BtaINT0116713 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000024426 | PPP1R9A
Description
protein phosphatase 1, regulatory subunit 9A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:14946]
Coordinates
chr4:12248318-12284062:+
Coord C1 exon
chr4:12248318-12248422
Coord A exon
chr4:12248423-12283926
Coord C2 exon
chr4:12283927-12284062
Length
35504 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
TCTCTTTAACTTTCATGTAGATT
3' ss Score
7.95
Exon sequences
Seq C1 exon
AATACAAGTCAATGACCAGATTGTGGAAGTGGATGGAATCAGCTTGGTGGGTGTCACACAGAATTTTGCTGCAACAGTTCTAAGAAACACCAAGGGCAATGTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTTGTTATTGGGCGAGAAAAACCTGGACAAGTGAGTGAGGTTGCCCAGTTGATAAGCCAGACGCTGGAACAAGAAAGGCGCCAGAGAGAGCTGCTTGAACAGCACTATGCCCAGTACGATGCTGACGACGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000024426:ENSBTAT00000020761:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.424
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0059519=PDZ=FE(41.2=100)
A:
NA
C2:
PF0059519=PDZ=PD(4.7=8.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]