RnoINT0116454 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000008869 | Ppp1r9a
Description
protein phosphatase 1, regulatory subunit 9A [Source:RGD Symbol;Acc:632280]
Coordinates
chr4:30150491-30159890:+
Coord C1 exon
chr4:30150491-30150595
Coord A exon
chr4:30150596-30159754
Coord C2 exon
chr4:30159755-30159890
Length
9159 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAT
5' ss Score
8.76
3' ss Seq
TTCTGCTAACCTTCCCACAGGTT
3' ss Score
10.43
Exon sequences
Seq C1 exon
GATCCAAGTCAATGACCAGATTGTGGAAGTGGATGGAATCAGCCTGGTGGGGGTCACACAGAATTTCGCTGCAACTGTTCTGCGGAACACCAAGGGCAACGTCAG
Seq A exon
GTAAATCTGAAGCTTTCTAATGAGCAACTTGGTGATGCTGTACTTTTATGGATGTTAATTTCCCTATAAATATTTATAATTACAATAGAAATTTTGTCTGAATATTGAAACAGTGTGAACACCTCTGTTGCTAAGCTGTGTGGTGTACCTTACTGTTAACACAGTAGGAATTGCCACAGAGATGAAATTCCGAGTCGCCACCTCAGTAAATATTAATTTCCTTCTCAAAACCACCTTTTAACAAAACCACCTTTGGAACAATTGAGGCTGAAATGGTTGTCCATGCACCAGAGCATGCATTACTAGACAGGTAGGCTGATTTCAGGCAGTGTGTCGTAAGAATCTGTGCACTGTTTTTAAGAGTCAGCCAACATCTCTCTTTGATGAGTTGTACTTTTTCACTTTAATAGGACAGAGGCTGCAGACCTTGAAATTTCTATCTCTGGTTGTGAAAATTATAACTCTTAAATAGGAAAGCCAGTTTGAGCTAACTGTGGTTCAACTTCCAAATCAGCTTTAATTGATTAGTTTACTTTTTTATTATTTGATTTAGCTTACTTTTTTGAAAGCATTGTAAATGTCTTACAGTTTGCCAGAATCTCATGATCAACACCTTTAGGGGACATTATTTAGTGACTGCAACTGTGAAAACAACGTGGGGCTCTCCTCACCACAGTGAAGCAGCCAATTGCTCTGAGCACTGTCGAAGTGGAAGTGACATTGATGAAAGAAAGGCAGCAAAGTCCTCGTGCAGCATATTTAGTGTGGTCCAAACCTGAGTGCCAGCTTCAACTTTGTCAGTGGGAAAGCAGCCCTTGATGCTGGAGGGATGCTTTGAGGAGCACAACCTAATCAAACACGTGGGCAAGGTCTGGTTCCTACCACACTCAGTCCTCAGAAAGGCAGGTAAAATGGTGTCAGGAGGGTCTGAGAGCTCCTCAGCAGACATGAGGGCTGCTCTTTAGATTCCCTGTGGCATCCATGCAGCACTTCCCCACTCTGCAAGACTTGCTTGGGAGTTTCTCTTTAAACATCAAGACAAACTAGACAGCATGTTAGGTAACTTTTTAAACATGGATTTTTTACTTTTTAACAGTGAAATATAATATAGCAACATGTTTTATTTAGTACTGGGTTACACTCAGAATTCACATCTATAAAATAGTGTTTATATTTATATTTAAACAATCTGGGTTTTGCTTTGAAAAGTCAACACATGCACATACCTGAATTCTTAAAGATACATTTATGTGGAGTCTTTACTGATATATTTATTTGCTAATATGTAGAGAGTTATGTTAGCCTGGCTCCCGACAGGGAAAAGAACAGTACATGTTAGTATGCTGTGGTAAGAGGCAGAAGGCATGGGCGTGTCACTAAGCACTAATATCCACTCGCTTTGCTGAGAACGATGGCCATCAGCTACCAGCACTTCCTCAGTAGCTTTCAGGTAAATATTTTAAGAGCTGATCATTTCAGAGAAAGGCCACACAAGGTACCAAGTGGGCAAAAAAATGAGGTACAGTTTGCAAATCTAAAATCTGTCTGTGCTCTGTGACTCACTAAAATGATGCTTGAGTTTCAGTTCTGCCTCTGTTTGTTTTTCCAACACATAATGGTCACATTTTTACACAAACCAAGAATTGTTTCCATAAGAATCAATGCCTGTAGATTGGCTCAACTTTCCCTCTTTTTATACTTTAAGCTCAGTTGTACATTAAGATTTAAAAATTTAATATTATTTATGTCCCATTTTTGACTAGAGATCAGTTGAATTAGAACTTGTTTCTGAAAGCCAGGCATTTATAAACCATCAGTCTCCATTCACCCTTCCGTGGTGTTCACCATGAGTGTCTAGGAGATTTGCAATTTCCACCTACTTAATTGTAAATGCAATCTTTGCATTGTTTATTTGACAGCTCAACAGAAACTTTATAAAGGAATCAAAGGAATCCTCTGTAATGTAGACATCTAAATGCCAGAGAGTAAAACATGCAAATTTCTTGGCTTCATAACAAATGAAAATAAAAAGAATAACTGGGTTTTTAACCTCTGCTTGTTACATTTTTGCCTGAAGCAGTAGGGAAATAATACATGTTGAAACTTGCTGATGACTTTTTAAAAACACTAAAAGAGACCAGATGAAGATCTTATCCCGGCTGTGATACTCTGAATAAGAAGGCCCCCATAGGCTCCTAGTTTGAATACTTAGTAATTAGGGAGTGGCACTTCTTGAGAGGGGTTAGGAGGTCTGGCTTTGTCAGAGGAAGTGTGTCCCTGCTGGTGTGCTTTGGAAGTTTCCAAAGCCCAAGCCAGTCCTAGTTTCTCTCTCTTCCTGTGGAAGATGCCTGCTAATGTGGATGGAGAACTCTCAGCTCCTTCTCCAGCATTATGTCTGCCTGCACGCTGCCATGCTTCCTGCCATGATAATGGGCTAACCCTCTAGAACTGTAAGGCAGCTTCTACTAATGCTTCCTTGAGGAGCATTGCCTTGGTCATGGCATCTCTTCCCAGCAATGGAACAGAAACTAAGACAAAAGCCATTGCTCAATAGTGAAAGTCCTCAATTTTTACTTCATATTTGAATCAACTTCTCAGTTCTTTACCATTAAATATCAATGCACCTTACCATTCCAGTGTTTTGTGATGCAAAAAGGACAATTTGAAGAGCATTTTTCTTCCTCATAAGCTTTGAATTTGGAGCAGACCAGTTCGCTAACACATGTGCTAGCCTCACTACAGCCGGAAGTGATGTAAAGGAGGTAATGAGATGTGCAGACAAGACTGATGTGTATCACTCAGTTGGTTTATATTTGGAATCTTTAAACTTCAGTTGGAAGTGGGCGTGAAAGCTGGGTTACAGTTCAGTGGCAGTAGGTGCCCAGCCCGCGCGCGTGAATCGCTGTGCATAGTCCCCATTACTGCAGACGAGGAATGAGCTGCTCATGGGATTTATACTTATATATAACTAGTAAAATGAAATAAAAATCTCCTAACATACGTTGGAAAATAAATTATATCATTAAAAACAGTTGAAAAACAATACCACACACCAAGATTAACCCTAGCCGAAGCCCTGTAAATTGTAAAGATCTTCTGTATGCTTAGAACAGTCAGTCAGAACAGAAGCAGTGGAGTGCCACTCTGTATTTTATTCTTGCACTATTAAATATGTTTCATCCATCACCCAAAACGAAAACGAAAAAAATCCATGATGGACTTAGATCTAGAAAAAACATTTAGGTTTATGTCAGTTTTCATAACTCCTTCCATGACCTGCACTCACCCCTTCCCTGATATCTAACTCCTTTAAGTCAGTTATTTTATTCTTCTTCTGTGCTTAACTCAAAATCTGTTTTTAGAACTGTGATTAATGGGACACTGGGCACAGTAAACATGTAAATTCATTCAACCGTGGAGTCATAATCTTCGTCCAAGTTGGCAGTCAGGATCAGACACTCTCAGAACCCCGGATTCTGGAGCTCATTGTAAGGATTTCATAATAGTTACTGTACCTACTGTGCCTAGTTTACGAATATAAATTAAAGCTTAGAAACATTGACATATTTCAAGTCACAGAACCACTCTGGCCTCCATACTTTTGTGGAATTTTTTTTATCAAAGCCATTTTTTAAAATTCTAGATACTTTCAACACTTAAAATGTGCTATTCCAAAATATCCATATCCTTAATCCATAACTGCATGCTAAATTTGATATCTCATGTTGAATTCTGCATTTATTAAGTAGATTATATACACAATCTAATCTTACATATTTATGAGCTCAGTTAACATAGGCAGAAGCATGTAGAGAGGTTATCTGAGTGTTACATCTTTTTTTCTACAAGTCGATCTTCTTGTGATTTTAGGGATCACCATCCTCTTTTGTGTGTGATGTAGTTTAGTCTTGATCACTCCTTCAGACACATAAGATTAGACACTAATTTTCACATAAAGACAATGAGGCAAAGGGACGACGTTGTTTCCACTTCTGCATGGTTTTACTCTGGGTCATACTTAAAAGAGTGGTGACCTCTTAACACAAATGTCTACCATTAACGCTTCATGGTACTTCAGACTTCAAAGATGTGTATAACCACGGCCCTTTACCGTGGCTCAGAAAAGCTGCCTAAATGAACAGGCATGTGTAGTTTAACACATTTAAAAGTAAAACTACTTTATGAGATCAATTATCTGTCTTAGGTGATTCCAAATCATTTCCATTTCATTAAACCTTAAGGTGATTCTTCATCTAAACTATCAATAGGCAAATGGTGCATTATGGTAAATTATGTGAATGAATTCAGAAAGCTATGCTGGTTAGCAACAGTATCCTTAGGATTTACAGTGCAACGTTCTTGTAAAGTGTGGGGTGGTCTTTATTTCCTATGAAATTTTTATAGTGCATGACTCTTTCACATCAGCTTTTTCATAAATAAGTCAGGTTAGAAGTAGTGGTGATTTTTTTTTTAAAGATAGAAACATCATATTAGAGTTTTGAATTATATTTTGTGATTACCTAATTCATTACTGTAATAGATTCTGTTTAGACTTTGGATATTTTTACAATTTCCATGCAAAATATCTCACAAGATTTTATTAAGACCTTCATTCATTTTTTAGAATTATCAGCAACGATTCAGATATTTGACCAGAAGACAAGGTCTGAATCTCTTTTTCTCAGTTAAGTACATTGAGGAAATTTCCTAAGAAAACATTTCTTCAGTTTTAGTAAACACTCTTACACCTCAAGATCTGACCATGTAATTTTCAAAGGAAGGTAAAGAATTCTTGGCTTAAATGAGGGAAAAGTCCACATGGCCCCACCCCTAGGTAAGGCACTTGAGGCAGCCTCTAGTTACTGAGGAAGGAAAAATAAATTTTCTCTAGGAACACGACCCCTAATGGATTTTCCAAGCCTACATGACCAAGCATAGTTAGACTCAGTAGATGTAGGTTTGAGTGTGTGTGTGTCTGTGTATGATTTTGTGTGGTGTGT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Seq C2 exon
GTTTGTTATTGGACGAGAAAAACCAGGACAAGTGAGTGAGGTTGCCCAGTTGATCAGCCAGACCCTGGAACAAGAGAGGAGACAGAGGGAGCTGCTCGAACGCCACTACGCCCAGTATGATGCTGACGACGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000008869:ENSRNOT00000011756:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.372
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0059519=PDZ=FE(41.2=100)
A:
NA
C2:
PF0059519=PDZ=PD(4.7=8.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]