HsaINT0126154 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000065243 | PKN2
Description
protein kinase N2 [Source:HGNC Symbol;Acc:9406]
Coordinates
chr1:89237346-89250507:+
Coord C1 exon
chr1:89237346-89237562
Coord A exon
chr1:89237563-89250321
Coord C2 exon
chr1:89250322-89250507
Length
12759 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
ATATTTATGTTTGCCAACAGGTA
3' ss Score
10.07
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTCAAGCAAGATTTAATGAATCAAGTCAGAAGTTGGACCTTTTAAAGTATTCATTAGAGCAAAGATTAAACGAAGTCCCCAAGAATCATCCCAAAAGCAGGATTATTATTGAAGAACTTTCACTTGTTGCTGCATCACCAACACTAAGTCCACGTCAAAGTATGATATCTACGCAAAATCAATATAGTACACTATCCAAACCAGCAGCACTAACAG
Seq A exon
GTATGTAGTGTATAGCCATTGTTTTTTGTGTGTATTTTTGTCTATAACTGGTTCTGATTTAATAATTGAAAGAAAAACCTGTGCATAGATTTTTAAAATTATGATAAGATACACATAGAATAAAATTTGTTGTATTAACCATTTTAATTTTATTCAATTTGGAAGCATTTGCTATATTCACAATATTGTGTGACCATCACCACTACCTAGTTTCAAAGCATTTTCATCACCCCAAAAGGAAACGCATACCTGTTAAGCAGTCACTCCCCATTCCCCCTTCCTCCCAGCTGCTAGCAACTACTAATTGTCTGTCTCTACAGATTTGTCTATTCTAGATTTGTCATATGATAGAAATTATATAATTTGTGACCTTTTTTGCCTGGCTTCTTTTACTTAGCATATTGTTGTCAAGGTTCATTCATGTTGTAGTATGTATGAGTACTTCACTCACTTTTAATGTCTGAATAGTATTCCACTTGTGGGAATATTCTAAAATTCAAAACTTTTTGTGCACCCAACATGATGCTCAAAGGAAATTCTCATTGGAGCATTTTGGATTTGGGATTTCAGATTTCCAGATTAGGGATGCTTAACCAGTAAGTATAATATAATATAAACATTCCAAAATCTGAGATACTTCTGGTCCCAAGGATTTCAGATAAGGAATACTCAACCTATACTATATTTGATTGACCTATTTGTCAGAGCATATGAGTTCTTTTTACCTTTTGACTGTTGTGAGTAGACTGCTATGAACATTTACGTGCAGGTTTTTGCTTGAACATCTGTTTTCAATTTGGGGGTATATTCCTAGGAATATAATTGCTAGGTCATATGGTAGCTATATCTAAGATTTTGAGGAACTGTCAAACTGTTCTTCTCAGCATTTACATTATTTTATACTTCTAACAGTAATGTATAAAGTGGGTTTCAGTATCTCCAGATCCTCACCAACAGTTAATATTTTTTTTCATTCTTCTTTGATCGTGTTCTAATAGGTCCATTATTGGAAGTATGGTAATATATCTAACTATGTCTGTAGAACTGTCTGTATTTCTCCCTTCAGTTATGTAAATTTTTGTTTCCTATATTGTGGGCTGTTTTGCTAGGTTCATGTATGTTTACAATTTTTATATCTTCTAGACGGATTGACTCCTTTACCTTTACCTTAACTCCTTTATAATGTCCTTCTTTGTCTCCTATAACAATATTTAATTTAAAATCTGTTTTGTCTGATTTTATAACAGCTACCCCTACTTTGTTTTGGTTTTGTCTTTGGGTTCAAATGAGTCTCTTTTAGATTATATATTATTGTATTCTGTTTTATAAGATCCATTCTGTCAGTCTTTTTTTTTTTTAATTCATTTTTATTGAGACAGAGTCTCACTCTCATTGCAGCCTCCCACTCCCAGGTTCAAGCAATTCTTGTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCTACTGCACCTGGCTAGTTTTTGTATCTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGATGGCCATACTGGTGTCAAACTCCTGGCCTCAAGTGATCTGCATGTGCCACTGCACCTGGCTAATTTCTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTTACCATGATGGCCACACTGGTTTCAAACTCCTGGCCTCAAGTGATCTGCCTGCCTTGGGCTCCCAGAGTGCTGTGATTACTGGTGTGTGCCTCCACATCTGACCAGTGTTTGCTGTTTATTTAATAGTTTAAGACAGTTATCCAGATGAGGTTGCATGCACCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCAGAGGCAGGAGAATTGCATGAGCCCAGGAGTTTGAGGCTACAGTGAGTCATGATTCCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACACAGCAAGACTCCGCCTCTAAGAAAGAAAGAAAGAGAGAGAAACATTTAAAGTAATTACAGACAGGATGTAATAATCCTGGTGGTAACTACTGAGAGGTAGGTTAAATTTAATAGGTTTGTAGCACAGTCCCCCCACAAAACTGCCATCACTTCATAAGCAAGCAGCAAATTTAGAGTTTCCAAGGCTACATGCACTCCTGACCAACTGTCTACAGATTCCAGGATTTCTACTAGCATCTCAGCTCAGTAATTTGCAGGAACAAATCATAGAACTCAGGGAAGCACTATACTTAGGATTACGTTTTTATTATAAAGGATACAAATTAGGACCTTCATGGCTCACTGCAGCGAAAAGAAAATAAACATAAAGGGGGAGATCTGAGAGGATCTCAAACACAAACCTTATGTGTCCTTAGGATATATCACCCTCCTAACACATCAATGTCTGTCACCAACCAGGAAGTTCACTTGAGCATTGGGTGTGCAGAATTTTCATTGGGGCTTTGTTAACATAGGTGTGATTGAGTGAATCATTGGCCACATGATTGAATTCAATCTCCAGCCTTGTGCCCCTCCCTAGGTCAGGAGGTCAGACTGATAATGTGGCTCAAAGCCTCAACCTCCTGAAGATATGATCATTCTTTCTGGCATGGCCAGCCCCCATCCTGAAACTGTCTAGAGGCCCACCATGAGTCACCTTACCAGGTGTGGTCTAAGGTATCCACTATGAATAACAAAGGCACGCCTATCACTGGGGGAAATTCCAAAGGTTTAGACTTAGAGGCTGTCTTCCAGAAACCAGGGACAAAAACCAGCCAAATTATATACAACAAAAGGGCTTATTTCTGTCATTTTGCGGGTTTTTTTTTTTATGCAAGTGTTTATCTTTTTTTCTCTGAGTTCTAGTACTACCTTCTTTTGGTTTTGATTGAATTTTTCTACTCTGTTTTTATTTACTTATTTTTGAGACAGGATCTCTCTTTGTTGCCCAGGCTGGAGTACAGTGGTATGATCATAGCTCACTGTAACCTCAAACATCTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTCAACCTCCTGAGTAGCTAGGAGTACGGGAACGTGCCACCACACCTAGCTAATTTTTAGTTTTTTGCTAGCAATGGCGTCTCACTGTGTTGCTCAGGCTTGTCTCAAACTCCCGGCCTCAAGTCATCTTCCCACCTCAGACTTCCAAAGTGTTGGGATTATAGGCGTGAGCCACTATGCCCAGCCTCTATTCTTACTTTTCTTATTCCCTTCTTGCTCCCTTTTATGAGATAGATAGATATATATATTCTCCCACCTCAGCCTCCCTAGTAGCTGGGAGTACAGGTGCACACCACCACGCTCAGCTTATTTTATTTTTTTTGTAGAGATGGGGTTTCTCTGTGTTGCCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGGCTCGAGCAATCTGTCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCATGAGCTACTTATGCCTGGTCTTTCACTAAATCTTGAACTCCTCGCAACCACTCACCTCACTTCCTCCGTAGTTTTGCCTTTTCCACAATGGTCATACAGTTGGAATCTTAACAGTATGTAGCCTTTTCACATTGGTTTCTTTCACTTAGTAATATGCATTTAAGTTTCCTCTATGTCTTTCCATGCTTTGATAGCTCATTTTTGGTTTTGTGCTGAATAATACTCTATTGTGTGGATGTACCATAATTTATTTATTCATTCATTTACCGAAGGACTTCTTGGTTGCTTCCAGGTTTTGGCAGTTATGTATCAAGCTGTTATAAACATCCATGTGCGGGTTTATTATTTTCTTAGTGATTACCCCAATGATTATAACTAATGTCCTAAATTTATTATAATCTTATCTTTAGTAGCCTACAAAAAACTCTTTGACTGTGCCCTTGTTATATTGTCACAAACTCTCTTTATGCACCATATACCCATTAACATAGGCTATAAATATTGTTTTATGCATTAGTCTTTTAAATCATAAAGGAAACAAAAAGAAGAGTTACTTAAAATACAGAAATATTGGCTTCTGGCCAGGCGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCACGAGGTCAGAAGATCGAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCTCATCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCAGGCCCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCTGGGAGGCGGAGCTGGCAGCGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAATACTGGCTTCTATATTTACTTATGTAGTTAATTTTACCTGCGTTTGTCTTCCTTTTTTCCTTTCTCTCTCCCTCCCTCCCCCTCCCCCTACCCCCTCCCCCTTGCCCTCCCTGACACTGCCCCCACCCCGCCCCACCCGTCACTTCTCCCATCCTTCATTTCAATCTAAAAGGCTTCTTTAGCATTTCTTATGGGCGGGTCTCCTAGTGTCTACCTCCCTTAGCTTTTGTTATCTAGGAATCTCTTTCTTTTCTTTTTTTGAATGATAGTTTGGTATATATATAGAATTCTTGGCTGGCAATTTTGTTTTTTTCCAGCACTTAAAAAAATGTCCAACTAGGCACAGTGGCTCACACCTATAATCCCAGCACTTAAGGAGGCCGAGACGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAGCATGGTGAAACCCCATCTATACTAAGAATACAGAAATTAGCCAGGCATGATGGCGCATGCCTGTAATCCCAGTAACTCAGGAGGCTGGGGCAGGAGAATCGTTTGAACGCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTAAGACTCTGTCTTAAGAAAAAAAAAAAAAGTCCTCCTGCTTCCTCCAGGCCTTTATGTTTTGTGATGAGAAATCCACTGTTAATGTTACTGAGGATCCCTTGTAAGTGATGAATTATTTTTGTCTTGTTGCTTTCAAGCTTTTCTTTGTTTTT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Seq C2 exon
GTACTTTGGAAGTTCGTCTTATGGGCTGCCAAGATATCCTAGAGAATGTCCCTGGACGGTCAAAAGCAACATCAGTTGCACTGCCTGGTTGGAGTCCAAGTGAAACCAGATCATCTTTCATGAGCAGAACGAGTAAAAGTAAAAGCGGAAGTAGTCGAAATCTTCTAAAAACCGATGACTTGTCCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000065243-PKN2:NM_006256:6
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.132 A=NA C2=0.243
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0218511=HR1=PD(43.8=43.8)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)