BtaINT0112597 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000021900 | PKN2
Description
protein kinase N2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9406]
Coordinates
chr3:55268426-55286538:-
Coord C1 exon
chr3:55286325-55286538
Coord A exon
chr3:55268612-55286324
Coord C2 exon
chr3:55268426-55268611
Length
17713 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
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3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GTACTTTGGAAGTTCGTCTTATGGGCTGTCAAGATATCCTAGAGAATGTCCCTGGACGGTCGAAAGCAGCATCAGTTGCACTACCTGGTTGGAGTCCAAGTGAGACCAGATCATCCTTCATGAGCAGAACAAGTAAAAGTAAAAGCGGAAGTAGTCGAAATCTACTAAAAACTGATGACTTATCCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000021900:ENSBTAT00000029201:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.139 A=NA C2=0.238
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0218511=HR1=PD(43.8=44.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]