MmuINT0156890 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000064289 | Tank
Description
TRAF family member-associated Nf-kappa B activator [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:107676]
Coordinates
chr2:61487795-61492226:+
Coord C1 exon
chr2:61487795-61488345
Coord A exon
chr2:61488346-61491435
Coord C2 exon
chr2:61491436-61492226
Length
3090 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACT
5' ss Score
8.63
3' ss Seq
TTTTTGTTTGTTTCCTGCAGCCC
3' ss Score
11.04
Exon sequences
Seq C1 exon
ACACACAGTGTTCTGTGCCTATACAGTGTACTGATAAAACAGAGAAACAAGAAGCGCTGTTTAAGCCCCAGGCTAAAGATGATATAAATAGAGGTATGTCGTGCGTCACAGCTGTCACACCAAGAGGACTGGGCCGGGATGAGGAAGATACCTCTTTTGAATCACTTTCTAAATTCAATGTCAAGTTTCCGCCTATGGACAATGACTCTATTTTTCTACATAGCACTCCAGAGGCCCCGAGCATCCTTGCTCCTGCCACACCTGAGACAGTGTGCCAGGACCGATTTAATATGGAAGTCAGAGACAACCCAGGAAACTTTGTTAAAACAGAAGAAACTTTATTTGAAATTCAGGGAATTGACCCCATAACTTCAGCTATACAAAACCTTAAAACAACTGACAAAACAAACCCCTCAAATCTTAGAGCGACGTGTTTGCCAGCTGGAGACCACAATGTGTTCTATGTAAATACGTTCCCACTTCAAGACCCGCCTGACGCACCTTTTCCCTCACTGGATTCCCCAGGAAAGGCTGTCCGAGGACCACAGCAG
Seq A exon
GTAACTGTTTTGCATTAACAAATATTTTATTATGTGTGAACACACATTTTATCATACATGTACAGATACAAATCTGTTTTAAGTTATCAGGCATCCATTTAAAATTAATGACTATCCAGAGTTGAGGCTTTCAATAAAATATGTAAGTTCTGTATTCAAGGACATGAATTTTGAATGTGACTGCGCTAAAGCTTCCTTGTGATACTGTGGCGTGGCTTTCCCTGCTTCGTCCTCTTCAAGCACAGCTTGTTGACATCAGTGCTCTAATGGATGCTTTATTAAAGTCAGTTACAGGCAGTAAATAATTTTTTTAAAACTTGTGTAGGTACACATAATAATGTGTAATTTTCCATAAGTAGATAATTGCACCAAATATTCAAAATAAACTGTCATTCAGCCTACTTGTGTTACATTTCTAGTTACAGCAGTACAGAGGTCTGTAGTGTTTGGTTTGTTTACTAACCTGACACTAAGCAGATATCCTTATACAGTTTTCAAATAATCCCTGCACATGAATACTGTAATCAAATCTCTTCTTTACTGTTTGTGAAGCACAAAGACTTTATAGCCCATGAATCTAATCCTACCATCCTTTCTTCCAGATTCAGGTTCTTTCACAGAAATATTCCTTTTTGTTAGGAAGAAAAAAAGTTTTGTTTAATTTCTGAAGGTAAATGCTAAGTGTAGAAATGTTAAAATAAATAGAAGCATCTCATTAGAACTTTCAAACATTTGATTTTCTATCAGATTAAAAAAAATACTTAATACCTTTGGTTTACGTATTCCTATCAGTTATAGGCTTTTTGAACAGCATGGAAAGAAGCAATAGTGAAGCTGTAGGATGTCTTAGTAGTGGGCGTAAGTAGAGATTCTGACAAGTCTTAATTATTAACTCTCTTATGTTCCACCCTGTACCTTATTTCACTTTATGGTCTCAGCTATAGTTGCTACCAAATGAAACAATTAAACAATTTCATGTGTTGCGAGTAGAGTTCCTGTGGAGCTGTGAACTGCATGGATTCTAATGCGAGTTATTCTCCCTCCATTATATCTCTTGCTTGTCCTTTTACTAGTCAGCCGGGCGTTCATGTTTCAGTAGATGGCACCCTGCATTGTGCATTTACTTTCTATATTGCAGCAAGGGAAACAGCTGGTATGTGATTACAACTTGATGGAAAAGTATTCAGCTTTAAAAATGCAAGAGAATTGGTGTTGAGCTGTCACAAGACATGGGGCAGAAGGTTAGATAATTGATATTTTGGCAGAAAAAGCAAAGAAATTGGTTTGATTTAAAGGCCATGTTACAGTTTTAGCTTGCAAAAATATTTCTTCAAATGGGGCTTTTAAAACATTACTCGCTTGCATTAATAAAGCTCCTAAATACAGTTCTTGAGTTGTCCACAGTAAAAAGTTGTGGTTATATATTCTGTTTTCACTTTATATTAATCATTGCTACCAAATACGTATTTTTCACTTCCACTTTCATTGCAAATATAAAATATATACCAGCTTATTTCTGCTCTGTGTGGTTTTCTTTTTTTCTTTTTGCTGAGTCAGTAATTGGGGTTCCAATTAAATTTCAAGAACAGACCCAATCGGAATCAAAAGCTATAATGTCAGATTTCAAAATAAATTGTCAGGTGAAGAGTGGTTTACCAAAGTTAGGAACTGGCTCACTTTTAAGCTAATTTCTTGCTGTTTTATAAATCTTAATAAAAAATATCTTTAAGGTAATAATTTTTATTGCTAGCCACAACAGTTTTACATTAGGTTTTTTTTTAACTGCAGTAACATTTGAATCTAGTTAACTCTTAACTAATTTCCATTTATGCACTTAAAATTATTACTGCTTTTCTTTCATCAGGGAAATTTTTCAACCAAAAATTACTTTGCCCCAAATTTTATGAATTTTATTTTAAATATTGTTAGTTTTGTGGCAACAATCATGTCTCATGAAGACAAATTGAGTCCACATTTTAAGGCATTTGTACTAACACTTGAATGTGTCTTGCTTTTTAAACAAAGCTTATATATTAATACTGCTGTCCTGCAGTGCTCACTAATAGTGATGCATTGAAACCCAGATACTTTGATTAACAGTACTATGTTTATGTAAATAACTAACTAGAATGAAGTTAAAGGCATGAAAGTTGTCAGATGCTGAACTAAGCTGTGTTTTATTAAAAACATATTACTAACTGGAGCACAAAGCAGTCTCTTTAAGTGGTTTCTGAGGTTACTCTCTACCTATGTCAAGGTAATTTACCTATGCCAAGGTAAGAATTTGTTTTTAATAATCAGACTTACACAGTTCAGGAAAATAAGATATTTTTGTCAATATCTTCTACTAATCATCTACCATTACATTAATTCATATACATATGAATAATATATATAACTAATATATTATTCTAGACTTCTTAAAAGGATATTTACAAGTTTTTACTTCCTAATAATTACAATGGAGGTGGTTCTATTAAATTATAATTTCCTACATTCCTTTAATTGGGCAATTACTGATAAGTTTTGCTTTATTTTATTCATTTACAAGAAAGAATAATGCCAAACTATAAAACAGAAGTAAAGTAAGAAGTCAAAAGTATGTGTCTCAGCTTAGATTTTTATTGAGTGATTTAATACTTGAAATTTTTAAAAGATGACAAATTGAATTTGTTTAGTAGTTTAAAAAAAACTTCTCTTTTTGAAGAAATCAAAATGTTGATTATATGTGATTTCTTTATTTGTATCTTGGATTGTCTTTAATAAAACTGTGCTTGCACATGTACTATTAAAGACTATTAAATACAGAACCTAATATAGTCTAAAGTATTGGCCATTATTTCAAAACTGTTGCCATTAAGATAACTAATGACTGCTGCTGTTAAACCTGCACTATTTTTAAGTATGTAAAGATAAACTTCAGGAGGATGTGGTTAAGTTGTGCCCACTCTGGAAAAGAAATCTGCTTTCGAATTAGAGAATTTCAGATATAAGCACACATAAAAGTTATTCAGATACTTGGGTGTGAAATTTGATGCAAGTTGATTTTAAACACAAATAACAAAAGATGTTTTTGTTTGTTTCCTGCAG
Seq C2 exon
CCCTTTTGGAAGCCTTTTCTTAACCAAGACACTGACTTAGTGGTACCAAGTGATTCAGACTCAGAGCTCCTTAAACCTCTAGTGTGTGAATTCTGTCAAGAGCTTTTCCCACCATCCATTACATCCAGAGGGGATTTCCTCCGGCATCTTAATACACACTTTAATGGGGAGACTTAAATCACGTTTGAAAACAGACATATCATGTTCTCTGTGGTGGTTTTGGATTTGTAACGCTAGAGAACGCTTTCTCGTGAGCCAAATGTAAGATTGATTATAAAGTTGTTACTTTATCTTTTAAGAGATCATTTTGTATAGAACTATAACTCATTATATTATTCATGTTTATACCTATAATTTCTACATTTCAAAATTACACATGTGACTTACAGAGTTATTCAGTCATAATTTATGTTTCAAATAGCTAAGTTTATTGTTTGACTATTGTGAGATCTATTAAATTTAGTAATAGCAAATGTTTATAGGATATTCAAATTTCATTTGAATTTTTAATTATTTTTGCTACAGGTAATATTCCTTTAAAATACGTATATAACGTACAGAGAATAACAGACAATATGATCTAAGTAAATGTCGAATCAATCATTAGTTGCCCAGGGAAATTTAAACATTATAGATCATTTTTAAATAATACACATAGTTTTAATTTTTACTGTGTGTATAGATGCATGATTAAATGACTTAAATATTAAAAGTGACTTACGTCGTGCTTATTAAAAGTGTTCTTTGTTTCTGAGATAAATAAATAAATCGCATTTGGGGAGGGTTCATAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000064289-Tank:NM_011529:7
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.522 A=NA C2=0.052
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF128452=TBD=PD(21.1=6.5)
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: