GgaINT0097790 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011007 | OSBPL3
Description
oxysterol binding protein-like 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16370]
Coordinates
chr2:31814098-31824095:-
Coord C1 exon
chr2:31823853-31824095
Coord A exon
chr2:31814215-31823852
Coord C2 exon
chr2:31814098-31814214
Length
9638 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATA
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
TATATTTTCTGTTTAAGCAGGAC
3' ss Score
5.93
Exon sequences
Seq C1 exon
GAATTTCTATGGGATGCAGATCATGCTGCTGGAATGCATTTGGGTGAGGGATGAGTTCTGCATTACTCTCAGGAGTCTTCCAATACATTTGCTTGATTACCTTTTAATGACATTCTAAGTGAGCTGATGTGAAATAAATGACCTTGAATCATGAGTGAAGAAAAAAACTTCGGTGCATCCCAGAAAATGTTGTCTCCTTCAAGAAGTACTAGCAGCTGCTCCTCTAAGCAGGGAAGTCGACAG
Seq A exon
GTAATACAACCAAACTGAACACATTGACAAGATTGGCTGCTACTTTTGCTTCTGAATATTGGTGAATTTTTAGTATTCTATTTTCCTATTGCTTGTTTTATTTGATCACTTCTTTGGTTTCTTTACTCTGTTTTTGTTGTGTTGGTTTTTTTAAATTTCCATAGTAGCATCTTGCTTTTAGTGAAATGCACTGAACCTGTTTTACAAATATTACTTGTAAAATAGCGTATATAACCTGCCTGAATAGCAGGCTCTTGTAAGACTGGAATGCTAACAGCAAATCTTTATAGTGAAATATTACTGCTGTGAAGGCTTGATCCTGAAATCCCAAGTCCTCCCTAGAAGATAATATTTCTGTGGTAGAATATTGGGTAACAGCTCTGCTTATTTCAAGTTTCCAGGGAAAGGTTTGCATGAAAGAGAATGCATTTTTCTGAAACTTGACATTGAAAATGTTCATGTGAGTGCCTGTATGCTGGTTGTTGTAGTAGAAATGTAGTTAAGAGAATACATGTTTGTAGAACGTAATGCATCTAGGTGCCTGATCCTGTATGAAACATGAAACCATACTTTGTCTTCTGCAGAAGTGATCATTTATGCTATTCTTTCAGTGAAAACCTGATTGTAAGCATTTGTACTTGATGAGTGAGACTGCTGAAGACAGCAGATGTGAGCAAGAATCATTGATCTGTAGCACTGCTGAAAATCAAGCTTAAATACAGTCAAACCGCGCTTGCTAAATGATGAGCAATACACTCAACGTACATAAACTTTTATTTGTACAGATACTACTTTAGTGGAGCTCCTGGAATTGCTTCAGGTTGAAATGTTAATTGGAATTGAGCATCCAAATCCCCTTAAAGCTTTGGAGACCTCAGCTGTGTGTTGAAAGAGCACCTGCTTTTCTGGCACTTCTGACCCTGCACGTACAGTCTCTGCAATTTCTGCATTTTAAAGTGCTGTGCTTGTAAGAATTGCTGTGCATTTCTCATACACTAAGCAAGTAAATCCGTGCTTTCAGGACACTCTTTTGTTTTCCTTCAACATTATTTTTATATCCTCAGTATGAGATTACCTTTAAAAGCATAATTTAAAACATTTAGTATTGTCTGTTCCGACAGCTCCAGTCAATCATGTGTTATCACATAGTATTTAAATAATAAGATTTATATGAGCGTGTCTAAATCCCTTGGTGCATTACATAGCCAGTAAAATCAACTATACTTATGCAGAAACAGTTTATGCAAGAAAATCACTTACTGCCATTTAACATGTTAGAATCTGTAGAAAAGCTGAGGCTTTTGATACTATTGTTGGTGGATCACATTTCTTACCCATTTTGTTCTCACCTGTACCCTTTGGAGGAAAGGAATAAATCAGTAAGGTTTAATATCATCTTGTCTGTCCCCAGTTTTTTATCCCTTGATCATCTGTACAAAAATGCAAGGTATACCTGATGGGTGTGGGAGATGGAATTTGCTGTTTTATTTGTATTCCAGGTGCATCTGTGTTCCTTGTCAGGCAGATGGCTATCATACATATCAGGTCAAGCTGAATAAAGGTGTAAAGTAGGTTGTTTCCCAATCTATTTTGAAGGCAATACAGTTCATCTTTCTTCATACCAGGCATGGTGATAAATATCTCCACTTTGATTAAAGTTTCAGTATTACAATTTTCATGGTCAGTCACTGCAGTACCAAGTAAGTAACTGGATTATTTTGCATCTAGGCAACCTAAATGAGTCAAATGACTTGTCCCTGTTTTCAGGAAGTGTTAATGACAAGCTAGCTTGCATGAGTTGGGGCAGCTCACATGACTTGTTATATGCTGAGAAATAATTGCTAAGCAAGGCTAAAATTTTTGCTTGCTTGCTTTTCATATTTACCCTGAAAATTTAGAAATACTTGTTTTTAGAAATAACATGATATTTTTAGTGTCTTTATGATTTCTCTTTTTTAATAGAGACTTCTTTCTTTGTATGGAATTCTTTAATACTTATCTACTCCTTTTCTTACCAAATATAATAACTTCCAACCTTATCCTATCACTTTGTTTGCATCTGCTGAAGTGATCGTGAGGTCTTAAAAGCAGTCTGCAATGCTAAAACAACAACAAAAAAATCTAAATTACAATTTCTTTCAGGATTGTCAGTGTTGTATGGGAATGGCTAAATCACAGCCTGAACCAATGATTGAGCACCTGCTGAAGGGACACAGCCAGCCCTGGGAGCACAGGTGAAAGCAATTCACCTGTGCAACCAGAAGGGCTGGAACCTGGTTCCACCCCTCCCTAAGGTATGGGCTAATGTAATGTATGGGGTGGCTGCTATAAGGCAGGGATCTCCTGGAAGAGATCCCTCCTCTTGGAGAATTTGGTGAGCCCTGATCCTTGGGATGGGTAAGCAAACCTTTCTTTCTTTAACTGTATTGTGACCATCATCCTTTTTTAGGTAGTTTAGTGCTGGTTATCTCCCCTTGTGTTTTTCTATACAACATTTACATGTGTAGCAGTGTACTGTTGTTCCTTATTTTATTTCCTGATTTTTTTTATATCTTTCACGTGACTGGTTTTTTTTTTTTTACATTGCAGTAGTCATGCAGCTTACAGAACAAACTGCTTTGCTGAAGAAAGCAAAGATTTAAATAACCTGTACAGTACGCACTCTGGATATTTACTTGAAACTAACTTATGTGGGTCATTTTTCCTGTCTGACTTTAAAATTCATTTGTTAATGATGGTTTGCTTTGATAGAAGGTTTCAGTGAAAGTTTTGATGAATGTTAATCTCTGCTGCGTGCAGAAAGGTGGTCCTTTAGGCCTAACAGAGGCAATCCTCTGCAGCTTACTAGCCTGGACACACTAGTGCTTTGGGAGAGTCTCTGGTCTTGCAATTTATAAAGACCTGCACCTTCTAAGAGGGACCTTTTCTTTACTAGTGTAGACTGTAGTATAATAATGTAAAATTGTCAGTCTTGCCGTGACAATGTAGAGTTCTGTTGTTTTCAGTCCCTTTTTTCCTTTCTCGCGGAGGAGTTCTTGTCATGTTTCATTGAATACTATTGTTTTTATCATTAATTGCTCCTTTTTCTTTTCAGCCTCTTGTATTAGTAAATTGGAGCTTTGTTGACTGGCTATATCCATACCTTCTGGTGGATGTTGTCAACCAGGTGCCTGACAAGACTGGGTGAATAAGGCCACCAACTGAGGGTTATTTGTCCTTCTCCTCTGCATGTTAGTTTAAATAGAAGCAGAAGTGTACTGTGAAGAAAACAGCAGCAATCTAAAGTTTTATAGAACTTCTAAAGTATCTCCTGATATAAAAAGTATCACATAGAACATATAGGCTTTGCTTTTTTTTCTCCCCCCAAAGAGAAAGGGGACTGTTAGAAGACTGCAATATTATACTGTTCATTGCTGTATTAACAGTAGTTTGAAAGTTTAAGTAGTTTTGCTATGTGCTCTGTGGAATGTGGAGTGAATGGTTGGTTTTCATTTTCTTTCCTTTGTCTTCCAGTTTGATGGAAGGCTTCCTACTCTTCATTGGACTTTTGTGCCCCTTTCAAGCACCTTTGAAACTAGGCTCATTACTTGCAAGTTAACAATAGATCTGCCTGGGTGCTTTTTTCTGTGCTGTGGATTTGACATAGACATGGTAGTTCTTTTAATCTAGTTAAGTAAAAGTCAATCCTGGAAAAATGCAGAAGGAAGGTTTCTTTTTGTTTTTTTTCTCCATAGTAGTGGGATCTGAGCTTCCCCCTAGTCACAAAGCCCATTGAAAGTACACACTGGCATTGAATAATAAGCAACTTGAGATGGGGATGTGAAGCCACGGATGTGTAAGGCTGCCCCTGGGGTTCCAGTGCCTGCTAAAATGTAGTTATTGTTCCTCAGAGCAACAAGCATCAGTAGGGTGGAGCATAAATGGAGACCTGTGATACCGAAGATAGGCTGCTGTGCCATAAGAGTTGATTGAAACAGACCTGCAGGACTTCAAGAGGCCTGCTCCTCCATTTGCAGTGGGCACTGAAGACACTAACAGTTAATCCTGTTCCACTATGTACACCTCACCTTGAAACCTCATAGTAGGTCGGAGGCTGCTGCCATGTTGTATCTCTCTGCCCTTCTCTGTCAGTCACAGAAAGGGCTGTCTTCTATAAAGTTGCAGCTCAGACTCTTTTGTGAGCAAGGAAAACTGATACTGGTCATTACATTTGAATTGACCCACGTGCAAAAGAAGATGTATTGTGATAATAATTTCTAAGTCTAATATGCTAATGAACTTTTAAAATAAATACAGTAAGGAAAAGCCTTATGACAGGAGAGCTGCTTAAAAATACTCCATGTTCTAAAAAAGAAAATTGAATCATTTCTGCCAATTTCATGAACCGTAACAAATGCTTTAGTTGCAGCTGATGCCAGCCCTTATCCTCCACAAAGCAAGCTTCTATTTTTGGCACTTTAAAATATTCGGTACAACTGACTGCGTTTCATACTGGAAGAAAGTCTGGCACTGTCATCTCTTTCATTTGGGAAGCAGTAAGTGCAAGCATCAGTCTGAGAGCCGTTCGAACTTATTACTTCATTCTTTCTTCTGAAATAATTCACCTTGAGGAGCTGTATGGTACACAGTAGTGCAGAAAGCAGGAAGGCTTTTATTAAATATAGAAAATGACTATAGTTACCTAATGGCAGACTTATCTCTGGAGACTGAAGTGTATGTGGTTTTTTTTTTTTCCTCATCCATAGAGCATATATAACCCTTCAACTACAGTGTGAATTCCCATGCTGATCTAAAATGAGCATCTTTGAACCTGTGAAAAGTAACAATAGTGCTTCCTCCCACAGCCTTGAGTGAAGTCTCTGCCTCAGGCAGCAAATGCAAAGTTGATCATTTTGTGCAGATACTTGTCCATAATAATGCAAAATCTTTGGTGGGGTTGTAATCATCAAACATTACCAGTCTGGGCATTGTTAATGCAATTCAGCTGTTTTTTGTTTGTTTTAATTTCAGGAGGGGGATGGGGGTGTTGTGAAGTGGTAGCATTTGGTGGGTATTTGCCCCCAATTTAGCATTATGGTTTGGGGTATCTTTTCCAGTTCCCCATGTGTGATAAGAATCAACAAAATAGACCATAATCTGAATGCTTCCGGTACCTTTCAGGAAATCCTGTATTTCCAATTTGCTCCTCAGCTACTTCAGACAGAAGAGAACAGATGATAACCAACCAGTTTGATTAATTTGTCTTCATTTTAGAGTAAGCAGTTGTGTTTTTTTTTTTCCTTCTGCAGCTGCTCCCAGCAATAGCCAGCTGATGCTTTTTGCTCATTAAATGTGACGTCAAATATCTTGAAGAATGAAATACTGATCAAAATCCTGGTAGGGTTCAGATCCTGAACAGATCTTTAAAAAAAAAAAAAAAGTCACAGTGCTGTGTTTTGGAAACTGGGAGTTCAGAGGCTCAGGTGGGAAAGATTCTAGCCAGAAGGGGCCAACAGAACCAAATGCTTGCTGTTATTGCAGTGTTGTGTCTTGTAGTTATCCAGTATTTCTCCAAGCTGTTAATTCTCTGAAATATTCATTGCATTTCCTTGGGTAATATAGTTGATTAAATAGTCCCGTGCTTTTAAAAGTTCTGGACCTATTTTCAGGTCAGCTAAAGCTACCTTTTTATGTAAAGTTTACAATCAAAATGTGAGATTCCCACATTAACAGAAATGTGAGCAGAAACCTTGCCATCACCTGAGATTTGGCAAGCCGTTGGTCCCACTCAAAGGGAAATGGTGCTCTTACTTCTGCTTTTCTTTCCATTTTCACGCTTTTTCATTGTGAAGGCATTTTTTTTACCAGCTTGCTAACCAGAAGAAACAGTGAGAAATGCAGATCTTCTTCAGGAATAGGGGATGCATCTTATGCCTGGACTGCAGAAGCGGCCCAAAGTAAACCTTATTTGAAATGCAGGCCAGAATGTGCTCTATATTTAAACCTTTTACCCAAACTGTTGACGCAGCATATATTCCAGATGGGTGTACTACAGCTCTACTATTTCTCAGCGGCTCCTTTGTCTTTACCTCATATGCCCAATATAGAAGAAATCTGTCTAATTTCAGCAATCTCTTTTTTTTCAAATTTATCCCTATAAAAAGAGTGCATTTGGATTCTTTTTTGTGCTCGAATTTGTTCTTGTCTCCTGCAAGTAGACTGCTCTATTAACAATATGCTGTGTTTAACCTTAAGCAAAGACTTTGAGAACTGGATCCAGGGTTCAAGAAATGCGATCGATTAGGCATAACAGTAAGAATACTGCAAAGGTCCTACTGCTTGCTAGTCTTGACTGTTATCAGGTTGGTTTTTGATGGAAAAATTGTTTGTATACTGCAGTTTAATATATTTTGGATCAGGTGGTGGAAATAACTTGCTTGGTAATCATGTAATACAGTTTTTACACTCTTCTGGCTAATTTCAAGAAGGAAAAGACAACCATCAACATGCCGTTATTCTTAATCTTCTAAATGTTCCTATTAGTTCTTAATTAGAATCATCTTTCATTTGTTCCATCAGGTTTCATTACTTTTTAATGTTTACCTCTTTTCAAGTCCCCAGTTTGAGAATGTGTTGTCAATATTTGTTTTTTATTGGCTCATTTGCTGAACATATTTCCCAAGGAGGGGAAATTTTATCCACCTGTGGATAGTGAGTAGCAGTAAGTTCAGCAGTTACAGACAATATAAATTGAAGCATTACACTATACTTGATGATATTTTAAGAGGCTGCTTGGGCATTATAGACTCCTAATGCCAGTAATTATAAAAGCATTAATTAAATAATCTTTAACTAGAAAAAGAATTCCAAACTCACTGTAGAAAGCATTTGGTGGCCAAGCGTTTCCATTTGTGGTAAAAGAGTTGGTGGAATATCATTTCTTTTTCGCTTTCAAGGTTGAAAGGCTCCATCAAAAAAGAAAAAAAATCCTTAATTGTGGAGGCTTATGGCTGCCTTTGTATTTGAATAGCTGTCAAGCTGCAGCTAGCAAGCCGTAGCTAACTGTCACAAGGGCACAAGCTGGCTCTGCTTCATTCTCTGACGGCTTCACCCTATGAAAGACTCACTGTGCTGGTGTCTTGCAGCAGAGCATGCACTGTTGTGGTTCGTGATGAGCTGATACGCTGGCAACAGCCCAGGGAGTCTTCTGCCTGCCATTCAGCACATTAACTCCTCATGTCTGAGTAGCTTCTCTCTTCCCCAACCAGATAATATAGTAATTCACCCCTAAGCAGGAGAGAATCCGTGATTATTCGGAGTCCTATGTGAACCCCAAGTTGACAAAAGTGAATAAAGAATAGGGAGCATAGCTTTTGGTTTCCTTAGGAAAAATATTTCTAAACAGTAGTCATGAAATTGTGATATTTACCTAGCTGTCAAAATACTCTAGATTGGAGAAATTAAAAGAGCATAAAATGCATGCTATAGTAACTTCATTTAGCGTGACTGCAGTTTTGACTTACCTTCAGGTGGCAGAACTTTTGTCTGGAGAAGAGGAGGCTCTGGAAAACCTTATTGCTCTCTACAAGTACCAAAAGGGAGGTTGTGAATGAGATGGGAGTTGGCTTCTTCTCCTGTGTAACTAGTGGTAGGAATAGAGGAAGTGACCTCAAGTTGTGCCAGGGGAGATTTAGATTGGTTGTTAGCAAATACTGTTTCTCTGAAGGAGTGGTCAGGTGCTGGAGCAGGCTGCCCAGCGAGGTGGTGGAGTCACCAATCCCAGAGGTGTTTAGATGTTGTACTGAGGGACATCATTTAGTGGGAGATATTGGTGGTAGGTGAACAGTTGGACTTGAATGATCTTGGATCTCTTTTCCAACCTTGGTGATTCTGTGATTCTATGATCACTGGGTGATATGTAGAGTGTTGAACGATGAGAGCTGGTCAACCCCATTTCTGATGCTTACACTCTATTGTGTAGGATTGGCAGAGTGAACTCAAGTCAGAGAAGCTGACCAGCTTTGCAGTTTGTTCCATAAAGTGCAGTGCAAGGAAGATAATAACAAAATAGTGGAGTGCTGCCAGTAACATCTTGGAATAAGAGATCATGTTGCTTAAGCTGTTTAATGAATGTCTTTTTGAAGATGGTTTGCCATTTTGTCTTTTTACTCCGGTAATAGGCACACGTAACCTGATGTAACTTCTGTTGGTTTTTTTTATTTTTTGGGCTGAATTGGAATGATTCTGAAGATGGTTAAATGAGCACATCTGGTGCCTTTGTTAATTTTTGTTTTACAGTTTTTGAGTCAGTCAAATCTGAGAAGGGGAAAAGGAAATACTTCATTTTAGCTTACGTGGAAAGGACCACAACCAGAAGTACTCACTTGTGTAGTGTTCTGTTTTCACCTAAGTGTTTCACATCTTTTTATGGTAAATTGTGACTAGACTGTGGATGTGTATAGGTATGTACAGGTAAATCATAGAATGACTTAGGTTGGAAGGAACCTTAAAGGTCATCTAGTTCCAATCCCCTGCCTGTGGACAAGGTTGCCACCCACTAGATCAGGCTGCCCAGGGCCCCACCCCACCTGGCTCTCTTACCATCTTTGTGGCCCTCCTCAGAACCTGCTCCAGTAGCTCCGCATATTTCCTGTGCTGGGGACCCCAGGCCTGGACACAGTACTCTAGACAGGACCTTGCAAGGGCAGAGCAGATTGGAACAATCAGCTCTCTCTCGTCACTGGCCACCACTCTTTTGATGCAGCACAGGATACAGTTGGCCTTTCTGTCTGGCTCATGTCCAGCTTTTTGTTCACCAGGACCTCCAAGTCCTTCTCTGCAGGACTCCTCTCAATGAATTCTTCTCTGGGTCTGTACATGTCTGGGATAGCCCTGGTCTAGGTGCAACACCTTGCTCTTGGCCTTGTGAACCCTGTTAAGTTCACATGGACCTACTTTTCAAGCCTGTTCAGATCCTTCTGGATATTATCCTTTCCTTCTGTTGTATCCCCTGGTCACAGGGGTATGCTGCTGGTTCTTGGTCAACCTGTGCCAACAGAACACCCAGGTTCTTCTCCTCAGAGCTCCTTTCTAGCAAATCAGCCTTTAAACCTGTACTGATGCATGCAGTTATTCCCCCCCCCCCAGTGTATGACTCTACATTTGCCCTTTTTTGAACCCCATAAGGTTCCTCTCCATCCAACTCTCCAACCTATCCAGGTCTTGCTGAATGACAGTACAGCCTTCTGGTGTGTCAGCCACTTCCAACTTTGTATCATTGGCAAACTTGCTGAGGGTGCACTCTATTCCTTTATCCAGGTCACTGATGAAGATGCTATGTGTGCTTCTTCACAACATAACTTTTATTCAGGATTTTTCAGTCTTTTAATTTCTTACCTAATAGAAAAATGTTGATATTAGATGACTTATTTAATAAGCCTTTTTTATTTTATCATCACGTGTTTATTTTACTATTGCATTGTTATTACTTACAATTTCTTACATTTATTACTGTAGACGTCCAGGTAATGAGGTGCTGAAAAAGCTGTTATTAATGATGGAAACCCTGTAGTTTGACTTCTTACTCCTCTTGGATCTGTCTTAACAATTCTGTTAGCTGGAAGAAACAAGATCTAGATTTATATTTTCTGTTTAAGCAG
Seq C2 exon
GACAGCTGGGAAATAGTAGAAGGACTCCGGGGGGCAATGAATTGTACCCAGGAACCACAGAAACAGGAAGGCTGCTTGCTGAAGAAAAGAAAATGGCCTTTGAAGGGCTGGCACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011007:ENSGALT00000017923:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.548 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF154091=PH_8=PU(16.7=38.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]