HsaINT0163649 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000136560 | TANK
Description
TRAF family member associated NFKB activator [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11562]
Coordinates
chr2:161230971-161236187:+
Coord C1 exon
chr2:161230971-161231551
Coord A exon
chr2:161231552-161235341
Coord C2 exon
chr2:161235342-161236187
Length
3790 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACT
5' ss Score
8.63
3' ss Seq
TTTTTGTTTGTTTCCTGCAGCCC
3' ss Score
11.04
Exon sequences
Seq C1 exon
AAACACAGTGCTCTGTGCCTATACAGTGTACGGATAAAACAGATAAACAAGAAGCGCTGTTTAAGCCTCAGGCTAAAGATGATATAAATAGAGGTGCACCATCCATCACATCTGTCACACCAAGAGGACTGTGCAGAGATGAGGAAGACACCTCTTTTGAATCACTTTCTAAATTCAATGTCAAGTTTCCACCTATGGACAATGACTCAACTTTCTTACATAGCACTCCAGAGAGACCCGGCATCCTTAGTCCTGCCACGTCTGAGGCAGTGTGCCAAGAGAAATTTAATATGGAGTTCAGAGACAACCCAGGGAACTTTGTTAAAACAGAAGAAACTTTATTTGAAATTCAGGGAATTGACCCCATAGCTTCAGCTATACAAAACCTTAAAACAACTGACAAAACAAAGCCCTCAAATCTCGTAAACACTTGTATCAGGACAACTCTGGATAGAGCTGCGTGTTTGCCACCTGGAGACCATAATGCATTATATGTAAATAGCTTCCCACTTCTGGACCCATCTGATGCACCTTTTCCCTCACTCGATTCCCCGGGAAAAGCAATCCGAGGACCACAGCAG
Seq A exon
GTAACTGTTTTGCATTAACAAATATATTATTATGTGTGAACACACATTTTGCCATACATGCACAGATATGCATCTCTTTTACGTTATCAAACATCCTTTTTAAACTACTGACAGCCAAAGTTAAGGCTTTCAAAAAAACAAGTCCCATAATAAATGACATGAAATTAGAAAAGCTGAATATGGTAAAACTTTATTGGAAAGTACCTTAGAATTTATGTCAGATTTAAAAATACATGTTAAGCCTTATCCATATCTGTCGTGGTGTCACTTTCTTAGTTCCTTATTCAAAGCTTGTTTACTCAGGATTAATAAGAATATTAAATTTCATAGTGTGAAACAAATGCTGTTTTATTTAATAGTTTGTGTATATCATATTCATCTTTATAAGAATTCAAGATCTTTCATAAGTAAATAATTGCATCTTACATTTCTATTTATCAAAATAAGTGAACTATCTTTCAGTGAATACTTCTACTACATCTTCAGTTATATAGTACACAGATCTGTAGGGTTTAGTTTGGTTTTGGTTGCTAATCTGGAAATGAACATGTAGCCTAGTATATTTTTTAAATAGTCTCTGCATGTGTATGATATCAAATATTTTATTTAATGTTTCTAAAGCTCACAGACTAATATCCCCCAAACCACTCCTGCCCTCCCTTTTAGATTCAAATTCTATCACAGAATGATTCTTTTAGTTAAAAAAAAGTTTAATGTCTGAAAGCAAATGAAAACTATATAATTTTTACAAAAAACAGAAGCTTATGAAAATACAGATTGATGTAAATGTCTATGTAACTTGCAAACATTTGTCTGATTTCTCTTTGCCTTGAGATATTTAATTTTTTTAAAAAAGTTATTAATACCCTTTTGCTTTAAGTACACATATAGGTTATAGACTTAAATCAGCACGCAAAGAAGGCAGTTGTCAAGCTGTGGTATATTTTAGTAGTGGGAAGAACTAGGCATGGCTGACAATAAGTTTTAATTATAACCTCACTTATGTTCTTGTTCATTGTACTTTATTTCACATCATAGTCTCAGTTATAGTTGCTACTAAATGAAACAAATTAAACAATTTCATTTATTGCAAGTAGAATTCCTGTGGAGCTGTGAAGTGCATCAGTTCTAATGCTTGTTACTTTTTTCTCTATTATATGTCTTGCTTGTTCTTTTACTAGTCTGTGCATTCATGTTTCAGTAGATGGCACCCTGCATTGTACATTTGCTTTCTATACTACAGCAAGGGAAACAGCTGGTATGTGATTACAACTTGATGGAAAAGTATTCAGCTTAAAAAATTCAGGAGAATTAGTGTTGAGTTGTCACAAGACATGGGGCATAAGGTTAGATAATTGATATTTTGGCAGAAAAAGCAAAGAAATTAGTTTGTTTTGAAGACCATGTTACAGTTTAGGATGGAAAGAATATTTCTTAAAATGAGTTTTTTAAAAAAAACCTTTTAAGCTATTTTATTAGTATTAATAAAGCTAGTATTATGCAAGCTAGTATAAGTACAAAGCTAGTATAAGTACAAAATTCCTGAGTTGGGCCAGGTACGGTGGTTCATGCCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATTGATTAAGCCTAGGAATTTGAGACCAGCCTGGGCAACATAGTAAGACCTTGTCTCTACAAATACGTATAGTTATATAGATATATGTAGCTGGGTGTGGTGGCTTGTGCCTGTGGCCTCCAGCTACTTGGGAAGCTGAGGTGGGAGGATTGCTTGAGCTAGGTAGTTCGAGGTTGCAGTGAGCTGTGATGGTGCCATCACACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACCCTGTCTCAAAATAATAATAATAATTTTTTTTTTAAAAAAATCCTGAGTTGTTTGTAGATAGTAGCAAAGACAAGTGAAATTTTTGGCTACATATTTCAAAATTTTACTTTCTATCAATCATTACTACTAAACATCTATTTTATATATTCAGCTATCATAACCAAGACTAAAGTATATCAGATTATTATTGTTCTATGTGATTTTCTTTTTTACTTTGCTGAGTCAGTGAGTGGGATCCCAACTAAATTCTATGAAGAGATCAAATCTGAACTAAAAGTTCTTAATAGAGAAAAATGAATATGGATTTAATAGGTAAATTGGGAGTAGAAGATTGGCTTACCAAATTTAGAAGCTAAATTGCTTCTGATTTAATTTCTTACTATTTTATATAAATAAGAATTATCTTTAATAATCTTTTATTTTTGGCCATATCAATTTCCCATTACAGTGATTTGTACTTTTTTGTTTAAACTGAAAACATTAAAATTAGAATCAAGTTAACTCTAACTAGATTTTTGTTTGTATGCTCACAATTTTTACTACTTTTATCAAAGAAGTTTTTCCAGAGAGTTATTTTACCCTAAATTTTATAACATTTATTTTAAATATTACTATTTTTGTAATAAAATTGACATTTCTTATGAAAGGAATTGAGTCAGCATTATTATAAGTCCTCCATACTGATATTTGAATGTGTCTGGGTGCCTAGACAGACGTTGTATATTTACACCAATTGTACACAGCTGTCCAGTAAACTGTTCATAAGAAGACAGTGATGTCGTGAAATCCAAGTGCTTCCATTAGTAATATACTGTTTATGTAAATGATTGGTTAACCAGAATGAAAGAAGTTAGGGGAAATAACAGTAACACTTGTCAGGTGCTAGACTAGGATGTGTGACTTTAAAAACATATTAGTAATAGGAGGATAAGGGGTCTCTTTAAATTTGACTTTATGAGATGATTCTTCTTAAAATATCAGAATTTAGCTGTGTCAGAGGAATTTACCTGTGTCCACATAAGAAATTTTAAAAAATAATTTGGTTTACACAATTCAGGAAAATATTTTCCAGTTAACAGACATCTATTGTGTAGCTATTATTAAGCTAAATGCTATTTCTTGTCCTTCTAGAAATTTAAAAAAAAGAATAAATGCAGTTATGAAAGGGTATTTATGTGCTGGTTATAGTGGAGGTGGTTCTGTTAGATTATGACTTTCCATAATTCTTTAACCAGGCAACTATTGACGAGTTTCACTTTATTCAGCCACAAGAATGAGTAAGGCCAAACTACCTATTATATAACAGAAGCAAAGTAAGAAGTCAAAACACTGCATGTGTTAGATTTTGTTGAATGATTAAATATTTGTGTTTTTAAAAACAAAAGATAACATCAGTGAAATTTGTTCAGTAGTTTAAAAGGAAAATTTTCTTTTTAAAAATCAAAATAATGCTGATTCATGTATGATGTATTCACTGTATTTGCTTATAAACAGTAGTGAAATTGATTTTGATTAAGACGCAATGCACACACACATCATGTCTTGTGTACTATGTAATTAATAAAGCCCCTATAATTTAAGGTTTTTATTGTAAAAAACAAAAGATAGAATTTAATTTAAAAGACCAGAGTATTAGCTATTGTTCCAAAACTACTGCTGTTGTGATCGAGTATTAAAAATTGCATGCTAAAGCTGCAATCTTTTTAAATATATAAAGATAAAATGCATGACTGTGTGTGTCCCAAGTGACTTTTAATCAAAGTTTAGTTGTGCCCTTTATGAAACCACGAATTGAGTCATGTCATGCTAACTTTACGGAAAAGTAATTTGCTTTTATATTAGGGAATTCAATATATATGCCCATGCGTAACTCATTCAGAAATTCAAATTTGAAGTCCAGTGCTATTTGAATTTAAACATAAGTAACAGATATTTTTGTTTGTTTCCTGCAG
Seq C2 exon
CCCATTTGGAAGCCCTTTCCTAATCAAGACAGTGACTCGGTGGTACTAAGTGGCACAGACTCAGAACTGCATATACCTCGAGTATGTGAATTCTGTCAAGCAGTTTTCCCACCATCCATTACATCCAGGGGGGATTTCCTTCGGCATCTTAATTCACACTTCAATGGAGAGACTTAAGACACATTTGAAAACAGACATATCAAGTTCTATGTGATGATTTTGGGTTTTTAATACTATAAATACTTGATTGTAAACTAAATTCAAGATCATTTATAGGAAAATCTAGTTTCACAGCTATTTGAATTTTTTTCTGGATTTACTATATAACTCTTATTTTTTAAAAGATCATTCTGTTCTTTCAAGGAGAAATAAGCCTAAAAGAAGAAAAACAAAAAAAATTCTGTATAAAACTGTAATCCTTTGTATTCATGTTTACAGTGCTATTACTATAATTCAAAATTATGTATGTGACTTAGAGTTATATAATCATAATTTATGTTTATTTCAAATATCTAAGTTTATTGCTTGGATTTCTAGTGAGAGCTGTTGAATTTGGTGATGTCAAATGTTTCTAGGGTTTTTTTAGTTTGTTTTTATTGAAAAATTTAATTATTTATGCTATAGGTGATATTCTCTTTGAATAAACCTATAATAGAAAATAGCAGACAACATAAACATCTTTGTAAATATCAAACCTAATACATTTCTTGTCCAGTGATAAAACAACTGGTAGAATTATTTAAACACTTTAGATTTTTAAATAATATACATGGCTTTAATTTTTACTGTGTGTATAGCTACATGATGAAATTAATTAAATATTAAGAGGTACTTATGTTGTGATCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000136560:ENST00000259075:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.420 A=NA C2=0.185
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF128452=TBD=PD(21.1=75.0)
A:
NA
C2:
PF128452=TBD=PD(11.8=75.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains