GgaINT0097790 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011007 | F1NN81_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr2:31610971-31620821:-
Coord C1 exon
chr2:31620726-31620821
Coord A exon
chr2:31611091-31620725
Coord C2 exon
chr2:31610971-31611090
Length
9635 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATA
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
ATTTATATTTTCTGTTTAAGCAG
3' ss Score
6.3
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTAATACAACCAAACTGAACACATTGACAAGATTGGCTGCTACTTTTGCTTCTGAATATTGGTGAATTTTTAGTATTCTATTTTCCTATTGCTTGTTTTATTTGATCACTTCTTTGGTTTCTTTACTCTGTTTTTGTTGTGTTGGTTTTTTTAAATTTCCATAGTAGCATCTTGCTTTTAGTGAAATGCACTGAACCTGTTTTACAAATATTACTTGTAAAATAGCGTATATAACCTGCCTGAATAGCAGGCTCTTGTAAGACTGGAATGCTAACAGCAAATCTTTATAGTGAAATATTACTGCTGTGAAGGCTTGATCCTGAAATCCCAAGTCCTCCCTAGAAGATAATATTTCTGTGGTAGAATATTGGGTAACAGCTCTGCTTATTTCAAGTTTCCAGGGAAAGGTTTGCATGAAAGAGAATGCATTTTTCTGAAACTTGACATTGAAAATGTTCATGTGAGTGCCTGTATGCTGGTTGTTGTAGTAGAAATGTAGTTAAGAGAATACATGTTTGTAGAACGTAATGCATCTAGGTGCCTGATCCTGTATGAAACATGAAACCATACTTTGTCTTCTGCAGAAGTGATCATTTATGCTATTCTTTCAGTGAAAACCTGATTGTAAGCATTTGTACTTGATGAGTGAGACTGCTGAAGACAGCAGATGTGAGCAAGAATCATTGATCTGTAGCACTGCTGAAAATCAAGCTTAAATACAGTCAAACCGCGCTTGCTAAATGATGAGCAATACACTCAACGTACATAAACTTTTATTTGTACAGATACTACTTTAGTGGAGCTCCTGGAATTGCTTCAGGTTGAAATGTTAATTGGAATTGAGCATCCAAATCCCCTTAAAGCTTTGGAGACCTCAGCTGTGTGTTGAAAGAGCACCTGCTTTTCTGGCACTTCTGACCCTGCACGTACAGTCTCTGCAATTTCTGCATTTTAAAGTGCTGTGCTTGTAAGAATTGCTGTGCATTTCTCATACACTAAGCAAGTAAATCCGTGCTTTCAGGACACTCTTTTGTTTTCCTTCAACATTATTTTTATATCCTCAGTATGAGATTACCTTTAAAAGCATAATTTAAAACATTTAGTATTGTCTGTTCCGACAGCTCCAGTCAATCATGTGTTATCACATAGTATTTAAATAATAAGATTTATATGAGCGTGTCTAAATCCCTTGGTGCATTACATAGCCAGTAAAATCAACTATACTTATGCAGAAACAGTTTATGCAAGAAAATCACTTACTGCCATTTAACATGTTAGAATCTGTAGAAAAGCTGAGGCTTTTGATACTATTGTTGGTGGATCACATTTCTTACCCATTTTGTTCTCACCTGTACCCTTTGGAGGAAAGGAATAAATCAGTAAGGTTTAATATCATCTTGTCTGTCCCCAGTTTTTTATCCCTTGATCATCTGTACAAAAATGCAAGGTATACCTGATGGGTGTGGGAGATGGAATTTGCTGTTTTATTTGTATTCCAGGTGCATCTGTGTTCCTTGTCAGGCAGATGGCTATCATACATATCAGGTCAAGCTGAATAAAGGTGTAAAGTAGGTTGTTTCCCAATCTATTTTGAAGGCAATACAGTTCATCTTTCTTCATACCAGGCATGGTGATAAATATCTCCACTTTGATTAAAGTTTCAGTATTACAATTTTCATGGTCAGTCACTGCAGTACCAAGTAAGTAACTGGATTATTTTGCATCTAGGCAACCTAAATGAGTCAAATGACTTGTCCCTGTTTTCAGGAAGTGTTAATGACAAGCTAGCTTGCATGAGTTGGGGCAGCTCACATGACTTGTTATATGCTGAGAAATAATTGCTAAGCAAGGCTAAAATTTTTGCTTGCTTGCTTTTCATATTTACCCTGAAAATTTAGAAATACTTGTTTTTAGAAATAACATGATATTTTTAGTGTCTTTATGATTTCTCTTTTTTAATAGAGACTTCTTTCTTTGTATGGAATTCTTTAATACTTATCTACTCCTTTTCTTACCAAATATAATAACTTCCAACCTTATCCTATCACTTTGTTTGCATCTGCTGAAGTGATCGTGAGGTCTTAAAAGCAGTCTGCAATGCTAAAACAACAACAAAAAAATCTAAATTACAATTTCTTTCAGGATTGTCAGTGTTGTATGGGAATGGCTAAATCACAGCCTGAACCAATGATTGAGCACCTGCTGAAGGGACACAGCCAGCCCTGGGAGCACAGGTGAAAGCAATTCACCTGTGCAACCAGAAGGGCTGGAACCTGGTTCCACCCCTCCCTAAGGTATGGGCTAATGTAATGTATGGGGTGGCTGCTATAAGGCAGGGATCTCCTGGAAGAGATCCCTCCTCTTGGAGAATTTGGTGAGCCCTGATCCTTGGGATGGGTAAGCAAACCTTTCTTTCTTTAACTGTATTGTGACCATCATCCTTTTTTAGGTAGTTTAGTGCTGGTTATCTCCCCTTGTGTTTTTCTATACAACATTTACATGTGTAGCAGTGTACTGTTGTTCCTTATTTTATTTCCTGATTTTTTTTATATCTTTCACGTGACTGGTTTTTTTTTTTTTACATTGCAGTAGTCATGCAGCTTACAGAACAAACTGCTTTGCTGAAGAAAGCAAAGATTTAAATAACCTGTACAGTACGCACTCTGGATATTTACTTGAAACTAACTTATGTGGGTCATTTTTCCTGTCTGACTTTAAAATTCATTTGTTAATGATGGTTTGCTTTGATAGAAGGTTTCAGTGAAAGTTTTGATGAATGTTAATCTCTGCTGCGTGCAGAAAGGTGGTCCTTTAGGCCTAACAGAGGCAATCCTCTGCAGCTTACTAGCCTGGACACACTAGTGCTTTGGGAGAGTCTCTGGTCTTGCAATTTATAAAGACCTGCACCTTCTAAGAGGGACCTTTTCTTTACTAGTGTAGACTGTAGTATAATAATGTAAAATTGTCAGTCTTGCCGTGACAATGTAGAGTTCTGTTGTTTTCAGTCCCTTTTTTCCTTTCTCGCGGAGGAGTTCTTGTCATGTTTCATTGAATACTATTGTTTTTATCATTAATTGCTCCTTTTTCTTTTCAGCCTCTTGTATTAGTAAATTGGAGCTTTGTTGACTGGCTATATCCATACCTTCTGGTGGATGTTGTCAACCAGGTGCCTGACAAGACTGGGTGAATAAGGCCACCAACTGAGGGTTATTTGTCCTTCTCCTCTGCATGTTAGTTTAAATAGAAGCAGAAGTGTACTGTGAAGAAAACAGCAGCAATCTAAAGTTTTATAGAACTTCTAAAGTATCTCCTGATATAAAAAGTATCACATAGAACATATAGGCTTTGCTTTTTTTTCTCCCCCCAAAGAGAAAGGGGACTGTTAGAAGACTGCAATATTATACTGTTCATTGCTGTATTAACAGTAGTTTGAAAGTTTAAGTAGTTTTGCTATGTGCTCTGTGGAATGTGGAGTGAATGGTTGGTTTTCATTTTCTTTCCTTTGTCTTCCAGTTTGATGGAAGGCTTCCTACTCTTCATTGGACTTTTGTGCCCCTTTCAAGCACCTTTGAAACTAGGCTCATTACTTGCAAGTTAACAATAGATCTGCCTGGGTGCTTTTTTCTGTGCTGTGGATTTGACATAGACATGGTAGTTCTTTTAATCTAGTTAAGTAAAAGTCAATCCTGGAAAAATGCAGAAGGAAGGTTTCTTTTTGTTTTTTTTCTCCATAGTAGTGGGATCTGAGCTTCCCCCTAGTCACAAAGCCCATTGAAAGTACACACTGGCATTGAATAATAAGCAACTTGAGATGGGGATGTGAAGCCACGGATGTGTAAGGCTGCCCCTGGGGTTCCAGTGCCTGCTAAAATGTAGTTATTGTTCCTCAGAGCAACAAGCATCAGTAGGGTGGAGCATAAATGGAGACCTGTGATACCGAAGATAGGCTGCTGTGCCATAAGAGTTGATTGAAACAGACCTGCAGGACTTCAAGAGGCCTGCTCCTCCATTTGCAGTGGGCACTGAAGACACTAACAGTTAATCCTGTTCCACTATGTACACCTCACCTTGAAACCTCATAGTAGGTCGGAGGCTGCTGCCATGTTGTATCTCTCTGCCCTTCTCTGTCAGTCACAGAAAGGGCTGTCTTCTATAAAGTTGCAGCTCAGACTCTTTTGTGAGCAAGGAAAACTGATACTGGTCATTACATTTGAATTGACCCACGTGCAAAAGAAGATGTATTGTGATAATAATTTCTAAGTCTAATATGCTAATGAACTTTTAAAATAAATACAGTAAGGAAAAGCCTTATGACAGGAGAGCTGCTTAAAAATACTCCATGTTCTAAAAAAGAAAATTGAATCATTTCTGCCAATTTCATGAACCGTAACAAATGCTTTAGTTGCAGCTGATGCCAGCCCTTATCCTCCACAAAGCAAGCTTCTATTTTTGGCACTTTAAAATATTCGGTACAACTGACTGCGTTTCATACTGGAAGAAAGTCTGGCACTGTCATCTCTTTCATTTGGGAAGCAGTAAGTGCAAGCATCAGTCTGAGAGCCGTTCGAACTTATTACTTCATTCTTTCTTCTGAAATAATTCACCTTGAGGAGCTGTATGGTACACAGTAGTGCAGAAAGCAGGAAGGCTTTTATTAAATATAGAAAATGACTATAGTTACCTAATGGCAGACTTATCTCTGGAGACTGAAGTGTATGTGGTTTTTTTTTTTTCCTCATCCATAGAGCATATATAACCCTTCAACTACAGTGTGAATTCCCATGCTGATCTAAAATGAGCATCTTTGAACCTGTGAAAAGTAACAATAGTGCTTCCTCCCACAGCCTTGAGTGAAGTCTCTGCCTCAGGCAGCAAATGCAAAGTTGATCATTTTGTGCAGATACTTGTCCATAATAATGCAAAATCTTTGGTGGGGTTGTAATCATCAAACATTACCAGTCTGGGCATTGTTAATGCAATTCAGCTGTTTTTTGTTTGTT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011007:ENSGALT00000017923:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.375 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF154091=PH_8=PU(16.7=37.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
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Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]