RnoINT0112275 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000011317 | Pkn2
Description
protein kinase N2 [Source:RGD Symbol;Acc:620146]
Coordinates
chr2:248771161-248779615:-
Coord C1 exon
chr2:248779402-248779615
Coord A exon
chr2:248771347-248779401
Coord C2 exon
chr2:248771161-248771346
Length
8055 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGTGT
5' ss Score
6.56
3' ss Seq
GCATATTTGTTTATTAACAGGTA
3' ss Score
8.3
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCCAAGCAAGATTTAATGAATCAAGTCAGAAGTTGGACCTTTTAAAATATTCACTAGAGCAGAGGTTAAATGAACTCCCCAAGAATCACCCCAAAAGCAGTGTCGTCATTGAGGAGCTCTCCCTTGTTGCATCGCCAACCCTGAGTCCACGACAGAGTATGCTGTCCACGCAGAACCAGTACAGCACACTGTCCAAGCCAGCAGCACTAACCG
Seq A exon
GTGTGTAGCATGCGGCTCTTCGTTTCCTTCCTGTCAGATTATGGTTAATAGTTGGAGTCAAAGGCATGTGTACAGGACTTCCCTTCAGTTATAGTTTAGGTTCATACAGTAAACTTTACTATGTGCTGGGACTGATAGTACAGCATGGTATCCCTAGTACAGCTAGTATCCCTAGCTACTTGGGATACTGAAGCAAGAGGGTTACAAGTTAAAGGCTTGCCTGGACAGCTTCAGTAAAACCCTGCCTTAAACACGTAACACACTGGAAGAGAGCTTGCTTAGCATACACAAGGGTTCAACCTATGAATGAAAGAAGAGGCTTGCAATGTAATATACAACCACTATTACCACTGTCAAGTTCTGCAACATGTTCATCAACCCAAAAGAAAACCAGTGCTCATTCAATGCCACTCCTCTCCCTAGGCCCCAGCACAATTAATCGTCTTCTTGGCTCAATCATTTGTTTTTTCTAGAGATTTCATTAAAATGGGATTATATACTCTGCAGCCTTCCATAACTGGCGTATTTCACAGGGCACACTTAGTCATCTTCACTGAACGATGTCCACTTTTATACTGTGTTCTGTTTTATTTGTAAGGATATTTAGGTTCTTTTTTTTACCAGCAGGGTATTGTGAATAATACCTCTGTGAACATTTGTGTATGGTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGGAACACCTGTTTTCAATCTAGAAGGACACACATCTAGGAATGCACTTGCTAGGTCATATGATTCCTTTGTATTTAAAATTTGAACAGTCATCAAACTTTGACAGGTGTTATGTAATTTAACATTCTCCAAAACAATGCATGTCGAGGTTCTCTACATCCTCACAAGCACTTGTTATTTCCTTTTCTGTTGTTGATTTTCAAGTTATTATAACTATGCTAGTAGGGCCATTATTGAAAGTGGGCTAGAGATTCCTGGCTGGTTTTCTGAAACTGTCTCTTTCTTTTTTCAGTTCTCAATGTGTTTGTTTCATAGTTTTTGACTTTGTTGTATCTATGCATATAATTGTTATATCTCTTTCATGAATTAACTTCTTTTTTGTTTTTTATAAAAAAAACCCTGATATCAAGTCTGGCTTATCTGATTTTAAGTTAGACATCTCCAGTCTCTCAGTGGTTACTATGTGAAGCAAGTATCCTATTTAATCTTAATGAAATACATATTTGGTTATGTGAGTCTTTGTGATAAGGTAGAATTGGATCATTTAATACCTTATGTCAGTGTCTTATAACTATGTAGTTTCATCCATTTATATTTATAATAACTGTCAATAATATATAATAAATTCTAATGCTAATTATTGGAAATTATGTTAAATTTTATAAGCCTATTCTATATGCTTGCCTTTACTTCGGACATATAATTATAAGAGAGTTTCCAGGTCATCTGTACTTCTGACAGATGACTGCAAATTTTCAGAGCCTTAGGCTCACTCCATTCTCCGAGACATGAGTTCTATCAAACCCATGAAGAGCTATACTTACCATTACAGCTGTATAATAAAGGATACAAATTAGACTCAGACAATTACCACATGTTTTAACTTATGTGGGATCATAGATTGAAGAATATGTTGTGTGTGTGGAAGAGATAAAACTAGAAAAAGGATCATGAGAATGAATGAAGAGCTCTTGAAGGAGGGTAGAAGAAAAGAGTGAAAGCTGTAATAAAACAGAAGAGGGTGAGATGAAGGGACCCAGCCAAGGGGGCCAGGAAGCACGGGGAGGAAGTGAGTAAGAGGCAGGTACACTGACACAGGTGTTTGAAAATGCCGGGATGAAGCTCATTAGGATGCTAGCCTAAAAAGTTAATTTAAAGTGGATGGGGGAGAGGGTAGGATGAGCCAAAGGGAAAATGCTTGCAGGTTCTTAAACATGGCACTCCCTGTTTCTTAGGATCAGTCGCCCTGACTAACACATCAGTGTCTTTCAGCACCTAGGCAGTTCTCTTGAGCTTTAAATGCCCTCGTGTTTATTGGGACTTTATTATATGGGTGTGACTGAATGAATCATTACCATGTGAGGAAAATTGCCCTGCTTAGGAGGTCAGGACATCAGTCTTAGATGACTCAAAAGTCCCAAACCTAATATTATGATTAGTCCTTCTAGGAATGTCTTCTTCCCTCATGAAGTTGTCTAGAGACCTTCTGTGAGACACCTTGTTAGCATAAACTCCAGTGTGGTCTAAGGCACCACCATGAGTAACAGATTTCTATAATGACCACGGTTGAAAGGATTTAGATTTCCCTCCCATAAACTAAGAGCAAAAATCTCTTGAATATAACAAAGGTGCTTACTAGAAAATGAGGCCAGCCTGTGCAATTATGAGACGCCTGTCTCAGAACAGAATTGGGAACCTGTGAGATGCTGTATTTCACAAGATGTCCTCTGAGCATAAATGCACACATGCATACATACATACATGTACATAAGATCAAACGGTCACTTAATGTAATTTAAAAGTTTTTTAAACAAAAGACTTGCCTCTGCTACTTTGCTATTTGTTTTACAAATGTTATTTTTTCTATGAGATGACCTTTGTAGATTTTTCTAATAATTTTATTTGTCTTTCACTTATTAATTAGGTTTAATTAATAACCTGCTTTTCTTAGAAACATTCTATTGGTCACATACAGAATTTGTACAGGCAATAGAAGATTCTTCATAAGCCCAATTTCTGTGTATTCATCACTTCCTCTACTGTCAACCTCTCAAACTAGCCTGGCACAGATATATGTGCTTTAGTTGTATGCTTTCTCCTTGTCTTTTTCTCATTTGTGGTTTAGGGGTGTAATGTTTTGATGCAGTCTCACTCAGTATCCCAAGAAGGCATTGGCATACGGTAATCCTTTTGAGTAGTAGAGTTATGGCATGAATCAAAGATTTTTGTAATTGGTGAGTCTACACTGACGCATTATAATGCTCTGAGGTTCATAGTATAAAGTAGCTCACTGTGCGTTTTGCCCAGGTGTTAGGCAGTCTATAACGATGGGCATATGCTGTGTCTTGTCAGTCCCTGTCTCATCTCCAATCTACAACCCTGGCAGGCAGCCCCTCACCTTTCTTTTTTTATTTTTTAAATGAATTTCTTCCTCTTCCTTCAAGTTCTGGAACTATAGACATTTACCACAACTCCCAGCTCTACAGGTTGTCTTTTTCCAGGATGTCATAGTTTGAGTTATAAAATGTGTATCCTTTTTGGAGGCGCATGCATGAGTGTTTGTTTGTGTATATGTGCATGTACTCCTGTGTGAGTGCGTGAGTACATATATCCTTATGTGTCTTTGCTCTATACAGGTGCAGCTTACCCTTCTTTCTGCTGTTTTAAACTCTGTCTTGGGTTATGATGCTTTAGGTATTTGTCTTAAATCACAGTAGTATCAGAAAGAATTATAAACCAGGAACTCCTGGTGTTCGCCTTAGTACGCCTGCGTCATTCGTGTCACCGCTGTTCACTGTTCTCTTTGCGTCCCAGTCTTTGGTTCTTCCAGCTAGTGTCTTTCCACAGAAATGTAAACAATTTTCCATAATTTCTCTTCTTAGCGGCTTTCATGGTGAAGGACTGCTTTGGGTTTTGTTTTTATGAAGGAATCTATTTCTTTGTTTTTGCATCAGAGTTTTGTTTTCTATAGAATTTATTGACATTTTCAGCATAGTGATACATGCTACTAATCCTAACTGTGGGAGACTGAGAGAGGAGGATCAAGGGTCCCAGATCAGGCTCGGCCACATAGAAGACCTCATTTTCACACAGCAGTGGCTATTGCAATACTGAATTAGTAAAGAGGTATTTACTTGTTCTAATAGAATTCATAGCTACTGCTTATGAATGCATTTAGTTCTTAGATTCACTTATGTTAAATTTTAGTAATATGAAGGCAAAGAATGTAGTTTTACCTTATTACTAATATGGTTATAAGCAATTGTAATTATGCCATCTCATAAAAGAATGAAACCTCTAGACATTTTAGTAAAGATCTTAACTCCCTCCAGAATTTTTTTTGCCCTAAATGAAAGCAGGTGGTAAGCATTGTCATGTCCTGATACATGGAAATTACTGAAATATTTAATAAGCCACCAGGACTTAAAAGAGTAACCAGATGTTTTCAGTTTCCCCAGGATAACTTTTACAGCTGAGTATTTACACTGGAAATGAGGAAAGTTTGCTATTACAACAACAATACAAATAAAACACAAGCACAACAAGTTGTTTCTTTAAAACTAAGAGGGAAAGGATAGCCGCTCTATTTAAGCTTGTCTTGCTTAACAACCTAACAGACTTGGGGAAAAGGTGGAAACTGGTCTCCTTCCCACCTCACCAGGGATGTTATTGCCTCATCATTCAGTGGGAGTCACCCATCTTACATATACGGGTTGATGGCTTTTTAGTAAATACTTATTTTTATACCCTTATCACTTTTTAGGACAGTACTACAGTAGTGTTTTGGGTATCAGGTATACATTTGAGTGTAGTTTTGCTCTTGTTTCCAATGAGAAAACTCCTGTTATCCTCTCTCTCTCTCTATCTCTCTATCTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGTATGTATGTATGTATTTGTGGTGTTATTCTTTTGTTTATCACGTTTTGAAAAATTAAAACATACACTTTACGATTTTTTGACTTGGTGTTCATGAGCTTCTTGTGCTTATAATCTTCATAAAATTTTGAGAGCTTTAGCCTCCTTTTAAAAACACCTATTTTGTTTGCTTTTTATCAGACATGTCAGTTAAGCTTACATGGTTCTAAGTTAAATCATAATTCACATATGGGCAGTGTTTTTCCCTGGTGTCTTAATCCTTTCTGATGCTGTTGTCTTTAACGCAGGCAACCTTTTCTTTGGCACTGCTCAATCAGCCACCAATTCTG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Seq C2 exon
GTACTTTGGAAGTTCGTCTCATGGGGTGCCAAGATATCCTGGAGAATGTCCCTGGACGGTCAAAAGCGACATCCGTAGCACTGCCTGGATGGAGTCCAAGTGAAAACAGATCATCGTTTATGAGCAGAACTAGTAAAAGTAAAAGTGGAAGCAGTCGCAACCTCCTGAAAACCGACGACTTGTCCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000011317:ENSRNOT00000031748:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.283 A=NA C2=0.255
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0218511=HR1=PD(43.8=44.4)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]