GgaINT0048893 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011131 | TANK
Description
TRAF family member-associated NF-kappa-B activator [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001264800]
Coordinates
chr7:20950028-20958447:-
Coord C1 exon
chr7:20957864-20958447
Coord A exon
chr7:20953574-20957863
Coord C2 exon
chr7:20950028-20953573
Length
4290 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATCT
5' ss Score
7.33
3' ss Seq
TCATTTTCTGTTCCTTTTAGCTC
3' ss Score
10.27
Exon sequences
Seq C1 exon
AAATACAGTTTTCCATGCCAATACAGTGTACTGATAAAACTGATGAACAAGCAGAAGAGCTTTTTAAGCCTCGGGTTATACAGGATATAAATAGAGGTGCATCATGCATCACATCTATCACACCAAGAGGAGTGGGCCAAGATGAGGACAACAACTCTGTAGAATCACTTTCTAAATTTAATGTCAAGTTTCCACCTACAGACAATGACTCTGCTTTCTTGCAGAGCACTCAGGAAAAAGTAACAGTTCCTTGCTCTGGTATAGCTGAAAACATGCTTCAAGATCATCATTTTAACCGGGAGCACAGAGACCGTGCTGTTAACCTCAGTAAATTGGAACCTAACTCATTTGAAGCTCATGGAGTTGATCTCGTGACCTCAGCTTTACAAAGCTTAACTACTGTTGACAAAACAAACCCTCCAAATCATGCAAACATGCCCATAGAAAATATCCGTGACAAAACATGCTTGAAAACGGCAGACACTGCTTTCACGTTTATATCTAAGCACGCAAGCCAAGGTGCACCTGAAGTGATTTTTCCGTCTTTAGAAGCTGCTGGAACAACCGTCAGAGGTCCTCATCAG
Seq A exon
GTATCTTTCTCTAAATGCTGTAGACTTTGAAAAAAGGTAATGATGTGATCAACCGTATTGCTAAGGTCTTTGAGACTGGATTAACATATTCCCTGAGATATCTCACCAGTCTTCTGTTTAAGACAATAAGTTTTGTCAGTTCTTCTCACTGATGCTGAAATAAGTGTACGAGGTGCTTTTCCAGGGAAATAGGACAAGACTTTAAATAGATACACTCCCAAATTTCAGTTTGTGTAGATACTAACTGCTTCTATATTTGTTTCAGAGCTTTCATTAATCCTAAATGGTCACCTAGATCACTTTCTTTCTTTCTACCCTTTATCTCAGATGAATAGGGCATGTAACTGTTCTAATTGTTTCAGGTGCACATCAGAGAATATGACAAATGAATTAATTAAAAAACTAAACGTAAATGTACACTCTGGAAAAAAAATGATCTACTTTTTATCTGGATCTGAGTTGTAAACAGAACTCTATTCCTACTGTCCACAACTTAAAATATGTTTGCCATAGTTTAAGCAGTCAAGCAGGAAAGTATAATTATTTCTTTTGACAAATGTATGGAAGTACACTAAAATAATTCACGTTTACATAGGTATTTTGGGCTTGAATTTAAGTCCTAACTATTCGAAGTCCAGAGAAGTTCCTGAAAGCAAGGCCCAATAGCTATAAAGCAGAATAATGTTTTCACAGCTTCTGTCAATTGTGTCTCTGAATATTTTGCTTCCTTTGTGTGGCATTCTGCCTCAACTGAAATTGCGCACATAATTGTTGCAGAGCTTTATAGACTCCAGTTGATTTATTTATTTATTGTATTTCCGTAGCTTTTCTCACACCTTGTGAAAGGAGAGCTTCTCAAAACTACACAAATAGTGATGTTTAGGAATTTTGAGAGGGTGGATTTCAAATATTTTCACTATTTACTTTGATACGATTTTGTGTTCTTTCCTAATGACATGCAGCAAAAGAGCTTTACCTCTCAATTTTATCACTGCATGACGTGCAAAACTAGAGTTTGGAAAGCACCTGTAGGACATCCTAGCTATGATGATTTCTTCTGCTAAAACTTACCCAGACTGAGTTCAGTTTTCCATTGCAAACCAGTTTTGAATGAAAGTTTAAATTACAGAAAGCTTACTGTTTCCATTAAATTAAACTATATACTTGATTTTTAAAAGTGTGTTTTAAATACCTGTCTGTAACGTATGAGGTCTCAATTATACTAACTTACTAATTTTAGTTTTTTATTGTGCTTTATTTTTCACTGGGACTTCTGTTAAAGTTCTGCCTGAGTTAAACAAATTTCTATGAAATTAATTCACTTATTTTGTTACTGGTAGAATTCCTGCGGAGCTGTGAAGCATTCGCACCATCCCTTGTTACTCTTCTCTTTATCTGTATTTTCTCTCCAGCCTGTTCTTTTACTAGTTAGTCTGTGTATTCATTTTTCAATAGATGGCACCCTGCATTGTATATTACAGCCAGGGAAATAGCTGGTATGTGATTATAAATCGATGGGGGAGTATGCAGCTTAAAAAAGTGGAGAAAAATTGTGGTTGAATAGCAGTAAGGCTTTGGTTTGATCGTTGGTATTTCTGCAATAGAGAAATTAATTTGGGACCGACACTTAAAATGTAAATTATTTACTTTGTGGAGAAAATGTAATATTTTTTAACTTCTGGGAGGGAAAATGCAATGAGAAACTATTTCAGTGTTAATAAGTCATACCTACATAGCACTATAGAACATACAGGATATAGGTCAGAATGCATCTTATACAGAAATTTGTTTGAACTAAGCCAATATTACTTTAGAGTTTATTAAATATACATCTCTCTCTCTCTCAACATCCATCACCTTTAATTAGCTGCCTACAAGAAAGTTTTTAAAGTACTTTTCCTAGTGAGTGGGACTCGGTTCCAATTCCTAGTGAATTGGATTTACAGATAATATATCTGTAGATTAAAACATTATTTTGGGTTGTTTTTTTTTTTTTTTATGTTACCTGCATACATATCTTTTTTATTGTATTAAATTAAAAAAAGAAAGAAAGAAAACAACAACAGTGAATAGCACTCATTCCTAGGATTTTTACGACATTTTTTTGAATAGTTCAGTACCTCCACTAGGGAGGAATGAGATACCTGACTGTTTTTTTCGTGGTGTAGATAAAACTTTCAAGTATTTACTACATATGTTAACTTATAAAATGGAAAACCCCATAAATGCAGTAGATTTGGCAACAGTAAGTTCTTGGAACTGCTCTCAGTTGCTGTAATAAATTTAGCTCTTTCCTTCTTTGTGGATACTAAATGTGAAAACTCAGTACTGTTTTCTTCGGATGTAACTTAAAAAAAAAAAAAAAGTGACTGAAAAGAGCAGCAGATTAAAATAAGCATGGATATTAGTGGACCTAGGATTTTACAGACTACTGTTAATTGAGACTTGCATGGAGATGCATTATGTTTACCAGTATTCACAATTTGCGGGGGTTGTTTCAGATAAAAACATTTATAAGAATGTTCATGATTTTAAATCAAGTCAGTAGTCTGTTGATCTTAATCTAGATCTTGTTTTAGAAATGAAACATCTGCTTAAATTAATCTCTATTCTGAAAAGCTTTTTAAGCACATGCTGAACACTCAGAGAAAGAAATTGAAGTTAAGTGCTTGCTTCAGCAATTTGCTGGATGAGTATCTTTCTTTCTATGTCGTGGTTCCAAGACTGGAAATCTTATTGTGTCCTTAGTGGGATTTTTACAATAATATATCTATTTTTTATGGCAATTTACATAATTTGGTATTAAAAACAAGTAATTCTAAACACATTCCTGGAGGGATGTTTGAGTGTGTCTATGTCTAAAAAAATTTAATATGCAATTTACACCAGCGATGTACAGTAAGTAGGCTCTTTTAGCTGAAAAGAAGTGGTGTGATTGCACTTAATTACTAATTAGCCAATTTAATTATATGGATTGCTGACCATAATGAAAGATGGTAAATCTGCTGCCGCTGTCTGATAAGCTAAACGGTGTTTAAATATGGAGAGCACAAGGAATTGACTCCAGGAAGTTGCAGCTGGTTTAAATACAGGGATTAACCACTGTGAAAGCCACGTTCATTGTACAGTGAACTACCATGGCAGGGGGGGATACAACAGATTCTAAGTATCTGACATGATAAATTTGTGAAAATTAAAACTCTTGGATTAGAATGGATAGCTAGAACTTCAGAATTTCAAAAGAAACTAGTTTCTAAAGTATTCTTGCTCGCTTTTCCACATGTGATTTAAGCAATAGAGAAGAAAGATGAGCCAAAAGAGTGGAGGGCACTCTCCTTTTCTAGGTTCCAGCCCCGCATAGAACTGCTACCAACTTGCTGTCGTTCTGTCTGCTTTGCAGTCATAGCAGTATGCATTTGATTTTCAGTTTACTCAAAACCTAATTGTCCTGGCCACGTAACATAACTGTGTATTTTATCTTGGGTTTGTTGCTAATGCTGAAGTAGTGAAACTTAATTTTTAACTTTGCTTTGAAAACTGATTGGATTTCTGAATCCTGGGTATTATCAAGCCATATAACTGACGTACACTCAGGCTCATGTTCCCATGGTCTGCAAACAGACTTGCTGACTTTCAACTAGCTCGCTCAGGTAGCAAGAGCAGCAACAGCTGCTGAACCAAATTTAGCATAGTTTGCAGACTTGCCTGACTGTATGGATGGCCCTATTGAGTTCATTGCTGTCATGGCAGAAAGAATCCCAAAACTGAGACTACCTGAGACATGTTTACACTAAAAGGCAGTCAGAGCAATTAAGTAACTTAGACCATATGACATTGCTGTAGTTGTTTTGCGAGCAAAATGAAAATTAGATGTGTGCCAATAAGAACAGAAATATTTCATATTACCTTTGTACAATAAATATTTATATAAGGTTAAAAAAATTACACTAAAGATGGATATTAAGGCTTCTACAGTAAAAAAATAGAAATACAATGTTAAAGAAAAGAGTTTATATCATACTGATATTACAGAATTCTGCTCTCTGCATCATTTATCATTAATAGATGTTAAAACATCAAGTATTTGCAAAGGTAGTATGTTTATGGGAGTTAAAAAAAAAAGATCTTGTCCTTCTTAAGTGAGAATTTTCTCTAGTTAATGCTCTGCCAGGCATATGTTAAATAAACCTAGTTTAAAGAGGCAGGTATATTTTTCATATAAATGTAAACCACAGCATAATGTAATTTACATCATAAACCACAGCAGTAATCATTTTCTGTTCCTTTTAG
Seq C2 exon
CTCATTTGGCAGCCTCGGGACAATGATTTGCTGGCACAAACTTATACAGACTCTGAACTGAATCAGCATGGAGTATGTGAATTCTGTCGAGAAGTTTTCCCACCATCTCTAACATCTAAGGAAGATTTTCTTCGGCATCTGAATTCCCACTTTAAAGTACAGTCTTAACATATGAGAATTCAGTGGGTCACTGTTTTTGCATACATTTGGTTTTTTATTATTATTATTAATAGATTTGCTAAGAATTTAAGAATTAAGACTTCTTGTAACAAGAACTAACTGAAATTGTCAGATAAGCACATTTTTTTCATTGTTGTTTGACGAGGTAAAATGCAACTGTAAGTCTGTACTGTAATTCGCATTACTGCTTGTCATGCTTCAATATTGCCATTGGGATTGTGTTTAAAAGCTTATTTTTTTCCCCAGTTAATCTTTGCCTGGATAGGCTCGAAGTCATGATTATATTTGTCAGGACAGATTTGCAGGATTAAGTCTTTAATCTGGGAGAGAAATTGGTGTACTGCTAGGATTTCTTCTCAATATCCAGTGATATGATTCGCTAATTGAAGGGAACGGGAAGGAGAGGTAGGCTCTCATTTTTAGTTTCTATTATAAAATTTGTTATAAAAAATAACAACTGTGCTAATATACCTTTCCAGCATTAATCATTAGTTAAACTACTTTCATGGAAAATATTAATATGAAGGATGGAGTAAGAAAAGCCTGAAGTGTCCTTGAAGGTAAGAATACCAAAGATGGAAAGGTTTACCTTTCCTTCTGATCTGCTATGAAGGATTGTTCAAGTCTGTTATGACTTAGACAGGCAAGGTGAAGACCTAATCACAGAAATCTCAGTGACTTCAGTTCTAACCTGAATATGCAGAATAGTTTTCACAATGGAATTTAAATGTGTTTAATCAAAACATTGCATTTTGATAAAGTTTGCACATTTTATAGATTCATTGGGTTCAAATTTAAAAGTCATGGGTTTTTTACTAAACAATTTATGTTAATGATAATGGGTGACTTACAGCTTTTGGCATTTGAACTGAGTGTGGTTTTTAGCCCTGGTTTTTGATAAAATTAGCATTAATATTTTTATAGCAGCAAAGTACAACACTTTTTAAAGGTTTGATTGCAGGTGATCTGTTTCTGTAAGGAAAAAAAATACACCTGCGTAACTTTTAGAATGGATTTCTCTGCAGTTATTTGCTCTATTTTAAATATCTCATGTTTGTGACTGTCTGTCGACAGTGTGTACTGTAATAAACAGCAGTGCACAGTGCATGTCTGCTTTGTGACCTGGAAAAGACTTTGTTCCTGTTAGTAGCTCTCAGCCCCCACTGGTAGCAGTACTGAGGGTCCACTCAGCACCAGACTGCCTGTGTGACTGTGACATACCTCGCGGTACAACCAGGAGGCTGCTGGGGGGCAGAGCTTCCAGCACTGAGAGGGAAGGTGGGGATTTGCATGTCTCCAGCCTAACCAACACAAAACCAGCTTGTCCTCTCTACCATGAAATCCTAGCTCAGGAGCTCACATTATTAAGCCTGCATCAACTGTGATTCACCTTTAATGAAAATAAAGTCATCTGTCCCCTGGCACACACCACTCCATGCATGAATGCATTTTCCCCGTGAGCACCACTATCAGCAGAGGTGGGAACCCAGCAGCAGCCCAAGGCCCTGCTGGGCCGAGCTGAGGGACACAGTTGGCTGAAACCTACTCACCCAGCACAGTCCGTCCCTCTCCCATACCTGCCGGGGGTGGCATCTGAGGAACCTGTTTCATCCTGGGTATCTAAAACTGCCTGCCCAAGGGGGTCCAGATAGGCTCGATCTGAGTTTGAGGAATAGCAAAACTCATGCCAAGAAGTTGCGAGGGACTTGAGGTGGGAGGTGAGTGCTGTCCCTGAGTGGGCCCCACTCATACAGCTTTCCTGGAGGAGGCTGCTGTTGCCAGCAGGGACATCTGCTTTATTACACTCACCAGAGGAGGTTCAGCATTCCTCCCCTTCTCTTCCCCTTCCACACTAGCTCATCTCAGGGAGAGGAGGTTGAAACCAAGTGGGAAATGTGAATTCATTAAAAATAATAATAATAATAAATCTGAAGGAAGAAAGTAGAACTGGGGAGGAAAGAGAGCAGCAAGCCTGCCGGCCAAGGCTGCTCCCGGCTGCTTCGGGGCCTGCAGCACCCCAGGGTAATGTGGGGCTGCCAGGTGGGCTCACTCGCCGAGCTGCCCCGCGGTGACTGTGCATGACATAGGAGCCCCCATTCCCAGCCAGGAGTCACAGAACTCTGGCTCTGACTTGAAGGCAGGGAAGCAAAGTGCTTCCTATTGGGGAGGTTTCCGAGGGGCTGCCTCAGCCTGGTGCGAGGGCTCCGTGCTGGCGGCTGGGCACAACACATGTAGCTCCTCTGTCTCTCCCGCGAACTCGACAGCTGCTCGTAGCTCCAGTAATTAGACTGTCATTGCTTGTTAGAGGAAAGGAAAACGCTCCTATGACAGATTCCACGAGTCCTCTGTTTTTTAAAACCTCACAGAAATCACCAGAGCATTAATTGAGATCTCTTATTTCTCTGGAATCAGAAGGGAAGAAGTTCCCTCTGCTGCTTCGCACTCCAATCAGAGCCCTCTCCCGCCTCCCATGGAACGCGGTTAATTCACTCTCGGAGCCTCGGGAGAAGTTGAATGCCTTTTGTACCTACCCGGCAGGAAGAGAGAGCTTCCAGGCCGTGCGAACTTACTTTTAAAATCTCCTCCTCGTTTTGCTAAATTTAACTAGAAAGAGATATACAGCCTTTTCTTCATTAACTGAGAACTGAGGACTCCATTAACTGAGTGGAGACTCAGACTCTTCTTACCATCCGGGCTAGTGTTAATTCGGGAGATGCTCGGAAGGGGCTATTCCCCGACGAACAAAAGCACAGGAAGATCACGCCGCTCCTGCCCCCACCCAGCAGATGAGACTCAGAGGAGGCGATTTCTTTTCCTCCCTTCCTTACAGTCCCCTTTCCCCCGCAATCATACAAGGTTAACTCGACAGAGGAGTCTCAATCCAAATGGCAACTGGGATTGCATTTAAAAAGAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAGGGAAAAAAAAAAGGCACTGAAGGAAGGGGGAGGAAAAAAAAACAGAAATAGGGAAAGAAAAGAGAAAAAGCAGCAGGCTGATTACGAGGTGTCAAAACTGCCAGGAGCAAGAAGGTGATAGCAATCAGGGGTGAGAAGAGTGCGCCATTCGTGCGGGGCAGCTAATTATCCGTCTCATTTGAGAAGAGCAGCATTCGAGGCAGCAGCGTTCGCCTGCTGAACGGTGACAGATTGGCGCGGAGGAGAGGGGAGGTGTTAAAACAATGGGGCCGGGCTTGCGAGCGCTGTTGCATGCTAATCAGCCCGGCCTCCTTCCTTCCTTCCCTCCCTCCTTCCCTCCGCCTGCCTGCCGCGATCCCTCCTTCCCGCCGGCCGCATGGCAAGCCCAACACTCCCAGGCCCCTCCGCAACGTGCAGCCCGCAGCTGGCCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011131:ENSGALT00000033125:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.564 A=NA C2=0.055
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF128452=TBD=PD(21.4=6.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]