GgaINT0092983 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011439 | RBMS3
Description
NA
Coordinates
chr2:39520481-39530196:+
Coord C1 exon
chr2:39520481-39520587
Coord A exon
chr2:39520588-39530149
Coord C2 exon
chr2:39530150-39530196
Length
9562 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TCTTCCCTAACTATGTGCAGGCT
3' ss Score
5.74
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTGGCATGGCTTTGACTTATGATCCAACAGCTGCTATACAGAATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011439:ENSGALT00000018654:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.759 A=NA C2=0.208
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]