MmuINT0132964 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000039607 | Rbms3
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2444477]
Coordinates
chr9:116695820-116719422:-
Coord C1 exon
chr9:116719316-116719422
Coord A exon
chr9:116695867-116719315
Coord C2 exon
chr9:116695820-116695866
Length
23449 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
CTTCTTCTATTTCTATACAGGCT
3' ss Score
9.52
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Protein Impact
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Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
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NO
Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
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Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types