BtaINT0123485 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000044062 | RBMS3
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13427]
Coordinates
chr22:4537023-4559757:+
Coord C1 exon
chr22:4537023-4537129
Coord A exon
chr22:4537130-4559710
Coord C2 exon
chr22:4559711-4559757
Length
22581 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
TTCTTCCCCCCATTATACAGGCT
3' ss Score
7.37
Exon sequences
Seq C1 exon
CCCCTAGTGAGCCATTACTGTGCAAATTCGCTGATGGAGGACAAAAGAAGCGACAGAATCAAAGTAAATACACCCAGAATGGAAGGCCTTGGCCCAGGGAAGGAGAG
Seq A exon
GTGAGTCCTGACTGACCCTTGCTCAGAAACGTGGCCACAGACATCCCTCAGAAGGCTGGCAAGACAGACATACGGGGCCATGAAGAAACCAGGTCCCGTAGAAAACCAGATGGCTTCACAGGGGGCAAATGAGCAGACCTATATTGATTCAACCAGAACATGATTAGTGAAGGAGAATAGGACTTCCAGACTGACCCTAGTTCTGCACTGTCGTTAAATCCTCTTTCAACAAATGTGAAACCAATAGACATCAGTAGTTCCTGAAAGACTTAGCCACAAAGAATTGCTCCATGATTGTGTCATAGTTGTAAAATAAGGGTATGATTACTTAAGGAAATACTTTCAGTGATATCAACAGTGAGAGTTACATATTTGTGTTTGAAAGAAAATGAAGTTGGATTTATTTCATCCTACCATTAAGATGTTCTAGTTTTATTTATACATGTACTTAGAGCATGCCCAAATGTTCATACATGTGAGGATCTGTTTTTTATATGTACACATCAACATAAAATGTGACATTTTCTGTCGGTCAAGGAGAAAGAAAAGCTGGTACATACAGGGTTCTACTTTTCACAACAAGGAGAAGAGCATTCAACAGTTAATTACCCATTTAGTCTCCTAACACAAAACAGGAGAAAAGCAAGCTTATGGCTCCAATGCCACTTGGGGATGATTCCCTTTGGTTATTTTTGTTATAAGAAGACAAGGAGAATATGTCGGGGCTTCTAAGAGGTCTTTTTCTTCTTTGTGAAATAGAATGGAGTTGTTTGAATGCCTTGAATAAATGCCACTTTATACTAAGCCCATCATTTCAACAGAAGAGCTTTATTTAGTATTTCTATTCAAAGCATCTACTTCATCCGTTTAGGTGGCATCCTACTTGGTGCAGCGTTTTGCACTTTCAATACTGAGATTACAGTTGTAAGGAAAGAAAAGAGGCGAGTTTTTTTACTCAGCAAAAACTTTAGCCGCTTTTCAGTTTCTAAAACTGTAGTCTGTTTTGAGTATTTCCATGTAGATCTCAAAGCCCCTTGTAAAGTAGGTAGCTAGGTTCAGATACTATGCAATCTGTAATTCATTACCTTAAAAAGAGAATGGCCATGGAGCACTTGAAGCTAATAAAAAGCGGGGGGTGGCGGGGGGGGGTTCAGTACTTTAATTTGAGAAAGACAGTCTATGCTATGTCAAAAGAGAAGAGGCGGGGTGTGGCCATGTGCTTTTAGTGGGCAGTTTGTGATCAGCAGGTAGCCCCGCTGCTCCCAGAAGACAGCTGATCTATGATAGCGTTTTTTCACATTGGTCCCGTGTCAATCATCCATGGTCTCGAAGGACTCATTTGATCTTTCAAAATTTACTTGAGTCAAATGCTTGCTGATTAGAGATTTCTGGATCACAGACCATAACCCCAAAGCATCAATTTTTAACTAGATAACTTAGCACTGATGACTGGAATTACAGTTCCTGTATTATTACATTTACTGAATAGATGGCAGTTGTGGCAGGACTCCTCACTTGAGTCTACACTTCTTAGAAACCAAACCAATAAACGTAAAAGAAATATAACAAAGAACCCTCTCTGCTACTCTGTACAGAATCCAGGGCACTGGGTTCAGACATGACAAAGACCACATGTGCTGTGATTGCCAGGGAAGCACTGTGGGGTCAAGTTTAGGATCCAGAGCACTTATAATTTAAATGTAGGTTTTAAAGGTATATTCCTAATATTCATTTTCTGAAGTTGTTTTTTAAGAGCTACAGGTCTTCTTGAATGTGAGAATCAAGGACCATCATAAATATATCTGTGATGAATAGAAGCATATTCCAAGTATGTAGAGACATTCAGAGGCAAGAAATCAGAAAAAAAAATGGCATGAACTAAAATTACACTTATCAGATATTTTGGTTTTGAGATAAGTGTTTTAATTTTTATACCATGACTATGGTCTTAGAAGTAGATACACCAAAAATATTGGGTTACTTTGCCCATTATTATGTTAATATGTATTTTTTCTTGTATTTCCCCTTGGCATTGTACTTGCTAGAGTAAAAGATGTGTGTATGTAAGTATGGTGTGTAAGGTATGACATCATGCAAGTTAATCCTGTGTAAGCAATATTTAATCATTTCTTAGAAAGCTATCCATTCTAATTATTGTATTTCATTGTTTCTAAGACACACATTTTTGTTGTTGTTTTCCATGTTTTAAAGCTGCTGAAAGCTCTTATTAGACCTTATTGTAGTATTACAAAACAGTTGCATTTGCTCCTGTTAGTCACCTGGGGGGTACTACCTGCATTCTCTGCTTTCGGTCTTTGACCACATAGATGGTATCAACTGAAAGTGTAACCAAAGCAAGGATGTGGGTCAGATTCTTGGGGGAGATTTTTTTTTATTTGCTTCCTTCCCTCATCCAAATTGAGACATGCATCTTCCCTTGAAGTCCATTTCTGGTGGGCAGTTTTGTTTCTCATTTGTCTTGTAGCCCTTGTAGTCTCCAGCTTTATAAGGAGATCATTTTGGGTGTTTGTTTCTGCTTGTTTGTGTTATTGTGTAAAATAATGGTTGCCTTAGAATCCACCTGCAAAGAGAGAGAACCCAGGGAGACCTGGGTTCAATCCCTGGGTTGGGAAGACCCCCAGAGAAGGGAATGGATACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAAGTGGACAGAGCCATGGACAGAGGAGCAGAGTCAGACGCAACTGAACAACTAACGTTAACACTAGATAAAATTAAAAAATTATAATGTAGGTCCTGATTTTTGAGGCCCTGAGATCATAGTGCAGATTGAGGCTGCTGTTTACTTGTCCTGTCTGTACAGTCAGGTAAAAAATGACAGTGTGAGAAGGATTTCTGAGCCAATGCTTCAAACACAAAACCAGTGGATTGCAAGGAACTTCAAAGTGCCTTAAACATGACAATTGATAGGCTAATTAAACTTTTCATTTATGATTTAAAGCTGTTTTATTCTGGGTGGCATTTTGATAACAGTTATTTTGGCATAGTTTGATGAAATGCTAATACTGAACCCATCATACACATTAATTAATGTAAATTAGCCAGGTTTTGAAATATAGGTACATGCTGGTGGACCTATTTTTGCATAAGTGAAAAACACTGAAATATTTGAAAGTTATGAACTAACCTCTCAAGTGACACCCAAAGCTGGAGCAGAAGGGTCGGGAGTGGGGCTGTGAGCCTTCTCTTTCCAAGGGCTCAAACGGTCTTACCATTTTCTAACACTGATTTCACTTTATTTATTTGTGGCTGCACGGGGTCTTTGCTGCTGCACATGGGCTTTGTCTAGTTGCAGTGCTTGGGCTTCTTGTGGGCGCTGCTCTTGTTGCAGAGCACGGGCTCCAGAGGGTGGGCCCAGGAGTCGTGGCGTGCAGTCTTAGTTGGCCTGCAGCATGTGGGATCTTCCTGGACCGAGGATTGAATCCCTGTCCCCCCCATTGGCAGCAGACTCTTAACTACTGGACCAAAAAGACCACCATAACAAATAGGTGATCAGTGATTTTTGATATGATTATTGTGATTGTTTTGGGGCACCATGAACTGTGCCCACATAAGACAGTGAACTTAATCTATAAATATGTGTGTTCAGACTGCTCCACTGACCAGCCATTTCCCTGTCTGTGTCCTCTCCTGGGGCCTCCCTGTTCCCTTAGACACAGCAACACTGAAATTAGGCCAATTAACGGCCTCTATGTGTTCAAGCATCCCATGTCCCTCACTTTAAATCAAAAGCTAGAAAAAAAAAATTAAGTTTAATGAGGAAGGCATATTTAAAGCCCAGAGAAATGGAAAGTTAGACCTTTTGTGCCAAACAGTTAGCCAAGTATTGACCACAAAGGGAAAATTCTTCAAGGAAATTGTAGTGCTACTTCAGTGAACACATGGATGATGAAACACATGAAAAGCAACCTGTCTTATTGCTCACATGCAGAAAGTTTTAGTAGTCTGGATAGAAGATCAAGCCAGACACAACATTCCCTTAGGCCAATACCTAATCCAGAGCCAGGCCCTAACTCTCCTCAGTTCTAAGAAGACCGAGAGAGGTGAGGAAGCTGCAGAAGAAAAGTCTAAAGTAAGCATAGGCTGGTTCATGATGCTAGTTTAAAGAAAAAAAGAAGAAGCTGTCTCTGGCTAAGATAATTCATGAATATTGCTGCACTAAACAACAGATTTTCAGTGTAGACACAACAGTCTGCTATTGAAAGAGGCTGCCATCTAGGACTTTTCATAGCTGGAGAAGAGAAGTCAGTTCCTGGCTCCAAAAGACAGGCTGACTCTCTCTTGTTAGGGGCTAATGAAGCTGGTAATATGGAGTTGAAGCCAAAGTATCCAAGGCTGGATACTACAGATGTGCTGGAGACATACAGACAGATTCCCTACCCTCTGGTAACCTAAAATGGCAAAGTAGGAGGTTCAAAGTAGAATCGAATATCATTTAGTGTTTCAGAAATAAAACCACTCACTGTAACTGGCTTCATACTTATAAACAGGTTAAGAAAACCAAAGCCAAATAACAACAAAAACAAACAAAAAACTAACAAGAACAGTAGTCACTAGAGTATCAACTCACATCTGTCTTGTTGCTAACCATTAACTATTCGTTTGATTGACTGACTATTTTTTCAGGGTAAGTAGCTGAGCAATTGATTTGTATGCATTTAAATCCCCCATATCTCCCCAGAGTTGGAAAGCTCTACCTTGTCACCTGTCTAGCGGATGCATCCATGTCCTTGGATGTTGGGTGGCTCAGAGAGAATAAAGTTAAGAGAAGTAACTTAAGCTTTGGAGTGTTATTTAACAAAATTTCAGTCCCTCTGTAACATACCCATTTAAAATAACAACTCTTCCTAAATTTTAAGGAATCATGGGTGTCAACATCTGTGATGTGCTCAGAATTGTTTGCTTTAGATCATAATTTACCAGGCATAATACTTGAGTGACTAAAGGGCCAAGCTCTGGC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Seq C2 exon
GCTGGCATGGCCCTGACCTATGACCCCACAGCTGCCATACAGAATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000044062:ENSBTAT00000061510:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.806 A=NA C2=0.188
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]