BtaINT0145065 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000006654 | TANK
Description
TRAF family member-associated NFKB activator [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11562]
Coordinates
chr2:35247178-35252052:-
Coord C1 exon
chr2:35251481-35252052
Coord A exon
chr2:35248047-35251480
Coord C2 exon
chr2:35247178-35248046
Length
3434 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACT
5' ss Score
8.63
3' ss Seq
TTTTTATTTGTTTCCTGCAGCCC
3' ss Score
11.03
Exon sequences
Seq C1 exon
AGACACAGTGCTCTATGCCTATACAGTGTACGGATAAAACAGATAAACAAGAAGTGCTGTTTAAGCCTCAGGCAAAAGATGATATAAATAGAGGTGCACTGTGCATCACATCTGTCACACCAAGAGGACTGGGCCAAGATGAGGAAGACACATCTTTTGAATCACTTTCTAAACTCAATGTCAAGTTTCCACCTACAGACAATGACTCTACTTTCTTACATAGCACTCCAGAAAGACCCGATGTCCTTGGTTCTGTCACATCTGAGACTGTGTGCCAGGATCAATTTAATATGGAGCCCAGAGACAATCCAGGAAACTTTGTCAAAACAGAAGAAACTTTATTTGAAATTCAGGGAATTGACCCCATAGCTTCAGCTATACAAAACCTTAAAACAACTGACAAAACAAAACCCTCAAATACTTGTATTAGGACATCTCTGGATAGAGCTCCGTGTTTGCCACCTGGAGACCATAATGCATTATTTGTAAATACATTCCCACTTCAGGACCCATCTGATGCACCTTTTCCTTCACTCGATTCCCCAGGAAAAGCTATCCGAGGACCACAGCAG
Seq A exon
GTAACTGTTTTGCATTAACAAATATATTATGTGTGAACACACATTTTGCCATGCATGCACAGATACGCATCTCTTTCAGGTTATCAGACATCTTTTTTAAACTACTGACTAGCCAAAGTTAAGCTTTCAACTAACAAAATCCAGGTCTTGTAATAAATGACATGAAATTTAAAAGATGATTATGGCAAAGGTCTGTTATAAAATACCTTAAAATTTATGGCACATTTTAAAATACATGTAACCTTATCTATATCTAGTGTGTGTCATTATCTTACATAGTCCCTTACTCAGATGTTTACTCAGTACCATTGTTATAATAAGATTCTTTATTAAATTTCATTCTGTGAAGCAGATGTCATTTTTTATCAAAAACTTGTATATGTTATACTTACCTTTATAAGAATGCATCATTTTTTAATAAGTAAATAATCACATTGTATGTTTCTATTTCTGAAAATAAGTGAAATGTCTTTCAAATAATACTTTTGTGCAGTCTCATTTATACAGTACTTAGGATCTGGAGGGTTTGGTTTTGGTTTCTAATCTGGCCCTGAACATGCAGCCTAATATATTTTTTAAATAGTCTCTACATATATATAAATTTTATCAAATTCTTTAATGTTTCTAAAGCTTGCAGACTACTTACAGCCCATCCTTAATGCCACCCCAGTCCCCTCCTACCCTCCCTTTTATTCAGGTGCTATTACAAAATGATTCTTTAAGTTTAAAAAAAATGGGGGGGGGGGTGTTTAATGCCTGAAGACAACTGAAAAATATACAGTTGTTAAAATAAACAGAAGCTTGTTTTTAAAAATCCAGATTGCTACAAGTGTCTAAAACAAATTGAGGACATTTGTTTGATTTCCCTTTGCTTTGAGATATTGTACTGAAAACCAAAACACACCAACAACTTGATTAATACTCTTTGGCTTTGTCAGTATTTTTATAGGTTATAGACTTTTAAATCCACATACAAAGAAGGCAATAGTCAAGCTGTGGTATAGTTTAGCAGTGGAGAAAAGGAGGCAGCTCTGACAATAAGCTTTAATTATTGACTCACTTATGTTCTACATTGTACCTTATTTTACATCATAGTCACAGTTATAGTTACTACTTAATGAAACAAATTACACAATTTCGTTTATTGCAAGTAGAATTCCTGTGGAGCTGTGAAGTGCATCAGTTCTAATGCTTGTTACTTTTTCTCCATTATATCTCCTGCTTGTTCTTTTACTAGTCTGTACAGTCATGTTTCAGTAGATGGCACCCTGCATTGTGCATTTGCTTTCTATGCTGCAGCAAGGGAAACAGCTGGTATGTGATTACAACTTGATGGAAAAGTATTCAGCTTAAAAAATGCAGGAGAATTGGTGTTGAGCTGTCACAAGACATGGGGCATAAGGTTAGATAATTGATATTTTGGCAGAAAAGGCAGAGAAATTCGTCTGTTTTGAATGCTGTGTTACAGTTTAGGATTCAAAGGATATTTCTTAAAATGGGTTTTTTAAAACATTTTGTTTTATTTACTTTAGTAAAGCTACTATGAGGAATACAGAATTCTTGAGTTGTTGATAACAAAAGGAAGTGAAATTTTGGTTTCATAATTCAGATTTTTACTTTTATATCATTACTACTTAACAGTTACTTTTTTATATATTCAGCTATCATAATAAAGTCTAAAGTATAGCTATTTATTTTGCTCTATGTGATTTTCTTTTCTTCCTACTTTTGCTGAGTCAGTCATTGGGGTCCCAACCAAATTCTGTGAAAAGATCAAATCTGAACTAATAGCTCCTAACAGAGAAGGATAAGTATGGACTTTGAAAATAAACTGGCAGTAGAAGATTGGCTTATCAACTGTTTGCTCCTGAGCCTGTTACTATTTTACATATTTTAATTAAAAGTATCTTTAACTTAATAATCTTTTATTTGTACCCATATCAATTTCCCATTAGAATGGTACCTATTTTAGTTGTACTTTTTGTTTAAACTGCCAACACTAAAATTTAAGTCTAGTTAACTCTTACGTACTCACAGTTAGTACTGCTTTTCTTTTATCATGGGAGAAAGGAAATGATTTCACTCCAAATTTCAAATATGTATTTTAAATATTACTGTTTTTTGTTATAAAATTGCCACTTCTCACAAAAGGATTTGAGTCAATGTTATAAGCCCTCTGTACTGATACTTGAATGTATCTGGATGCTTAGACAGACTTTGTATATTTACACCAACTGTACACAGCTGTCCAGTAAAATGTTTATAAGAAGACAGTGATGATGTGAACCCCAAATGCTTCAATTAGTAATATACTGTTTACATAATGATTGGCTAACCAGGATGAAAGAGATTGGTTAAAGGAATGAAAACTAACACTGTGTCAAGAGTTGGATCAGGTTGTTATTTTAAGAGCAAATTAGTAATAGGAGCACAAAGGGATCTCTTTAAGTTGGCTTTTTGAGGTGATTTTCCTCAAAGTGCCAGAGTTTAGATATTTTAAGATAAGAAAGCAAATTTTAGAAATAATTAGGCTTATAGCATTTCAGGAAAATAAGATATTCTAGTCAACAAACATTAACAGAGCACCTACTCTGAACTAAATGCCTTCTCTTGCCCTTCTAAATATTTTTTTAATAGTAAATACAGTTAAGAGTATGTATATGCTGCTTATTATACTGGAGGTAGTTCTGTTGAATTATGCTTTTCCATAATTCTTCAGTTGGGCAACTATTGACAGGCTTCACTTTATTGAGCCACAAGAAAGGGTAAGAAGGCCAAAGTATGCACTGTATAATGGAGGCAAAATAAGAAGTCAAAAAAATGCATCCAGTGTTGGGTTTTGTTGAATGATTAAATATTTGAGGTTTCAAAAAAGAACTGATCAATAAAATTCATTTCATACTTAAAAAAATTATTTTCAAAAATTAAAGTACTTATTTCTATGATTTATTCATTGTGGATTTGCTGGTAAATAGTAGTAAAATTTAAATTACTCTTGATCAAAATGCATGTTCACACACATCAGGTCTAGTGTGCTGTGTACTAATAAAGGTCCTATAACTGAAAGTTTCCAATTAAAAAAGATAGAATTTTAATTTTTTTAAAGTCTCAGTATTGACTGTTGCTCCAAAACTATTATCACTGTGATAATGGGTATTAAAAACATGCTGGTGTTAAAACTGAAAGTTTTTTAGTTTGTGAAGAAAAAGTGTGTGAATGTGTATTTTAAGTGATTCTTTAAGTTAAGCTATACCCTTTATGAAAAAGAGAATTGAGTCATGTCCTCATGCTAATTCTATGGAAAGGTAATTTGCTTTCATATTAGGGAATTTCATATATATTATATATCCCATTCAAAAAATTTGAATTTGAAATTCAGTGCAAGTTGATTTTAAATACAAATAACAGAAGATGTTTTTATTTGTTTCCTGCAG
Seq C2 exon
CCCATTTGGAAGCCCTTTCCTAATCAAGACAGTGACTTATCGGTACTAAGTGGCACAGGCTCCGAACTGCATATACCTCGCGTATGTGAATTCTGTCAAGCAGTTTTCCCACCATCCATTACATCCAGGGGGGATTTCCTCCGGCATCTTAATTCACACTTTAATGGGGAGACTTAAGATGCATTGAAAACAGACATGTCAAGTTCTACGTGATGATTTTGGGTTTGTAATATTATATATTAATACTTGATTGCAAACTTAGCTCAAGATCATTTACTGAAAAATCCAGTCACTGCTATTTGAATTTCTAAACAATATTGTAACTGTCTTTTATTGCCTTTTAAAAGATTGTTTTGTACAAAGCTGTAATTCATTGTATTCATGTTTACAGTGTTTATTATGGGATTATGCAATTGTGTAACAATAATTTATGTTTTTTCAAATGTCTAAGCTTATTGCTTGGGTTTCTAGTTAGAACTATTGAATGTGGTGATGTCAAATGTTTATAGGGTTTTTTAAATTTGTTTTCATTTTAAAATTTAGATTATTTATGCATTGGGTGTTCTTTTTGAATAAACCTATAATAGAGAATAGCAGACAGGATAAATATCTGAGTAAATACCAAACTTAAAACATTAGTTGCTCAGTGATAAAAATCACTGGTGGGATTATTTAAAGACTTTAGTGTTCTTTTTCTTTAATAATAGACATAGGTTTAATTTTTTCTGTATGTATAGCTACATGATGAAGTTAGTTAAATATTAAGAGTTACTTATGTTGTGATAGTTAATGTGTTCTTTGTTCCTGAATAAAAAATAAATCACATTTGGGGAAAATTAATAAAATTCATGTTTCTTTCCAGTAATCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000006654:ENSBTAT00000046172:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.615 A=NA C2=0.203
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF128452=TBD=PD(21.1=6.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]