HsaINT0163649 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000136560 | TANK
Description
TRAF family member-associated NFKB activator [Source:HGNC Symbol;Acc:11562]
Coordinates
chr2:162087482-162092682:+
Coord C1 exon
chr2:162087482-162088062
Coord A exon
chr2:162088063-162091852
Coord C2 exon
chr2:162091853-162092682
Length
3790 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACT
5' ss Score
8.63
3' ss Seq
TTTTTGTTTGTTTCCTGCAGCCC
3' ss Score
11.04
Exon sequences
Seq C1 exon
AAACACAGTGCTCTGTGCCTATACAGTGTACGGATAAAACAGATAAACAAGAAGCGCTGTTTAAGCCTCAGGCTAAAGATGATATAAATAGAGGTGCACCATCCATCACATCTGTCACACCAAGAGGACTGTGCAGAGATGAGGAAGACACCTCTTTTGAATCACTTTCTAAATTCAATGTCAAGTTTCCACCTATGGACAATGACTCAACTTTCTTACATAGCACTCCAGAGAGACCCGGCATCCTTAGTCCTGCCACGTCTGAGGCAGTGTGCCAAGAGAAATTTAATATGGAGTTCAGAGACAACCCAGGGAACTTTGTTAAAACAGAAGAAACTTTATTTGAAATTCAGGGAATTGACCCCATAGCTTCAGCTATACAAAACCTTAAAACAACTGACAAAACAAAGCCCTCAAATCTCGTAAACACTTGTATCAGGACAACTCTGGATAGAGCTGCGTGTTTGCCACCTGGAGACCATAATGCATTATATGTAAATAGCTTCCCACTTCTGGACCCATCTGATGCACCTTTTCCCTCACTCGATTCCCCGGGAAAAGCAATCCGAGGACCACAGCAG
Seq A exon
GTAACTGTTTTGCATTAACAAATATATTATTATGTGTGAACACACATTTTGCCATACATGCACAGATATGCATCTCTTTTACGTTATCAAACATCCTTTTTAAACTACTGACAGCCAAAGTTAAGGCTTTCAAAAAAACAAGTCCCATAATAAATGACATGAAATTAGAAAAGCTGAATATGGTAAAACTTTATTGGAAAGTACCTTAGAATTTATGTCAGATTTAAAAATACATGTTAAGCCTTATCCATATCTGTCGTGGTGTCACTTTCTTAGTTCCTTATTCAAAGCTTGTTTACTCAGGATTAATAAGAATATTAAATTTCATAGTGTGAAACAAATGCTGTTTTATTTAATAGTTTGTGTATATCATATTCATCTTTATAAGAATTCAAGATCTTTCATAAGTAAATAATTGCATCTTACATTTCTATTTATCAAAATAAGTGAACTATCTTTCAGTGAATACTTCTACTACATCTTCAGTTATATAGTACACAGATCTGTAGGGTTTAGTTTGGTTTTGGTTGCTAATCTGGAAATGAACATGTAGCCTAGTATATTTTTTAAATAGTCTCTGCATGTGTATGATATCAAATATTTTATTTAATGTTTCTAAAGCTCACAGACTAATATCCCCCAAACCACTCCTGCCCTCCCTTTTAGATTCAAATTCTATCACAGAATGATTCTTTTAGTTAAAAAAAAGTTTAATGTCTGAAAGCAAATGAAAACTATATAATTTTTACAAAAAACAGAAGCTTATGAAAATACAGATTGATGTAAATGTCTATGTAACTTGCAAACATTTGTCTGATTTCTCTTTGCCTTGAGATATTTAATTTTTTTAAAAAAGTTATTAATACCCTTTTGCTTTAAGTACACATATAGGTTATAGACTTAAATCAGCACGCAAAGAAGGCAGTTGTCAAGCTGTGGTATATTTTAGTAGTGGGAAGAACTAGGCATGGCTGACAATAAGTTTTAATTATAACCTCACTTATGTTCTTGTTCATTGTACTTTATTTCACATCATAGTCTCAGTTATAGTTGCTACTAAATGAAACAAATTAAACAATTTCATTTATTGCAAGTAGAATTCCTGTGGAGCTGTGAAGTGCATCAGTTCTAATGCTTGTTACTTTTTTCTCTATTATATGTCTTGCTTGTTCTTTTACTAGTCTGTGCATTCATGTTTCAGTAGATGGCACCCTGCATTGTACATTTGCTTTCTATACTACAGCAAGGGAAACAGCTGGTATGTGATTACAACTTGATGGAAAAGTATTCAGCTTAAAAAATTCAGGAGAATTAGTGTTGAGTTGTCACAAGACATGGGGCATAAGGTTAGATAATTGATATTTTGGCAGAAAAAGCAAAGAAATTAGTTTGTTTTGAAGACCATGTTACAGTTTAGGATGGAAAGAATATTTCTTAAAATGAGTTTTTTAAAAAAAACCTTTTAAGCTATTTTATTAGTATTAATAAAGCTAGTATTATGCAAGCTAGTATAAGTACAAAGCTAGTATAAGTACAAAATTCCTGAGTTGGGCCAGGTACGGTGGTTCATGCCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATTGATTAAGCCTAGGAATTTGAGACCAGCCTGGGCAACATAGTAAGACCTTGTCTCTACAAATACGTATAGTTATATAGATATATGTAGCTGGGTGTGGTGGCTTGTGCCTGTGGCCTCCAGCTACTTGGGAAGCTGAGGTGGGAGGATTGCTTGAGCTAGGTAGTTCGAGGTTGCAGTGAGCTGTGATGGTGCCATCACACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACCCTGTCTCAAAATAATAATAATAATTTTTTTTTTAAAAAAATCCTGAGTTGTTTGTAGATAGTAGCAAAGACAAGTGAAATTTTTGGCTACATATTTCAAAATTTTACTTTCTATCAATCATTACTACTAAACATCTATTTTATATATTCAGCTATCATAACCAAGACTAAAGTATATCAGATTATTATTGTTCTATGTGATTTTCTTTTTTACTTTGCTGAGTCAGTGAGTGGGATCCCAACTAAATTCTATGAAGAGATCAAATCTGAACTAAAAGTTCTTAATAGAGAAAAATGAATATGGATTTAATAGGTAAATTGGGAGTAGAAGATTGGCTTACCAAATTTAGAAGCTAAATTGCTTCTGATTTAATTTCTTACTATTTTATATAAATAAGAATTATCTTTAATAATCTTTTATTTTTGGCCATATCAATTTCCCATTACAGTGATTTGTACTTTTTTGTTTAAACTGAAAACATTAAAATTAGAATCAAGTTAACTCTAACTAGATTTTTGTTTGTATGCTCACAATTTTTACTACTTTTATCAAAGAAGTTTTTCCAGAGAGTTATTTTACCCTAAATTTTATAACATTTATTTTAAATATTACTATTTTTGTAATAAAATTGACATTTCTTATGAAAGGAATTGAGTCAGCATTATTATAAGTCCTCCATACTGATATTTGAATGTGTCTGGGTGCCTAGACAGACGTTGTATATTTACACCAATTGTACACAGCTGTCCAGTAAACTGTTCATAAGAAGACAGTGATGTCGTGAAATCCAAGTGCTTCCATTAGTAATATACTGTTTATGTAAATGATTGGTTAACCAGAATGAAAGAAGTTAGGGGAAATAACAGTAACACTTGTCAGGTGCTAGACTAGGATGTGTGACTTTAAAAACATATTAGTAATAGGAGGATAAGGGGTCTCTTTAAATTTGACTTTATGAGATGATTCTTCTTAAAATATCAGAATTTAGCTGTGTCAGAGGAATTTACCTGTGTCCACATAAGAAATTTTAAAAAATAATTTGGTTTACACAATTCAGGAAAATATTTTCCAGTTAACAGACATCTATTGTGTAGCTATTATTAAGCTAAATGCTATTTCTTGTCCTTCTAGAAATTTAAAAAAAAGAATAAATGCAGTTATGAAAGGGTATTTATGTGCTGGTTATAGTGGAGGTGGTTCTGTTAGATTATGACTTTCCATAATTCTTTAACCAGGCAACTATTGACGAGTTTCACTTTATTCAGCCACAAGAATGAGTAAGGCCAAACTACCTATTATATAACAGAAGCAAAGTAAGAAGTCAAAACACTGCATGTGTTAGATTTTGTTGAATGATTAAATATTTGTGTTTTTAAAAACAAAAGATAACATCAGTGAAATTTGTTCAGTAGTTTAAAAGGAAAATTTTCTTTTTAAAAATCAAAATAATGCTGATTCATGTATGATGTATTCACTGTATTTGCTTATAAACAGTAGTGAAATTGATTTTGATTAAGACGCAATGCACACACACATCATGTCTTGTGTACTATGTAATTAATAAAGCCCCTATAATTTAAGGTTTTTATTGTAAAAAACAAAAGATAGAATTTAATTTAAAAGACCAGAGTATTAGCTATTGTTCCAAAACTACTGCTGTTGTGATCGAGTATTAAAAATTGCATGCTAAAGCTGCAATCTTTTTAAATATATAAAGATAAAATGCATGACTGTGTGTGTCCCAAGTGACTTTTAATCAAAGTTTAGTTGTGCCCTTTATGAAACCACGAATTGAGTCATGTCATGCTAACTTTACGGAAAAGTAATTTGCTTTTATATTAGGGAATTCAATATATATGCCCATGCGTAACTCATTCAGAAATTCAAATTTGAAGTCCAGTGCTATTTGAATTTAAACATAAGTAACAGATATTTTTGTTTGTTTCCTGCAG
Seq C2 exon
CCCATTTGGAAGCCCTTTCCTAATCAAGACAGTGACTCGGTGGTACTAAGTGGCACAGACTCAGAACTGCATATACCTCGAGTATGTGAATTCTGTCAAGCAGTTTTCCCACCATCCATTACATCCAGGGGGGATTTCCTTCGGCATCTTAATTCACACTTCAATGGAGAGACTTAAGACACATTTGAAAACAGACATATCAAGTTCTATGTGATGATTTTGGGTTTTTAATACTATAAATACTTGATTGTAAACTAAATTCAAGATCATTTATAGGAAAATCTAGTTTCACAGCTATTTGAATTTTTTTCTGGATTTACTATATAACTCTTATTTTTTAAAAGATCATTCTGTTCTTTCAAGGAGAAATAAGCCTAAAAGAAGAAAAACAAAAAAAATTCTGTATAAAACTGTAATCCTTTGTATTCATGTTTACAGTGCTATTACTATAATTCAAAATTATGTATGTGACTTAGAGTTATATAATCATAATTTATGTTTATTTCAAATATCTAAGTTTATTGCTTGGATTTCTAGTGAGAGCTGTTGAATTTGGTGATGTCAAATGTTTCTAGGGTTTTTTTAGTTTGTTTTTATTGAAAAATTTAATTATTTATGCTATAGGTGATATTCTCTTTGAATAAACCTATAATAGAAAATAGCAGACAACATAAACATCTTTGTAAATATCAAACCTAATACATTTCTTGTCCAGTGATAAAACAACTGGTAGAATTATTTAAACACTTTAGATTTTTAAATAATATACATGGCTTTAATTTTTACTGTGTGTATAGCTACATGATGAAATTAATTAAATATTAAGAGGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000136560-TANK:NM_004180:7
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.443 A=NA C2=0.181
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF128452=TBD=PD(21.1=75.0)
A:
NA
C2:
PF128452=TBD=PD(11.8=75.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)