RnoINT0125340 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000025881 | Rbms3
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein 3 [Source:RGD Symbol;Acc:1588240]
Coordinates
chr8:124956144-124975111:-
Coord C1 exon
chr8:124975005-124975111
Coord A exon
chr8:124956191-124975004
Coord C2 exon
chr8:124956144-124956190
Length
18814 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
TCTTCTCCTCTTCTATGCAGGCT
3' ss Score
9.39
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTGGCATGGCTCTGACCTATGACCCCACAGCTGCCCTACAGAATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000025881:ENSRNOT00000036642:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.907 A=NA C2=0.281
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]