RnoINT0147590 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000008859 | Tank
Description
TRAF family member-associated NFKB activator [Source:RGD Symbol;Acc:628859]
Coordinates
chr3:47511222-47515700:+
Coord C1 exon
chr3:47511222-47511772
Coord A exon
chr3:47511773-47514863
Coord C2 exon
chr3:47514864-47515700
Length
3091 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACT
5' ss Score
8.63
3' ss Seq
GTTTTGTTTCTTTCCTGCAGCCC
3' ss Score
11.41
Exon sequences
Seq C1 exon
ACACACAGTGTTCTGTGCCTATACAGTGTACCGATAAAACAGAAAAACAAGAAGCGCTGTTTAAGCCCCAGGCTAAAGATGATATAAATAGAGGTATGTCGTGCGTCACATCTGTCACACCAAGAGGACTGGGCCGGGATGAGGAAGATACCTCTTTTGAATCGCTTTCTAAATTCAATGTCAAGTTTCCGCCTGTGGACAGTGACTCTACTTTTCTACATAGCACTCCAGAGACCCCGAGCATCCTTGCTCCCTCCACACCTGAGGCAGTGTGCCAGGACAAGTTTAATGTGGAAGTCAGAGACAGCCCAGGAAACTTGGTTAAAACAGAAGAAACTTTATTTGAAATTCAGGGAATTAACCCCATAACTTCAGCTATACAAAACCTTAAAACAACTGACAAAACAAAACCCTCAAATCTTAGAGCTCCGTGTTTGCCAGCTGGAGACCATAATGTGTTCTATGTAAATACGTTCCCACTTCAAGACCCGCCTGACGCACCTTTTCCCTCACTGGATTCCCCAGGAAAGGCTGTCCGAGGACCACAGCAG
Seq A exon
GTAACTGTTTTGCATTAACAAATATTTTATTATGTGTGAACACACATTTTGTCATACATGCACAGATACGAATCTGTTTTAAGCTATCAGGCATCCATTTAAAATTAATGACTATCCTGAGTTGAGGTTTTCAATAAGATATGTAAGGTCTGTATTAAAGGACATGAATTTTAAATACGAATATGATAAAGCTTCCTCATGATACTCATGCCATGGCTTTCCTTGCTTAGTCCTCTTCAATCACGGCTTGTTTACATCAGTGCTCTAGTGGATGCCTTATTAAATTCAGGAATATGAAGCAAATAATTTTTTAAAAAACTTGTGTATGTATACATAATAATGTCTAATTTTCCATAGGGAGATATTGCACCAAATATTCAAAATAAACTGTCATTCAGCTACTTCTGTTGCACTCTCAGTTACAGCAGTACAGAGCTCTGTAGTGTTTGTGTTTTTTTCTAACCTGATACTAAACAGATATCCTTATACAATTTTCAAATAATCCCTGCATATGAATAATATAATCGGATGTCTTCTTCACTGTCTGTGAAGCAGGAAGACTTTCCAGCCCTCGAGTCTAATCTTACCACCCTTTCTTCCAGATTCAGGTGCTTTCACAGAAGCATTCTTTCTTGTTAGGGAGAAAAAAAGTTTTGTGTAATTTCTGAAGGTAAATGTCAAGTGTTAAAATGTTAAAAATAATAAATAGGAGAACTTTCAAATATTTGATTTTCTTTCAGATCAGAAAAATTACTTAATACCTTTGGCTTTATGCCGCATCCTTAGCAGTTATAGGCTTTTCAAATAGCAGGAAGGAAGCAGTAGTCAAACTGCAGGATGCTTCAGTAGTGGGTGTAAGTAGGGTTCTAGCAAGTCTTAATTCCTAACTCTCTCCCGTTCCACCCTGTTCCTTGTCTCACGTTATGGTCTGGGCTACAGTGTGATCAGTGAAACAATGAAACAACTGCGTGTATTGCGAGTGTGCTCCTGGGGAGCTGTGAACCGCGGACTCTCATGCTTGTTACTCTCCTCCATTACATCCCTCGCTTGTTCTTTTACTCGTCAGCCCGGGCGGGCGTCATGTCTCAGTAGATGGCACCCTGCATTGTACACTCACTGTCTGTACTGCAGCTAGGGAAACAGCTGGTCTGTGATTACAACTTGAGGGAAAGGATTCAGCTTGAAACATGCAAGAGAATTGGTGTCGAGCTGTCACAAGACATGGGGCATAAGGTTAGATAATTGATATTTTGGCATAAAAACCAAAGAAATTGGTTTGATTTAAAGGCTATGTTACAGTTTTAGTTTGCAAAAATATTTCTTTAAATGGGCCTTTTAAACATTACTCCCTTATATTAACAAAGCTCATAAATACAATTCTTGAGTTGTCCACAGTAAAAAGTTTTGGTTACATATTTTGTTTTTACTTTATATTAATCATTACTACCAAATACGTAATTTTCTCTTCCACTTTCATAGCAAAGACTAAAATATATATCATCTTATTTCTGTTCTGTGTGATTTTCTTTTTTTCTTTTTGCTGAGTCAGTAATTGGATTCCAGTTAAATTCTAAGAACATATCCAATCTGAATCAAAAGCTACTAATGTCAGATTTCAAAAATTGTCAGTCGAAGATTGGTTTACCAAATTTAGGAACTGGCTCACTTTTAAGCTAATTTCTTGATGCTTTATAAATCTTAATAAAAAATATCTTTAAGGTAATAATTTTTATTTCTAGCCACAACAGTTTTGCATTAAAGCTTTTTTTTTTACTGAAGTAACATTTGAATCTAGTTAACTCTTAACTAATTTCCATTTATACACTTAAAATTATTACTGATTTTCTTCCATCAGGAAAATTTTTCGACCAAAAATTACTTTGCCCCAAATCTTATAACATTTATTTTAAATACTGTTAGTTTTGTGGCAACAATCTCTTCTCATGGAGACAAATTGAGTGCACATTTTAAGGCGTTTTTACTAACACTTGAATGCATCTTGCTACCTAAACAAAGCTTATTTATTAATACAGTTGTCCTGCAGTGCTCACTGCTAGGTAGTAATGCATTGAAACCCAAATATTCTGATTAACAATACTATGTTTATGTAAAAACTTAACTAGAATGAAGTTAAAGGCATAAAAACTGTCAGGTGCTGAACCAAGCTGTGTCTCATTAAAAACCTATTAGTAACTGGAGCACAAAGAAGTCTCTTTAAATGGTTTTCTGAGGTTACACTCTACCTATGTCAGGCTAATTTACCTGTGCCAAGGTATGTGCCAAGAATATGTTTTTAATAATCAGACTTACACAGTTCAGAAAATAAGATATTTTTGTCAATATCATTTCTATTGAACACCTACCATTACACTAATTCATATATATATATATGAATAATATATATAACTCATATATATATATTATTATTCTAGACTTCTTAAAAAGATACTTACAAGTTTTTATTTCCTAATAATTAAAACGGAGATTGTTCTATTAAATTACAATTTCCTATATTCCTTTAATTGGGCAATTACTGATAAGCGTCATTTCATTCATTTGCAAGAAAGAGTAACACGAAACCATAAGACAGAAGTCAAAAGAATGTATCTCAGCTTAGATTTTTATTAAGTGATTTAATATTTGAAGTTTTTAAAGCTGATAAATGGAATTTGTTTAGTAGATTAAAAGAAACTTTTTTTGAAGAAATCAGTATGCTGATATATGTGATTTGTTTATTTGTATTTTGAATTGCTTTTAATAAAACTGTGCCCGCACGTGTACTATTGAAGACTATTAAATTCGGAACATAATATGGTCTAAAGTACTGGCCATTGTTTCAAAACTATTGCCACTAAGATAACTGAATATTAATGACTGCTGCTGGTAAACCTTAAGTATTTTTAAATGTGTAAAGATAAAATTCAGGAGGATATGGTTAAGTTATGCCCACTCTGGAAAAGAAATCTGCTTCCACATTAGAGAATTTCTTATATAAGCACATATAAAAGTTATTCAGATACTTGGATTTGAAATTTGATGCAAGTTGATTGAAAACATAAATGACAAAAGATGTTTTGTTTCTTTCCTGCAG
Seq C2 exon
CCCCTTTGGAAGCCTTTTCCTAACCAAGACACTGACTTAGTGGTACCAAGTGGTTCAGACTCAGTACTCCTTAAACCTCAAGTGTGTGAGTTCTGTCAAGAGCTTTTCCCACCATCCCTTACATCCAGAGGGGATTTCCTCCGGCATCTTAATACACACTTTAATGGAGAGACTTAAATCACATTTGAAAACAGACATATCATGTTCTCTGTGATGGTTTTGAGTTTGTAATGCTAGAGAATGCTTGCTTGTAAGCTAAATTTAAGGTTGTGTATAAAAGAAATTCATTGTCACAGCTATTTGAATTTTTCTCTAAAGTTGTTACTCTATCTTTTAAGAGATCATTTTGTATATAAAAAACTATAATTCATTATATTATATTATTCATGTTTATACTATAATTTCCAGATTTCAAAATTACGCATGTGACCTACAGAGTTATGTAATCATAATTTATGTTCTAAATGGCTAAGTTTATTGTTTGACTCTCACGAAATCTATTAAATTTGGTTATATCAAATGTTTATAGGGTATTCAAATTTCATTTGAATTTTTAATTATACTACAGGTAATATTCCTTTAAAATATGTTTGTAACTTACAGATAATAGCAGACAATATGATCAAAGTAAATATCAAATCAATCATTAGTTGCCCAGTGAAAATTATTTAAACATTTTAGATCATTTTTTAAATAATACACATGGTTTTAATTTTTACTATGTGTATAAAATGCATGATTGAGTGATTATTATTAAATATTAAAAGTTCCTTATGTCATGATTATTGAAAGTGTTCTTTGTTTCTGAGGTAAATAAATCACATTTGGGGAGGGTTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000008859:ENSRNOT00000011794:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.543 A=NA C2=0.328
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF128452=TBD=PD(21.1=6.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]