DreINT0108829 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000040482 | osbpl3b
Description
oxysterol binding protein-like 3b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090109-1]
Coordinates
chr16:21498944-21518931:+
Coord C1 exon
chr16:21498944-21499165
Coord A exon
chr16:21499166-21518814
Coord C2 exon
chr16:21518815-21518931
Length
19649 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
CATTGAATTGAATTTTACAGGAC
3' ss Score
6.82
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GACAGCTGGGAGATTGTTGAAGGTTTGCGTGGTGGTCATTCCAATGTTCAGGAGCCAGAGAAGCAGGCCGGCTTTATGCTTAAGAAAAGAAAATGGCCCATGAAAGGCTGGCACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000040482:ENSDART00000145886:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.436
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF154091=PH_8=PU(16.7=38.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]