HsaINT0118639 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000070882 | OSBPL3
Description
oxysterol binding protein like 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16370]
Coordinates
chr7:24871953-24892621:-
Coord C1 exon
chr7:24892377-24892621
Coord A exon
chr7:24872070-24892376
Coord C2 exon
chr7:24871953-24872069
Length
20307 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAG
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
GAACTCTTTTGTTGGAACAGGAC
3' ss Score
6.34
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTAGGGTTTCCTTTGGGCCACCCAAAATGTTTTTTAAATACTTTGGATAAGAGCTAAACCACCTGCCACTGGGGACTTCCATACTCTCGGCTCCCTTGTCATCTGATGGCATTTTGATTGTCTCGAGGCCAAGTGACTTGCTGTCCATGATGAGTGATGAGAAGAACCTTGGTGTGTCCCAAAAATTGGTATCACCTTCAAGGAGCACAAGTAGCTGCTCTTCCAAGCAAGGAAGTCGACAG
Seq A exon
GTAAAGTTTAACTCATGCAAATTTTAATATGCAAATGTAAGCCATCAAGTTTGCTGGTTAAAATGCACACATTTACTTGGGAAAGCCTACTTCTCAGTTTAAGAGCATTTACTTTTGGTTATCTCTTGACTGTATGAGGAGAGTAAATTCTGTATAATTTTAATAATGTGTGCCTACCAGGTGGGAAGAACTGCATTTGGTTCTTCGTATAATTTTATTTAATTCTTGCAACTGTCCCCCAATGTAGATTTTAACATCTTCATTTTCCCCATGAGGAAGCTGACTCAGACTGACCAGGTTACTTGCCCAAGGACACACAGCTAATAAGGAGCAAAGAAAGAAGCAAAGCTCAGTCTGTTTGGCTTCAGAGCCCACACTTTCCTTTATATCCTGCTAAGCAAAACAAAAAAACAATCAATCATTTTTCTGGTAATTATAATATCCACCCCAACTTTCTTCCCTTCATCAAACCTTTTATGGCAGCTTGTAACCACAGATTGCCCTGTTAGTAGCTTCGAGACTCACCTGCTTTATATCTATAATGGATGAGGTAACCTAATCTACAGAAAAATGGTCCAAAGAAATTAAGTAGGAGGAAGAAAGAACTGAAACAAAGGAATGAATAATTAACTCCTAAATAACTGTTGAGTAATTATATATTGTTTCTTGGTTTCCTTTCTAATAAATCTTTGTTGGCAGAATTTGCTGGTTTTAGATCAGTGGCAGTAAATGCACATTAATCATTATAATTCTTCCCCCAGCAGTTAGATGGAGAGAGAATGAGCTGTCAGAAAGCTGAATTTATGACCAAAGTGGTCTCTGAGCCTTTTCAGCACCTGCTGCTTCTGTTGGCATTTCCTTTTCCTCATGGGAAGTGCTGGCCTGAGAAATCACCCAGAGTCTTTGGTTCCAGAATTGGAAGCAGCAATTAAGCAACTCCCACCTCAGTCACGTCTACACGTTTATGACACATCATCAGGGGTCTGTCCAACTGAGCGTTGCCTGGGATAAGGAGCTTTGCCACCCATGAATCTGTGATTCCAGGAAATTAGATTTTGCCACAGACCTGACATTTGGGAAGCCCTCCAGGATCTCCCCTGAGGGGTTAAGGAGAATTTTGTCAGCACTGTCATCGGTTCCTTCTGGAATTAAAAAAAAAAAAAATAAGAAAAGACTAAAATTAGTCATTGGCTAATGCATCATGGCTCCCTGCAGTTCTGTTTTCATGAGGGTCACTGTGCTTGTCCTCTTTGTCAGCTTTCCACAGGAGTATTTTTCTCCCTAAGCCAAAACTCTGGTTGGGATTAAAACAGTATGTGGTATATCCCCTACCTGCGCCATCTTCCTTACACCTAGGGGTTGTTATGTCCTTCTTTGATAAAGGGGGAGAACATGATTCATTTAAGTAGCAGGTGGTGATTACACCATAGGAATTGGAACAGTACAATGAAATTCTCAGATCAAATACTACAGAAACTTTTTTCAGTGTGTTATTTGGAATTGATTTGGTTTTCACAAAGCTTTTTTGGAAGTTACATCATGAAGGGTAAGAGGAATGTGCTTGATGCCTCAACTTTTTTCTGACTTGGAATGCTTGGTCAATCAGTCACTCATTCATCAAATGGTCATCTTTTATATTTAGGGTCTCCTGCTTTAATATGCATACACTGTGACTTTATAAATGGAGACACTTATATTTCCTCTGTGGCAGAGAAGGTGGAGAATTTATTAAGTTTATTTTAACTTCAGCCTGAAGTTAGTTATAAAGCCCATGTTTGATTTCCAGAGGTCATTTTCTTGGTCCGTCTGCTTTCTCATCCTTCTGTCGAAGAAAGGTGTTCTGTCCCAGGGTATGCTTAGTGTTTCCATCCACGGGGTCCACCTTGGCCCCCATACCCAATCTGCCTTCACAAACTGGCCCAAGATTGTGCTTCAGTCTTTAAAGGTGCTGCAGAGGTGCAGGAACCTTTGAAGCTTTCCTCACTTAGGGCACAGCCATTTCCGATGGTCTGTCGGTTGCTAAATACAAGGATGACACTGTGTTTCCAGTCACGTCACTGAAGAGTACCAGTTAAACACTTAAAACTTCAAGATTTACATAGTAAGAAATTTAATTAGAGGAATATGAAAATATAACTAAAGATAATCTGTACAAATACCAACTTGTATTTCAAACACCAGTTTAAAGTCATTTTCAAATTGCTTTCTTTCTTTCATCTGGAGGGGATACATCTGATATTGATTTTATTGGTCATTTTTCTTAGTGCTAGTTTTTCTCATGTGCTTTGGAATTGCAGCTTAGAGCTTCATCTAGAGATTGTTTTCCATGTATTCTTTCTCTGCGCTCACCCTGACCCATCTAGGGATTTGCTGTTGCCAACTTCCTACCTCCCAGGACCCCAGTGCAGAGTCAAGTCTAATATTTGCAGCAAGGGCCTTCTGTTCCATGATGATGATGGACCCAGCACCAGGCCCCAGACAGCATAGCCCAGCGCCTGGCTGTGAGGCTGTGTCTCCCTTCTCACCTCTCCCTGGGCAAGCAGATCTTTAAAGCTCTCTTTCATTGTGGTGTGGGGGCTTCCCCCTCCACAGTTTCAGATTTCCAGTAGTGAGCCTGGCTCAGGTCCCAGCCTTTTCCTGATGACATTTTTCTCCTCATTAGCCCTCAGAAACAGGCTAATGGACACCTTTGTCTACAGTATACTTCACATTTCTATTTGGTTCTGATCCATGGAGATACTTAATCTTTTTTTTGCCACATTATTCTTTTTTTTTCAGGTTTGTTGAGCTAATAAATGACAAATGAAAGTTGTATATATTTATGGTGTATAATGTGATGTGTTGATACATGTACACTTTAGGAAGTGATTACCCATTATCAAGCTAATATACCCATCACCCCCCATAGTTATTTGTGTGTGTGTGTGTGGTAAGAACATTTAAGATCTACTTTTATAGCCAATTTCAAGTGAATAATGCAGTATTATGAACTACAGTCAGCATGGTGTTACATTAGATCCCCAGAACTTATCAGACCCTGCTAACTACCATTCCATCCTCTGTTTCTGTAAGTTTGACTTTTTTAGATTCCACATGTAAGTGAAATCATGCAGCATTTTTCTTTCTGTGCTTGGTTTATTTCACTTAACATAATGTCCTCCAGTTCATCCATGTGATTGCAAATGACAAGATGTCTTTCTTTTTTAAGGCTGAATAGTAGTCCACTGCATAAGTATATGCACCACATTTTCTTTGGAAATATTTAATCTTGTTTCTTTATCACACAGACACAAAGGAGCCCTACATGTTTATAACTTTGTATATTTTTGCCATATTTGGAGTGAGGGTGGCATTTTGTATATTTTTGCCATATTTGGAGTGAGAGTGGCAATAGGGAAGGGGCATTAAATGCATGAACTTAAAACACCATCTTAGCTGGAAGACATGGTTTTTTAAAGTCATTTTTACTTAAATTCTCATCCAGTATTGCCAGGTGACCTTGAGAGTATCTGTACTTCAGCCACACTAGTTTTCTTTCACTTTCTGGAGCTGAATTTTCTCTTGTCCTTGTTTCTTGAACTGAACTTAAACTTGAACCTGGTCTTCCTATCTCAGACCTATTCATATAAAATCTCAAGGAGCTATGTGTTTATGTAGAGATACTGTCCTACCTATATACCTATGTTAAAAGAGCTTGCTTCCTTGAAGGAGAAAATGATTGAGACCTAGGTGTTTTCATTTTTACATCTGACCTAAGACAAAATGTACAACTTAGGGCCATGAAAACCCTAGGAGGAGGGTTCTATCATCTTTTAACTTAAATACTGGGGCTCCTGAGATTTTAAAAACAATAAGCCTCACTTTGCCAGTATGAAAACAACCTGTCAATAAAATCTCTTCAAGATAATTTGAGGAGAAAGGTATGCATAGTGATTAGAACATTAACTCTCCAATCTTGGGTCCACCCATTAATTGGTTCTGTGACCTTAAACTCTCCAAACCTCAGTTTTTTCATCAATAAAATTGGAATAATAATAGTTCTTTTCTCATAGCATTGTGGTAAGGATGAAAAATAAGCACTTATTCCAGGGTCAGACTCAGGATAGGTGCTGAGTAAATATAAATGTATGTTTTTATCATTATAATTAACATTAATTTGACCTTCAAGTCTTATTTGTGAAAGTCCTGAATGCCCATAGTGAATAGTTCTAGCTTTTTTTCTCCCAGGAACTTTTACAGTATCATACGTGTATCCACTCATACCTTTTTAGTGTTGTACAAAAGCCCACTAAAATATACACTGTATATGTGAATATATACTTTTAAAATAAAAAATGCCTTACTCTACACATTAATAAAATGCTTTTGTGACGAATACAATAGAATGTTTAATAATTGGGCTACATTTGACATCTTTAGGCATAACCTATACCTAAAACAAGTGAAAAAAGTTGATGAATTCTTACCCCATCCTGCTAAGCCTTGCCCTTGCTTGGGTGGTAAATGATTTTCCCCTCTCGCCCTCTATGCCAGCATCTATCTCTTGGTAGTAGCTGCACAGAGCATTGTGTTAAGAAGGACTTTGCAGCTGAGTCTGCATTCAGGGGAAAGATTGCCGTGTTTTTAGCTGTGACTTCTGGGCATAAGGCAGGGAGAGCACAGCATGGACATTGTGTTTGTCACCCCTTAGTGATAGAGAAGAGTTAAAATCAAGAGCTCTCTGTTGCAATCTTTATATTGTGTTATTGGATGAACTTCAGGCAAGTGTAGGTTGTCTCAGTTCTCCATTCATAAAATGGAGGAAAACTCAACTCCTGCTTTTTCCTGTGGAATGCGGTAAGAGAAAATTGAGTGTTTTCAGTGGCTAAAAGACATTGACAGTCTTTGGAGAAAAGTCCTCTGTAAATTTAAGAAACTGGTATAATTACGGATGAGCTGCTTTTACTTTGGCCAGTTCTGGAAGCAGAACTCACATGACCTTGTTTCAAAAACCGTGACAC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Seq C2 exon
GACAGCTGGGAAGTGGTGGAAGGACTGAGGGGGGAGATGAATTACACCCAGGAGCCACCAGTTCAGAAAGGATTTTTGCTGAAAAAGAGGAAGTGGCCCTTAAAAGGCTGGCATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000070882:ENST00000313367:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.617 A=NA C2=0.045
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF154091=PH_8=PU(16.7=38.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development