HsaINT0138689 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000144642 | RBMS3
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:13427]
Coordinates
chr3:29910349-29925699:+
Coord C1 exon
chr3:29910349-29910455
Coord A exon
chr3:29910456-29925652
Coord C2 exon
chr3:29925653-29925699
Length
15197 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
CCTCTTCATCCTATATACAGGCT
3' ss Score
7.61
Exon sequences
Seq C1 exon
CCCCCAGTGAGCCTTTGCTGTGCAAATTCGCTGATGGAGGACAAAAGAAGCGACAGAATCAAAGCAAATATACCCAGAATGGGAGGCCTTGGCCCAGGGAAGGAGAG
Seq A exon
GTGAGTCCTGACTGATAACATTTGCTCTGAAATTTGGCAGTAGATATCCCTCAGAAGGTGGCAAGGCAGACGTATGGTGCCATGATGAAATTGGGTCCCATGGAACACCCAATGTCTTCAAAGGGGCAAATGAGCAGACCCATGTTAATGTGTTCTAGATGAAATTATTGAGGAGTAGAGGATTTCAAATTTAACCTCAGTTCTGCACTACAGCAAGTCTTCTGTCTTTAACCAAACTCAAACCTGAAAGGAACTCACTGAAATACTTATCTACAAAGAATTGATTTCTATTTGTGTAATAGCTATAAAATGAGGGTATAATTACTTAACAAAATATTTTCAGTGAAATCAATAGGGAAAGTTGAATGTTTGTGTTTTGAAACAGGCAGACAAAATTTGGCTGTTTTTCATTCTGTTATTGAGATGATTTACTTGCACATGTATGTATATTTATGCATATTCCCATATGTTCATAAATGTTTTGATATCTGTTTATATATGTATATACACACACACACACACATATATAAAATAAGATATTGTCTTGGTCAAAAAAGAGGGAGAAAAGTTGATACATACAGCATTTTGCTTTTCACAAGGAGAAGGAAAAGCACTGAACAGCTCACTATCCATTTACCCTCAATACAAACTGGTAAAAAAGCCAGTTTATGGATCCAGTGCCACTTAGGAATGGGTTCTTTTTGTTACTTTTTTGTAAGAAGACAAGGAAAAGGTGACTGAGCTTCCATGAGGTCTTTTCATTATTTGTGAAATGGAATAGAGTTGTTTGAATGACTTGAAAAAATGCTATTTTGTACCAAGGCCATACTTTCAAGAGAAGAGCTTTATTTAGTATTTCATTCAAAGCACCTACTTCATCCATTTATCATTTAAGAAGCATTGTACTTGATGTAGCATTTTACACTTTCAATACTGACAGAACAGTGGTAAAGAAGAAAGGAAGCTGGAATTTTTCTCAGCAAATCCTTTAGCCTTTTTTCAGTTTCTGTTTCTAAGACCATTGTTTGCTTTGAGTGTTTCCATGCAGGTCTCAAAACCCCTCTTAAAGGTTATAGTTATGTTCAAGTACTATATAAACTGTAACTCATTACATTAAGACATGAAAAACAGAATCATCACTGAGCATCAAAAGCTAATAAAAAAGATAAAGAGTTTTAATATTCTCAACTTTAGAAAGGCAGTGGGTATTACGTTCTAAAAAGGAGGTGGAGGGGGTGATCCATGTGTTTTTAGCATGGAGTCCAGTGCATCAGCAGATAACCCTATTGGCCTCAGAAGACAACTGATGCCTGATAGCACTCATTATCACATGTCCCCTACCAAACACCCATTATCTAAAAAGACTCATTTGACATTTTAAAATTTGGTTGGATAAAATGCCTGCTGATTAGAGATATCTTTGGGTCACAGACTATCATCACAAAGCCCCAAGACTCAATTAGCAACTTGGCATTAATGACAGAAGATTCAGTTTCTGTCTCCTTAAGGAACTATAATATTACCTTCATACAATAGATGGCAATTGCAGCAAGACACTTCCTCTCACTGTACATTTCTTGAAAATGGAATCAATAAAGACAAAATGTAGAGAGTTACAGCTGCCACCTGGCTACTGTATATAGAATCTAAGACTTTGCTTCAAAGCATGAAAAATGCTATATGTACTATGATGTGGAAGCACTGTGGAGTTGAGTTTAGGACCCAGAGCACCTTATAATTTAAACGTAGGTTTTAAAGGTATATTCCTAATCTTTGTTTTCAAAAGTTGATTTTTAAGAGCTATAAATTTTCCTGTTGATCTATGAAAATCAAGGGACCATGATAAAATTTATCTGTGACCAATAAAATATATTTCAAATATATATACACATTGAGAGAAGATAGATTAGGCAGAGAGATAGCATGCCCTAGAAATATGCTTATCAAATTTTTTGGTTTGGGGATGCACATATTAATTTGTACACTTTGATTGTGGTCTTAGAAGTAAATACCCAAAGAATGTTGGATAACTGTGTGCCCATCACTTTATATTTTTTGCTTCCATTTCCCCCTTGCATTTTACTTGCTAAAGTATATTAGCAAGTTGATAAAGTTGTCATGATACACATTAATCCTATATAAGCAATATTTAATTAATTTTATATGCCAGGAAATTCTGGTTACTGTATTTGATTCTAAGACACATGTTTTTGTTGTTGCTGTTTTCCACACTTTAAAGCTTCTGAAATTGGTTCTCTTAGACTAAGTGGTATTTTACAAGATAATATGCATTTTCTCCTGTTAATCACTTGAGGGCACTACCTACATTGTCGGGTTAAGGTCTTTGACCACACTGGTTTCATAAATAAAAGCACTAACCAAAGCCAGGATCTGGGTCAGATTCTTAAGGGAGGGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGACCCCTTCCTTCATTCAGTGTCATGACTGAGACAAGTAACTTTCTTTGGTGTCTGTTTTTAATGTGTAGTTTTGTTTTTCATTTACCATTATACTAAGGTTGGCAAACCAACTTTATAAAGAGATCATTTGGGGTGTTTGTTTTTGCTTGTTTGTTTGTTTTGATATATGAAACAATGGTACACCTTTGAATCCTTTTCTTAGATAAAATGAAAGATGGTAGTTTAGATTATGCTGCTGTGGAATTGAAGATAATAGCACAGACTGAGGCTAATGTTTACTTTTCCTCTCTCCTAAAAGATGAGTAAAAATGGTCATGTGAAAGGGATTTCTGACGAAATTCTTAGGATACAAAACCAATAGATTACAAGTATTTTAGAAGTACCATGCGCATGCCAATTGATAGACTAATTAAAATTTTAATTTACTGTTTAAAGCTGTTTTTTCCTCATGGCATTTTGATAAAAATTTTATTAGCAAAGTTTGGCTAAATGCACTTCTTTATGAAAAAATCTAATACAGAAAACTTCATACACAGAAATTAGTATAAATTAGCAAGATTTTGAAATATAAATATATGCTAGTGGCCATGTTCTACATAAGTGAAAAATGCAGGAATATTTTAAAATTATTAACTAATCTTTCAAGAGACAATTGGAACTCTGAATAAAATGATCGAGGGATGGGGGCTATTAGGCTCTTCTTCCTTGGTGTTCTACAGTTCTTATTGTTTTATTTCCTTAAGTAGCTGTTCTCAAACTCTTGGTCTCTGGATCCCTTTATACTCTTAAAAATTATTACTTACAACAAAATAAATAATAACAGAAATTAACTCATCATGTGCTAATAAAAACAGTATATTTTATTAAAATATATTTTTTAAAACAAAGGCAATTTTTTGAGAAAAGTGGTGGACTTTTCTATTTTTACAAATCGCTTTAATGTCTGGCTCAGTAAAAAATGGCCAGATTTGTGCATGTACTTCAGCATTCTCTCTTTTTCTATACTCTGTCTTGCTTTAAACATGTAGAGAAAAATCTACCTTCATCTAGATAAGTCATTTAAAAAGGGAGAACCCTATAGATCTTCTAATACGATCTTAGGAATTCTTGGTCTTCAGGCCACACTTTGAGAACCACTGTCCTAAAGAAGCTGAAGCCAAGGGCAAGGCTGATGTTCACTTCCATATACTAGAAGGACCATGCAACTTGTTGGTATATTAAAATATATCTTATCATTTGGTAAATAGACACTGCCCCTAGGCCATCAGTGCAACTCCACTTCCCCTTCCTCCCCGGTGCCTCCTCCAGGAGCATCATGATCCAGCAAGAATGGGGTACTGGCTGGCACAGCAGGATTTTTATACATGATGTAAGGGAGGGGTCCAGCTTCAATTTTCTGCATATGGTGAGCCAGTTATCCCAACACCATTTATTGAATAGGGGGTCTTTTCCCCATTGCTTTTGTCAGTTTTGTTGAAGATCAAATAGTCATAGGTATGCAACCTTGTTTCTGGGCTCTCTATTCTGTTCCGTTGGTCTATGTGCCTATGTGTTTTTGTAGCAGCACCATGCTCTTTTGGTTACTATAGCCCCGTGGTATAGTTTGAAGTCAGGTAACATGATGCCTCCAACTTTGTTCTTTCTGCTTAGGATTGCCTTGGCTATTCAGGCTCTTTTTTTGTTCCATATGAATTTTAAAATAGTTTTTTTCTAGTTCTGTGAATAATGTCATTAGTAGTTTGATAGGAATAGCATTGAAATTGCTTTGGGCAGTATGACCATTTTAATGATATTGAGTCTTCCTATCCATGAATATGGGATATTTTTCTATCTGTTTGTGTCTTCTGTGATTTCTTTGCATAGTGTTTTGTAATTCTCATCATAGAGACCTTTCACCTCCCTAGTTAGCTGTATTTCTAGGTATTTTATTCTTTTTGTGGCAATCGTGAATGGGATTGCCTTCCTGATTTGGCTCTCGACTTGGCTGCAGTTGGTCTATAGGAATGCTAGTGATTTTTGTACGTTGATTTTGTATCCTGAAACTCTGCTGAGGTTGTTTATCAGCTGAAGGAGCTTTTGGGCTGAGACTATGGGATTTTTTTAGATGTAGAATCATGTTGTCTGCAAACAGGGATAGTTTGACTTATCTTCCTATTTGGATGCCCTTTATTTCTTTCTCTTGCCTGATTGCTCTGGCTAGGACTTCCAATACTGTGTTGAATAGAAGTGTTGAGAGAGGGCATCCTTGTCTGGTACTGGTTTTTGAGACGAATGCTTCTGGCTTTTGCCCATTCAGTATGATGTTGACTATGGGTTTTTCATAAATGGCTCTTATTATTTTGAGCTATGTTCCTTCAAAACCTTGTTTATTGAGAGTTTTTAAGATGAAGCAATGTTGAAATTTATTGAAATTCTTTTCTGTATCATTTGAGATAATCAAGTGTTTTTTGTCTTTAGTTCTGTTTATGTGATTAATTGCATTTATTAATTGTCATGTGTTGAACCAACCCTGCATGCCAGTGATGAAGCCTACTTGATCATGGCCTTTTTTACAGCA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Seq C2 exon
GCTGGCATGGCTTTGACCTATGACCCCACAGCTGCCATACAGAATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144642-RBMS3:NM_001177711:7
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.826 A=NA C2=0.246
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)