GgaINT0048893 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011131 | TANK
Description
NA
Coordinates
chr7:23040583-23046244:-
Coord C1 exon
chr7:23045661-23046244
Coord A exon
chr7:23041371-23045660
Coord C2 exon
chr7:23040583-23041370
Length
4290 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATCT
5' ss Score
7.33
3' ss Seq
TCATTTTCTGTTCCTTTTAGCTC
3' ss Score
10.27
Exon sequences
Seq C1 exon
AAATACAGTTTTCCATGCCAATACAGTGTACTGATAAAACTGATGAACAAGCAGAAGAGCTTTTTAAGCCTCGGGTTATACAGGATATAAATAGAGGTGCATCATGCATCACATCTATCACACCAAGAGGAGTGGGCCAAGATGAGGACAACAACTCTGTAGAATCACTTTCTAAATTTAATGTCAAGTTTCCACCTACAGACAATGACTCTGCTTTCTTGCAGAGCACTCAGGAAAAAGTAACAGTTCCTTGCTCTGGTATAGCTGAAAACATGCTTCAAGATCATCATTTTAACCGGGAGCACAGAGACCGTGCTGTTAACCTCAGTAAATTGGAACCTAACTCATTTGAAGCTCATGGAGTTGATCTCGTGACCTCAGCTTTACAAAGCTTAACTACTGTTGACAAAACAAACCCTCCAAATCATGCAAACATGCCCATAGAAAATATCCGTGACAAAACATGCTTGAAAACGGCAGACACTGCTTTCACGTTTATATCTAAGCACGCAAGCCAAGGTGCACCTGAAGTGATTTTTCCGTCTTTAGAAGCTGCTGGAACAACCGTCAGAGGTCCTCATCAG
Seq A exon
GTATCTTTCTCTAAATGCTGTAGACTTTGAAAAAAGGTAATGATGTGATCAACCGTATTGCTAAGGTCTTTGAGACTGGATTAACATATTCCCTGAGATATCTCACCAGTCTTCTGTTTAAGACAATAAGTTTTGTCAGTTCTTCTCACTGATGCTGAAATAAGTGTACGAGGTGCTTTTCCAGGGAAATAGGACAAGACTTTAAATAGATACACTCCCAAATTTCAGTTTGTGTAGATACTAACTGCTTCTATATTTGTTTCAGAGCTTTCATTAATCCTAAATGGTCACCTAGATCACTTTCTTTCTTTCTACCCTTTATCTCAGATGAATAGGGCATGTAACTGTTCTAATTGTTTCAGGTGCACATCAGAGAATATGACAAATGAATTAATTAAAAAACTAAACGTAAATGTACACTCTGGAAAAAAAATGATCTACTTTTTATCTGGATCTGAGTTGTAAACAGAACTCTATTCCTACTGTCCACAACTTAAAATATGTTTGCCATAGTTTAAGCAGTCAAGCAGGAAAGTATAATTATTTCTTTTGACAAATGTATGGAAGTACACTAAAATAATTCACGTTTACATAGGTATTTTGGGCTTGAATTTAAGTCCTAACTATTCGAAGTCCAGAGAAGTTCCTGAAAGCAAGGCCCAATAGCTATAAAGCAGAATAATGTTTTCACAGCTTCTGTCAATTGTGTCTCTGAATATTTTGCTTCCTTTGTGTGGCATTCTGCCTCAACTGAAATTGCGCACATAATTGTTGCAGAGCTTTATAGACTCCAGTTGATTTATTTATTTATTGTATTTCCGTAGCTTTTCTCACACCTTGTGAAAGGAGAGCTTCTCAAAACTACACAAATAGTGATGTTTAGGAATTTTGAGAGGGTGGATTTCAAATATTTTCACTATTTACTTTGATACGATTTTGTGTTCTTTCCTAATGACATGCAGCAAAAGAGCTTTACCTCTCAATTTTATCACTGCATGACGTGCAAAACTAGAGTTTGGAAAGCACCTGTAGGACATCCTAGCTATGATGATTTCTTCTGCTAAAACTTACCCAGACTGAGTTCAGTTTTCCATTGCAAACCAGTTTTGAATGAAAGTTTAAATTACAGAAAGCTTACTGTTTCCATTAAATTAAACTATATACTTGATTTTTAAAAGTGTGTTTTAAATACCTGTCTGTAACGTATGAGGTCTCAATTATACTAACTTACTAATTTTAGTTTTTTATTGTGCTTTATTTTTCACTGGGACTTCTGTTAAAGTTCTGCCTGAGTTAAACAAATTTCTATGAAATTAATTCACTTATTTTGTTACTGGTAGAATTCCTGCGGAGCTGTGAAGCATTCGCACCATCCCTTGTTACTCTTCTCTTTATCTGTATTTTCTCTCCAGCCTGTTCTTTTACTAGTTAGTCTGTGTATTCATTTTTCAATAGATGGCACCCTGCATTGTATATTACAGCCAGGGAAATAGCTGGTATGTGATTATAAATCGATGGGGGAGTATGCAGCTTAAAAAAGTGGAGAAAAATTGTGGTTGAATAGCAGTAAGGCTTTGGTTTGATCGTTGGTATTTCTGCAATAGAGAAATTAATTTGGGACCGACACTTAAAATGTAAATTATTTACTTTGTGGAGAAAATGTAATATTTTTTAACTTCTGGGAGGGAAAATGCAATGAGAAACTATTTCAGTGTTAATAAGTCATACCTACATAGCACTATAGAACATACAGGATATAGGTCAGAATGCATCTTATACAGAAATTTGTTTGAACTAAGCCAATATTACTTTAGAGTTTATTAAATATACATCTCTCTCTCTCTCAACATCCATCACCTTTAATTAGCTGCCTACAAGAAAGTTTTTAAAGTACTTTTCCTAGTGAGTGGGACTCGGTTCCAATTCCTAGTGAATTGGATTTACAGATAATATATCTGTAGATTAAAACATTATTTTGGGTTGTTTTTTTTTTTTTTTATGTTACCTGCATACATATCTTTTTTATTGTATTAAATTAAAAAAAGAAAGAAAGAAAACAACAACAGTGAATAGCACTCATTCCTAGGATTTTTACGACATTTTTTTGAATAGTTCAGTACCTCCACTAGGGAGGAATGAGATACCTGACTGTTTTTTTCGTGGTGTAGATAAAACTTTCAAGTATTTACTACATATGTTAACTTATAAAATGGAAAACCCCATAAATGCAGTAGATTTGGCAACAGTAAGTTCTTGGAACTGCTCTCAGTTGCTGTAATAAATTTAGCTCTTTCCTTCTTTGTGGATACTAAATGTGAAAACTCAGTACTGTTTTCTTCGGATGTAACTTAAAAAAAAAAAAAAAGTGACTGAAAAGAGCAGCAGATTAAAATAAGCATGGATATTAGTGGACCTAGGATTTTACAGACTACTGTTAATTGAGACTTGCATGGAGATGCATTATGTTTACCAGTATTCACAATTTGCGGGGGTTGTTTCAGATAAAAACATTTATAAGAATGTTCATGATTTTAAATCAAGTCAGTAGTCTGTTGATCTTAATCTAGATCTTGTTTTAGAAATGAAACATCTGCTTAAATTAATCTCTATTCTGAAAAGCTTTTTAAGCACATGCTGAACACTCAGAGAAAGAAATTGAAGTTAAGTGCTTGCTTCAGCAATTTGCTGGATGAGTATCTTTCTTTCTATGTCGTGGTTCCAAGACTGGAAATCTTATTGTGTCCTTAGTGGGATTTTTACAATAATATATCTATTTTTTATGGCAATTTACATAATTTGGTATTAAAAACAAGTAATTCTAAACACATTCCTGGAGGGATGTTTGAGTGTGTCTATGTCTAAAAAAATTTAATATGCAATTTACACCAGCGATGTACAGTAAGTAGGCTCTTTTAGCTGAAAAGAAGTGGTGTGATTGCACTTAATTACTAATTAGCCAATTTAATTATATGGATTGCTGACCATAATGAAAGATGGTAAATCTGCTGCCGCTGTCTGATAAGCTAAACGGTGTTTAAATATGGAGAGCACAAGGAATTGACTCCAGGAAGTTGCAGCTGGTTTAAATACAGGGATTAACCACTGTGAAAGCCACGTTCATTGTACAGTGAACTACCATGGCAGGGGGGGATACAACAGATTCTAAGTATCTGACATGATAAATTTGTGAAAATTAAAACTCTTGGATTAGAATGGATAGCTAGAACTTCAGAATTTCAAAAGAAACTAGTTTCTAAAGTATTCTTGCTCGCTTTTCCACATGTGATTTAAGCAATAGAGAAGAAAGATGAGCCAAAAGAGTGGAGGGCACTCTCCTTTTCTAGGTTCCAGCCCCGCATAGAACTGCTACCAACTTGCTGTCGTTCTGTCTGCTTTGCAGTCATAGCAGTATGCATTTGATTTTCAGTTTACTCAAAACCTAATTGTCCTGGCCACGTAACATAACTGTGTATTTTATCTTGGGTTTGTTGCTAATGCTGAAGTAGTGAAACTTAATTTTTAACTTTGCTTTGAAAACTGATTGGATTTCTGAATCCTGGGTATTATCAAGCCATATAACTGACGTACACTCAGGCTCATGTTCCCATGGTCTGCAAACAGACTTGCTGACTTTCAACTAGCTCGCTCAGGTAGCAAGAGCAGCAACAGCTGCTGAACCAAATTTAGCATAGTTTGCAGACTTGCCTGACTGTATGGATGGCCCTATTGAGTTCATTGCTGTCATGGCAGAAAGAATCCCAAAACTGAGACTACCTGAGACATGTTTACACTAAAAGGCAGTCAGAGCAATTAAGTAACTTAGACCATATGACATTGCTGTAGTTGTTTTGCGAGCAAAATGAAAATTAGATGTGTGCCAATAAGAACAGAAATATTTCATATTACCTTTGTACAATAAATATTTATATAAGGTTAAAAAAATTACACTAAAGATGGATATTAAGGCTTCTACAGTAAAAAAATAGAAATACAATGTTAAAGAAAAGAGTTTATATCATACTGATATTACAGAATTCTGCTCTCTGCATCATTTATCATTAATAGATGTTAAAACATCAAGTATTTGCAAAGGTAGTATGTTTATGGGAGTTAAAAAAAAAAGATCTTGTCCTTCTTAAGTGAGAATTTTCTCTAGTTAATGCTCTGCCAGGCATATGTTAAATAAACCTAGTTTAAAGAGGCAGGTATATTTTTCATATAAATGTAAACCACAGCATAATGTAATTTACATCATAAACCACAGCAGTAATCATTTTCTGTTCCTTTTAG
Seq C2 exon
CTCATTTGGCAGCCTCGGGACAATGATTTGCTGGCACAAACTTATACAGACTCTGAACTGAATCAGCATGGAGTATGTGAATTCTGTCGAGAAGTTTTCCCACCATCTCTAACATCTAAGGAAGATTTTCTTCGGCATCTGAATTCCCACTTTAAAGTACAGTCTTAACATATGAGAATTCAGTGGGTCACTGTTTTTGCATACATTTGGTTTTTTATTATTATTATTAATAGATTTGCTAAGAATTTAAGAATTAAGACTTCTTGTAACAAGAACTAACTGAAATTGTCAGATAAGCACATTTTTTTCATTGTTGTTTGACGAGGTAAAATGCAACTGTAAGTCTGTACTGTAATTCGCATTACTGCTTGTCATGCTTCAATATTGCCATTGGGATTGTGTTTAAAAGCTTATTTTTTTCCCCAGTTAATCTTTGCCTGGATAGGCTCGAAGTCATGATTATATTTGTCAGGACAGATTTGCAGGATTAAGTCTTTAATCTGGGAGAGAAATTGGTGTACTGCTAGGATTTCTTCTCAATATCCAGTGATATGATTCGCTAATTGAAGGGAACGGGAAGGAGAGGTAGGCTCTCATTTTTAGTTTCTATTATAAAATTTGTTATAAAAAATAACAACTGTGCTAATATACCTTTCCAGCATTAATCATTAGTTAAACTACTTTCATGGAAAATATTAATATGAAGGATGGAGTAAGAAAAGCCTGAAGTGTCCTTGAAGGTAAGAATACCAAAGATGGAAAGGTTTACCTTTCCTTCTGATCTGCTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011131:ENSGALT00000033125:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.562 A=NA C2=0.055
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF128452=TBD=PD(21.4=6.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]