GgaINT0098060 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009686 | PPP1R9A
Description
NA
Coordinates
chr2:23751845-23766433:+
Coord C1 exon
chr2:23751845-23751949
Coord A exon
chr2:23751950-23766297
Coord C2 exon
chr2:23766298-23766433
Length
14348 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TTCAATGGTGTCTTGTCTAGGTT
3' ss Score
9.45
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTTGTAATTGGCCGAGAAAAACCAGGCCAAGTGAGCGAGGTTGCGCAGCTGATTAGCCAAACTCTGGAACAAGAACGCCGCCAGAGAGAGCTCCTGGAGCAGCATTATGCACAGTACGATGCAGATGATGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009686:ENSGALT00000015764:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.028 A=NA C2=0.457
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0059519=PDZ=FE(41.2=100)
A:
NA
C2:
PF0059519=PDZ=PD(4.7=8.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]