Special

MmuINT0132964 @ mm9

Intron Retention

Gene
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2444477]
Coordinates
chr9:116604938-116628540:-
Coord C1 exon
chr9:116628434-116628540
Coord A exon
chr9:116604985-116628433
Coord C2 exon
chr9:116604938-116604984
Length
23449 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
CTTCTTCTATTTCTATACAGGCT
3' ss Score
9.52
Exon sequences
Seq C1 exon
CCCCCAGTGAGCCTTTGCTGTGCAAGTTTGCTGACGGAGGACAGAAGAAGAGACAGGGTCAGAGCAAGCACACCCAGAACGGGAGGCCATGGCCCAGAGAAGGAGAG
Seq A exon
GTGAGTCCTGAGAACGGCTCAGGAACTGGATGACGGTCCTCCCTACGAAGGTGGCAAAGCAGTTGTTTGGAGCCACGCAAAGAATCAAGTCCCCAGTCAGGGAGATGATTCAGTGGTTAAGAGTATTTGCTGTGGAAGCGTGGGACCTGAGTTTGGATCCCCAGAACGTATGAAAAATGGTGGTCATAGCCATATAAGTCTGTAATTCCCACAGTCAGGTTTGGGGGCATTTGGAGCTAGGATTGCTGGCTGACCACCTGACTCTAGGGTCATGAGAGACCCTGTTCAAGGGGTAGAGCAGGACACATAATGTCCTCCTCAAATACACGTGAAGAACATGCACAGTCGTGGGTATACAGGATACTGATATGACTCCAACCCCCATACACACTTAGATCTCACGGGAAACCAAATGTCCAGAGTCAGACAGGTTTTAATGCCTTCATGTGTAGAGAAGAGAATGGCATTCTGTTGAGAAGAACAACGAACTTGAAAATCGGCATCAAGGGAGCTGGAGATGTAGCTCGTGTGGTCAGGTGGTAGAACATGGCTCTTCTGTGCTAGAAACTTGGCTTTGATCCCTAGCATCCCATAACACAAACCAGAAACCAACCCCAGTAGTTTGAATTCAAAGGCAGGGGGATCAGATGTTCAAGGTCATCTTTGGGTATATTGTTAGTTTGCTTGAAATTAGAGCCAGTCTCAAAAAAAAAAAAAAGGCTTCCAAGTGTCTACAGAAATATGAAAGGAATTCATAATAAGACAAATACAAATGGCTGGTTGACATTTCTCCTTTAAAATAAATTTTATCAGGAGGGCTTTCTGACTAGTTACCCTCATGTCTGTCATGGCTGGAGTACAGGGAGGGAGCTGAAGGAGTCGGAGAGCTATCAGGCAGCAAAGGGAATGTATAGCTGGTGGGAAGTCCCACTCTAGGGTATGTAAGGTGGCTCTCCCTGACTGACAAGGAGGGGAGGAAGGCAGGCACTCAGGGAAGAGGGTAAGCTTCTCTTTCATCTGCAGGAAGTGGGGTGGGGGAGGCCAGCGTGCTTTCCCCTGTGGAGATGTGTGTGCCTTCACCTGCACAGCAGGGTTTGTCAGCTGCAGGGCATGGGAAGGAGGAGCAAGTGGTCGGTTCCTGGGAGAGAGGGGATCTGTGATCTCCTCACCACAAGTAATTGATCAGTAATTACATAGTGGTTATGACATGCAGGGACAGTTATTTAAGGAAACACTTTCAGTGTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTCTTTCTTTCTTTTTTGTTTTGTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTGTGAGAATCAGTGTTTGCATTCTGAAAAGGGCAAGAATTTAGGTTGCTTTTACCCTGTCATGGTGGTTGCTCTCTTAGTTTCTTTTCCTATTTCTGTGTAAAAAAGACAGACAGACAGACAGATAGACAGACAGAGATTGAGATATATCCTGGCAACTTAATGGAGAGTTTATTTGGGTTCAGAGTCCATCATGGTGGGGAAGTCATGGTAACCAGCCAGTCACATGACATCCACTGTTAGGAGGAAGAGACTTCTAGATGCATGCTAGTGCTCAGGTCCATTTTTTTTAACAGTTCAGGATCTGCTGCCTAGGGAATGATATTGCCCACAGTGGGCTTGTCTGTCCACCTCAATTAATATAATCAAGATAATCCCCACAAACAGGCCCAGAGGATCTGTTTGTAGCTTGGGTCAAATTGATAACACTAACCATCATATTGGTATATAGAGACATGCATGAACATCCATGCCCATGCCCATGTGTTCATGAGTGTGTTGGTGTGATATTTAAAAAAGATGCCAGTTTAATATATATATACATATACATATATATAGTATATATACATATACATATACTTTTAGCTAGAAAGGAGGAAGAAAAGCTGGTACAAAGTCATAAGAAAGGCAAAAGACAAAACCAAAAAGCATTTCCCATTAGCCATATACTTTTCCTCATAATACAAACTGACAGTGAGTTGTGTCTCTATACCTTATGGGCTTGGGAATTAATGCTCTTGGTTATTTATTTTTGTAAAATAACAAGGAAAAGGTACCTAGGCTTTTGTAGTTTTTTTTTCAGTTTTGAGGAAATGTGATACAGCTGTTTGAATTATTAAATAAGTGACATTCTGTGCCAAAGCCATAATTTCAACAGGGGAGTTTTAGTATTTCTGTCCCAAGCACCTGTTTTGTCCATTTGTCATTTAAGAAGCATCATAATTATGTGCCATCATATTCTCTGAACACCAGGAGAGCTGTTTTAAGAAAGAAAGGAAGCTGGGAGATTGTCAGGAAATGCTTTAGCCATTTTCTATTTTCTGAGTCTGTTTTGAGTGTTTCTGTAAGTGTCTGAAAACCCCTCTAGAATTGCAAAGCTGTAGTCAAGCACTGTATAATGTATATCATTATAGTAAGAAGTATATAACATAAAACCAGAATAATCATTGAGTATCGGAAGCCAATGGAAAAAAATGCAAGAGTGTTCATATTTTCTGTGAGAAAGTAAGCTGAGATTGTATGTGTTTTAATGAGGGCATGGGGGTGACCTGTGTCTTGGGGATTGAGTTTAATGCATCAGCAGAGAGTCTTACAGCCACAGCATCATTGCATTTGTCCCATACAAAGCATTCATAGGCTAAGAAGACTCATTTGACCTTAAAATTTGATTAGTCAAAATGCTTGTTAATTACAGATATCTTTGCACCACATACTACAACCCCAGTTCTGTGAGTTCAGGAAGAAACGTGGCTCTAATGACAAAATTTGTCTCACGGGGAAGAATCTGTAATATTTTCCTCAGGTCACGAAGAGGAAGTGATAGGAAGATCACATATTTTGATATCCATGTAAAAACCACAAAACCCAAGGAAACAAACCAGCTCTTGGCGCAGAGGGAAATAGAGATTGTTAATTTGGGGACAACTATAAGTGACTGTGGCCAGGGAACACACATACTGATGACCTCACATGTCATGTCTCAGTGTAACAACCACAGAGCTTCAATAGCAGAACAATTAGAGGTATAAATCAAGGTACTTAAAAAATATATTGTAGAACATGAGCTTGGTGAACGGCAGCAATGCAGGAAGCTTTGCTATGGGTCCCAGGTGCTCTCAGGTGGCATCCTTAGGCTCTGCTGTGGGGGAATCTAGAGGCTCTGCTTATATAGCCCCAAAAAGTTTTACCTCATGGGTGGGGGTAAATAAAGTCCAAGGGAACCTGACCTTCAACCTGCCACATCCGTTCTCTTCCTAATCATGTGTGGGTTCTCCCCTACCACCACTGGCAACTTCAGTTCATCAGAAATTAAATGGACGAATGTAAAATCAATATAGAGCTGCCACATGCTACTTTACACAGAAGTAGGACTCAGGGGACAGTACATTATAGCTACTACAGTGCAAGAGCACTGCCAGGTCGAGCTTATGACCCAATGGCCCCTAGATTGTGTTTTCAGTGTTTTGAATTTTAAGTTGCTTTGATTGTTTTCAATTAATCTATGAAAACTTCACACACCCAGATCAGTGGACAGGCCTAGGGACATGGCTCAGAAATGAGCTCCTTTCCATCCTAACCTGAGGCCCAGAGCTCAGATCCATAAAAATAACAGGTGGCATGGTGACCCACCTGTAACTCTATCCTGAAGATATAGCTAGGGATTCTCTAGAAAAACTGGCTAAGGAAACTGGACATCTCATGAGCTCTGAGCATTTCTGAGCAACTTTATCTCAAGGAATATGTGGAAGAGCAATCGGGGTTGATTTCAAGTGTTAGGCTCAAAACGCCATGTGGATATTCATGGCATAGATGTACAGAGGTGCAAATACACATATACACACAACACACTCATAGAAAAACACATACTATGCACACCACACACCCATGAAAATAAAAACCACACATACACACACCACACACACATAAAAACACACACATACCCACACCACACACATGAAAAATACACACACAAACATACACCTTACATACGTGAAAAAATGACACACATCACACACACATGAAAATAAATACATACACATAACACACACATGAAAAACACACAGATACACACACCATACACACATGAGAAAACACACACATACACTACATATAGATACTATATACACATGAAAAAACACACACATACACACACCACACACATGAAAAATAGACAGATACACACACCATACATACATGAGAAAACACACACATACATACCACATATAGATACCATACACACATGAAAACACACAGCCATATACACATACCACACACATGAGAAAACACACACATACACATACTTCCCACACATGAAAAACACACATACACGTACACCACACACATGAGAATAATAGCAGACCACCTAGTCCAACATTCTATAATGCTATTCCGAGTCTTTCTTGCATTATGTTTATTAGAGTACAGTTCACAAATAAGGACCATACAATGATATATAGACTAACTTGTAGACAGAGGTTTTATTAGTGTTTTCTTTTTCATATTTTACACTTCCAGACTGATTATCCTCAAAACCAGTAACATTCTCAAAATAAGTTTCATGTACTCCTGTTTGTCACTGTTTGTCACCTGCGACGCTACCTGCATTCTCTGCTTCAGGTCTTCGACCACCCTGGATGCCTGTACAAAAAACAACCGAAGTGAAGATTCTGGGCTGAGACATTAGGGAAGAATCTTGGCTATTTTCTTCCTCTATTCAGTCTCAGGACTAAGAGGTGTAACTCTCTCCAGATCCTTGTCTGATGGGTAATGTGTCCATTCGTTCTCATGCTGCTGTGACAGACGCTTGAAAAGGTGACTTAAGAGAGGAAGGGCTCAGTCTGGTAACATTCAAGAATACAGTCCATCATAGCGGAGAAGGCATGGCAGGAGGAGCATGAGGCAACTGCTCACACGGAGTCAGGCTTCAGTCTAGAGGTCGAGATGAGAGATGAATGCTGTGCTC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Seq C2 exon
GCTGGCATGGCTCTGACCTATGACCCCACAGCTGCCCTACAGAACGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000039607-Rbms3:NM_001172126:7
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.912 A=NA C2=0.219
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
([1])
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types