BtaINT0105958 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000019342 | OSBPL3
Description
oxysterol binding protein-like 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16370]
Coordinates
chr4:71394903-71415521:+
Coord C1 exon
chr4:71394903-71394995
Coord A exon
chr4:71394996-71415404
Coord C2 exon
chr4:71415405-71415521
Length
20409 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAG
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
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3' ss Score
6.24
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GACAGCTGGGAAGTGGTTGAAGGATTGAGGGGAGAGATGAATTACACCCAAGAGCCACCAATACAGAAAGGATTTTTGCTGAAAAAGAGAAAATGGCCCTTGAAAGGCTGGCATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000019342:ENSBTAT00000025767:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.290 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF154091=PH_8=PU(16.7=38.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]