAAGCAGATGAGCTACAGCAGCAAAAGAGTTATCACTGACGCTACTGTCAGATAACAAAAGCACTCTGAGGTGCTGTTTACACTAGTGCATGTTTGTTACCGTACGTTCACACCGAAAGCGGCGAAAGCGTCCAAGGTCGCTCTGGCCACCCTGGCGACAACG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Seq C2 exon
GGCTCTGTGGTCTCTAGTGGATCTCAGGTCCTGCTCAGTTCTCTGACCATCGATGGAGTATGTGAGAAGCTCAGACAGATCCAAGGCCTGGACTCCAGCATGCTGGAGCAGTACATCGGCACAATCAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000031240:ENSDART00000145664:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.633 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]