DreINT0118709 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061304 | ppp1r9a
Description
protein phosphatase 1, regulatory subunit 9A [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-660]
Coordinates
chr19:41532231-41540203:+
Coord C1 exon
chr19:41532231-41532335
Coord A exon
chr19:41532336-41540067
Coord C2 exon
chr19:41540068-41540203
Length
7732 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
GGCTGTTGGTGTGTTTGCAGATT
3' ss Score
7.28
Exon sequences
Seq C1 exon
AATTAAGGTGAACGATCAGATCGTGGAGGTGGACGGCACCAGTCTGGTTGGAGTAACTCAGAGTTTCGCTGCTTCTGTCCTGAGAAATACACAGGGAGTCGTCAG
Seq A exon
GTAAGATGCTGGATGTCCTACTGTCATTACACTGCTTTATTACGTTTCATTAATCACATGTTTGACCTTAAAGGGATATTTAATATTTAATTAAAAATCTTTGCCACTGGCCATTCGAAAAAAAATCGTAGTTCATCCATAATGGTCTTGAAAAGGTATTAAATGTCTTAGATTTGACTTGGTGAAACCCGTAGAAACCCTGTATGAGGACCACAGTTCAGCTAAAAATCACCAGAAAGTCACATACATCTTAAATAACAATAATAAATAATTCCTTACATTTATATAGCTCTTTTTTGGGTACTCGAAGCGCTTTACACAATTTGGATAACCTGAGGATGATCAAATTAATAGCAAACGTTCATTTTTGAGTAAACTTTAACTCGCCCTGTAATATTGTCCATCAAAAATCCACCTTCGAATCCTTTCCATAGCTCACACACATCTGCTAGAGCGAGAGATGTGATTAGTAGCGTATGAAAAAGCATGACACGCCATCATCGTCTCTCCCTCCCACTCAACACTCTGGAGAAAAACACAGAGTTGTTATTAGTGTATCTAACGTCCCCTCAGACTCCACAGATCGTTGAAAAGCGTGTCTCTTCACACTGTCAGGAAACACAGCTCTTCATTAACAATGGCTTTCGCACAGTGGGATCCGGCAGATTGTTTTCAAGCTGATGCTGTCAGCAGGGTTTTCTGCTTCCTCAATAAATATAAACACACTGAAAAGCTAGTTCTTCAGAACTGTGTGTTTACTTTTCAGCTTCTTCAGCTGTGTGTTGTTTTAAAAGTGGTAAATGTAAACATAAGTTTTGTATATGTGATTTAATTGTTTAGATGGATCGAGAGACTGATTCGCATGATTTCATATGGTCAGATGCTGATGCTGATAGTCTGCACTGGAAAAATGGATTTTATTTAATTAAATTAAATTTTATGTATCAGTACTTTCTTTGTTATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATAATAATAATAATAATAATAATAAATAATAATAATATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATATTGTAATATAATTTAATAATATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATATTATAATATAATTTAATAATATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATATTATAATATAATATAATATAATAAAATTTAATATAACATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATAAATAATAATAATATATAATAATATATAATATAATATAATATAATATAATAATATATAATAATACATAATAATATATAATAATATATAATAATATATAATATAATATATTATAATTTAATAATATATAATATAATATAATATAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATATAATATAATATAATATATAATATAATATAATATAATATAATATATTATAATATAATATAATATAATAAAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAGCAGTGCACTATGGCTGTATATCAGCACTGGTGGGAGGTGTGCGTTGGCACGAGTGCATAGTGTCCCACCAGTGACGATATACAGCCATATTGCACTGCTACTCGAATGATCTCCAAAATTATTAATATTTAAAGTAGGCACTATCCTTACAAATAAACTGCCTAGTTGCAATCTAAACAACTACAAAAAATTCTAAAATTTTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATTAAATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATTAAATTATATTATATTATACTATATTATTATATTATATATTATTATATTATATTATTATATTATATTATATTATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATTATATTATATTATATTATTAAATTATATTATATTATTAAATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATTATATTATATTAAATTATATTATATTATATTATATTATTATTTTATATTATATTATTATATTATATTATTATATTATATTAAATTATATTATATTATTATATTATGTTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATTATATTAAATAAAATTATATTATTAAATTATATTATTAAATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTTTTCTCAGTTAAGTCACATTTTTACCAGGACATGTCATATGCCTGCACTATGAAGGTGTCAGGAAATCCTTCATTTGACCATAGCTGTATTTTTCAGCTGTCTATATTCCTCTCTGTTCTCACCGATGAGGCACGGTGGCCCAGATTCTCAATTTGTGCTATATTTAACCTACTGTAGAAATTATGGCAGGTCTTAAACTCGATCTGCACCAATAAATGCATGAAGACTGTCAGTCTATTAGGAGCCGATCATTGCTGTGATGATTCAGTGTCAGAATGGGGGATGTTTTAGCATGTTGGAGGTGATGCTCACATCCTGAAATGCAATCCTGTCACTCCAGATGTATATGAATAATTATGACATGGCTTTATTAATAAGCAAGCGCTGTACCAGAGCAGTTTGGTCTCTCAGTGTGTGGTACGGAGGCTGTTTCCAGGTCAGCTGCAATGCAAACGCTGCGAAGAGAGGCTTGGCATGGCAGGGTATTATTGGCCCAGTTGTTGCTTCAGATGTAGATCAGATCTGGCCCTTTATCTGTGTGGAACGCAGGTGATTAAGAGTCCATGCTGAGCTCCATTCTGCTTCTCAACAACATGCAGAGGATGGGTGGAATATTATTGGAGAAAATTTATTTTTATCTCAAATTATTACTCGGTTTTCTAAAATTTTGGAAAAACTCTTTGTTGAAAGGCTTGAGAAATTCACCCACAACCTTTTAGCTGATGAGCAATACGGTTTCAGGAAAAATAGATCAACATCTCTGGCATTAACAGAAGTTATTGAGGAAATTACTAATGAGATGGATTAAAAAAAGGAAGTTGGAGTTTATATAGATTGAAAGAAGGCATTTGATACAATAAATCATGCCCTGTAAAAATCTTTAAGTCAGTACAACAACAAAAAAGGAGTACCGCAGATAATGTTTGGCACCCACATGTTGAAAATCACTGCTTTGAGATGGTTGCGCATAGAAACCTTTCTGAAATACTAAAACCAGTCCGTATGGCACCAACAAATAAAAAAAATGCTTCTAACTCACTTTTAAAATGGTTTCAAAACTTTGAGTTTCTTTTTTTCTGTTGAACACAAAATAAGATATTTTGAGGTTGGATAATGTTAGTAACCATGGACTTCCTTACAAATACTATGAAATCCAATAGTTATTGGATTCTAATATTTTTTTAAATATTATTTTGTGATCAACAGAAGACAGAAACTCGAGCAGGTTTGTAAATGGGGACAGAATTACCGGTTTTGAGTAAACTATCCTTTTGAAGTGCACTGTAAAAAAAAAACAAAAAAAAAACAACATCCTTATTTCCTTTCTCTTTTTCTTGTTCACTCAAGGTAAAAACATCAGCTGCACTGACCTAAAATTATTTGTCAGTAATACAAAAACATTTAGTTGGGTTATCATAAGATTATTAGTTTTCTGGAGAGGTGAACTATTTGTAACAAAACGTTTAAGTTGTGCAAACTGTACATTTTTTTTGTCTGAAGAACTGGAATGCCTGAAGTTGAGTGGAAAAAAAAACATAATCCTTATTTCCTTTTTCGTGTGTACTCTACATTTATTCTTATTTTTTTCTATCTGTTATTTGATAGGATGCGTATAAAGGGAAGTCTATGAGGAGAAAAGTGCAGTGTGACCGCAGCTGAATACTAATGTATTGCAAAATAAGTAGAAAAATGTTATGTACTGTTATCATGGCAAAGACAAAAGAAATTATTTATTAAAATTAATATTAGAAAAATGTGTTAAAACAATCTCAAGAGTAAATAAGTATGAGATCAGTAGGTGGCAACAAATCCTTGTCTTAATGAGTGATACACTGAATTATTCATAGATAAAACACCACAATGCTGCTTTAAGACTCTAATGTTCTGCTCTGCATTTGTTTTCAAACATTATCATTTGTTAAACATCAAAAACAGACAATTTAGTGTCTAAAATGTAACTTAATATATAGATTTTCAGCACACTTAAGTGTGATATTACTTAGACTGTACTGTGTCTTATACAGTCGTTTATATAAAATATACCACAACCCCTGGCATATTCATTATGGTAAAAATGTATTTTATCTCAAAGACATGTAGGGGTGTGTGATATTGACAAAATTATAGTTTATTGAAAACCTCCTGTGAAATGTTTATTATTTAAAAAAAATATTTTCCATGTGATTTTTAATAAAGCAAGAAAACTTTCACAGTATTTTTTATAATATTTATTTTTCTTCTGAAGAAAGTCTTTTTTGTTTTAATTTGTATAAAAAGCAGCAGTTTTAGATAAACAATTTTTTAAAGAAAATTAATTATTGGCCCTCTTAGATTTTTTTTTTCTTGATTGGTCACAAATCAAACCAATGTTAACCAATGACTTGCCTAATTACCTTAATCGACCTAGTTAAGCCTTTAAATTGCACTTTGGGCTGAATACTATTGTCTTGCAAAATAACTGAACTGCACTTTCATCTTGGCAAAGACAAAAAAAATTAGTTATTAAATTGATTGTTTAAAAATGCATTGAAATAATTGAATATACTATATATAATACTATATATACTGTATATAAATAATATAAATTATATAAATTATACCACTGACCTTGGCTTATTCACTATTGTAATTATTTCTTTCTGGACAGTCACTTATTCGCATATGGGATAGCTGCAAACTATTTCTGCACATCCATATGATGCCATAATAAAATCCATTAGAATTGAATGACTTCAGCTCTTTCAATGTCATTTGTCAGACGCAATGGCAAAGCGGCTTTAGACTTATAAAGGAGGTCGTTGATCTTCGGAGATTAATAACTAATTATCTGATTGCAGTTCTGCTTGTGTATTTCCAGGTTTTAGGCAGCAGTATTTTTCACCTGACTTTGCCAAATAGCATTGTTATCGTTTTGTACAGTTAACACACTCACCTGTTGTCATTTATCACACTGACCTCAGAAGAAGTCGATTCATGGGGTATATAATAAAGAAATACAATCCGTCAATGAAGAGGGAACAAAAAAGCCTGCTTAAAGCCAGACAATGTTTGAAAAGCGTTTGACATTTTTCACTTCATTATAACTGAAAAGAAAGGATTTTATCTCTCTTTCTTTTTTCGCCTTCCACCTTTTTATAGCCGTCTCCTTTATGTGAAATCCATTCCCTTCTTTGTCTCCATTTGAAAATCGATAGCCATGATCTTTAATCCACATTTCCCTACGCCTCATGATGCTTTGTGGGAATTATGGTAGAAACATCCATTACATTGAAAAAAAGTGTGGTGAATGTGGAAAAAAGTAAATTGTTTTTGTCTGTAAGACCTGAGATATCAAAAAGTAGACAGAAAGTTCTAATTTTCTGCATCTGAGATGTTTATTAAACCATCTAGCAAAATCAAAAACAAAATGTTTGCCATATACTTTTTTCATTATATTAATTTGCATCACATTTGAGACATTAGGCGTACGTGCAATATTTTGCTCACAGCAAGTGAATTTTGATGATAGAAAATCATATTACCCTTAACATTTTGACAACAGAGAACACGTCAGGCAGTTTTTCTCAGGCTGTTTTTAGCTGTTACTTGATATGCCTGTTTTATATCAAATTATATAATATCATATACAACAGGTTTTTAAACAAAGTATTGACCAGGTTGATATTATATAGGTCTTAGAAACTCATGTATAAAATATACGTGCAGCTCTATAGGGTTAAAAAACCTGGTGAAGGTCATCAAGCTCACCGCTTTTCACTGATTGCAAACACAGATACACTGGAGGATTTTAAAGCTGCGAAGATCAGTCGTTTGCTCGTCTGTGTTTGCACTCGATAACCATCGGGAAAGTGCAGTGAACTGATAACCTTCGCGACCAATCACAGTCATTTCTGTTGAGCACTGGTGAATACAATAATAAATCAGCGGTGTTTAAGAACCTGCTCAACAATGCTTAAATAATAGCAGTAAATTTACTTTTTTTATTTATTACTAAAATTCAGTATCCTGACAGGTTTGATATAGTGAAAGAATCAGTTCATTTTTTTTTATTTTCACTATCCATTCAGAACAGACCTTCAGGTCACTTGTAAAGCAGTAAATCTGAGTCACTTTCACTCCGCTGATAAGATATAGCCAGGTACACAACATTCCTGTGTGACTCCAGGCGATACTTCCAGGTTTCTTCCCACCGCAGCCTCGATTTCGCTTTTAAAAGGGTGGCCGTGTGAAATCTGTCTATTGTGAATGGATAAGAGAGCCAAACTGCTTAGTCATTGTCAATATAACAGTGTGCTCTGAAGGGATATTCTGGTGTAAACTATGGCTACAGTTTTGATTTCAGTTGTTGTAAATTGGGGTGACGCAGTGGCGCAGTATGTAGTGCTGTCGCCTCTCAGCAAGAAGGTCGCTGGCTCGAACATCGGCTGGATCAGTTACCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGGGTTCGCATGGGTTTCCTCCGGGTGCTCTGGTTTCCGCCACAATACAAAGACATTTGGTACAGGTGAATTGGGTAGGCTAAATTGTTCGTAGTGTATGAGTGTGAATGAGTGTGTGTGTGGATGTTTCCTAGGGATGGGTTGCGGTTGGAAGGGCATCCGCTACGTAAAAACGTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATACCGCTGTGGCGACCCCGGATTAATAAAGGGACTAAGCCGAAAAGAAAATGAATGAATGAATGTTGTAAATTGTACCTTACACCTTATGTGGGAGTTTGATTGTGATTTGTTTGGAAGTGATTAGTTTCACTTCTTTTTTAATGTAAATTCCCCAAACAGGAAGTGCAACTCATAATTGGTAACACTTTGCAATAAGGTTGTGTTAGTTAATCCATTTACTAACACAAGCAAACAATAAACAATACATTTATTACATTACTTATGTTAGTTATTGTTAGTTAAGGAGAGTACAGTTGTTCATTGTTTGTTCATGCTAATTCTGTGCCTTAACAAATGTTAACAAGCATGAATTTGAACTTTATTAGGGCACTATGATTAATAAATGCTTATTATTCATAATTAGTTAATGTTAGTAAACACAGTTAATTAAACCTTATTGAACAGTGTGACCCCATCATCACGTTTTACCACTCTGCATCTGATATCATAGCTGCTCTCATTCTCATTGGCTGTTGGTGTGTTTGCAG
Seq C2 exon
ATTTGTGATTGGCCGAGAGCGTCCGGGACAGCAGAGTGAAGTGGCGCAGCTCATCAGTCAGACTTTGGAGCAGGAGAAACGTCAGAGAGAGATGATGGAGCAGCAATACGCACAATATGACGCGGATGACGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061304:ENSDART00000138687:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.696
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0059519=PDZ=FE(40.7=100)
A:
NA
C2:
PF0059519=PDZ=PD(4.7=8.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]