HsaINT0130737 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000158528 | PPP1R9A
Description
protein phosphatase 1, regulatory subunit 9A [Source:HGNC Symbol;Acc:14946]
Coordinates
chr7:94791179-94827796:+
Coord C1 exon
chr7:94791179-94791283
Coord A exon
chr7:94791284-94827660
Coord C2 exon
chr7:94827661-94827796
Length
36377 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAT
5' ss Score
8.76
3' ss Seq
CTTTGTTAACCTTTCCACAGATT
3' ss Score
9.91
Exon sequences
Seq C1 exon
AATACAAGTCAATGACCAGATTGTGGAAGTGGATGGAATCAGCTTGGTGGGTGTGACACAGAATTTTGCAGCAACAGTTCTCAGAAACACCAAGGGCAACGTCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTTGTTATTGGGCGGGAAAAACCAGGACAAGTGAGCGAGGTTGCCCAGTTGATAAGCCAGACACTGGAACAGGAGAGGCGCCAGAGAGAGCTGCTGGAACAGCACTATGCCCAGTATGATGCCGACGATGACGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000158528-PPP1R9A:NM_001166160:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.432
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0059519=PDZ=FE(41.2=100)
A:
NA
C2:
PF0059519=PDZ=PD(4.7=8.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)