MmuINT0120831 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000004591 | Pkn2
Description
protein kinase N2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:109211]
Coordinates
chr3:142484483-142492058:-
Coord C1 exon
chr3:142491845-142492058
Coord A exon
chr3:142484669-142491844
Coord C2 exon
chr3:142484483-142484668
Length
7176 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGCGT
5' ss Score
9.74
3' ss Seq
GTATATTTGTTTATTAACAGGTA
3' ss Score
8.53
Exon sequences
Seq C1 exon
GCACAAGCGAGATTTAATGAATCAAGTCAGAAGTTGGACCTTTTAAAGTATTCACTAGAGCAAAGGTTAAATGAGCTCCCCAGGAATCACCCCAAAAGCAGTGTCGTCATTGAGGAGCTTTCACTGGTTGCGTCACCAACCCTGAGTCCACGGCAGAGCATGCTGTCCACGCAGAACCAGTATAGCACACTGTCCAAGCCAGCGGCGCTAACCG
Seq A exon
GTGCGTAGAATGTAACTGTCTTGGTTTTGATTATATAAGAGTATGGATTAATAGTTGGAGTCAGAGGCATATGTACAGGACCTTCCTTCAATTATATTTTAGGTTCATATAGTAAACTTTACTATTTGCTGGGGCTGATGGCACAGCATGTAAACTTAGCTACGTGGGACACTGAAGCAGGAGGTTGCAGGTTCAAGGCTTGCCTGGACAGCTTAGTAAAACCCTGTCTAAAAATAAGGATTAATTGGTGGGAACGTAACTTGGTAGAACAGTGCTTGCTTAGCACACACAAGGGCTCAGCTCTGAAAGAAAGCTTTCTAAGAGGCTTGTAATATAATACACAAGCATTATTATCACTGTCAAGTTCTAGAACATTTTCAGCATCCCTAAAGAAAACCAGTGTCCATTCAATGCACTCTTTTTCCTAGGCCCCAGCACCACTACTTAGGTTCTTGTCTTATCTAGCGGTTTCATGGAAATGGGCCTTCCTTACATATCTGGCTCATTTCACAGAGCACACTTATTCATCGTTTGACTGAATGATGTCCATGTTATAGTTTTATAGCACGTTCTGTTTTGGTACTTAGGTTCTTTTTTACCAGCAGGATATTGTGAATAATACCTCTCGAAGCTTTTTTTTGAACACCTGTTTTCATTGTAGAAGGACACATCTAGCAATGTGCTTGCTCGGTCATATGATTCTTTTGTATTTAAAATTTGAACAGTCATCAAACTTTGACATGTGTTATGTAACTTAACATTCTCCAAAACAATGCATGTAGAGGTTCTTTGCATCCTCACAAGGACTTGTTATTTCCTTTGCTGTTGTTGTTTTTCAAATTATTATAGCTATGCTAGTAGGGCCGTTATTGAAAGTGGGGTAGAGATTCCTGGCTGGTTTTCTGGAGCTGTCTCTATTTCTTCTTTTACTTCTGTATGTGTTTCAGTTTTTGGCTCTGTTTTATCTATGCATATAATTGTTATATCTTTCTCATGAATTGACTTCTTTGTCTTTTTATAAAAAAAAACAAACAAACTGATGACAAGTCTGACTTGTCTGATATTAAATAGGACATCTCCAGACTCTCCTGTGTTTACTATGTGAAGCAAATATCCTTTTCTGTATTAATGAAATTTATATTTGGATATAATATGAATCTTGTTGTTAAGGTGGAATTGGATCATTTTAATATCTTATGTCAGTGTCTTATAACTATATAGTTTTATCCATTTATATTTATAATAGCTGCCAAAATATATAATAATTCTAATGATAATTACTGGAAATTATGTTAAACTTTATAAGCTTATTCTATACGCTTGCCTTTACTTCAGACATATATATATATACAACAGATTCTAGGTCATCTGCACTTCTGAGAGATTCATTAGCCTCCATTCTCTGAGACAATTTAACAAACTCATGTAGGACTATACTTTCCATTACAGCTTTATTATAAAGAATACAAATTAGACTCAGACAAATACCACATGTTTTATCTTACATGGCGAACAGTATGTTGTATGTGCATAAGAGATGAAACCAGAAAAAGGATCATGAGAATGGATAAAGAGCTCTTAAGAGGGTAGAAGAAGAGAAGAATGAAAGATATGTAATAAAGCAGAAGAGGGTGAAATGAAGGGAACCAATCAGGGGGCCAGGAAGCACTGGGAGGGAAGTGAGCAAGCATGAGGTACAGTCACACACGTGTTTGAAAAGGCTGGAACAAAGCTCATTAGTATGCTAACCTACAAAAATAATTTAAAGGTGGGGGGAGGGGAGTGGGATGAGCCAAAGGCAAAATGCAAGCCCTCGGAGGTCCTTAAACAGGGCGCTCTGGTTCTTAGGTCAGTAAGTATCTTTCACCACCCTGGCAGTTCTCTTGAGCTTTAGATGTCCTCATGTTATTGGGACTTTAGTATGTGGGTGTGACTGAATGAATCATTACCATGTGAGGGAAATTGCCCTGCATAGGAGGTCAGGACATCAGTTTTAGATGACTCAAAGTCCCAACCCCTAATATTATGATTAGTCTTTCTAGGAATGTCTTCCTCCCTTATGAAGCTGTCTAGAGACCTACTGTGTGACACCTTGTTAGCATAAATTCCAGTGTGGTCTGAGGCACCGCTTTGAGTAACAGAAATTTCTATACTGACAATGGTTCAAAAGGTTTAGATTTCCCTCCCATAAACTAAGGGTAAAAACCTTTTGAATAAAGCAAAGGCGCTTACTAGAGAGTGAAGCCAGCCTGTGCAAATATGAGACCCCTGTCTCAGAGCATAATTGAGAGCCTGTGAGATGATTTTACAAGATGTCCTATGGTATACAAACACATGCATGCATACTTACATGAATACACAAACAGTCCATCAGTTAATGTAATTTAAAATTTTTTTAAACAAAACATTTGCCTCTGCCATTTTTCTATATGGTCTACAAATGATATTTTTTTCTATGATATGACCTCTTTGTAGATTTTTCTAATCTTATTCTCTCATTTGTCTTTTACTTATTAATTAGTTTTAATTAATAACCTGATTTTCTTAGAGACATTATAATAGGCACATACAGAATTTGTACAAGTAATAGATCCTTCATAAGCCCAAGTTCTATGTGTTCATCACTTCCCCTGCTACTAACATCTCAAACTAAACTGGCACAGATGTATTTAGGTGTACAGTTTTTTCCCGTCTTTTTCTCATTTGCATTTTAGGGGTGTAATTTTTGGATGCAGTCACTCAGTATACCAAGATGGCACTGGACTTATGGTAATACTTTTGAGTAGTAGGGTTATGGCATGCATCACAGATTTTTTTTTTTAGTTGGTGAGTCTGCACTGGCACGTCATTATGATCTGAGGTCCATAGTATATAATAGTTCACTCTCTGTGCACATTTTCCAGGTATAGATAACGATGGTTATCTGCTATTATATTTCCCTTCTGTACCTGTCAGTCCCTACCTTGTCTCCAATCTACAAGCCTGCCTGGCAGCCCCTCACATTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTAAATGATTTTGTTCCTCTCCCTTCCCCCAGGTTCTGGGACTATAGATATTTACCACCACTCCCAGCTCTACACCTTGCCTTTTTCCGGGATGTCATACTTTGAGTTATAAAATGTGTAGCCTTTTTAGAGGTGCATTGCTGTGTGTGCATGAGTATTTGTGTGTATGTGCATACAGTCCTGTGTATGAGTGTGAGTGCATGCATGCTCACATGTCTATAATACCTACAAAAACTGCTCTAAACAGGTGCAACTTCCCCTTTCTGATATTTTAAATTACATTTTTGTACATGATTTGCTTATTAAGAGGTTACGGTGGTTTTAGGTATTTGTCTTAAATCATAAGTGAAGTTTCAGAAGGAATTATAAACCAGAAACTCCTGGTATTCATCTTAGTATGTGCTGTGTATGTCATTTGTGTCACCTGTTCACTGCTGTCGTCTTTGGTCTTTCTAGCTTGTGTCTTTTCACAGAAATGTAAACAATTTTCCTTAACTTCCCTTCTCAGCAGCTTTCATGGTGAAGACTGTTTTGGATTTTGTTTTTATGGGGGAATCCCATTTTTTGCTTTTGTACCATAGTTTTGTTTTCTATAGAATTTATTGACATTTTCTCTCAGCATAGTGGTGCATGCTAGTAATCCCAACCCTGGAGGCTGAGAAAGGAGGATCAAGGGTTCCAGGTCAGGCTGCGTCACATAGAAGACCTCATTTTCAAACAGCAATACCTGTTGCAATACTGAATTGGGAAAAAAGTATTTACTTGTTCTAATAGAATTCATGGCTACTGCTTATGAATACATTTAGTTCTTAGATTCACTTGTGTTACATTTTTGTATTATGGTTTATGAAGGTGAAGATTATGCAGTTTTACCCTATTTCTAATGTGGTTATAAGCAATTGTAATTATGCCATCTCATAAAATAATAAAACCTCTAGATATTTTAATAAAGATCTTAACTCCCTCTGGAATTTTTTGCCCTAAATGAAAGCAGGTGGTAAGCATTGTCATGTCCTGATAGATGGAAATTAATGAAATATTTAATAAGCCACCAGGATTTGAAGGAGTAACCAGATGTTTTCAGTTTCCCCAGGAAACTTTTACAGCTGAGTATTTACTGGAAATAAGGAGAGTTTGCTATTACAACAGCAGTATAAATAAAACACAAGCACAACAAGTTGTTTCTTTAAAACTAACAGAGAAAGCGTAGCCACTCTGCTTAAGCTTCTCTCGTTGCTCCACAACCTAACACACTGGGAACAGAGATGGAGACTGTTCTTCTTCCCACCTAACAAGTCTGCTACTGCTAATTAGTCTGTGGCTCACCCGTCCTAAGTACACAGGTTAATGGCTTTCTTAGGAAATACATTTCTTTGTACCATTGTGATCAGTACTCACTTTTTAGGACAGTATTACAGGAGGGTTTTAGGCATCAGATATACATATTGAATGTGGTTTTGCTCTTGTTTCCGATGAGAAAGCTCCTGTTATCCTCGTCGCTGTTCTCCTGTATGTGGTGTTATTTTCTTGCTGCCTGCAGTGTTTTCTGTTTATCACATTTTGAAAAATTAAAACATAAACTTTACAATTCTTTGACTTGGTATTCATGAGCTTCATAAAATTTTGAGAGCTTTAAGCCAACTTTTAAAAATACCTATTTGTTTCCTTTTTTGTTTGCTTTTTATCAAAAGTGTCAGTTGAACTTACATGGTTCTAAGTCAAATCATAATTCACATATGGGTAGTGCTTTTCCCTGGTGTCTTAATCCTTTCTGATGCTATTGTCTTTAAGTCAGGCAACCTTTTCTTTTGCAGTGCTCAAACAGCCACCAAGTCCGTCAAGTGCATAATTGTTAAATTTTAGACAAATGTCCTTTCTGTCTCTAGAAATTTTGTACTTTGGAACTTTTTCATTTCTTCGATGTCTCTTTTCAACCTTTGAACAGATGGAATATAGATGTAACTATTTTGATGTCCTTG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Seq C2 exon
GTACTTTGGAAGTTCGTCTTATGGGGTGCCAAGATATCCTAGAGAATGTACCTGGACGGTCAAAAGCAACGTCGGTAGCACTACCTGGGTGGAGTCCAAGTGACAACAGATCGTCTTTTATGAGCAGAACCAGCAAGAGTAAAAGTGGGAGTAGTCGCAACCTCCTGAAAACGGATGACTTGTCCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000004591-Pkn2:NM_178654:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.264 A=NA C2=0.270
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0218511=HR1=PD(46.5=45.8),PF118963=DUF3416=PD(54.4=59.7),PF051368=Phage_portal_2=PU(19.3=30.6)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: